Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 2,731,871 | G→T | 14.2% | A389S (GCG→TCG) | polB → | DNA polymerase II |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 2,731,871 | 0 | G | T | 14.2% | 75.1 / 3.5 | 28 | A389S (GCG→TCG) | polB | DNA polymerase II |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (12/12); new base T (2/2); total (14/14) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.88e-01 |
CACGCGCATTTTCGCCCATACCCGGCTGCTCGACTTCCTGCTCGAACGTGCCTCGGTGACGGGATTGGCCGTGGACCGCAGCGGTGGGTCGGTAGCCGCGTTCTGTCACCTGTACATTCCACAGATGCACCGCCTTGGCTTTGTCGCGCCCAGCCTTGGCAGCCGGCCGGACGAAGCCAGCCCCGGCGGGTTTGTCATGGATTCGCGGCCAGGGCTTTACGACTCGGTGCTGGTGCTGGACTACAAGAGCCTGTACCCGTCGATCATCCGGACCTTTCTCATCGACCCGGTCGGG > NC_002947/2731726‑2732020 | cACGCGCATTTTCGCCCATACCCGGCTGCTCGACTTCCTGCTCGAACGTGCCTCGGTGACGGGATTGGCCGTGGACCGCAGCGGTGGGTCGGTAGCCGCGTTCTGTCACCTGTACATTCCACAGATGCACCGCCTTGGCTTTGTCGCGcc < 2:257888/150‑1 (MQ=255) gcATTTTCGCCCATACCCGGCTGCTCGACTTCCTGCTCGAACGTGCCTCGGTGACGGGATTGGCCGTGGACCGCAGCGGTGGGTCGGTAGCCGCGTTCTGTCACCTGTACATTCCACAGATGCACCGCCTTGGCTTTGTCGCGCCCAGcc < 1:328240/150‑1 (MQ=255) ccGGCTGCTCGACTTCCTGCTCGAACGTGCCTCGGTGACGGGATTGGCCGTGGACCGCAGCGGTGGGTCGGTAGCCGCGTTCTGTCACCTGTACATTCCACAGATGCACCGCCTTGGCTTTGTCGCGCCCAGCCTTGGCAGCCGGCCGGa > 1:301848/1‑150 (MQ=255) ttCCTGCTCGAACGTGCCTCGGTGACGGGATTGGCCGTGGACCGCAGCGGTGGGTCGGTAGCCGCGTTCTGTCACCTGTACATTCCACAGATGCACCGCCTTGGCTTTGTCGCGCCCAGCCTTGGCAGCCGGCCGGACGAAGCCAGcccc < 2:729752/150‑1 (MQ=255) gCTCGAACGTGCCTCGGTGACGGGATTGGCCGTGGACCGCAGCGGTGGGTCGGTAGCCGCGTTCTGTCACCTGTACATTCCACAGATGCACCGCCTTGGCTTTGTCGCGCCCAGCCTTGGCAGCCGGCCGGACGAAGCCAGCCCcggcgg > 1:366395/1‑150 (MQ=255) cTCGAACGTGCCTCGGTGACGGGATTGGCCGTGGACCGCAGCGGTGGGTCGGTAGCCGCGTTCTGTCACCTGTACATTCCACAGATGCACCGCCTTGGCTTTGTCGCGCCCAGCCTTGGCAGCCGGCCGGACGAAGCCAGCCCCGGCggg > 2:305477/1‑150 (MQ=255) gAACGTGCCTCGGTGACGGGATTGGCCGTGGACCGCAGCGGTGGGTCGGTAGCCGCGTTCTGTCACCTGTACATTCCACAGATGCACCGCCTTGGCTTTGTCGCGCCCAGCCTTGGCAGCCGGCCGGACGAAGCCAGCCCCGGCGGGttt < 2:341094/150‑1 (MQ=255) tCGGTGACGGGATTGGCCGTGGACCGCAGCGGTGGGTCGGTAGCCGCGTTCTGTCACCTGTACATTCCACAGATGCACCGCCTTGGCTTTGTCGCGCCCAGCCTTGGCAGCCGGCCGGACGAAGCCAGCCCCGGCGGGTTTGTCATGGAt > 2:251828/1‑150 (MQ=255) gTGACGGGATTGGCCGTGGACCGCAGCGGTGGGTCGGTAGCCGCGTTCTGTCACCTGTACATTCCACAGATGCACCGCCTTGGCTTTGTCGCGCCCAGCCTTGGCAGCCGGCCGGACGAAGCCAGCCCCGGCGGGTTTGTCATGGATTcg > 1:699149/1‑150 (MQ=255) gACGGGATTGGCCGTGGACCGCAGCGGTGGGTCGGTAGCCGCGTTCTGTCACCTGTACATTCCACAGATGCACCGCCTTGGCTTTGTCGCGCCCAGCCTTGGCAGCCGGCCGGACGAAGCCAGCCCCGGCGGGTTTGTCATGGATTcgcg < 2:301848/150‑1 (MQ=255) gCCGTGGACCGCAGCGGTGGGTCGGTAGCCGCGTTCTGTCACCTGTACATTCCACAGATGCACCGCCTTGGCTTTGTCGCGCCCAGCCTTGGc < 2:766322/93‑1 (MQ=255) gCCGTGGACCGCAGCGGTGGGTCGGTAGCCGCGTTCTGTCACCTGTACATTCCACAGATGCACCGCCTTGGCTTTGTCGCGCCCAGCCTTGGc > 1:766322/1‑93 (MQ=255) gCCGTGGACCGCAGCGGTGGGTCGGTAGCCGCGTTCTGTCACCTGTACATTCCACAGATGCACCGCCTTGGCTTTGTCGCGCCCAGCCTTGGCAGCCGGCCGGACGAAGCCAGCCCCGGCGGGTTTGTCATGGATTCGCGGCCAGGGCtt < 2:251418/150‑1 (MQ=255) ggTCGGTAGCCGCGTTCTGTCACCTGTACATTCCACAGATGCACCGCCTTGGCTTTGTCGCGCCCAGCCTTGGCAGCCGGCCGGACGAAGCCAGCCCCGGCGGGTTTGTCATGGATTCGCGGCCAGGGCTTTACGACTCggtgctggtgc < 1:681656/150‑1 (MQ=255) ggTAGCCGCGTTCTGTCACCTGTACATGCCACAGATGCACCGCCTTGGCTTTGTCGCGCCCAGCCTTGGCAGCCGGCCGGACGAAGCCAGCCCCGGCGGGTTTGTCATGGATTCGCGGCCAGGGCTTTACGACTCGGTGCTGGTGCTGGa < 2:274156/150‑1 (MQ=255) ttCCACAGATGCACCGCCTTGGCTTTGTCGCGCCCAGCCTTGGCAGCCGGCCGGACGAAGCCAGCCCCGGCGGGTTTGTCATGGATTCGCGGCCAGGGCTTTACGACTCGGTGCTGGTGCTGGACTACAAGAGCCTGTACCCGTCGatca < 2:699149/150‑1 (MQ=255) cacaGATGCACCGCCTTGGCTTTGTCGCGCCCAGCCTTGGCAGCCGGCCGGACGAAGCCAGCCCCGGCGGGTTTGTCATGGATTCGCGGCCAGGGCTTTACGACTCGGTGCTGGTGCTGGACTACAAGAGCCTGTACCCGTCGATCATcc > 2:15350/1‑150 (MQ=255) acaGATGCACCGCCTTGGCTTTGTCTCGCCCAGCCTTGGCAGCCGGCCGGACGAAGCCAGCCCCGGCGGGTTTGTCATGGATTCGCGGCCAGGGCTTTACGACTCg < 1:624/106‑1 (MQ=255) acaGATGCACCGCCTTGGCTTTGTCTCGCCCAGCCTTGGCAGCCGGCCGGACGAAGCCAGCCCCGGCGGGTTTGTCATGGATTCGCGGCCAGGGCTTTACGACTCg < 1:567/106‑1 (MQ=255) acaGATGCACCGCCTTGGCTTTGTCTCGCCCAGCCTTGGCAGCCGGCCGGACGAAGCCAGCCCCGGCGGGTTTGTCATGGATTCGCGGCCAGGGCTTTACGACTCg > 2:624/1‑106 (MQ=255) acaGATGCACCGCCTTGGCTTTGTCTCGCCCAGCCTTGGCAGCCGGCCGGACGAAGCCAGCCCCGGCGGGTTTGTCATGGATTCGCGGCCAGGGCTTTACGACTCg > 2:567/1‑106 (MQ=255) acaGATGCACCGCCTTGGCTTTGTCGCGCCCAGCCTTGGCAGCCGGCCGGACGAAGCCAGCCCCGGCGGGTTTGTCATGGATTCGCGGGCAGGGCTTTACGACTCGGTGCTGGTGCTGGACTACAAGAGCCTGTACCCGTCGATCATCCg > 2:154961/1‑150 (MQ=255) cGCCTTGGCTTTGTCGCGCCCAGCCTTGGCAGCCGGCCGGACGAAGCCAGCCCCGGCGGGTTTGTCATGGATTCGCGGCCAGGGCTTTACGACTCGGTGCTGGTGCTGGACTACAAGAGCCTGTACCCGTCGATCATCCGGACCTTtctc > 1:528960/1‑150 (MQ=255) gCCTTGGCTTTGTCGCGCCCAGCCTTGGCAGCCGGCCGGACGAAGCCAGCCCCGGCGGGTTTGTCATGGATTCGCGGCCAGGGCTTTACGACTc < 1:559628/94‑1 (MQ=255) gCCTTGGCTTTGTCGCGCCCAGCCTTGGCAGCCGGCCGGACGAAGCCAGCCCCGGCGGGTTTGTCATGGATTCGCGGCCAGGGCTTTACGACTc > 2:559628/1‑94 (MQ=255) ccTTGGCTTTGTCGCGCCCAGCCTTGGCAGCCGGCCGGACGAAGCCAGCCCCGGCGGGTTTGTCATGGATTCGCGGCCAGGGCTTTACGACTCGGTGCTGGTGCTGGACTACAAGAGCCTGTACCCGTCGATCATCCGGACCTTTCTCAt > 1:549544/1‑150 (MQ=255) ggCTTTGTCGCGCCCAGCCTTGGCAGCCGGCCGGACGAAGCCAGCCCCGGCGGGTTTGTCATGGATTCGCGGCCAGGGCTTTACGACTCGgtgctggtgctg > 2:617214/1‑102 (MQ=255) ggCTTTGTCGCGCCCAGCCTTGGCAGCCGGCCGGACGAAGCCAGCCCCGGCGGGTTTGTCATGGATTCGCGGCCAGGGCTTTACGACTCGgtgctggtgctg < 1:617214/102‑1 (MQ=255) gcgcCCAGCCTTGGCAGCCGGCCGGACGAAGCCAGCCCCTGCGGGTTTGTCATGGATTCGCGGCCAGGGCTTTACGACTCGGTGCTGGTGCTGGACTACAAGATCCTGTACCCGTCGATCATCCGGACCTTTCTCATCGACCCGGTCggg > 1:18860/1‑150 (MQ=255) gcgcCCAGCCTTGGCAGCCGGCCGGACGAAGCCAGCCCCGGCGGGTTTGTCATGGATTCGCGGCCAGGGCTTTACGACTCGGTGCTGGTGCTGGACTACAAGAGCCTGTACCCGTCGATCATCCGGACCTTTCTCATCGACCCGGTCggg < 2:366395/150‑1 (MQ=255) gcgcCCAGCCTTGGCAGCCGGCCGGACGAAGCCAGCCCCGGCGGGTTTGTCATGGATTCGCGGCCAGGGCTTTACGACTCGGTGCTGGTGCTGGACTACAAGAGCCTGTACCCGTCGATCATCCGGACCTTTCTCATCGACCCGGTCggg > 2:230032/1‑150 (MQ=255) | CACGCGCATTTTCGCCCATACCCGGCTGCTCGACTTCCTGCTCGAACGTGCCTCGGTGACGGGATTGGCCGTGGACCGCAGCGGTGGGTCGGTAGCCGCGTTCTGTCACCTGTACATTCCACAGATGCACCGCCTTGGCTTTGTCGCGCCCAGCCTTGGCAGCCGGCCGGACGAAGCCAGCCCCGGCGGGTTTGTCATGGATTCGCGGCCAGGGCTTTACGACTCGGTGCTGGTGCTGGACTACAAGAGCCTGTACCCGTCGATCATCCGGACCTTTCTCATCGACCCGGTCGGG > NC_002947/2731726‑2732020 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |