New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | 2876327 = | 39 (1.230) | 4 (0.130) | 4/236 | NT | 11.1% | coding (77/258 nt) | PP_2530 | hypothetical protein |
? | NC_002947 | 2876371 = | 27 (0.900) | coding (33/258 nt) | PP_2530 | hypothetical protein |
CTTGGTGGCGGCGCTGGTATCCGCCTTGTCGGGTTGCTGGATGTTCATGCCGCCGGGAGGTGGCGGTGGTCATGGTGGGGGTGGCCACGGCGGTGGTTTTGGTGGCCATCAGGGTGGCGGCCCGCGCTAAGCTGACCCCGCGATGGACCGCGCCCTCTCGGCCGGGTTGCAAGCGCGTACCCGGCACGGGCGCATGCACATTGGTCGCCCGAACCGCGCGTGGCACAGCGCCGGTGTTTGCGCCTTAGGGCATGCAGGATGATGCGCTGATCGGCAGTTGATCCTGCTT > NC_002947/2876178‑2876466 | cTTGGTGGCGGCGCTGGTATCCGCCTTGTCGGGTTGCTGGATGTTCATGCCGCCGGGAGGTGGCGGTGGTCATGGTGGGGGTGGCCACGGCGGTGGTTTTGGTGGCCATCAGGGTGGCGGCCCGCGCTAAGCTGACCCCGCGATGGACcg > 2:598239/1‑150 (MQ=255) ggtggCGGCGCTGGTATCCGCCTTGTCGGGTTGCTGGATGTTCATGCCGCCGGGAGGTGGCGGTGGTCATGGTGGGGGTGGCCACGGCGGTGGTTTTGGTGGCCATCAGGGTGGCGGCCCGCGCTAAGCTGACCCCGCGATGGACCgcgc > 2:337941/1‑150 (MQ=255) ggtggCGGCGCTGGTATCCGCCTTGTCGGGTTGCTGGATGTTCATGCCGCCGGGAGGTGGCGGTGGTCATGGTGGGGGTGGCCACGGCGGTGGTTTTGGTGGCCATCAGGGTGGCGGCCCGCGCTAAGCTGACCCCGCGATGGACCgcgc < 1:521654/150‑1 (MQ=255) gcgcTGGTATCCGCCTTGTCGGGTTGCTGGATGTTCATGCCGCCGGGAGGTGGCGGTGGTCATGGTGGGGGTGGCCACGGCGGTGGTTTTGGTGGCCATCAGGGTGGCGGCCCGCGCTAAGCTGACCCCGCGATGGACCGCGCCCTCTCg < 2:832808/150‑1 (MQ=255) gcgcTGGTATCCGCCTTGTCGGGTTGCTGGATGTTCATGCCGCCGGGAGGTGGCGGTGGTCATGGTGGGGGTGGCCACGGCGGTGGTTTTGGTGGCCATCAGGGTGGCGGCCCGCGCTAAGCTGACCCCGCGATGGACCGCGCCCTCTCg < 1:337941/150‑1 (MQ=255) cTGGTATCCGCCTTGTCGGGTTGCTGGATGTTCATGCCGCCGGGAGGTGGCGGTGGTCATGGTGGGGGTGGCCACGGCGGTGGTTTTGGTGGCCATCAGGGTGGCGGCCCGCGCTAAGCTGACCCCGCGATGGACCGCGCCCTCTCGGcc < 1:598239/150‑1 (MQ=255) ggTATCCGCCTTGTCGGGTTGCTGGATGTTCATGCCGCCGGGAGGTGGCGGTGGTCATGGTGGGGGTGGCCACGGCGGTGGTTTTGGTGGCCATCAGGGTGGCGGCCCGCGCTAAGCTGACCCCGCGATGGACCGCGCCCTCTCGGCCgg > 1:231166/1‑150 (MQ=255) gTATCCGCCTTGTCGGGTTGCTGGATGTTCATGCCGCCGGGAGGTGGCGGTGGTCATGGTGGGGGTGGCCACGGCGGTGGTTTTGGTGGCCATCAGGGTGGCGGCCCGCGCTAAGCTGACCCCGCGATGGACCGCGCCCTCTCGGc > 2:547586/1‑146 (MQ=255) gTATCCGCCTTGTCGGGTTGCTGGATGTTCATGCCGCCGGGAGGTGGCGGTGGTCATGGTGGGGGTGGCCACGGCGGTGGTTTTGGTGGCCATCAGGGTGGCGGCCCGCGCTAAGCTGACCCCGCGATGGACCGCGCCCTCTCGGc < 1:547586/146‑1 (MQ=255) gCCTTGTCGGGTTGCTGGATGTTCATGCCGCCGGGAGGTGGCGGTGGTCATGGTGGGGGTGGCCACGGCGGTGGTTTTGGTGGCCATCAGGGTGGCGGCCCGCGCTAAGCTGACCCCGCGATGGACCGCGCCCTCTCGGCCGGGTTGCaa > 2:175999/1‑150 (MQ=255) ccTTGTCGGGTTGCTGGATGTTCATGCCGCCGGGAGGTGGCGGTGGTCATGGTGGGGGTGGCCACGGCGGTGGTTTTGGTGGCCATCAGGGTGGCGGCCCGCGCTAAGCTGACCCCGCGATGGACCGCGCCCTCTCGGCCGGGTTGCAAg < 2:36386/150‑1 (MQ=255) tGTCGGGTTGCTGGATGTTCATGCCGCCGGGAGGTGGCGGTGGTCATGGTGGGGGTGGCCACGGCGGTGGTTTTGGTGGCCATCAGGGTGGCGGCCCGCGCTAAGCTGACCCCGCGATGGACCGCGCCCTCTCGGCCGGGTTGCAAgcgc < 2:53920/150‑1 (MQ=255) tCGGGTTGCTGGATGTTCATGCCGCCGGGAGGTGGCGGTGGTCATGGTGGGGGTGGCCACGGCGGTGGTTTTGGTGGCCATCAGGGTGGCGGCCCGCGCTAAGCTGACCCCGCGATGGACCGCGCCCTCTCGGCCGGGtt < 2:816350/140‑1 (MQ=255) tCGGGTTGCTGGATGTTCATGCCGCCGGGAGGTGGCGGTGGTCATGGTGGGGGTGGCCACGGCGGTGGTTTTGGTGGCCATCAGGGTGGCGGCCCGCGCTAAGCTGACCCCGCGATGGACCGCGCCCTCTCGGCCGGGtt > 1:816350/1‑140 (MQ=255) cTGGATGTTCATGCCGCCGGGAGGTGGCGGTGGTCATGGTGGGGGTGGCCACGGCGGTGGTTTTGGTGGCCATCAGGGTGGCGGCCCGCGCTAAGCTGACCCCGCGATGGACCGCGCCCTCTCGGCCGGGTTGCaa > 1:133329/1‑136 (MQ=255) cTGGATGTTCATGCCGCCGGGAGGTGGCGGTGGTCATGGTGGGGGTGGCCACGGCGGTGGTTTTGGTGGCCATCAGGGTGGCGGCCCGCGCTAAGCTGACCCCGCGATGGACCGCGCCCTCTCGGCCGGGTTGCaa < 2:133329/136‑1 (MQ=255) tGGATGTTCATGCCGCCGGGAGGTGGCGGTGGTCATGGTGGGGGTGGCCACGGCGGTGGTGTTGGTGGCCATCAGGGTGGCGGCCCGCGCTAAGCTGACCCCGCGATGGACCGCGCCCTCTCGGCCGGGTTGCAATCGCGTACCCGGCAc > 2:44724/1‑150 (MQ=255) aTGTTCATGCCGCCGGGAGGTGGCGGTGGTCATGGTGGGGGTGGCCACGGCGGTGGTTTTGGTGGCCATCAGGGTGGCGGCCCGCGCTAAGCTGACCCCGCGATGGACCGCGCCCTCTCGGCCGGGTTGCAAGCGCGTACCCGGCACggg > 2:471011/1‑150 (MQ=255) gcacccgacgtgaagcaggatcaactgccgatcagcgcatcatcctgcatgccctaaggcgcaaacaccggcgctgtgccacgcgcggttcgggcgaccaatgtgcatgcgc > 2:722301‑M1/109‑112 (MQ=255) gcacccgacgtgaagcaggatcaactgccgatcagcgcatcatcctgcatgccctaaggcgcaaacaccggcgctgtgccacgcgcggttcgggcgaccaatgtgcatgcgc < 1:722301‑M1/4‑1 (MQ=255) acccgacgtgaagcaggatcaactgccgatcagcgcatcatcctgcatgccctaaggcgcaaacaccggcgctgtgccacgcgcggttcgggcgaccaatgtgcatGCGCCCTCTCGGCCGGGTTGCAAGCGCGTACCCGGCACGGgcgc < 1:602173‑M1/44‑1 (MQ=255) ccgacgtgaagcaggatcaactgccgatcagcgcatcatcctgcatgccctaaggcgcaaacaccggcgctgtgccacgcgcggttcgggcgaccaatgtgcatGCGCCCTCTCGGCCGGGTTGCAAGCGCGTACCCGGCACGGGCGCAt > 2:602173‑M1/105‑150 (MQ=255) ccgGGAGGTGGCGGTGGTCATGGTGGGGGTGGCCACGGCGGTGGTTTTGGTGGCCATCAGGGTGGCGGCCCGCGCTAAGCTGACCCCGCGATGGACCGCGCCCTCTCGGCCGGGTTGCAAGCGCGTACCCGGCACGGGCGCATGCACAtt < 1:471011/150‑1 (MQ=255) aTGGTGGGGGTGGCCACGGCGGTGGTTTTGGTGGCCATCAGGGTGGCGGCCCGCGCTAAGCTGACCCCGCGATGGACCGCGCCCTCTCGGCCGGGTTGCAAGCGCGTACCCGGCACGGGCGCATGCACATTGGTCGCCCGAACCGCGCGt > 1:25584/1‑150 (MQ=255) ggtggGGGTGGCCACGGCGGTGGTTTTGGTGGCCATCAGGGTGGCGGCCCGCGCTAAGCTGACCCCGCGATGGACCGCGCCCTCTCGGCCGGGTTGCAAGCGCGTACCCGGCACGGGCGCATGCACATTGGTCGCCCGAACCGCGCGTgg > 1:133077/1‑150 (MQ=255) cggTGGTTTTGGTGGCCATCAGGGTGGCGGCCCGCGCTAAGCTGACCCCGCGATGGACCGCGCCCTCTCGGCCGGGTTGCAAGCGCGTACCCGGCACGGGCGCATGCACATTGGTCGCCCGAACCGCGCGTGGCACAGCGCCGGTGTTTg < 1:175999/150‑1 (MQ=255) tggtTTTGGTGGCCATCAGGGTGGCGGCCCGCGCTACGGTGACCCCGCGATGGACCGCGCCCTCTCGGCCGGGTTGCAAGCGCGTACCCGGCACGGGCGCATGCACATTGGTCGCCCGAACCGCGCGTGGCACAGCGCCGGTGTTTgcgc < 1:45731/150‑1 (MQ=255) ttttGGTGGCCATCAGGGTGGCGGCCCGCGCTAAGCTGACCCCGCGATGGACCGCGCCCTCTCGGCCGGGTTGCAAGCGCGTACCCGGCACGGGCGCATGCACATTGGTCGCCCGAACCGCGCGTGGCACAGCGCCGGTGTTTGCGCCtt > 1:236132/1‑150 (MQ=255) tggCCATCAGGGTGGCGGCCCGCGCTAAGCTGACCCCGCGATGGACCGCGCCCTCTCGGCCGGGTTGCAAGCGCGTACCCGGCACGGGCGCATGCACATTGGTCGCCCGAACCGCGCGTGGCACAGCGCCGGTGTTTGCGCCTTAGGGCa > 1:415414/1‑150 (MQ=255) ggCCATCAGGGTGGCGGCCCGCGCTAAGCTGACCCCGCGATGGACCGCGCCCTCTCGGCCGGGTTGCAAGCGCGTACCCGGCACGGGCGCATGCACATTGGTCGCCCGAACCGCGCGTGGCACAGCGCCGGTGTTTGCGCCTTAGGGCAt > 1:772994/1‑150 (MQ=255) aaacaccggcgctgtgccacgcgcggttcgggcgaccaatgtgcatGCGCCCTCTCGGCCGGGTTGCAAGCGCGTACCCGGCACGGGCGCATGca > 1:690099‑M1/47‑95 (MQ=255) aaacaccggcgctgtgccacgcgcggttcgggcgaccaatgtgcatGCGCCCTCTCGGCCGGGTTGCAAGCGCGTACCCGGCACGGGCGCATGca < 2:690099‑M1/49‑1 (MQ=255) tGGCGGCCCGCGCTAAGCTGACCCCGCGATGGACCGCGCCCTCTCGGCCGGGTTGCAAGCGCGTACCCGGCACGGGCGCATGCACATTGGTCGCCCGAACCGCGCGTGGCACAGCGCCGgt < 2:163855/121‑1 (MQ=255) tGGCGGCCCGCGCTAAGCTGACCCCGCGATGGACCGCGCCCTCTCGGCCGGGTTGCAAGCGCGTACCCGGCACGGGCGCATGCACATTGGTCGCCCGAACCGCGCGTGGCACAGCGCCGgt > 1:163855/1‑121 (MQ=255) tGGCGGCCCGCGCTAAGCTGACCCCGCGATGGACCGCGCCCTCTCGGCCGGGTTGCAAGCGCGTACCCGGCACGGGCGCATGCACATTGGTCGCCCGAACCGCGCGTGGCACAGCGCCGGTGTTTGCGCCTTAGGGCATGCAGGatgatg < 2:236132/150‑1 (MQ=255) ggcCCGCGCTAAGCTGACCCCGCGATGGACCGCGCCCTCTCGGCCGGGTTGCAAGCGCGTACCCGGCACGGGCGCa < 1:414570/76‑1 (MQ=255) ggcCCGCGCTAAGCTGACCCCGCGATGGACCGCGCCCTCTCGGCCGGGTTGCAAGCGCGTACCCGGCACGGGCGCa > 2:414570/1‑76 (MQ=255) cgcTAAGCTGACCCCGCGATGGACCGCGCCCTCTCGGCCGGGTTGCAAGCGCGTACCCGGCACGGGCGCATGCACATTGGTCGCCCGAACCGCGCGTGGCACAGCGCCGGTGTTTGCGCCTTAGGGCATGCAGGatgatg < 1:825989/140‑1 (MQ=255) cgcTAAGCTGACCCCGCGATGGACCGCGCCCTCTCGGCCGGGTTGCAAGCGCGTACCCGGCACGGGCGCATGCACATTGGTCGCCCGAACCGCGCGTGGCACAGCGCCGGTGTTTGCGCCTTAGGGCATGCAGGatgatg > 2:825989/1‑140 (MQ=255) aGCTGACCCCGCGATGGACCGCGCCCTCTCGGCCGGGTTGCAAGCGCGTACCCGGCACGGGCGCATGCACATTGGTCGCCCGAACCGCGCGTGGCACAGCGCCGGTGTTTGCGCCTTAGGGCATGCAGGATGATGCGCTGATCGGCAGtt < 2:509321/150‑1 (MQ=255) gCTGACCCCGCGATGGACCGCGCCCTCTCGGCCGGGTTGCAAGCGCGTACCCGGCACgg < 1:452652/59‑1 (MQ=255) gCTGACCCCGCGATGGACCGCGCCCTCTCGGCCGGGTTGCAAGCGCGTACCCGGCACgg > 2:452652/1‑59 (MQ=255) gACCCCTCGATGGACCGCGCCCTCTCGGCCGGGTCGCAAGCGCGTACCCGGCACGGGCGCATGCACATTGGTCGCCCGAACCGCGCGTGGCACAGCGCCGGTTTTTGCGCCTTAGGGCATGCAGGATGATGCGCTGATCGGCAGTTGATc < 2:420992/150‑1 (MQ=255) aCCCCGCGATGGACCGCGCCCTCTCGGCCGGGTTGCAAGCGCGTACCCGGCACGGGCGCATGca < 1:325847/64‑1 (MQ=255) aCCCCGCGATGGACCGCGCCCTCTCGGCCGGGTTGCAAGCGCGTACCCGGCACGGGCGCATGca > 2:325847/1‑64 (MQ=255) cccGCGATGGACCGCGCCCTCTCGGCCGGGTTGCAAGCGCGTACCCGGCACGGGCGCATGCACATTGGTCGCCCGAACCGCGCGTGGCACAGCGCCGGTGTTTGCGCCTTAGGGCCTGCAGCCTGATGCGCTGATCCGCAGTTGATCCTg > 2:67168/1‑150 (MQ=255) ccGCGATGGACCGCGCCCTCTCGGCCGGGTTGCAAGCGCGTACCCGGCACGGGCGCATGCACATTGGTCGCCCGAACCGCGCGTGGCACAGCGCCGGTGTTTGCGCCTTAGGGCATGCAGGATGATGCGCTGATCGGCAGTTGATCCTGc < 1:67168/150‑1 (MQ=255) gcgATGGACCGCGCCCTCTCGGCCGGGTTGCAAGCGCGTACCCGGCACGGGCGCATGCACATTGGTCGCCCGAACCGCGCGTGGCACAGCGCCGGTGTTTGCGCCTTAGGGCATGCAGGATGATGCGCTGATCGGCAGTTGATCCTGCtt < 2:133077/150‑1 (MQ=255) | CTTGGTGGCGGCGCTGGTATCCGCCTTGTCGGGTTGCTGGATGTTCATGCCGCCGGGAGGTGGCGGTGGTCATGGTGGGGGTGGCCACGGCGGTGGTTTTGGTGGCCATCAGGGTGGCGGCCCGCGCTAAGCTGACCCCGCGATGGACCGCGCCCTCTCGGCCGGGTTGCAAGCGCGTACCCGGCACGGGCGCATGCACATTGGTCGCCCGAACCGCGCGTGGCACAGCGCCGGTGTTTGCGCCTTAGGGCATGCAGGATGATGCGCTGATCGGCAGTTGATCCTGCTT > NC_002947/2876178‑2876466 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |