New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | = 4586100 | 40 (0.720) | 12 (0.300) | 12/194 | 2.6 | 29.8% | intergenic (+139/+78) | PP_4061/PP_4063 | hypothetical protein/long‑chain fatty acid‑‑CoA ligase |
? | NC_002947 | = 4586128 | 28 (0.710) | intergenic (+167/+50) | PP_4061/PP_4063 | hypothetical protein/long‑chain fatty acid‑‑CoA ligase |
GGCGTGAACAGCTGATCTGCGCTGCTCCATTGAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGG‑TGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCAGGGACCGTGCCGGCCTTGAATG‑CGGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCGCGCCAGCACATCAACCCGCAGATGCAGCCGCAATCTCCGCCACACTGATCTCACGCATGCGGAACTTCTGCACCTTGCCGGTCACGGTCATCGGGTACTC > NC_002947/4585979‑4586267 | ggCGTGAACAGCTGATCTGCGCTGCTCCATTGAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGG‑TGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCAGGGACCGTGCCGGCCTTGAATG‑CGGCGCTGc < 2:778131/150‑1 (MQ=255) ggCGTGAACAGCTGATCTGCGCTGCTCCATTGAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGG‑TGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCAGGGACCGTGCCGGCCTTGAATG‑CGGCGCTGc < 1:60061/150‑1 (MQ=255) gTGAACAGCTGATCTGCGCTGCTCGATTGAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGG‑TGAAGATCTTGTATTGATCGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCAGGGACCGTGCCGGCCTTGAATG‑CGGCACTGCccc > 2:651946‑M2/1‑147 (MQ=255) gATCTGCGCTGCTCCATTGAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGG‑TGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCAGCTCCTACCAGGGACCGTGCCGGCCTTGAATG‑CGGCGCTGCccctggtaggagc < 2:336503‑M2/150‑14 (MQ=255) tCTGCGCTGCTCCATTGAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGG‑TGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCAGGGACCGTGCCGGCCTTGAATG‑CGGCGCTGCccctggtaggagcgg > 2:1164668‑M2/1‑135 (MQ=255) atggAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGCTCAAG‑TCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCAGGGACCGTGCCGGCCTTGAATG‑CGGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGaa < 1:408234/147‑1 (MQ=38) aTTGAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGG‑TGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCAGGGACCGTGCCGGCCTTGAATG‑CGGCGCTGCccctggtaggagcgggtttacccgcgaa > 1:79552‑M2/1‑122 (MQ=255) tGAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGG‑TGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCAGCTCCTACCAGGGACCGTGCCGGCCTTGAATG‑CGGCGCTGCccctggtaggagcgggtttacccgcgaaga > 1:336503‑M2/1‑120 (MQ=255) aaGGTTGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGG‑TGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCAGGGACCGTGCCGGCCTTGAATG‑CGGCGCTGCccctggtaggagcgggtttacccgcgaagaggc > 2:467122‑M2/1‑117 (MQ=255) gCAAGG‑TGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCAGGGACCGTGCCGGCCTTGAATG‑CGGCGCTGCccctggtaggagcgg < 2:833287‑M2/107‑16 (MQ=255) gCAAGG‑TGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCAGGGACCGTGCCGGCCTTGAATG‑CGGCGCTGCccctggtaggagcgg > 1:833287‑M2/1‑92 (MQ=255) g‑TGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCAGGGACCGTGCCGGCCTTGAATG‑CGGCGCTGCccctggta < 1:9147‑M2/95‑9 (MQ=255) g‑TGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCAGGGACCGTGCCGGCCTTGAATG‑CGGCGCTGCccctggta > 2:9147‑M2/1‑87 (MQ=255) g‑TGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCAGGGACCGTGCCGGCCTTGAATG‑CGGCGCTGCCCCTGGTAGGCGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCGCGCCAGCACATCAACCCGCAGATg > 2:536246/1‑150 (MQ=255) cATTGATCGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCAGGGCCCGTGCCGTCCTTGAATG‑CGGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCGCGCCAGCACATCAACCCGCAGATGCAGCCGCAAtct < 2:705271/150‑1 (MQ=255) aTTGATCGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCAGGGACCGTGCCGGCCTTGAATG‑CGGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCGCGCCAGCACATCAACCCGCAGATGCAGCCGCAAtct < 2:705318/149‑1 (MQ=255) aTTGATCGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCAGGGACCGTGCCGGCCTTGAATG‑CGGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCGCGCCAGCACATCAACCCGCAGATGCAGCCGCAAtct > 1:705318/1‑149 (MQ=255) aTTGATCGGGCCGGCCTCTTCGCGGGCATCGCCGCTCCTACCAGGGACCGTGCCGGCCTTGAATG‑CGGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCGCGCCAGCACATCAACCCGCAGATGCAGCCGCAAtctc > 1:705271/1‑150 (MQ=255) ttGATCGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCAGGGACCGTGCCGGCCTTGAATG‑CGGCGCTGCccctggtaggagcgggtttac > 1:588164‑M2/1‑73 (MQ=255) ttGATCGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCAGGGACCGTGCCGGCCTTGAATG‑CGGCGCTGCccctggtaggagcgggtttac < 2:588164‑M2/94‑22 (MQ=255) cggccTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCAGGGACCGTGCCGGCCTTGAATG‑CGGCGCTGCccctggtaggagcgggtttacccgcgaa > 2:176826‑M2/1‑63 (MQ=255) cggccTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCAGGGACCGTGCCGGCCTTGAATG‑CGGCGCTGCccctggtaggagcgggtttacccgcgaa < 1:176826‑M2/91‑29 (MQ=255) tctTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCAGGGACCGTGCCGGCCTTGAATG‑CGGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCGCGCCAGCACATCAACCCGCAGATGCAGCCGCAATCTcc < 2:1238943/135‑1 (MQ=255) tctTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCAGGGACCGTGCCGGCCTTGAATG‑CGGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCGCGCCAGCACATCAACCCGCAGATGCAGCCGCAATCTcc > 1:1238943/1‑135 (MQ=255) tctTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCAGGGACCGTGCCGGCCTTGAATG‑CGGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCGCGCCAGCACATCAACCCGCAGATGCAGCCGCAATCTCCGCCACACTGATCTCa > 1:397749/1‑150 (MQ=255) ctTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCAGGGACCGTGCCGGCCTTGAATG‑CGGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCGCGCCAGCACATCAACCCGCAGATGCAGCCGCAATCTCCGCCACACTGATCTCAc < 1:536246/150‑1 (MQ=255) ttCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCAGGGACCGTGCCGGCCTTGAATG‑CGGCGCTGCccctggtaggagcgggtttacccgcgaagaggccggcccgatcaatgcaagatcttcaccttgccaagcacccggtcatcctcaacctttcaat < 2:771727‑M2/150‑95 (MQ=255) gcgGGTAAACCCGCTCCTACCAGGGGCAGCGCC‑GCATTCAAGGCCGGCACGGTCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCGCGCCAGCACATCAACCCGCAGATGCAGCCGCAATCTCCGCCACACTGAGCTCACGCAt > 2:769468/1‑150 (MQ=11) tAAACCCGCTCCTACCAGGGACCGTGCCGGCCTTGAATT‑CGGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCGCGCCAGCACATCAACCCGCAGATGCAGCCGCAATCTCCGCCACACTGATCTCACGCATGCGGa > 1:990891/1‑150 (MQ=255) cccGCTCCTACCAGGTGCCGTGCCGGCCTTGAATG‑CGGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCGCGCCAGCACATCAACCCGCAGATGCAGCCGCAATCTCCGCCACACTGATCTCACGCATGCGGAACtt > 2:720223/1‑150 (MQ=255) cccGCTCCTACCAGGGACCGTGCCGGCCTTGAATG‑CGGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCGCGCCAGCACATCAACCCGCAGATGCAGCCGCAATCTCCGCCACACTGATCTCACGCATGCGGAACtt > 2:873586/1‑150 (MQ=255) ccGCTCCTACCAGGGACCGTGCCGGCCTTGAATG‑CGGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCGCGCCAGCACATCAACCCGCAGATGCAGCCGCAATCTCCGCCACACTGATCTCACGCATGCGGAACTTc > 2:1203895/1‑150 (MQ=255) gCTCCTACCAGGGACCGTGCCGGCCTTGAATG‑CGGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCGCGCCAGCACATCAACCCGCAGATGCAGCCGCAATCTCCGCCACACTGATCTCACGCATGCGGAACTTCTg > 2:262207/1‑150 (MQ=255) gCTCCTACCAGGGACCGTGCCGGCCTTGAATG‑CGGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCGCGCCAGCACATCAACCCGCAGATGCAGCCGCAATCTCCGCCACACTGATCTCACGCATGCGGAACTTCTg > 2:581492/1‑150 (MQ=255) cTACCAGGGACCGTGCCGGCCTTGAATG‑CGGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCGCGCCAGCACATCAACCCGCAGATGCAGCCGCAATCTCCGCCACACTGATCTCACGCATGCGGAACTTCTGCAcc > 1:489997/1‑150 (MQ=255) tACCAGGGACCGTGCCGGCCTTGAATG‑CGGCGCTGCccctggtaggagcgggtttacccgcgaagaggccggcccgatcaatgcaagatcttcaccttgccaagcacccggtcatc < 2:286416‑M2/116‑81 (MQ=255) tACCAGGGACCGTGCCGGCCTTGAATG‑CGGCGCTGCccctggtaggagcgggtttacccgcgaagaggccggcccgatcaatgcaagatcttcaccttgccaagcacccggtcatc > 1:286416‑M2/1‑36 (MQ=255) tACCAGGGACCGTGCCGGCCTTGAATG‑CGGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCGCGCCAGCACATCAACCCGCAGATGCAGCCGCAATCTCCGCCACACTGATCTCACGCATGCGGAACTTCTGCACCt > 1:1026477/1‑150 (MQ=255) tACCAGGGACCGTGCCGGCCTTGAATG‑CGGCGCCCCCGTTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCGCGCCAGCACATCAACCCGCAGATGCAGCCGCAATCTCCGCCACACTGATCTCACGCATGCGGAACTTCTGCACCt > 1:1317290/1‑150 (MQ=255) aCCAGGGACCGTGCCGGCCTTGAATG‑CGGCGCTGCccctggtaggagcgggtttacccgcgaagaggccggcccgatcaatgcaagatcttcaccttgccaagcacccggtcatcctcaacctttcaatggagcagcgcagatcagctgt < 2:1189154‑M2/150‑116 (MQ=255) ccAGGGACCGTGCCGGCCTTGAATG‑CGGCGCTGCccctggtaggagcgggtttacccgcgaagaggccggcccgatcaatgcaagatcttcaccttgccaagcacccggtcatcctcaacctttcaatggagcagcgcagatcagctgtt < 1:1078861‑M2/150‑117 (MQ=255) cAGGGACCGTGCCGGCCTTGAATG‑CGGCGCTGCccctggtaggagcgggtttacccgcgaa > 2:1244996‑M2/1‑33 (MQ=255) cAGGGACCGTGCCGGCCTTGAATG‑CGGCGCTGCccctggtaggagcgggtttacccgcgaa < 1:1244996‑M2/61‑29 (MQ=255) cAGGGACCGTGCCGGCCTTGAATG‑CGGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCGCGCCAGCACATCAACCCGCAGATGCAGCCGCAATCTCCGCCACACTGATCTCACGCATGCGGAACTTCTGCACCTTGc < 1:581492/150‑1 (MQ=255) cAGGGACCGTGCCGGCCTTGAATG‑CGGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCGCGCCAGCACATCAACCCGCAGATGCAGCCGCAATCTCCGCCACACTGATCTCACGCATGCGGAACTTCTGCACCTTGc > 1:1210971/1‑150 (MQ=255) aGGGACCGTGCCGGCCTTGAATG‑CGGCGCTGCccctggtaggagcgggtttacccgcgaagaggccggcccgatcaatgcaagatcttcaccttgccaagcacccggtcatcctcaacctttcaatggagcagcgcagatcagctgttca < 2:442606‑M2/150‑119 (MQ=255) gggACCGTGCCGGCCTTGAATG‑CGGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCGCGCCAGCACATCAACCCGCAGATGCAGCCGCAATCTCCGCCACACTGATCTCACGCATGCGGAACTTCTGCACCTTGCcg > 1:508666/1‑150 (MQ=255) gggACCGTGCCGGCCTTGAATG‑CGGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCGCGCCAGCACATCAACCCGCAGATGCAGCCGCAATCTCCGCCACACTGATCTCACGCATGCGGAACTTCTGCACCTTGCcg < 1:1203895/150‑1 (MQ=255) ggACCGTGCCGGCCTTGAATG‑CGGCGCTGCccctggtaggagcgggtttacccgcgaagaggccggcccgatcaatgcaagatcttcaccttgccaagcacccggtcatcctcaacctttcaatggag < 1:577778‑M2/128‑99 (MQ=255) ggACCGTGCCGGCCTTGAATG‑CGGCGCTGCccctggtaggagcgggtttacccgcgaagaggccggcccgatcaatgcaagatcttcaccttgccaagcacccggtcatcctcaacctttcaatggag > 2:577778‑M2/1‑30 (MQ=255) ggACCGTGCCGGCCTTGAATG‑CGGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCGCGCCAGCACATCAACCCGCAGATGCAGCCGCAATCTCCGCcaca < 2:886444/113‑1 (MQ=255) ggACCGTGCCGGCCTTGAATG‑CGGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCGCGCCAGCACATCAACCCGCAGATGCAGCCGCAATCTCCGCcaca > 1:886444/1‑113 (MQ=255) ggACCGTGCCGGCCTTGAATG‑CGGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCGCGCCAGCACATCAACCCGCAGATGCAGCCGCAATCTCCGCCACACTGATCTCACGCATGCGGAACTTCTGCACCTTGCcgg > 2:69149/1‑150 (MQ=255) aCCGTGCCGGCCTTGAATG‑CGGCACGGTccctggtaggagcgggtttacccgcgaagaggccggcccgatcaatgcaagatcttcaccttgccaagcacccggtcatcctcaacctttcaatggagcagcgcagatcagctgttcacgcc < 1:548103‑M2/150‑123 (MQ=255) gCCGGCCTTGAATG‑CGGCGCTGCccctggtaggagcgggtttacccgcgaagaggccggcccgatcaatgcaagatcttcaccttgccaagcacccggtcatcctcaacctttcaatggagcagcgcagatcagctgttcacgccggtgc > 1:1189154‑M2/1‑23 (MQ=255) ccGGCCTTGAATG‑CGGCGCTGCccctggtaggagcgggtttacccgcgaagaggccggcccgatcaatgcaagatcttcaccttgccaagcacccggtcatcctcaacctttcaatggagcagcgcagatcagctgttcacgccggtgcc > 1:771727‑M2/1‑22 (MQ=255) cGGCCTTGAATG‑CGGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCGCGCCAGCACATCAACCCGCAGATGCAGCCGCAATCTCCGCCACACTGATATCTCTCATGCGGAACTTCTGCACCTTGCcggtcacggtca > 1:1073414/1‑150 (MQ=255) gCCTTGAATG‑CGGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCGCGCCAGCACATCAACCCGCAGATGCAGCCGCAATCTCCGCCACACTGATCTCACGCATGCGGAACTTCTGCACCTTGCCGGTCACGGTCATc < 2:489997/150‑1 (MQ=255) tG‑CGGCGCTGCccctggtaggagcgggtttacccgcgaagaggccggcccgatcaatgcaagatcttcaccttgccaagcacccggtcatcctcaacctttcaatggagcagcgcagatcagctgttcacgccggtgccgtggtctaccc > 1:442606‑M2/1‑11 (MQ=255) | GGCGTGAACAGCTGATCTGCGCTGCTCCATTGAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGG‑TGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCAGGGACCGTGCCGGCCTTGAATG‑CGGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCGCGCCAGCACATCAACCCGCAGATGCAGCCGCAATCTCCGCCACACTGATCTCACGCATGCGGAACTTCTGCACCTTGCCGGTCACGGTCATCGGGTACTC > NC_002947/4585979‑4586267 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |