Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 4,437,783 | A→G | 17.7% | H300R (CAC→CGC) | PP_3932 → | diguanylate cyclase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 4,437,783 | 0 | A | G | 17.7% | 69.9 / 9.4 | 34 | H300R (CAC→CGC) | PP_3932 | diguanylate cyclase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (19/9); new base G (3/3); total (22/12) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.41e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.30e-01 |
CTCATGCACTTCAGCGTGCCGCAGAGCGAGCCTGGGGTTACCACGCTGATGTCGGCGCGCCTGGGCATCGCCATGCTGGTGCTCGGGCCGCTGGTGGTGGCCTGCGTCAGCCAGGCCAACCGTAGCCTCATGGCCCGCCTGGCGCACCAGGCCACCGTCGACCACCTCACCGGTGTGCTCACCCGCAGCGCCTTCACACGCCGCGCCAACGCGCTGCTGGAGAGCCGTCAACAGCACGCCCAGGCGCTGCCGCTGACCCTGATGATGCTGGACATCGACCACT > NC_002947/4437638‑4437920 | cTCATGCACTTCAGCGTGCCGCAGAGCGAGCCTGGGGTTACCACGCTGATGTCGGCGCGCCTGGGCATCGCCATGCTGGTGCTCGGGCCGCTGGTGGTGGCCTGCGTCAGCCAGGCCAACCGTAGCCTCATGGCCCGCCTGGTGCGCCAg < 1:29236/150‑1 (MQ=255) tCATGCACTTCAGCGTGCCGCAGAGCGAGCCTGGGGTTACCACGCTGATGTCGGCGCGCCTGGGCATCGCCATGCTGGTGCTCGGGCCGCTGGTCGGGGCCTGCGTCAGCCAGGCCAACCGTAGCCTCATGGCCCGCCTGGCGCACCAgg > 2:754853/1‑150 (MQ=255) gTGCCGCAGAGCGAGCCTGGGGTTACCACGCTGATGTCGGCGCGCCTGGGCATCGCCATGCTGGTGCTCGGGCCGCTGGTGGTGGCCTGCGTCAGCCAGGCCAACCGTAGCCTCATGGCCCGCCTGGCGCACCAGGCCACCGTCGaccac < 1:18603/150‑1 (MQ=255) ccGCAGAGCGAGCCTGGGGTTACCACGCTGATGTCGGCGCGCCTGGGCATCGCCATGCTGGTGCTCGGGCCGCTGGTGGTGGCCTGCGTCAGCCAGGCCAACCGTAGCCTCATGGCCCGCCTGGCGCACCAGGCCACCGTCGACCACCTc > 1:412763/1‑150 (MQ=255) cGCAGAGCGAGCCTGGGGTTACCACGCTGATGTCGGCGCGCCTGGGCATCGCCATGCTGGTGCTCGGGCCGCTGGTGGTGGCCTGCGTCAGCCAGGCCAACCTTAGCCTCATGGCCCGCCTGGCGCACCAGGCCACCGTCGACCACCTCa > 1:52197/1‑150 (MQ=255) ggggTTACCACGCTGATGTCGGCGCGCCTGGGCATCGCCATGCTGGTGCTCGGGCCGCTGGTGGTGGCCTGCGTCAGCCAGGCCAACCGTAGCCTCATGGCCCGCCTGGCGCACCAGGCCACCGTCGACCACCTCACCGGTGTGCTCa < 1:827175/148‑1 (MQ=255) ggggTTACCACGCTGATGTCGGCGCGCCTGGGCATCGCCATGCTGGTGCTCGGGCCGCTGGTGGTGGCCTGCGTCAGCCAGGCCAACCGTAGCCTCATGGCCCGCCTGGCGCACCAGGCCACCGTCGACCACCTCACCGGTGTGCTCa > 2:827175/1‑148 (MQ=255) ggTTACCACGCTGATGTCGGCGCGCCTGGGCATCGCCATGCTGGTGCTCGGGCCGCTGGTGGTGGCCTGCGTCAGCCAGGCCAACCGTAGCCTCATGGCCCGCCTGGCGCACCAGGCCACCGTCGACCACCTCACCGGTGTGCTCACCCg > 1:49072/1‑150 (MQ=255) cACGCTGATGTCGGCGCGCCTGGGCATCGCCATGCTGGTGCTCGGGCCGCTGGTGGTGGCCTGCGTCAGCCAGGCCAACCGTAGCCTCATGGCCCGCCTGGCGCACCAGGCCACCGTCGACCACCTCACCGGTGTGCTCACCCGCAgcgc > 1:169172/1‑150 (MQ=255) cACGCTGATGTCGGCGCGCCTGGGCATCGCCATGCTGGTGCTCGGGCCGCTGGTGGTGGCCTGCGTCAGCCAGGCCAACCGTAGCCTCATGGCCCGCCTGGCGCACCAGGCCACCGTCGACCACCTCACCGGTGTGCTCACCCGCAgcgc > 1:73113/1‑150 (MQ=255) cACGCTGATGTCGGCGCGCCTGGGCATCGCCATGCTGGTGCTCGGGCCGCTGGTGGTGGCCTGCGTCAGCCAGGCCAACCGTAGCCTCATGGCCCGCCTGGCGCACCAGGCCACCGTCGACCACCTCACCGGTGTGCTCACCCGCAgcgc > 2:103713/1‑150 (MQ=255) cTGGGCATCGCCATGCTGGTGCTCGGGCCGCTGGTGGTGGCCTGCGTCAGCCAGGCCAACCGTAGCCCCATGGCCCGCCTGGCGCACCAGGCCACCGTCGGCCACCTCACCGgtg > 1:747480/1‑115 (MQ=255) cTGGGCATCGCCATGCTGGTGCTCGGGCCGCTGGTGGTGGCCTGCGTCAGCCAGGCCAACCGTAGCCCCATGGCCCGCCTGGCGCACCAGGCCACCGTCGACCACCTCACCGgtg < 2:747480/115‑1 (MQ=255) tGGGCATCGCCATGCTGGTGCTCGGGCCGCTGGTGGTGGCCTGCGTCAGCCAGGCCAACCGTAGCCTCATGGCCCGCCTGGCGCACCAGGCCACCGTCGACCACCTCACCGGTGTGCTCACCCGCAGCGCCTTCACACGCCGCGCCAAcg > 2:172374/1‑150 (MQ=255) ggCATCGCCATGCTGGTGCTCGGGCCGCTGGTGGTGGCCTGCGTCAGCCAGGCCAACCGTAGCCTCATGGCCCGCCTGGCGCACCAGGCCACCGTCGACCGCCTCACCGGTGTGCTCACCCGCAGCGCCTTCACACGCCGCGCCAAcgcg > 1:746461/1‑150 (MQ=255) cGCCATGCTGGTGCTCGGGCCGCTGGTGGTGGCCTGCGTCAGCCAGGCCAACCGTAGCCTCATGGCCCGCCTGGCGCACCAGGCCACCGTCGACCACCTCACCGGTGTGCTCACCCGCAGCGCCTTCACACGCCGCGCCAACGCgctgct < 2:517962/150‑1 (MQ=255) tGCTGGTGCTCGGGCCGCTGGTGGTGGCCTGCGTCAGCCAGGCCAACCGTAGCCTCATGGCCCGCCTGGCGCACCAGGCCACCGTCGACCACCTCACCGGTGTGCTCACCCGCAGCGCCTTCACACGCCGCGCCAACGCGCTGCTGgaga < 2:412763/150‑1 (MQ=255) tGGTGCTCGGGCCGCTGGTGGTGGCCTGCGTCAGCCAGGCCAACCGTAGCCTCATGGCCCGCCTGGCGCACCAGGCCACCGTCGACCACCTCACCGGTGTGCTCACCCGCAGCGCCTTCACACGCCGCGCCAACGCGCTGCTGgaga < 1:771555/147‑1 (MQ=255) tGGTGCTCGGGCCGCTGGTGGTGGCCTGCGTCAGCCAGGCCAACCGTAGCCTCATGGCCCGCCTGGCGCACCAGGCCACCGTCGACCACCTCACCGGTGTGCTCACCCGCAGCGCCTTCACACGCCGCGCCAACGCGCTGCTGgaga > 2:771555/1‑147 (MQ=255) gTGCTCGGGCCGCTGGTGGTGGCCTGCGTCAGCCAGGCCAACCGTAGCCTCATGGCCCGCCTGGCGCACCAGGCCACCGTCGACCACCTCACCGGTGTGCTCACCCGCAGCGCCTTCACACGCCGCGCCAACGCGCTGCTGGAGAGCCGt > 1:415716/1‑150 (MQ=255) cGCTGGTGGTGGCCTGCGTCAGCCAGGCCAACCGTAGCCTCATGGCCCGCCTGGCGCACCAGGCCACCGACGACCACCTCACCGGTATGCTCACCCGCAGCGCCTTCACACGCCGCGCCAACGCGCTGCTGGAGGGCCGTCAACCGCAcc > 2:646719/1‑149 (MQ=255) ggtggCCTGCGTCAGCCAGGCCAACCGTAGCCTCATGGCCCGCCTGGCGCACCAGGCCACCGTCGACCACCTCACCGGTGTGCTCACCCGCAGCGCCTTCACACGCCGCGCCAACGCGCTGCTGGAGAGCCGTCAACAGCACGCCCAGgc > 2:696989/1‑150 (MQ=255) ccTGCGTCAGCCAGGCCAACCGTAGCCTCATGGCCCGCCTGGCGCACCAGGCCACCGTCGACCACCTCACCGGTGTGCTCACCCGCAGCGCCTTCACACGCCGCGCCAACGCGCTGCTGGAGAGCCGTCAACa < 1:457156/133‑1 (MQ=255) ccTGCGTCAGCCAGGCCAACCGTAGCCTCATGGCCCGCCTGGCGCACCAGGCCACCGTCGACCACCTCACCGGTGTGCTCACCCGCAGCGCCTTCACACGCCGCGCCAACGCGCTGCTGGAGAGCCGTCAACa > 2:457156/1‑133 (MQ=255) aaCCGTAGCCTCATGGCCCGCCTGGCGCACCAGGCCACCGTCGACCACCTCACCg < 2:597584/55‑1 (MQ=255) aaCCGTAGCCTCATGGCCCGCCTGGCGCACCAGGCCACCGTCGACCACCTCACCg > 1:597584/1‑55 (MQ=255) gTAGCCTCATGGCCCGCCTGGCGCACCAGGCCACCGTCGACCACCTCACCGGTGTGCTCACCCGCAGCGCCTTCACACGCCGCGCCAACGCGCTGCTGGAGAGCCGTCAACAGCACGCCCAGGCGCTGCCGCTGACCCTGATGATGCTgg > 1:131002/1‑150 (MQ=255) ggtggCCTGGTGCGCCAGGCCACCGTCGACCACCTCACCGGTGTGCTCACCCGCAGCGCCTTCACACGCCGCGCCAACGCGCTGCTGGAGAGCCGTCAACAGCACGCCCAGGCGCTGCCGCTGACCCtgat < 2:47687/127‑1 (MQ=255) ggtggCCTGGTGCGCCAGGCCACCGTCGACCACCTCACCGGTGTGCTCACCCGCAGCGCCTTCACACGCCGCGCCAACGCGCTGCTGGAGAGCCGTCAACAGCACGCCCAGGCGCTGCCGCTGACCCtgat > 1:47687/5‑131 (MQ=255) gtggCCTGGTGCGCCAGGCCACCGTCGACCACCTCACCGGTGTGCTCACCCGCAGCGCCTTCACACGCCGCGCCAACGCGCTGCTGGAGAGCCGTCAACAGCACGCCCAGGCGCTGCCGCTGACCCTGATGATGCTGGACACCGACCACt > 2:70870/4‑150 (MQ=255) ccGCCTGGCGCACCAGGCCACCGTCGACCACCTCACCGGTGTGCTCACCCGCAGCGCCTTCACACGCCGCGCCAACGCGCTGCTGGAGAGCCGTCAACAGCACGccc > 1:4244/1‑107 (MQ=255) ccGCCTGGCGCACCAGGCCACCGTCGACCACCTCACCGGTGTGCTCACCCGCAGCGCCTTCACACGCCGCGCCAACGCGCTGCTGGAGAGCCGTCAACAGCACGccc < 2:4244/107‑1 (MQ=255) gCCTGGTGCGCCAGGCCACCGTCGACCACCTCACCGGTGTGCTCACCCGCAGCGCCTTCACACGCCGCGCCAACGCGCTGCTGGAGAGCCGTCAACAGCACGCCCAGGCGCTGCTGCTGACCCTGATGATGCTGGACATCGAc > 2:626726/1‑143 (MQ=255) gCCTGGTGCGCCAGGCCACCGTCGACCACCTCACCGGTGTGCTCACCCGCAGCGCCTTCACACGCCGCGCCAACGCGCTGCTGGAGAGCCGTCAACAGCACGCCCAGGCGCTGCCGCTGACCCTGATGATGCTGGACATCGAc < 1:626726/143‑1 (MQ=255) | CTCATGCACTTCAGCGTGCCGCAGAGCGAGCCTGGGGTTACCACGCTGATGTCGGCGCGCCTGGGCATCGCCATGCTGGTGCTCGGGCCGCTGGTGGTGGCCTGCGTCAGCCAGGCCAACCGTAGCCTCATGGCCCGCCTGGCGCACCAGGCCACCGTCGACCACCTCACCGGTGTGCTCACCCGCAGCGCCTTCACACGCCGCGCCAACGCGCTGCTGGAGAGCCGTCAACAGCACGCCCAGGCGCTGCCGCTGACCCTGATGATGCTGGACATCGACCACT > NC_002947/4437638‑4437920 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |