| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 2,284,097 | T→C | intergenic (‑150/‑32) | yejK ← / → yejL | spermidine nucleoid‑associated protein/UPF0352 family protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,284,097 | 0 | T | C | 95.5% | 148.3 / ‑1.9 | 44 | intergenic (‑150/‑32) | yejK/yejL | spermidine nucleoid‑associated protein/UPF0352 family protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (1/1); new base C (19/23); total (20/24) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.94e-01 | |||||||||||
AAGACCGGGCGGTATTCAACCACCGCCGGTTAAGCGACGCAATAAAAGATGGCGGTCATTTTACAGAAGGCAGCGTAACGAGAATGATTTAACGCATAAAAAAGCAGAAAAAAAACCGTTGCTACGGTAATATGTTGCCCTTTCATCAACTAACTGATTTCGATTTATGCCACAAATTTCCCGCTACAGTGATGAACAGGTTGAACAATTGCTCGCAGAGCTGCTCAACGTACTGGAAAAACATAAGGCTCCGACCGACCTTTCCCTGA > NC_000913/2283963‑2284231 | aaGACCGGGCGGTATTCAACCACCGCCGGTTAAGCGACGCAATCAAAGATGGCGGTCATTTTACAGAAGGCAGCGAAACGAGAATGATTTAACGCATAAAAAAGCAGAAAAAAAACCGTTGCTACGGTAATATGCTGcc < 1:728060/139‑1 (MQ=255)aaGACCGGGCGGTATTCAACCACCGCCGGTTAAGCGACGCAATAAAAGATGGCGGTCATTTTACAGAAGGCAGCGTAACGAGAATGATTTAACGCATAAAAAAGCAGAAAAAAAACCGTTGCTACGGTAATATGCTGcc < 1:783481/139‑1 (MQ=255) gggCGGTATTCAACCACCGCCGGTTAAGCGACGCAATAAAAGATGGCGGTCATTTTACAGAAGGCAGCGTAACGAGAATGATTTAACGCATAAAAAAGCAGAAAAAAAACCGTTGCTACGGTAATATGTTGcc > 1:351324/1‑133 (MQ=255) gggCGGTATTCAACCACCGCCGGTTAAGCGACGCAATAAAAGATGGCGGTCATTTTACAGAAGGCAGCGTAACGAGAATGATTTAACGCATAAAAAAGCAGAAAAAAAACCGTTGCTACGGTAATATGTTGcc < 2:351324/133‑1 (MQ=255) 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1:663758/132‑1 (MQ=255) ggCAGCGTAACGAGAATGATTTAACGCATAAAAAAGCAGAAAAAAAACCGTTGCTACGGTAATATGCTGCCCTTTCATCAACTAACTGATTTCGATTTATGCCACAAATTTCCCGCTACAGTGATGAACAGGTTGAACa > 1:1025663/1‑139 (MQ=255) ggCAGCGTAACGAGAATGATTTAACGCATAAAAAAGCAGAAAAAAAACCGTTGCTACGGTAATATGCTGCCCTTTCATCAACTAACTGATTTCGATTTATGCCACAAATTTCCCGCTACAGTGATGAACAGGTTGAACa > 1:499318/1‑139 (MQ=255) gCAGCGTAACGAGAATGATTTAACGCATAAAAAAGCAGAAAAAAAACCGTTGCTACGGTAATATGCTGCCCTTTCATCAACTAACTGATTTCGATTTATGCCACAAATTTCCCGCTACAGTGATGAACAGGTTGAACaa > 2:3053/1‑139 (MQ=255) aGCGTAACGAGAATGATTTAATGCATAAAAAAGCAGAAAAAAAACCGTTGCTACGGTAATATGCTGCCCGTGCATCAACTAACTGATTTCGATTTATGCCACAAATTTCCCGCTACAGTGATGAACAGGTTGAACAAtt < 1:652256/139‑1 (MQ=255) aGCGTAACGAGAATGATTTAACGCATAAAAAAGCAGAAAAAAAACCGTTGCTACGGTAATATGCTGCCCTTTCATCAACTAACTGATTTCGATTTATGCCACAAATTTCCCGCTACAGTGATGAACAGGTTGAACAAtt < 1:109409/139‑1 (MQ=255) cGTAACGAGAATGATTTAACGCATAAAAAAGCAGAAAAAAAACCGTTGCTACGGTAATATGCTGCCCTTTCATCAACTAACTGATTTCGATTTATGCCACAAATTTCCCGCTACAGTGATGAACAGGTTGAACAATTGc > 1:242809/1‑139 (MQ=255) gaATGATTTAACGCATAAAAAAGCAGAAAAAATACCGTTGCTACGGTAATATGCTGCCCTTTCATCAACTAACTGATTTCGATTTATGCCACAAATTTCCCGCTACAGTGATGAACAGGTTGAACAATTGCTCGCagag < 1:833088/139‑1 (MQ=255) ttAACGCATAAAAAAGCAGAAAAAAAACCGTTGCTACGGTAATATGCTGCCCTTTCATCAACTAACTGATTTCGATTTATGCCACAAATTTCCCGCTACAGTGATGAACAGGTTGAACAATTGCTCGCAGAGCTGCTCa < 1:468443/139‑1 (MQ=255) cGCATAAAAAAGCAGAAAAAAAACCGTTGCTACGGTAATATGCTGCCCTTTCATCAACTAACTGATTTCGATTTATGCCACAAATTTCCCGCTACAGTGATGAACAGGTTGAACAATTGCTCGCAGAGCTGCTCAACGt > 2:701870/1‑139 (MQ=255) aaaaaaGCAGAAAAAAAACCGTTGCTACGGTAATATGCTGCCCTTTCATCAACTAACTGATTTCGATTTATGCCACAAATTTCCCGCTACAGTGATGAACAGGTTGAACAATTGCTCGCAGAGCTGCTCAACGTACTgg > 1:708041/1‑139 (MQ=255) gCAGAAAAAAAACCGTTGCTACGGTAATATGCTGCCCTTTCATCAACTAACTGATTTCGATTTATGCCACAAATTTCCCGCTACAGTGATGAACAGGTTGAACAATTGCTCGCAGAgctgct < 1:479808/122‑1 (MQ=255) gCAGAAAAAAAACCGTTGCTACGGTAATATGCTGCCCTTTCATCAACTAACTGATTTCGATTTATGCCACAAATTTCCCGCTACAGTGATGAACAGGTTGAACAATTGCTCGCAGAgctgct > 2:479808/1‑122 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |