Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
JC | NC_002947 | 1,843,043 | (GAT)2→3 | coding (1793/2754 nt) | gacS ← | sensor protein GacS |
New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | = 1843036 | 2 (0.070) | 35 (1.150) +TGA |
27/266 | 0.2 | 93.3% | coding (1800/2754 nt) | gacS | sensor protein GacS |
? | NC_002947 | 1843037 = | 3 (0.100) | coding (1799/2754 nt) | gacS | sensor protein GacS |
CCAGCTCCAGCAAGAGGCGCCGCAGCTTGCGGGTGCAGGTCGGCTTGGACAGCAACTGGCCATGGCCGTTGGGCAGGTACGGGTGGTACAGCGCCTGCTCGGTGGTCGGGCACAGCACTACGCATTGGCAGTGGTAACGCTCGAGCTGC‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > NC_002947/1842888‑1843036 ‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑TGATGATAATGGCCCAGTTGCTCGGGCGACAGGTTACCCAGGTTGGCACCGAGCACCGCGAACTCGAAGGGCAGGCCGGCCTGGCTGGCGGCCTGCACCCCCTGCAGCAACTGGTCGTAGGAGGCGAACAGGCTCACGCTGAGGCCGCA > NC_002947/1843037‑1843185 ||| CCAGCTCCAGCAAGAGGCGCCGCAGCTTGCGGGTGCAGGTCGGCTTGGACAGCAACTGGCCATGGCCGTTGGGCAGGTACGGGTGGTACAGCGCCTGCTCGGTGGTCGGGCACAGCACTACGCATTGGCAGTGGTAACGCTCGAGCTGCT > 2:656342/1‑150 CCAGCTCCAGCAAGAGGCGCCGCAGCTTGCGGGTGCAGGTCGGCTTGGACAGCAACTGGCCATGGCCGTTGGGCAGGTACGGGTGGTACAGCGCCTGCTCGGTGGTCGGGCACAGCACTACGCATTGGCAGTGGTAACGCTCGAGCTGCT > 2:176086/1‑150 CAGCTCCAGCAAGAGGCGCCGCAGCTTGCGGGTGCAGGTCGGCTTGGACAGCAACTGGCCATGGCCGTTGGGCAGGTACGGGTGGTACAGCGCCTGCTCGGTGGTCGGGCACAGCACTACGCATTGGCAGTGGTAACGCTCGAGCTGCTG > 1:70760/1‑150 AGCTCCAGCAAGAGGCGCCGCAGCTTGCGGGTGCAGGTCGGCTTGGACAGCAACTGGCCATGGCCGTTGGGCAGGTACGGGTGGTACAGCGCCTGCTCGGTGGTCGGGCACAGCACTACGCATTGGCAGTGGTAACGCTCGAGCTGCTGA < 1:504900/150‑1 TCCAGCAAGAGGCGCCGCAGCTTGCGGGTGCAGGTCGGCTTGGACAGCAACTGGCCATGGCCGTTGGGCAGGTACGGGTGGTACAGCGCCTGCTCGGTGGTCGGGCACAGCACTACGCATTGGCAGTGGTAACGCTCGAGCTGCTGATGA < 2:70760/150‑1 AGCAAGAGGCGCCGCAGCTTGCGGGGGGGGGTCGGCTTGGACAGCAACTGGCCATGGCCGTTGGGCAGGTACGGGTGGTACAGCGCCTGCTCGGTGGTCGGGCACAGCACTACGCATTGGCAGTGGTAACGCTCGAGCTGCTGATGATGA > 1:450745/1‑150 GGCGCCGCAGCTGGGGGGGGGGGGGGGGGGTGGGCGGCAACTGGCCATGTGCGTTGGGCAGGTACGGGTGGTACAGCGCCTGCTCGGTGGTCGGGCACAGCATTACGCATTGGCAGTGGTAACGCTCGAGCTGCTGATGATGATAATGGC < 2:365267/150‑1 CTTGCGGGGGCCGGTCGGCTTGGACAGCAATTGGCCATGGGCGTTGGGCAGGTACGGGTGGTACAGCGCCTGCTCGGTGGTCGGGCACAGCACTACGCATTGGCAGTGGTAACGCTCGAGCTGCTGATGATGATAATGGCCCAGTTNCTC < 2:447519/150‑1 TGCAGGTCGGCTTGGACAGCAACTGGCCATGGCCGTTGGGCAGGTACGGGTGGTACAGCGCCTGCTCGGTGGTCGGGCACAGCACTACGCATTGGCAGTGGTAACGCTCGAGCTGCTGATGATGATAATGGCCCAGTTGCTCGGGCGACA < 1:170020/150‑1 TGGACAGCAACTGGCCATGGCCGTTGGGCAGGTACGGGTGGTACAGCGCCTGCTCGGTGGTCGGGCACAGCACTACGCATTGGCAGTGGTAACGCTCGAGCTGCTGATGATGATAATGGCCCAGTTGCTCGGGCGACAGGTTACCCAGGT < 2:173558/150‑1 GGACAGCAACTGGCCATGGCCGTTGGGCAGGTACGGGTGGTACAGCGCCTGCTCGGTGGTCGGGCACAGCACTACGCATTGGCAGTGGTAACGCTCGAGCTGCTGATGATGATAATGGCCCAGTTGCTCGGGCGACAGGTTACCCAGGTT < 1:667285/150‑1 AGCAACTGGCCATGGCCGTTGGGCAGGTACGGGTGGTACAGCGCCTGCTCGGTGGTCGGGCACAGCACTACGCATTGGCAGTGGTAACGCTCGAGCTGCTGATGATGATAATGGCCCAGTTGCTCGGGCGACAGGTTACCCAGGT > 1:142322/1‑145 AGCAACTGGCCATGGCCGTTGGGCAGGTACGGGTGGTACAGCGCCTGCTCGGTGGTCGGGCACAGCACTACGCATTGGCAGTGGTAACGCTCGAGCTGCTGATGATGATAATGGCCCAGTTGCTCGGGCGACAGGTTACCCAGGT < 2:142322/145‑1 AACTGGCCATGGCCGTTGGGCAGGTACGGGTGGTACAGCGCCTGCTCGGTGGTCGGGCACAGCACTACGCATTGGCAGTGGTAACGCTCGAGCTGCTGATGATGATAATGGCCCAGTTGCTCGGGCGACAGGTTACCCAGGTTGGCACCG > 1:134867/1‑150 ACTGGCCATGGCCGTTGGGCAGGTACGGGTGGTACAGCGCCTGCTCGGTGGTCGGGCACAGCACTACGCATTGGCAGTGGTAACGCTCGAGCTGCTGATGATGATAATGGCCCAGTTGCTCGGGCGACAGGTTACCCAGGTTGGCACCGA < 1:239499/150‑1 GGCCATGGCCGTTGGGCAGGTACGGGTGGTACAGCGCCTGCTCGGTGGTCGGGCACAGCACTACGCATTGGCAGTGGTAACGCTCGAGCTGCTGATGATGATAATGGCCCAGTTGCTCGGGCGACAGGTTACCCAGGTTGGCACCGAGCA < 2:266721/150‑1 GCCATGGCCGTTGGGCAGGTACGGGTGGTACAGCGCCTGCTCGGTGGTCGGGCACAGCACTACGCATTGGCAGTGGTAACGCTCGAGCTGCTGATGATGATAATGGCCCAGTTGCTCGGGCGACAGGTTACCCAGGTTGGCACCGAGCAC < 1:176086/150‑1 GCCGTTGGGCAGGTACGGGTGGTACAGCGCCTGCTCGGTGGTCGGGCACAGCACTACGCATTGGCAGTGGTAACGCTCGAGCTGCTGATGATGATAATGGCCCAGTTGCTCGGGCGACAGGTTACCCAGGTTGGCACCGAGCACCGCGAA > 2:321986/1‑150 CGTTGGGCAGGTACGGGTGGTACAGCGCCTGCTCGGTGGTCGGGCACAGCACTACGCATTGGCAGTGGTAACGCTCGAGCTGCTGATGATGATAATGGCCCAGTTGCTCGGGCGACAGGTTACCCAGGTTGGCACCGAGCACCGCGAACT > 1:356827/1‑150 GGTACAGCGCCTGCTCGGTGGTCGGGCACAGCACTACGCATTGGCAGTGGTAACGCTCGAGCTGCTGATGATGATAATGGCCCAGTTGCTCGGGGGAAGATTTACCCAGGTTGGCACCGAGCACCGCGAACTCGAAGGGCAGGCCGGCCT < 2:530790/150‑1 GCGCCTGCTCGGTGGTCGGGCACAGCACTACGCATTGGCAGTGGTAACGCTCGAGCTGCTGATGATGATAATGGCCCAGTTGCTCGGGCGACAGGTTACCCAGGTTGGCACCGAGCACCGCGAACTCGAAGGGCAGGCCGGCCTGGCTGG > 1:639121/1‑150 GCCTGCTCGGTGGTCGGGCACAGCACTACGCATTGGCAGTGGTAACGCTCGAGCTGCTGATGATGATAATGGCCCAGTTGCTCGGGCGACAGGTTACCCAGGTTGGCACCGAGCACCGCGAACTCGAAGGGCAGGCCGGCCTGGCTGGCG < 2:356827/150‑1 TCGGTGGTCGGGCACAGCACTACGCATTGGCAGTGGTAACGCTCGAGCTGCTGATGATGATAATGGCCCAGTTGCTCGGGCGACAGGTTACCCAGGT < 2:21004/97‑1 TCGGTGGTCGGGCACAGCACTACGCATTGGCAGTGGTAACGCTCGAGCTGCTGATGATGATAATGGCCCAGTTGCTCGGGCGACAGGTTACCCAGGT > 1:21004/1‑97 GGTGGTCGGGCACAGCACTACGCATTGGCAGTGGTAACGCTCGAGCTGCTGATGA > 1:497473/1‑55 GGTGGTCGGGCACAGCACTACGCATTGGCAGTGGTAACGCTCGAGCTGCTGATGA < 2:497473/55‑1 TCGGGCACAGCACTACGCATTGGCAGTGGTAACGCTCGAGCTGCTGATGATGATAATGGCCCAGTTGCTCGGGCGACAGGTTACCCAGGTTGGCACCGAGCACCGCGAACTCGAAGGGCAGGCCGGCCTGGCTGGCGGCCTGCACCCCCT > 1:565277/1‑150 GCATTGGCAGTGGTAACGCTCGAGCTGCTGATGATGATAATGGCCCAGTTGCTCGGGCGACAGGTTACCCAGGTTGGCACCGAGCACCGCGAACTCGAA > 1:406187/1‑99 GCATTGGCAGTGGTAACGCTCGAGCTGCTGATGATGATAATGGCCCAGTTGCTCGGGCGACAGGTTACCCAGGTTGGCACCGAGCACCGCGAACTCGAA < 2:406187/99‑1 GCATTGGCAGTGGTAACGCTCGAGCTGCTGATGATGATAATGGCCCAGTGGCTCGGGCGACAGGTTACCCAGGTTGGCACCGAGCACCGCGAACTCGAAGGGCAGGCCGGCCTGGCTGGCGGCCTGCACCCCCTGCAGCAACTGGTCGTA > 1:164953/1‑150 ATTGGCAATGGTAACGCTCGAGCTGCTGATGATGATAATGGCCCAGTTGCTCGGGCGACAGGTTACCCAGGTTGGCACCGAGCACCGCGAACTCGAAGGGCAGGCCGGCCTGGCTGGCGGCCAGCACCCCCTGCAGCAACTGGTCGTAGG > 2:378691/1‑150 TTGGCAGTGGTAACGCTCGAGCTGCTGATGATGATAATGGCCCAGTTGCTCGGGCGACAGGTTACCCAGGTTGGCACCGAGCACCGCGAACTCGAAGGGCAGGCCGGCCTGGCTGGCGGCCTGCACCCCCTGCAGCAACTGGTCGTAGGA > 2:469437/1‑150 GGTAACGCTCGAGCTGCTGATGATGATAATGGCCCAGTTGCTCGGGCGACAGGTTACCCAGGTTGGCACCGAGCACCGCGAACTCGAAGGGCAGGCCGGCCTGGCTGGCGGCCTGCACCCCCTGCAGCAACTGGTCGTAGGAGGCGAACA > 1:413202/1‑150 GTAACGCTCGAGCTGCTGATGATGATAATGGCCCAGTTGCTCGGGCGACAGGTTACCCAGGTTGGCACCGAGCACCGCGAACTCGAAGGGCAGGCCGGCCTGGCTGGCGGCCTGCACCCCCTGCAGCAACTGGTCGTAGGAGGCGAACAG < 2:134867/150‑1 TAACGCTCGAGCTGCTGATGATGATAATGGCCCAGTTGCTCGGGCGACAGGTTACCCAGGTTGGCACCGAGCACCGCGAACTCGAAGGGCAGGCCGGCCTGGCTGGCGGCCTGCACCCCCTGCAGCAACTGGTCGTAGGAGGCGAACAGG < 2:565277/150‑1 GCTGCTGATGATGATAATGGCCCAGTTGCTCGGGCGACAGGTTACCCAGGTTGGCACCGAGCACCGCGAACTCGAAGGGCAGGCCGGCCTGGCTGGCGGCCTGCACCCCCTGCAGCAACTGGTCGTAGGAGGCGAACAGGCTCACGCTGA < 2:639121/150‑1 CTGATGATGATAATGGCCCAGTTGCTCGGGCGACAGGTTACCCAGGTTGGCACCGAGCACCGCGAACTCGAAAGGCAGGCCGGCCTGGCTGGCGGCCTGCACCCCCTGCAGCAACTGGTCGTAGGAGGCGAACAGGCTCACGCTGAGGCC > 1:407678/1‑150 ATGATGATAATGGCCCAGTTGCTCGGGCGACAGGTTACCCAGGTTGGCACCGAGCACCGCGAACTCGAAGGGCAGGCCGGCCTGGCTGGCGGCCTGCACCCCCTGCAGCAACTGGTCGTAGGAGGCGAACAGGCTCACGCTGAGGCCGCA < 1:321986/150‑1 ||| CCAGCTCCAGCAAGAGGCGCCGCAGCTTGCGGGTGCAGGTCGGCTTGGACAGCAACTGGCCATGGCCGTTGGGCAGGTACGGGTGGTACAGCGCCTGCTCGGTGGTCGGGCACAGCACTACGCATTGGCAGTGGTAACGCTCGAGCTGC‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > NC_002947/1842888‑1843036 ‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑TGATGATAATGGCCCAGTTGCTCGGGCGACAGGTTACCCAGGTTGGCACCGAGCACCGCGAACTCGAAGGGCAGGCCGGCCTGGCTGGCGGCCTGCACCCCCTGCAGCAACTGGTCGTAGGAGGCGAACAGGCTCACGCTGAGGCCGCA > NC_002947/1843037‑1843185 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |