New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | = 4280116 | 44 (1.390) | 4 (0.130) | 4/240 | NT | 9.2% | coding (1272/1434 nt) | PP_3750 | GntR family transcriptional regulator |
? | NC_002947 | = 4280140 | 36 (1.170) | coding (1296/1434 nt) | PP_3750 | GntR family transcriptional regulator |
CGCGAGCGCATCCTGGCGCGCCTGGGCGGCGATCTGGCACCGTGGTTCAGCGCCATCCCCGCCAGCGCAGGCTTCCACCTCAGTGCCTTGGCCACCCCCGGGGTGGATGTGGAGCTGTTGGCCAACCTCGCGCGTAAGGTAGAGGTAGGCCTGTATTCACTGGCACCCTTCTTCAGCGAGGCACCGGTACGGCCGGGGCTATTGATGGGCTTCGGCGCCATCGAACTGCTGGATATCGACCCGGCGCTGGACCGGGTACGCGATACCCTGCAACGCCTCAGTTGATCGGTG > NC_002947/4279994‑4280284 | cgcgAGCGCATCCTGGCGCGCCTGGGCGGCGATCTGGCACCGTGGTTCAGCGCCATCCCCGCCAGCGCAGGCTTCCACCTCAGTGCCTTGGCCACCCCCGGGGTGGATGTGGAGCTGTTGGCCAACCTCGCGCGTAAGGTAGAGGTAggc > 1:694647‑M2/1‑147 (MQ=255) gcgcATCCTGGCGCGCCTGGGCGGCGATCTGGCACCGTGGTTCAGCGCCATCCCCGCCAGCGCAGGCTTCCACCTCAGTGCCTTGGCCACCCCCGGGGTGGATGTGGAGCTGTTGGCCAACCTCGCGCGTAAGGTAGAGGTAGGCCTGTa < 1:533517/150‑1 (MQ=255) aTCCTGGCGCGCCTGGGCGGCGATCTGGCACCGTGGTTCAGCGCCATCCCCGCCAGCGCAGGCTTCCACCTCAGTGCCTTGGCCACCCCCGGGGTGGATGTGGAGCTGTTGGCCAACCTCGCGCGTAAGGTAGAGGTAGGCCTGTATTCa > 2:257760/1‑150 (MQ=255) cTGGCGCGCCTGGGCGGCGATCTGGCACCGTGGTTCAGCGCCATCCCCGCCAGCGCAGGCTTCCACCTCAGTGCCTTGGCCACCCCCGGGGTGGATGTGGAGCTGTTGGCCAACCTCGCGCGTAAGGTAGAGGTAGGCCTGTATTCAc < 1:448202/148‑1 (MQ=255) cTGGCGCGCCTGGGCGGCGATCTGGCACCGTGGTTCAGCGCCATCCCCGCCAGCGCAGGCTTCCACCTCAGTGCCTTGGCCACCCCCGGGGTGGATGTGGAGCTGTTGGCCAACCTCGCGCGTAAGGTAGAGGTAGGCCTGTATTCAc > 2:448202/1‑148 (MQ=255) gcgcgcCTGGGCGGCGATCTGGCACCGTGGTTCAGCGCCATCCCCGCCAGCGCAGGCTTCCACCTCAGTGCCTTGGCCACCCCCGGGGTGGATGTGGAGCTGTTGGCCAACCTCGCGCGTAAGGTAGAGGTAGGCCTGTATTCACTGGCa < 1:679554/150‑1 (MQ=255) gcgcgcCTGGGCGGCGATCTGGCACCGTGGTTCAGCGCCATCCCCGCCAGCGCAGGCTTCCACCTCAGTGCCTTGGCCACCCCCGGGGTGGATGTGGAGCTGTTGGCCAACCTCGCGCGTAAGGTAGAGGTAGGCCTGTATTCACTGGCa < 2:726916/150‑1 (MQ=255) tGGCACCGTGGTTCAGCGCCATCCCCGCCAGCGCAGGCTTCCACCTCAGTGCCTTGGCCACCCCCGGGGTGGCTGTGGAGCTTTGGGCCAACCTCGCGCGTAAGGTAGAGGTACGCCTGTATTCACTGGCACCCTTCTTCAGCGAGGCAc > 1:103833/1‑150 (MQ=255) tGGCACCGTGGTTCAGCGCCATCCCCGCCAGCGCAGGCTTCCACCTCAGTGCCTTGGCCACCCCCGGGGTGGATGTGGAGCTGTTGGCCAACCTCGCGCGTAAGGTAGAGGTAGGCCTGTATTCACTGGCACCCTTCTTCAGCGAGGCAc < 2:694825/150‑1 (MQ=255) ccATCCCCGCCAGCGCAGGCTTCCACCTCAGTGCCTTGGCCACCCCCGGGGTGGATGTGGAGCTGTTGGCCAACCTCGCGCGTAAGGTAGAGGTAGGCCTGt < 1:376974/102‑1 (MQ=255) ccATCCCCGCCAGCGCAGGCTTCCACCTCAGTGCCTTGGCCACCCCCGGGGTGGATGTGGAGCTGTTGGCCAACCTCGCGCGTAAGGTAGAGGTAGGCCTGt > 2:376974/1‑102 (MQ=255) ccATCCCCGCCAGCGCAGGCTTCCACCTCAGTGCCTTGGCCACCCCCGGGGTGGATGTGGAGCTGTTGGCCAACCTCGCGCGTAAGGTAGAGGTAGGCCTGTATTCACTGGCACCCTTCTTCAGCGAGGCACCGGTACGGCCGGGGCTAt < 1:171135/150‑1 (MQ=255) aTCCCCGCCAGCGCAGGCTTCCACCTCAGTGCCTTGGCCACCCCCGGGGTGGATGTGGAGCTGTTGGCCAACCTCGCGCGTAAGGTAGAGGTAGGCCTGTATTCACTgg < 2:698235/109‑1 (MQ=255) aTCCCCGCCAGCGCAGGCTTCCACCTCAGTGCCTTGGCCACCCCCGGGGTGGATGTGGAGCTGTTGGCCAACCTCGCGCGTAAGGTAGAGGTAGGCCTGTATTCACTgg > 1:698235/1‑109 (MQ=255) tCCCCGCCAGCGCAGGCTTCCACCTCAGTGCCTTGGCCACCCCCGGGGTGGATGTGGAGCTGTTGGCCAACCTCGCGCGTAAGGTAGAGGTAGGCCTGTATTCACTGGCAccc > 1:374886/1‑113 (MQ=255) tCCCCGCCAGCGCAGGCTTCCACCTCAGTGCCTTGGCCACCCCCGGGGTGGATGTGGAGCTGTTGGCCAACCTCGCGCGTAAGGTAGAGGTAGGCCTGTATTCACTGGCAccc < 2:374886/113‑1 (MQ=255) tCCCCGCCAGCGCAGGCTTCCACCTCAGTGCCTTGGCCACCCCCGGGGTGGATGTGGAGCTGTTGGCCAACCTCGCGCGTAAGGTAGAGGTAGGCCTGTATTCACTGGCACCCTTCTTCAGCGAGGCACCGGTACGGCCGGGGCTATTGa < 1:257760/150‑1 (MQ=255) cccGCCAGCGCAGGCTTCCACCTCAGTGCCTTGGCCACCCCCGGGGTGGATGTGGAGCTGTTGGCCAACCTCGCGCGTAAGGTAGAGGTAGGCCTGTATTGACTGGCACCCTTCTTCAGCGAGGCACCGGTACGGCCGGGGCTATTGATg > 1:825141/1‑150 (MQ=255) ccGCCAGCGCAGGCTTCCACCTCAGTGCCTTGGCCACCCCCGGGGTGGATGTGGAGCTGTTGGCCAACCTCGCGCGTAAGGTAGAGGTAGGCCTGTATTCACTGGCACCCTTCTTCAGCGAGGCACCGGTACGGCCGGGGCTATTGATgg < 1:299056/150‑1 (MQ=255) ccGCCAGCGCAGGCTTCCACCTCAGTGCCTTGGCCACCCCCGGGGTGGATGTGGAGCTGTTGGCCAACCTCGCGCGTAAGGTAGAGGTAGGCCTGTATTCACTGGCACCCTTCTTCAGCGAGGCACCGGTACGGCCGGGGCTATTGATgg > 1:169227/1‑150 (MQ=255) ttCCACCTCAGTGCCTTGGCCACCCCCGGGGTGGATGTGGAGCTGTTGGCCAACCTCGCGCGTAAGGTAGAGGTACGCCTGCCGTCCCGGGGACCCTTCTTCAGCGAGGCACCGGTACGGCCGGGGCTATTGATGGGCTTCGGCGCCATc > 1:619092/1‑150 (MQ=255) ttCCACCTCAGTGCCTTGGCCACCCCCGGGGTGGATGTGGAGCTGTTGGCAAACCCCGCGCGTAAGGTAGAGGTAGGCCTGTATTCACTGGCACCCTTCTTCAGCGAGGCACCGGTACGGCCGGGGCTATTGATGGGCTTCGGCGCCATc > 1:321013/1‑150 (MQ=255) ccACCTCAGTGCCTTGGCCACCCCCGGGGTGGATGTGGAGCTGTTGGCCAACCTCGCGCGTAAGGTAGAGGTAGGCCTGTATTCACTg < 1:103524/88‑1 (MQ=255) ccACCTCAGTGCCTTGGCCACCCCCGGGGTGGATGTGGAGCTGTTGGCCAACCTCGCGCGTAAGGTAGAGGTAGGCCTGTATTCACTg > 2:103524/1‑88 (MQ=255) ttGGCCACCCCCGGGGTGGATGTGGAGCTGTTGGCCAACCTCGCGCGTAAGGTAGAGGTAGGCCTGTATTCACTGGCACCCTTCTTCAGCGAGGCACCGGTACGGCCGGGGCTATTGATGGGCTTCGGCGCCATCGAACTGCTGGATATc < 1:602864/150‑1 (MQ=255) ggCCACCCCCGGGGTGGATGTGGAGCTGTTGGCCAACCTCGCGCGTAAGGTAGAGGTAGGCCTGTATTCACTGGCACCCTTCTTCAGCGAGGCACCGGTACGGCCGGGGCTATTGATGGGCtt > 2:85807/1‑123 (MQ=255) ggCCACCCCCGGGGTGGATGTGGAGCTGTTGGCCAACCTCGCGCGTAAGGTAGAGGTAGGCCTGTATTCACTGGCACCCTTCTTCAGCGAGGCACCGGTACGGCCGGGGCTATTGATGGGCtt < 1:85807/123‑1 (MQ=255) atccACCCCGGGGGTGGATGTGGAGCTGTTGGCCAACCTCGCGCGTAAGGTAGAGGTAGGCCTGTATTCACTGGCACCCTTCTTCAGCGAGGCACCGGTACGGCCGGGGCTATTGATGGGCTTCGGCGCCATCGAACTGCTGGATATCGa > 2:27332/3‑150 (MQ=255) gTGGATGTGGAGCTGTTGGCCAACCTCGCGCGTAATGTAGAGGTAggccaacagctccacatccaccccgggggtggccaaggcactgaggtggaa > 1:19219‑M2/1‑45 (MQ=255) gTGGATGTGGAGCTGTTGGCCAACCTCGCGCGTAAGGTAGAGGTAggccaacagctccacatccaccccgggggtggccaaggcactgaggtggaa < 2:19219‑M2/96‑52 (MQ=255) gATGTGGAGCTGTTGGCCAACCTCGCGCGTAAGGTAGAGGTAGGCCTGTATTCACTGGCACCCTTCTTCAGCGAGGCACCGGTACGGCCGGGGCTATTGATGGGCTTCGGCGCCATCGAACTGCTGGATATCGACCCGGCGCTGGACCgg < 2:786579/150‑1 (MQ=255) tgtgGAGCTGTTGGCCAACCTCGCGCGTAAGGTAGAGGTAGGCCTGTATTCACTGGCACCCTTCTTCAGCGAGGCACCGGTACGGCCGGGGCTATTGATGGGCTTCGGCGCCATc < 2:176045/115‑1 (MQ=255) tgtgGAGCTGTTGGCCAACCTCGCGCGTAAGGTAGAGGTAGGCCTGTATTCACTGGCACCCTTCTTCAGCGAGGCACCGGTACGGCCGGGGCTATTGATGGGCTTCGGCGCCATc > 1:176045/1‑115 (MQ=255) aGCTGTTGGCCAACCTCGCGCGTAAGGTAGAGGTAGGCCTGTATTCACTGGCACCCTTCTTCAGCGAGGCACCGGTACGGCCGGGGCTATTGATGGGCTTCGgc < 1:717830/104‑1 (MQ=255) aGCTGTTGGCCAACCTCGCGCGTAAGGTAGAGGTAGGCCTGTATTCACTGGCACCCTTCTTCAGCGAGGCACCGGTACGGCCGGGGCTATTGATGGGCTTCGgc > 2:717830/1‑104 (MQ=255) ggCCAACCTCGCGCGTAAGGTAGAGGTAgaccaacagctccacatccaccccgggg > 2:202631‑M2/1‑28 (MQ=255) ggCCAACCTCGCGCGTAAGGTAGAGGTAgaccaacagctccacatccaccccgggg < 1:202631‑M2/56‑29 (MQ=255) cgcgcgTAAGGTAGAGGTAGGCCTGTATTCACTGGCACCCTTCTTCAGCGAGGCACCGGTACGGCCtggg < 1:421780/70‑1 (MQ=255) cgcgcgTAAGGTAGAGGTAGGCCTGTATTCACTGGCACCCTTCTTCAGCGAGGCACCGGTACGGCCtggg > 2:421780/1‑70 (MQ=255) tAAGGTAGAGGTAGGCCTGTATTCACTGGCACCCTTCTTCAGCGAGGCACCGGTACGGCCGGGGCTATTGATGGGCTTCGGCGCCATCGAACTGCTGGATATCGACCCGGCGCTGGACCGGGTACGCGATAccc > 1:47990/1‑134 (MQ=255) tAAGGTAGAGGTAGGCCTGTATTCACTGGCACCCTTCTTCAGCGAGGCACCGGTACGGCCGGGGCTATTGATGGGCTTCGGCGCCATCGAACTGCTGGATATCGACCCGGCGCTGGACCGGGTACGCGATAccc < 2:47990/134‑1 (MQ=255) gtagaggtagGCCTGTATTCACTGGCACCCTTCTTCAGCGAGGCACCGGTACGGCCGGGGCTATTGATGGGCTTCGGCGCCATCGAACTGCTGGATATCGACCCGGCGCTGGACCGGGTACGCGATACCCTGCAACGCCTCAGTTGAt < 2:371981/148‑1 (MQ=255) gtagaggtagGCCTGTATTCACTGGCACCCTTCTTCAGCGAGGCACCGGTACGGCCGGGGCTATTGATGGGCTTCGGCGCCATCGAACTGCTGGATATCGACCCGGCGCTGGACCGGGTACGCGATACCCTGCAACGCCTCAGTTGAt > 1:371981/1‑148 (MQ=255) gaggtagGCCTGTATTCACTGGCACCCTTCTTCAGCGAGGCACCGGTACGGCCGGGGCTATTGATGGGCTTCGGCGCCATCGAACTGCTGGATATCGACCCGGCGCGGGACCGGGTACGCGATACCCTGCAACGCCTCAGTTGATCGGTg < 2:619092/150‑1 (MQ=255) aggccaacagctccacatccaccccgggggtggccaaggcactgaggtggaagcctgcgctggcggggatggcgctgaaccacggtgccagatcgccgcccaggcgcgccaggatgcgctcgcggcgtgcgctgtaga < 1:114986‑M2/138‑138 (MQ=255) aggccaacagctccacatccaccccgggggtggccaaggcactgaggtggaagcctgcgctggcggggatggcgctgaaccacggtgccagatcgccgcccaggcgcgccaggatgcgctcgcggcgtgcgctgtaga > 2:114986‑M2/1‑1 (MQ=255) | CGCGAGCGCATCCTGGCGCGCCTGGGCGGCGATCTGGCACCGTGGTTCAGCGCCATCCCCGCCAGCGCAGGCTTCCACCTCAGTGCCTTGGCCACCCCCGGGGTGGATGTGGAGCTGTTGGCCAACCTCGCGCGTAAGGTAGAGGTAGGCCTGTATTCACTGGCACCCTTCTTCAGCGAGGCACCGGTACGGCCGGGGCTATTGATGGGCTTCGGCGCCATCGAACTGCTGGATATCGACCCGGCGCTGGACCGGGTACGCGATACCCTGCAACGCCTCAGTTGATCGGTG > NC_002947/4279994‑4280284 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |