| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 4,741,285 | 2 bp→CT | intergenic (+476/+275) | gltA → / ← yeiW | citrate synthase/putative oxidoreductase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 4,741,285 | 0 | A | C | 80.0% | 85.4 / 13.2 | 41 | intergenic (+476/+276) | gltA/yeiW | citrate synthase/putative oxidoreductase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (3/5); new base C (16/16); total (19/22) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.98e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.94e-01 | |||||||||||
| * | NC_002947 | 4,741,286 | 0 | C | T | 82.0% | 79.8 / 12.0 | 41 | intergenic (+477/+275) | gltA/yeiW | citrate synthase/putative oxidoreductase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (3/4); new base T (16/16); total (19/22) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 3.26e-01 | |||||||||||
GTCAGGCTGCCATCCGCCTCCTTGATGGTCGTAATGTGCAGCACGGAATCACGCGGCGTCACCGGCCATGGCGTATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAG‑AA‑CCTC‑C‑GCCAAC‑T‑GCATTCGTGAA‑CCAAGC‑AACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGCCTTGTACTTGGACCCGGCCACC > NC_002947/4741155‑4741405 || gTCAGGCTGCCATCCGCCTCCTTGATGGTCGTAATGTGCAGCACGGAATCACGCGGCGTCACCGGCCATGGCGTATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAG‑CA‑GCTT‑CTGCGACT‑T‑GCATTCGTGaatccag > 1:811231/1‑145 (MQ=255) cATCCGCCTCCTTGATGGTCGTAATGTGCAGCACGGAATCACGCGGCGTCACCGGCCATGGCGTATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAG‑CTTC‑T‑GCGACT‑T‑GCATTCGTGAA‑TCCAGG‑CACAGGccc < 1:918568/150‑1 (MQ=255) gATGGTCGTAATGTGCAGCACGGAATCACGCGGCGTCACCGGCCATGGCGTATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAG‑CTTC‑T‑GCGACT‑T‑GCATTCGTGAATCCAGGC‑‑ACAGGCCCCGGACACGtcctc > 2:93493/1‑150 (MQ=255) tGGTCGTAATGTGCAGCACGGAATCACGCGGCGTCACCGGCCATGGCGTATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAG‑CA‑GCTT‑C‑TGCGACTT‑GCATTCGTGAA‑TCCAGG‑CACAGGCCCCGGACACGTcctcct > 1:68148/1‑150 (MQ=255) ggTCGTAATGTGCAGCACGGAATCACGCGGCGTCACCGGCCATGGCGTATTGATCTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAG‑CA‑GCTCGT‑GGCTGG‑T‑GCATTCGTGAATCCAGGC‑‑ACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTg < 1:1023288/150‑1 (MQ=255) tCGTAATGTGCAGCACGGAATCACGCGGCGTCACCGGCCATGGCGTATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAG‑CTTC‑T‑GCGACT‑T‑GCATTCGTGAATCCAGGC‑‑ACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCa < 1:1393985/150‑1 (MQ=255) gtgCAGCACGGAATCACGCGGCGTCACCGGCCATGGCGTATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAG‑CAGCTTC‑T‑GCGACT‑T‑GCATTCGTGAA‑TCCAGG‑CACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTc < 2:68148/150‑1 (MQ=255) cgtaaTCACGCGGCGTCACCGGCCATGGCGTATTGAAATGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAG‑CA‑GCTT‑CTGCGACT‑T‑GCATTCGTGAA‑TCCAGG‑CACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTgg < 1:542648/147‑1 (MQ=255) gcggcgTCACCGGCCATGGCGTATTGAACTGGGTATAGATCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAG‑CTTC‑T‑GCGACT‑T‑GCATTCGTGAA‑CCCAGG‑CACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCCCCTCGACCTTTGCCAgcggcc > 2:477507/1‑149 (MQ=255) gccgcgTCACCGGCCATGGCGTATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAG‑CTTC‑T‑GCGACT‑T‑GCATTCGTGAATCCAGGC‑‑ACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAgcggcg > 1:1498669/4‑150 (MQ=255) tCACCGGCCATGGCGTATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAG‑CTTC‑T‑GCGACT‑T‑GCATTCGTGAATCCAGGC‑‑ACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCtt > 1:1331616/1‑133 (MQ=255) tCACCGGCCATGGCGTATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAG‑CTTC‑T‑GCGACT‑T‑GCATTCGTGAATCCAGGC‑‑ACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCtt < 2:1331616/133‑1 (MQ=255) cACCGGCCATGGCGTATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAG‑CTTC‑T‑GCGACT‑T‑GCATTCGTGAATCCAGGC‑‑ACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGAt < 1:1490661/150‑1 (MQ=255) cACCGGCCATGGCGTATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAG‑CTTC‑T‑GCGACT‑T‑GCATTCGTGAA‑TCCAGG‑CACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGAt < 2:811231/150‑1 (MQ=255) ggCCATGGCGTATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAG‑CTTC‑T‑GCGACT‑T‑GCATTCGTGAATCCAGGC‑‑ACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTc < 1:861880/122‑1 (MQ=255) ggCCATGGCGTATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAG‑CTTC‑T‑GCGACT‑T‑GCATTCGTGAATCCAGGC‑‑ACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTc > 2:861880/1‑122 (MQ=255) aTGGCGTATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAG‑CTTC‑T‑GCGACT‑T‑GCATTCGTGAATCCAGGC‑‑ACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCa < 2:85065/129‑1 (MQ=255) aTGGCGTATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAG‑CTTC‑T‑GCGACT‑T‑GCATTCGTGAA‑TCCAGG‑CACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCa > 1:85065/1‑129 (MQ=255) ttGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAG‑CA‑GCTT‑C‑TGCGACTT‑GCATTCGTGAA‑TCCAGG‑CACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGa < 2:1473424/150‑1 (MQ=255) aaCTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAG‑CTTC‑T‑GCGACT‑T‑GCATTCGTGAA‑TCCAGG‑CACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAg > 1:1174807/1‑150 (MQ=255) cTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAG‑CA‑GCTT‑C‑TGCGAC‑TAGCATTCGTGAATCCAGGC‑‑ACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGc < 2:1168611/150‑1 (MQ=255) tGGGTATAGGTCCAGCTCTGTTCACCTTCGTGCTTGAG‑CA‑GCTT‑C‑TGCGACTT‑GCATTCGTGAA‑ACTCGC‑CACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGTGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGcc < 1:93493/150‑1 (MQ=255) tGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAG‑CTTC‑T‑GCGACT‑T‑GCATTCGTGAATCCAGGC‑‑ACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGcc > 1:973100/1‑150 (MQ=255) tGGGTATAGGTCCACCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAG‑CA‑GCTT‑C‑TGCGAG‑T‑TGATCCCGGGA‑TTTGGCGTTCAGGGCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGcc < 1:1089932/150‑1 (MQ=255) ggTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAG‑CAGCTTC‑T‑GCGACT‑T‑GCATTCGTGAA‑TCCAGG‑CACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGCCtt < 1:477507/150‑1 (MQ=255) aGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAG‑CTTC‑T‑GCGACT‑T‑GCATTCGTGAATCCAGGC‑‑ACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGCCTTGTACt > 1:1329559/1‑150 (MQ=255) aGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAG‑CTTC‑T‑GCGACT‑T‑GCATTCGTGAATCCAGGC‑‑ACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGCCTTGTACt < 2:1498669/150‑1 (MQ=255) tCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAG‑CA‑GCTT‑CTGCGACT‑T‑GCATTCGTGaat < 1:1297462/55‑2 (MQ=255) cgCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAG‑CTTC‑T‑GCGACT‑T‑GCATTCGTGAA‑TCCAGG‑CACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGCCTTGTACTTGGAcc > 1:804859/2‑150 (MQ=255) aGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAG‑CTTC‑T‑GCGACT‑T‑GCATTCGTGAATCCAGGC‑‑ACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGa > 2:538488/1‑114 (MQ=255) aGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAG‑CTTC‑T‑GCGACT‑T‑GCATTCGTGAATCCAGGC‑‑ACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGa < 1:538488/114‑1 (MQ=255) aGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAG‑CA‑GCTT‑C‑TGCGACTT‑GCATTCGTGAATCCAGGC‑‑ACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGCCTTGTACTTGGAcc > 2:685855/1‑150 (MQ=255) ctctGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAG‑CTTC‑T‑GCGACT‑T‑GCATTCGTGAATCCAGGC‑‑ACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGCCTTGTACTTGGACCCg > 2:1061482/1‑150 (MQ=255) tctGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAG‑CTTC‑T‑GCGACT‑T‑GCATTCGTGAATCCAGGC‑‑ACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGCCTTGTACTTGGAcaagc > 2:1287567/1‑146 (MQ=255) tctGGTCACCTTCGTGCTTGAG‑CA‑GCTT‑C‑TGCGACTT‑GCATTCGTGAA‑TCCAGG‑CACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGCCTTGTACTTGGACCCgg > 2:1193226/1‑150 (MQ=255) ggTCACCTTCGTGTTTGAGCAG‑CTTC‑T‑GCGACT‑T‑GCATTCGTGAA‑TCCAGG‑CACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGCCTTGTACTTGGACCCGGCCa < 1:685855/150‑1 (MQ=255) gTCACCTTCGTGCTTGAGCAG‑CTTC‑T‑GCGACT‑T‑GCATTCGTGAATCCAGGC‑‑ACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGCCTTGTACTTGGACCCGGCCAc > 1:1013246/1‑150 (MQ=255) gTCACCTTCGTGCTTGAGCAG‑CTTC‑T‑GCGACT‑T‑GCATTCGTGAA‑TCCAGG‑CACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGa > 2:1320424/1‑107 (MQ=255) gTCACCTTCGTGCTTGAGCAG‑CTTC‑T‑GCGACT‑T‑GCATTCGTGAA‑TCCAGG‑CACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGa < 1:1320424/107‑1 (MQ=255) tCACCTTCGTGCTTGAGCAG‑CTTC‑T‑GCGACT‑T‑GCATTCGTGAATCCAGGC‑‑ACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGCCTTGTACTTGGACCCGGCCAcc < 2:973100/150‑1 (MQ=255) ttCGTGCTTGAG‑CA‑GCTT‑C‑TGCGACTT‑GCATTCGTGAA‑TCCAGG‑CACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGAc < 2:1111401/81‑1 (MQ=255) || GTCAGGCTGCCATCCGCCTCCTTGATGGTCGTAATGTGCAGCACGGAATCACGCGGCGTCACCGGCCATGGCGTATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAG‑AA‑CCTC‑C‑GCCAAC‑T‑GCATTCGTGAA‑CCAAGC‑AACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGCCTTGTACTTGGACCCGGCCACC > NC_002947/4741155‑4741405 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |