Predicted mutation | |||||||
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RA | NC_002947 | 4,902,717 | T→C | 7.2% | V196A (GTG→GCG) ‡ | PP_4310 → | hydantoin racemase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | NC_002947 | 4,902,717 | 0 | T | C | 7.2% | 328.1 / 10.6 | 110 | V196A (GTG→GCG) ‡ | PP_4310 | hydantoin racemase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (42/60); new base C (4/4); total (46/64) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.18e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.18e-01 |
Only 100 of 111 total aligned reads displayed.
GCTGGAACTGGAAGCCGACCCGCTGCGGGCCGTGGAGGCGATTGTCGAGCAGGCCGAACGCGCCGTGCGCGACGACAAGGCCGAGGTGATCTGCCTGGGTTGTGGCGGCATGGCCGGGCTGGACGAGCAGATTCGCCAACGCACCGGCGTGCCGGTGGTGGATGGTGTGAGTGCAGCGGTGAC‑CATTGCCGAATCGCTGGTGCGCATGGGTTTGAGCACGTCCAAAGTGCGCACCTATGCGACGCCACGGGCGAAGAAAGTGGTGGGCTGGCCGATGCGCTTCGGCCGCTAGAGA > NC_002947/4902568‑4902862 | gCTGGAACTGGAAGCCGACCCGCTGCGGGCCGTGGAGGCGATTGTCGAGCAGGCCGAACGCGCCGTGCGCGACGACAAGGCCGAGGTGATCTGCCTGGGTTGTGGCGGCATGGCCGGGCTGGACGAGCAGATTCGCCAACGCACCGGCGt < 2:1579857/150‑1 (MQ=255) tggaaGCCGACCCGCTGCGGGCCGTGGAGGCGATTGTCGAGCAGGCCGAACGCGCCGTGCGCGACGACAAGGCCGAGGTGATCTGCCTGGGTTGTGGCGGCATGGCCGGGCTGGACGAGCAGATTCGCCAACGCACCGGCGTGc > 1:2096997/1‑144 (MQ=255) tggaaGCCGACCCGCTGCGGGCCGTGGAGGCGATTGTCGAGCAGGCCGAACGCGCCGTGCGCGACGACAAGGCCGAGGTGATCTGCCTGGGTTGTGGCGGCATGGCCGGGCTGGACGAGCAGATTCGCCAACGCACCGGCGTGc < 2:2096997/144‑1 (MQ=255) tggaaGCCGACCCGCTGCGGGCCGTGGAGGCGATTGTCGAGCAGGCCGAACGCGCCGTGCGCGACGACAAGGCCGAGGTGATCTGCCTGGGTTGTGGCGGCATGGCCGGGCTGGACGAGCAGATTCGCCAACGCACCGGCGTGCCggtgg < 2:2119951/150‑1 (MQ=255) tggaaGCCGACCCGCTGCGGGCCGTGGAGGCGATTGTCGAGCAGGCCGAACGCGCCGTGCGCGACGACAAGGCCGAGGTGATCTGCCTGGGTTGTGGCGGCATGGCCGGGCTGGACGAGCAGATTCGCCAACGCACCGGCGTGCCggtgg > 1:1609847/1‑150 (MQ=255) ggaaGCGGACCCGCTGCGGGCCGTGGAGGCGTTTGTCGAGCAGGCCCAACGCGCCGTGCGCGACGACAAGGCCGAGGTGATCTGCCTGGGTTGTGGCGGCATCGCAGGGCTGGACGAGCAGATTCGCCAACGCACCGGCGTGCCggtggt < 1:1041912/150‑1 (MQ=255) ggaaGCCGACCCGCTGCGGGCCGTGGAGGCGATTGTCGAGCAGGCCGAACGCGCCGTGCGCGACGACAAGGCCGAGGTGATCTGCCTGGGTTGTGGCGGCATGGCCGGGCTGGACGAGCAGATTCGCCAACGCACCGGCGTGCCggtggt < 2:321928/150‑1 (MQ=255) ggaaGCCGACCCGCTGCGGGCCGTGGAGGCGATTGTCGAGCAGGCCGAACGCGCCGTGCGCGACGACAAGGCCGAGGTGATCTGCCTGGGTTGTGGCGGCATGGCCGGGCTGGACGAGCAGATTCGCCAACGCACCGGCGTGCCggtggt < 1:2240882/150‑1 (MQ=255) ggaaGCCGACCCGCTGCGGGCCGTGGAGGCGATTGTCGAGCAGGCCGAACGCGCCGTGCGCGACGACAAGGCCGAGGTAAGCTGTCTGGGTTGTGGCGGCAGGGCCGGGCTGGAAGAGAAGATTCGCCAACGCACCGGCGTGCCggtggt > 1:43892/1‑150 (MQ=255) 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ccAACGCACCGGCGTGCCGGTGGTGGATGGTGTGAGTGCAGCGGTGAC‑CATTGCCGAATCGCTGGTGCGCATGGGTTTGAGCACGTCCAAAGTGCGCACCTATGCGACGCCACGGGCGAAGAAAgtg > 1:1188816/1‑127 (MQ=255) atccaccACCGGCACGCCGGTGGTGGATGGTGTGAGTGCAGCGGTGAC‑CATTGCCGAATCGCTGGTGCGCATGGGTTTGAGCACGTCCAAAGTGCGCACCTATGCGACGCCACGGGCGAAGAAAg > 1:2021509/7‑125 (MQ=255) atccaccACCGGCACGCCGGTGGTGGATGGTGTGAGTGCAGCGGTGAC‑CATTGCCGAATCGCTGGTGCGCATGGGTTTGAGCACGTCCAAAGTGCGCACCTATGCGACGCCACGGGCGAAGAAAg < 2:2021509/119‑1 (MQ=255) cAACGCACCGGCGTGCCGGTGGTGGATGGTGTGAGTGCAGCGGTGAC‑CATTGCCGAATCGCTGGTGCGCATGGGTTTGAGCACGTCCAAAGTGCGCACCTATGCGACGCCACGGGCGAAGAAAGTGGTGGGCTGGCCGATGTGATTCGGc > 1:1443177/1‑150 (MQ=255) accACCGGCACGCCGGTGGTGGATGGTGTGAGTGCAGCGGTGAC‑CATTGCCGAATCGCTGGTGCGCATGGGTTTTAGCACGTCCAAAGTGCGCACCTATGCGACGCCACGGGCGAAGAAAgtggt < 1:1044233/123‑1 (MQ=255) accACCGGCACGCCGGTGGTGGATGGTGTGAGTGCAGCGGTGAC‑CATTGCCGAATCGCTGGTGCGCATGGGTTTGAGCACGTCCAAAGTGCGCACCTATGCGACGCCACGGGCGAAGAAAgtggt > 2:1044233/3‑125 (MQ=255) accACCGGCACGCCGGTGGTGGATGGTGTGAGTGCAGCGGTGAC‑CATTGCCGAATCGCTGGTGCGCATGGGTTTGAGCACGTCCAAAGTGCGCACCTATGCGACGCCACGGGCGAAGAAAGTGGTGGGCTGGCCGAt > 1:1591541/3‑137 (MQ=255) gCACCGGCGTGCCGGTGGTGGATGGTGTGAGTGCAGCGGTGAC‑CATTGCCGAATCGCTGGTGCGCATGGGTTTGAGCACGTCCAAAGTGCGCa < 2:371731/93‑1 (MQ=255) gCACCGGCGTGCCGGTGGTGGATGGTGTGAGTGCAGCGGTGAC‑CATTGCCGAATCGCTGGTGCGCATGGGTTTGAGCACGTCCAAAGTGCGCa > 1:371731/1‑93 (MQ=255) cACCGGCGTGCCGGTGGTGGATGGTGTGAGTGCAGCGGTTAC‑CATTGCCGAATCGCTGGTGCGCATGGGTTTGAGCACGTCCAAAGTGCGCACCTATGCGACGCCACGGGCGAAGAAAGTGGTGGGCTGGCCGATGCGCTTCGGCCGCTa < 1:1591501/150‑1 (MQ=255) ggCGTGCCGGTGGTGGATGGTGTGAGTGCAGCGGTGAC‑CATTGCCGAATCGCTGGTGCGCATGGGTTTGAGCACGTCCAAAGTGCGCACCTATGCGACGCCACGGGCGAAAAAAGTGGTGGGCTGGCCGATGCGCTTCGGCCGCTAgaga > 2:2284015/1‑150 (MQ=255) gCGTGCCGGTGGTGGATGGTGTGAGTGCAGCGGTGAC‑CATTGCCGAATCGCTGGTGCGCATGGGTTTGAGCACGTCCAAAGTGCGCACCTATGCGACGCCACGGGCgaa > 1:206326/1‑109 (MQ=255) gCGTGCCGGTGGTGGATGGTGTGAGTGCAGCGGTGAC‑CATTGCCGAATCGCTGGTGCGCATGGGTTTGAGCACGTCCAAAGTGCGCACCTATGCGACGCCACGGGCgaa < 2:206326/109‑1 (MQ=255) | GCTGGAACTGGAAGCCGACCCGCTGCGGGCCGTGGAGGCGATTGTCGAGCAGGCCGAACGCGCCGTGCGCGACGACAAGGCCGAGGTGATCTGCCTGGGTTGTGGCGGCATGGCCGGGCTGGACGAGCAGATTCGCCAACGCACCGGCGTGCCGGTGGTGGATGGTGTGAGTGCAGCGGTGAC‑CATTGCCGAATCGCTGGTGCGCATGGGTTTGAGCACGTCCAAAGTGCGCACCTATGCGACGCCACGGGCGAAGAAAGTGGTGGGCTGGCCGATGCGCTTCGGCCGCTAGAGA > NC_002947/4902568‑4902862 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |