Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 1,184,543 | Δ1 bp | 5.6% | intergenic (‑153/‑259) | mltF ← / → purL | membrane‑bound lytic murein transglycosylase F/phosphoribosylformylglycinamidine synthase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 1,184,543 | 0 | C | . | 5.6% | 226.4 / 7.5 | 72 | intergenic (‑153/‑259) | mltF/purL | membrane‑bound lytic murein transglycosylase F/phosphoribosylformylglycinamidine synthase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (34/34); new base . (2/2); total (36/36) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.20e-01 |
TACGCAAAGGACTGGCCCAACCATATCTCGACAACGGTTAGCTTGTCTGGTAGCGGGTTGTGTGGTTGGGGGAGGGGGGATTGCATC‑‑AGGGCTGCCAGGTGGCCGGCTTGAGATATTCAGCGCCTGTGAGATCGAGCGCCGCCAGGTGTCCGCCTTAAGATATTCAGCGCCTATGAGATCGAGCGCCGCGCGGGCGGCGCTCGATCTCACAGGCGCAGAATGTGTCGAGCCGGACACCTGCGGCGCTCGATCTCGTCTCAAGCCGGACACCTCTGAAAACTGACCCCGA > NC_002947/1184402‑1184690 | taCGCAAAGGACTGGCCCAACCATATCTCGACAACGGTTAGCTTGTCTGGTAGCGGGTTGTGTGGTTGGGGGAGGGGGGATTGCATC‑‑AGGGCTGCCAGGTGGCCGGCTTGAGATATTCAGCGCCTGTGAGATAGAGCGCCGCCAGGTGTc > 1:2053485/1‑150 (MQ=255) cGCAAAGGACTGGCCCAACCATATCTCGACAACGGTTAGCTTGTCTGGTAGCGGGTTGTGTGGTTGGGGGAGGGGGGATTGCATC‑‑AGGGCTGCCAGGTGGCCGGCTTGAGATATTCAGCGCCTGTGAGATCGAGCGCCGCCAGGTGTCCg < 2:2036547/150‑1 (MQ=255) gCAAAGGACTGGCCCAACCATATCTCGACAACGGTTAGCTTGTCTGGTAGCGGGTTGTGTGGTTGGGGGAGGGGGGATTGCATC‑‑AGGGCTGCCAGGTGGCCGGCTTGAGATATTCAGCGCCTGTGAGATCGAGCGCCGCCAg > 2:410575/1‑142 (MQ=255) gCAAAGGACTGGCCCAACCATATCTCGACAACGGTTAGCTTGTCTGGTAGCGGGTTGTGTGGTTGGGGGAGGGGGGATTGCATC‑‑AGGGCTGCCAGGTGGCCGGCTTGAGATATTCAGCGCCTGTGAGATCGAGCGCCGCCAg < 1:410575/142‑1 (MQ=255) gCAAAGGACTGGCCCAACCATATCTCGACAACGGTTAGCTTGTCTGGTAGCGGGTTGTGTGGTTGGGGGAGGGGGGATTGCATC‑‑AGGGCTGCCAGGTGGCCGGCTTGAGATATTCAGCGCCTGTGAGATCGAGCGCCGCCAGgt > 1:977971/1‑144 (MQ=255) gCAAAGGACTGGCCCAACCATATCTCGACAACGGTTAGCTTGTCTGGTAGCGGGTTGTGTGGTTGGGGGAGGGGGGATTGCATC‑‑AGGGCTGCCAGGTGGCCGGCTTGAGATATTCAGCGCCTGTGAGATCGAGCGCCGCCAGgt < 2:977971/144‑1 (MQ=255) gCAAAGGACTGGCCCAACCATATCTCGACAACGGTTAGCTTGTCTGGTAGCGGGTTGTGTGGTTGGGGGAGGGGGGATTGCATC‑‑AGGGCTGCCAGGTGGCCGGCTTGAGATATTCAGCGCCTGTGAGATCGAGCGCCGCCAGGTGGCCGc > 1:510085/1‑150 (MQ=255) aaGGACTGGCCCAACCATATCTCGACAACGGTTAGCTTGTCTGGTAGCGGGTTGTGTGGTTGGGGGAGGGGGGATTGCATC‑‑AGGGCTGCCAGGTGGCCGGCTTGAGATATTCAGCGCCTGTGAGATCGAGCGCCGCCAGGTGTCCGCCtt > 2:1684532/1‑150 (MQ=255) ggACTGGCCCAACCATATCTCGACAACGGTTAGCTTGTCTGGTAGCGGGTTGTGTGGTTGGGGGAGGGGGGATTGCATC‑‑AGGGCTGCCAGGTGGCCGGCTTGAGATATTCAGCGCCTGTGAGATCGAGCGCCGCCAGGTGTCCGCCTTaa < 1:1482430/150‑1 (MQ=255) 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ttGTCTGGTAGCGGGTTGTGTGGTTGGGGGAGGGGGGATTGCATC‑‑AGGGCTGCCAGGTGGCCGGCTTGAGATATTCAGCGCCTGTGAGATCGAGCGCCG‑CAGGTGTCCGCCTTAAGATATTCAgcgc > 2:1981384/1‑127 (MQ=255) ttGTCTGGTAGCGGGTTGTGTGGTTGGGGGAGGGGGGATTGCATC‑‑AGGGCTGCCAGGTGGCCGGCTTGAGATATTCAGCGCCTGTGAGATCGAGCGCCG‑CAGGTGTCCGCCTTAAGATATTCAgcgc < 1:1981384/127‑1 (MQ=255) tCTGGTAGCGGGTTGTGTGGTTGGGGGAGGGGGGATTGCATC‑‑AGGGCTGCCAGGTGGCCGGCTTGAGATATTCAGCGCCTGTGAGATCGAGCGCCGCCAGGTGTCCGCCTTAAGATATTCAGCGCCTATGAGATCGAGCGCCGCgcgggc < 1:1683959/150‑1 (MQ=255) gTAGCGGGTTGTGTGGTTGGGGGAGGGGGGATTGCATC‑‑AGGGCTGCCAGGTGGCCGGCTTGAGATATTCAGCGCCTGTGAGATCGAGCGCCGCCAGGTGTCCGCCTTAAGATATTCAGCGCCTATGAGATCGAGCGCCGCGCGGgcggcg > 2:1275892/1‑150 (MQ=255) gTAGCGGGTTGTGTGGTTGGGGGAGGGGGGATTGCATC‑‑AGGGCTGCCAGGTGGCCGGCCTGAGATATTCAGCGCCTGTGAGATCGAGCGCCGCCAg > 1:2232252/1‑96 (MQ=255) gTAGCGGGTTGTGTGGTTGGGGGAGGGGGGATTGCATC‑‑AGGGCTGCCAGGTGGCCGGCCTGAGATATTCAGCGCCTGTGAGATCGAGCGCCGCCAg < 2:2232252/96‑1 (MQ=255) 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gTTGTGTGGTTGGGGGAGGGGGGATTGCATC‑‑AGGGCTGCCAGGTGGCCGGCTTGAGATATTCAGCGCCTGTGAGATCGAGCGCCGCCAGGTGTCCGCCTTAAGATATTCAGCGCCTATGAGATCGAg > 1:1464024/1‑127 (MQ=255) gTTGTGTGGTTGGGGGAGGGGGGATTGCATC‑‑AGGGCTGCCAGGTGGCCGGCTTGAGATATTCAGCGCCTGTGAGATCGAGCGCCGCCAGGTGTCCGCCTTAAGATATTCAGCGCCTATGAGATCGAGCGCCGCGCTGGCGGCGCTCGaac > 1:1696611/1‑148 (MQ=255) gTTGTGTGGTTGGGGGAGGGGGGATTGCATC‑‑AGGGCTGCCAGGTGGCCGGCTTGAGATATTCAGCGCCTGTGAGATCGAGCGCCGCCAGGTGTCCGCCTTAAGATATTCAGCGCCTATGAGATCGAGCGCCGCGCGGGCGGCGCTCGAtc < 1:2280414/150‑1 (MQ=255) gtgtgGTTGGGGGAGGGGGGATTGCATC‑‑AGGGCTGCCAGGTGGCCGGCTTGAGATATTCAGCGCCTGTGAGATCGAGCGCCGCCAGGTGTCCGCCTTAAGATATTCAGCGCCTATGAGATCGAGCGCCGCGCGGGCGGCGCTCGATCTca < 2:1076085/150‑1 (MQ=255) gggAGGGGGGATTGCATC‑‑AGGGCTGCCAGGTGGCCGGCTTGAGATATTCAGCGCCTGTGAGATCGAGCGCCGCCAGGTGTCCGCCTTAAGATATTCAGCGCCTATGAGATCGAGCGCCGCGCGGGCGGCGCTCGATCTCACAGGCGCAGa > 1:1337650/1‑150 (MQ=255) ggggggATTGCATC‑‑AGGGCTGCCAGGTGGCCGGCTTGAGATATTCAGCGCCTGTGAGATCGAGCGCCGCCAGGTGTCCGCCTTAAGATATTCAGCGCCTATGAGATCGAGCGCCGCGCGGGCGGCGCTCGATCTCACAGGCGCAGAAtgt > 2:2061427/1‑150 (MQ=255) gggggATTGCATC‑‑AGGGCTGCCAGGTGGCCGGCTTGAGATATTCAGCGCCTGTGAGATCGAGCGCCGCCAGGTGTCCGCCTTAAGATATTCAgcgc > 2:1817469/1‑96 (MQ=255) gggggATTGCATC‑‑AGGGCTGCCAGGTGGCCGGCTTGAGATATTCAGCGCCTGTGAGATCGAGCGCCGCCAGGTGTCCGCCTTAAGATATTCAgcgc < 1:1817469/96‑1 (MQ=255) gATTGCATC‑‑AGGGCTGCCAGGTGGCCGGCTTGAGATATTCAGCGCCTGTGAGATCGAGCGCCGCCAGGTGTCCGCCTTAAGATATTCAGCGCCTATGAGATCGAGCGCCGCGCGGGCGGCGCTCGATCTCACAGGCGCAGAATGTGTCGa < 2:1621883/150‑1 (MQ=255) gATTGCATC‑‑AGGGCTGCCAGGTGGCCGGCTTGAGATATTCAGCGCCTGTGAGATCGAGCGCCGCCAGGTGTCCGCCTTAAGATATTCAGCGCCTATGAGATCGAGCGCCGCGCGGGCGGCGCTCGATCTCACAGGCGCAGAATGTGTCGa < 2:1621877/150‑1 (MQ=255) aTC‑‑AGGGCTGCCAGGTGGCCGGCTTGAGATATTCAGCGCCTGTGAGATCGAGCGCCGCCAGGTGTCCGCCTTAAg < 1:1010533/75‑1 (MQ=255) aTC‑‑AGGGCTGCCAGGTGGCCGGCTTGAGATATTCAGCGCCTGTGAGATCGAGCGCCGCCAGGTGTCCGCCTTAAg > 2:1010533/1‑75 (MQ=255) aTC‑‑AGGGCTGCCAGGTGGCCGGCTTGAGATATTCAGCGCCTGTGAGATCGAGCGCCGCCAGGTGTCCGCCTTAAGATATTCAGCGCCTATGAGATCGAGCGCCGCGCGGGCGGCGCTCGATCTCACAGGCGCAGAATGTGTCGAGCCGGa > 1:1578981/1‑150 (MQ=255) aTC‑‑AGGGCTGCCAGGTGGCCGGCTTGAGATATTCAGCGCCTGTGAGATCGAGCGCCG‑CAGGTGTCCGGCTCGACACATTCTGCGCCTGTGAGATCGAGCGCCGCCCGCGCGGCGCTCGATCTcata < 2:1956008/126‑3 (MQ=11) aTC‑‑AGGGCTGCCAGGTGGCCGGCTTGAGATATTCAGCGCCTGTGAGATCGAGCGCCG‑CAGGTGTCCGGCTCGACACATTCGGCGCCTGTGAGATCGAGCGCCGCCCGCGCGGCGCTCGATCTcata > 1:1956008/1‑124 (MQ=11) aGGGCTGCCAGGTGGCCGGCTTGAGATATTCAGCGCCTGTGAGATCGAGCGCCGCCAGGTGTCCGCCTTAAGATATTCAGCGCCTATGAGATCGAGCGCCGCCCGCGCGgcgc > 1:975286/1‑113 (MQ=255) aGGGCTGCCAGGTGGCCGGCTTGAGATATTCAGCGCCTGTGAGATCGAGCGCCGCCAGGTGTCCGCCTTAAGATATTCAGCGCCTATGAGATCGAGCGCCGCCCGCGCGgcgc < 2:975286/113‑1 (MQ=255) ggCTGCCAGGTGGCCGGCTTGAGATATTCAGCGCCTGTGAGATCGAGCGCCGCCAGGTGTCCGCCTTAAGATATTCAGCGCCTATGAGATCGAGCGCCGCGCGGGCGGCGCTCGATCTCACAGGCGCAGAATGTGTCGAGCCGGACACCt < 1:2061427/150‑1 (MQ=255) aGGTGGCCGGCTTGAGATATTCAGCGCCTGTGAGATCGAGCGCCGCCAGGTGTCCGCCTTAAGATATTCAGCGCCTATGAGATCGAGCGCCGCGCGGGCGGCGCTCGATCTCACAGGCGCAGAATGTGTCGAGCCGGACACCTGCGgcgc > 1:1183584/1‑150 (MQ=255) aGGTGGCCGGCTTGAGATATTCAGCGCCTGTGAGATCGAGCGCCGCCAGGTGTCCGCCTTAAGATATTCAGCGCCTATGAGATCGAGCGCCGCGCGGGCGGCGCTCGATCTCACAGGCGCAGAATGTGTCGAGCCGGACACCTGCGgcgc > 1:119740/1‑150 (MQ=255) gTGGCCGGCTTGAGATATTCAGCGCCTGTGCGATCGTGTCGCGCAAGCTGTCCGCGTTAAGATATTCAGCGCGTATCGGATCGAGCGCCGCGCGGGCGGCGCTCGATCTCACAGGCGCAGAATGTGTCGAGCCGGACACCTGCGGCGCTc < 1:2341238/150‑1 (MQ=37) cGGCTTGAGATATTCAGCGCCTGTGAGATCGAGCGCCGCCAGGTGTCCGCCTTAAGATATTCAGCGCCTATGAGATCGAGCGCCGCGCGGGCGGCGCTCGATCTCACAGGCGCAGAATGTGTCGAGcc > 1:1310212/1‑128 (MQ=255) cGGCTTGAGATATTCAGCGCCTGTGAGATCGAGCGCCGCCAGGTGTCCGCCTTAAGATATTCAGCGCCTATGAGATCGAGCGCCGCGCGGGCGGCGCTCGATCTCACAGGCGCAGAATGTGTCGAGcc < 2:1310212/128‑1 (MQ=255) ggCTTGAGATATTCAGCGCCTGTGAGATCGAGCGCCGCCAGGTGTCCGCCTTAAGATATTCAGCGCCTATGAGATCGAGCGCCGCGCGGGCGGCGCTCGATCTCACAGGCGCAGAATGTGTCGAGCCGGACACCTGCGGCGCTCGAtctc > 1:324485/1‑150 (MQ=255) gCTTGAGATATTCAGCGCCTGTGAGATCGAGAGCCGCCAGGTGTCCGCCTTAAGATATTCAGCGCCTATGAGATCGAGCGCCGCGCGGGCGGCGCTc > 1:1116300/1‑97 (MQ=255) gCTTGAGATATTCAGCGCCTGTGAGATCGAGAGCCGCCAGGTGTCCGCCTTAAGATATTCAGCGCCTATGAGATCGAGCGCCGCGCGGGCGGCGCTc < 2:1116300/97‑1 (MQ=255) ttGAGATATTCGGCTGCTGTGAGATCGAGCGCCGCCAGGTGTCCGCCTTAAGATAGTCAGCGCCTATGAGTTCGAGCGCCGCTCGGGCGGCGCTCTATCTCACAGGCGCAGAATGTGTCGAGCCGGACACCTGCGGCTCTCGATCTCGtc < 2:119740/150‑1 (MQ=38) ttGAGATATTCAGCGCCTGTGAGATCGAGCGCCGCCAGGTGTCCGCCTTAAGATATTCAGCGCCTATGAGATCGAGCGCCGCGCGGGCGGCGCTCGATCTCACAGGCGCAGAATGTGTCGAGCCGGACACCTGCGGCGCTCGATCTCGtc > 2:456040/1‑150 (MQ=255) atTCAGCGCCTGTGAGATCGAGAGCCGCCAGGTGTCCGCCTTAAGATATGCAGCGCCTATGAGATCGAGCGCCGCGCGGGCGGCGCTCGATCTCACAGGCGCAGAATGTGTCGAGCCGGACACCTGCGGCGCTCGATCTCGTCTCAAGcc > 2:1835716/1‑150 (MQ=255) ttCAGCGCCTGTGAGATCGAGCGCCGCCAGGTGTCCGCCTTAAGATATTCAGCGCCTATGATATCGAGCGCCGCCCGCGCGGCGCTc > 2:1532788/1‑87 (MQ=21) ttCAGCGCCTGTGAGATCGAGCGCCGCCAGGTGTCCGCCTTAAGATATTCAGCGCCTATGAGATCGAGCGCCGCGCGGGCGGCGCTCGATCTCACAGGCGCAGAATGTGTCGAGCCGGACACCTGCGGCGCTCGATCTCGTCTCAAGCCg < 2:2273142/150‑1 (MQ=255) ttCAGCGCCTGTGAGATCGAGCGCCGCCAGGTGTCCGCCTTAAGATATTCAGCGCCTATGAGATCGAGCGCCGCCCGCGCGGCGCTc < 1:1532788/87‑1 (MQ=255) tCAGCGCCTGTGAGATCGAGCGCCGCCAGGTGTCCGCCTTAAGATATTCTGCGCCTGTGAGATCGAGCGCCGCCCGCGCGGCGCTCGa > 2:880386/1‑88 (MQ=14) tCAGCGCCTGTGAGATCGAGCGCCGCCAGGTGTCCGCCTTAAGATATTCTGCGCCTGTGAGATCGAGCGCCGCCCGCGCGGCGCTCGa < 1:880386/88‑1 (MQ=17) cAGCGCCTGTGAGATCGAGCGCCGCCAGGTGTCCGCCTTAAGATATTCAGCGCCTATGAGATCGAGCGCCGCGCGGGCGGCGCTCGATCTCACAGGCGCAGAATGTGTCGAGCCGGACCCCTGCGGCGCTCGATCTCGTCTCAAGCCGGa < 1:821138/150‑1 (MQ=255) cAGCGCCTGTGAGATCGAGCGCCGCCAGGTGTCCGCCTTAAGATATTCAGCGCCTATGAGATCGAGCGCCGCGCGGGCGGCGCTCGATCTCACAGGCGCAGAATGTGTCGAGCCGGACACCTGCGGCGCTCGATCTCGTCTCAAGCCGGa < 2:1578981/150‑1 (MQ=255) tgtgAGATCGAGCGCCGCCAGGTGTCCGCCTTAAGATATTCAGCGCCTATGAGATCGAGCGCCGCGCGGGCGGCGCTCGATCTCACAGGCGCAGAATGTGTCGAGCCGGACACCTGCGGCGCTCGATCTCGTCTCAAGCCGGACACctct < 2:1337650/150‑1 (MQ=255) gaTCGAGCGCCGCCAGGTGTCCGCCTTAAGATATTCAGCGCCTATGAGATCGAGCGCCGCGCGGGCGGCGCTCGATCTCACAGGCGCAGAATGTGTCGAGCCGGACACCTGCGGCGCTCGATCTCGTCTCAAGCCGGACACCTCTGaaaa > 2:2154952/1‑150 (MQ=255) aTCGAGCGCCGCCAGGTGTCCGCCTTAAGATATTCAGCGCCTATGAGATCGAGCGCCGCGCGGGCGGCGCTCGATCTCACAGGCGCAGAATGTGTCGAGCCGGACACCTGCGGCGCTCGATCTCGTCTCAAGCCGGACACCTCTGAAAAc > 2:2029848/1‑150 (MQ=255) gAGCGCCGCCAGGTGTCCGCCTTAAGATATTCAGCGCCTATGAGATCGAGCGCCGCGCGGGCGGCGCTCGATCTCACAGGCGCAGAATGTGTCGAGCCGGACACCTGCGGCGCTCGATCTCGTCTCAAGCCGGACACCTCTGAAAACTGa < 1:2154952/150‑1 (MQ=255) aGCGCCGCCAGGTGTCCGCCTTAAGATATTCAGCGCCTATGAGATCGAGCGCCGCGCGGGCGGCGCTCGATCTCACAGGCGCAGAATGTGTCGAGCCGGACACCTGCGGCGCTCGATCTCGTCTCAAGCCGGACACCTCTGAAAACTGAc < 1:1275892/150‑1 (MQ=255) gcgcCGCCAGGTGTCCGCCTTAAGATATTCAGCGCCTATGAGATCGAGCGCCGCGCGGGCGGCGCTCGATCTCACAGGCGCAGAATGTGTCGAGCCGGACACCTGCGGCGCTCGATCTCGTCTCAAGCCGGACACCTCTGAAAACTGAcc < 1:1972810/150‑1 (MQ=255) cgccAGGTGTCCGCCTTAAGATATTCAGCGCCTATGAGATCGAGCGCCGCGCGGGCGGCGCTCGATCTCACAGGCGCAGAATGTGTCGAGCCGGACACCTGCGGCGCTCGATCTCGTCTCAAGCCGGACACCTCTGAAAACTGACCCCGa > 1:1364968/1‑150 (MQ=255) | TACGCAAAGGACTGGCCCAACCATATCTCGACAACGGTTAGCTTGTCTGGTAGCGGGTTGTGTGGTTGGGGGAGGGGGGATTGCATC‑‑AGGGCTGCCAGGTGGCCGGCTTGAGATATTCAGCGCCTGTGAGATCGAGCGCCGCCAGGTGTCCGCCTTAAGATATTCAGCGCCTATGAGATCGAGCGCCGCGCGGGCGGCGCTCGATCTCACAGGCGCAGAATGTGTCGAGCCGGACACCTGCGGCGCTCGATCTCGTCTCAAGCCGGACACCTCTGAAAACTGACCCCGA > NC_002947/1184402‑1184690 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |