Predicted mutation | |||||||
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RA | NC_002947 | 1,724,495 | T→A | 9.9% | intergenic (+20/+29) | PP_1517 → / ← PP_1518 | RND family transporter/hypothetical protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | NC_002947 | 1,724,495 | 0 | T | A | 9.9% | 301.2 / 20.7 | 101 | intergenic (+20/+29) | PP_1517/PP_1518 | RND family transporter/hypothetical protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (45/45); new base A (6/4); total (51/50) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.41e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.35e-01 |
Only 100 of 101 total aligned reads displayed.
TTGTCGCGTAGTGTGTTCTACGGGCCGATGGCGGTGGCGATCATGGGCGGGCTGATCGTGGCCACGGTGCTTACACTGC‑TGTTCCTGCCGGCGTTGTATGCGGCGTGGTTCAGGGTGAAGAAGGGCTGAAGGCCGCAGGGGGAGGGCTTAGCCCTCCCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGCGCGCCGAAGACCTTCTTGGCCAGGCTGGTAGCCGCCGCTGCCGGGTTCTGGCGAATGTTCTGCTCCTGTTTGCCGATCATCTCGAACAGGCCATCCAGCGCCTTCTCGGT > NC_002947/1724347‑1724640 | ttGTCGCGTAGTGTGTTCTACGGGCCGATGGCGGTGGCGATCATGGGCGGGCTGATCGTGGCCACGGTGCTTACACTGC‑TGTTCCTGCCGGCGTTGTATGCGGCGTGGTTCAGGGTGAAGAAGGGCTGAAGGCCGCAGGGGGAGGGCTTa < 1:378727/150‑1 (MQ=255) ttGTCGCGTAGTGTGTTCTACGGGCCGATGGCGGTGGCGATCATGGGCGGGCTGATCGTGGCCACGGTGCTT‑CGCTGCGGGTTCCTGCCGACGCGGTATGCGGCGTGGTTCAGGGTGAAGAAGGGCTGAAGGCCGCAGGGGGAGGGCTTa < 1:1498401/150‑1 (MQ=255) cgcgTAGTGTGTTCTACGGGCCGATGGCGGTGGCGATCATGGGCGGGCTGATCGTGGCCACGGTGCTTACACTGC‑TGTTCCTGCCGGCGTTGTATGCGGCGTGGTTCAGGGTGAAGAAGGGCTGAAGGCCGCAGGGGGAGGGCTTAGccc < 1:841140/150‑1 (MQ=255) 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< 1:234722/150‑1 (MQ=255) aagaagGGCTGAAGGCCGCAGGGGGAGGGCTTAGCCCTCCCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGCGCGCCGAAGACCTTCTTGGCCAGGCTGGTAGCCGCCGCTGCCGGGTTCTGGCGAATGTTCTGCTCCTGTTTGCCGATCAtctc < 1:199880/150‑1 (MQ=255) aagaagGGCTGAAGGCCGCAGGGGGAGGGCTTAGCCCTCCCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGCGCGCCGAAGACCTTCTTGGCCAGGCTGGTAGCCGCCGCTGCCGGGTTCTGGCGAATGTTCTGCTCCTGTTTGCCGATCAtctc > 2:848245/1‑150 (MQ=255) taagGGCTGAAGGCCGCAGGGGGAGGGCTTAGCCCTCCCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGCGCGCCGAAGACCTTCTTGGCCAGGCTGGTAGCCGCCGCTGCCGGGTTCTGGCGAATGTTCTGCTCCTGTTTGCCGATCATCTCGa > 2:1648251/2‑150 (MQ=255) aagGGCTGAAGGCCGCAGGGGGAGGGCTTAGCCCTCCCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGCGCGCCGAAGACCTTCTTGGCCAGGCTGGTAGCCGCCGCTACCGGGTTCTGGCGAATGTTCTGCTCCTGTTTGCCGATCATCTCGaa > 1:2068396/1‑150 (MQ=255) gCTGAAGGCCGCAGGGGGAGGGCTTAGCCCTCCCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGCGCGCCGAAGACCTTCTTGGCCAGGCTGGTAGCCGCCGCTGCCGGGTTCTGGCGAATGTTCTGCTCCTGTTTGCCGATCATCTCGAACAgg > 1:1691206/1‑150 (MQ=255) gAAGGCCGCAGGGGGAGGGCTTAGCCCTCCCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGCGCGCCGAAGACCTTCTTGGCCAGGCTGGTAGCCGCCGCTGCCGGGTTCTGGCGAATGTTCTGCTCCTGTTTGCCGATCATCTCGAACAGGCCa < 1:2021770/150‑1 (MQ=255) cAGGGGGAGGGCTTAGCCCTCCCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGCGCGCCGAAGACCTTCTTGGCCAGGCTGGTAGCCGCCGCTGCCGGGTTCTGGCGAATGTTCTGCTCCTGTTTGCCGATCATCTCGAACAGGCCATCCAgcgc < 1:942845/150‑1 (MQ=255) gaagggAGGGCTAAGCCCTCCCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGCGCGCCGAAGACCTTCTTGGCCAGGCTGGTAGCCGCCGCTGCCGGGTTCTGGCGAATGTTCTGCTCCTGTTTGCCGatc < 2:2297831/123‑1 (MQ=255) gaagggAGGGCTAAGCCCTCCCTTCGCGGGTAAACCCGCTACTACAGCGCGCCGAAGACCTTCTTGGCCAGGCTGGTAGCCGCCGCTGCCGGGTTCTGGCGAATGTTCTGCTCCTGTTTGCCGatc > 1:2297831/4‑126 (MQ=255) gaagggAGGGCTAAGCCCTCCCCTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGCGCGCCGAAGACCTTCTTGGCCAGGCTGGTAGCCGCCGCTGCCGGGTTCTGGCGAATGTTCTGCTCCTGTTTGCCGATCATCTCGAACAGGCCATCCAGCGcc > 2:430589/4‑150 (MQ=255) aagggAGGGCTAAGCCCTCCCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGCGCGCCGAAGACCTTCTTGGCCAGGCTGGTAGCCGCCGCTGCCGGGTTCTGGCGAATGTTCTGCTCCTGTTTGCCGATCATCTCGAACAGGCCATCCAGCGCCt > 2:1549389/3‑150 (MQ=255) agggAGGGCTAAGCCCTCCCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGCGCGCCGAAGACCTTCTTGGCCAGGCTGGTAGCCGCCGCTGCCGGGTTCTGGCGAATGTTCTGCTCCTGTTTGCCGATCATCTCGAACAGGCCATCCAGCGCCtt > 2:721748/2‑150 (MQ=255) gggAGGGCTAAGCCCTCCCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGCGCGCCGAAGACCTTCTTGGCCAGGCTGGTAGCCGCCGCTGCCGGGTTCTGGCGAATGTTCTGCTCCTGTTTGCCGATCATCTCGAACAGGCCATCCAGCGCCTtc > 2:343971/1‑150 (MQ=255) gcgAGGGCTAAGCCCTCCCTACGCGGGTAAACCCGCTACTACAGCGCGCCGACGCCGTTCTCGGCCAGGCTGGTAGCCGCCGCTGCCGGCTTCTGGCGCATGTCCTGCCACTTTTTGCCGATCATCTCGAACAGGCAATCAAGCGCCTtc > 2:118983/3‑150 (MQ=255) gAGGGCTAAGCCCTCCCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGCGCGCCGAAGACCTTCTTGGCCAGGCTGGTAGCCGCCGCTGCCGGGTTCTGGCGAATGTTCTGCTCCTGTTTGCCGATCATCTCGAACAGGCCATCCAGCGCCTtctc < 1:721748/150‑1 (MQ=255) aGGGCTTAGCCCTCCCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGCGCGCCGAAGACCTTCTTGGCCAGGCTGGTAGCCGCCGCTGCCGGGTTCTGGCGAATGTTCTGCTCCTGTTTGCCGATCATCTCGAACAGGCCATCCAGCGCCTTCTCg > 2:67099/1‑150 (MQ=255) ggCTTAGCCCTCCCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGCGCGCCGAAGACCTTCTTGGCCAGGCTGGTAGCCGCCGCTGCCGGGTTCTGGCGAATGTTCTGCTCCTGTTTGCCGATCAtctc < 2:2336724/123‑1 (MQ=255) ggCTTAGCCCTCCCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGCGCGCCGAAGACCTTCTTGGCCAGGCTGGTAGCCGCCGCTGCCGGGTTCTGGCGAATGTTCTGCTCCTGTTTGCCGATCAtctc > 1:2336724/1‑123 (MQ=255) ggCTTAGCCCTCCCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGCGCGCCGAAGACCTTCTTGGCCAGGCTGGTAGCCGCCGCTGCCGGGTTCTGGCGAATGTTCTGCTCCTGTTTGCCGATCATCTCGAACAGGCCATCCAGCGCCTTCTCGGt > 1:1275011/1‑150 (MQ=255) | TTGTCGCGTAGTGTGTTCTACGGGCCGATGGCGGTGGCGATCATGGGCGGGCTGATCGTGGCCACGGTGCTTACACTGC‑TGTTCCTGCCGGCGTTGTATGCGGCGTGGTTCAGGGTGAAGAAGGGCTGAAGGCCGCAGGGGGAGGGCTTAGCCCTCCCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGCGCGCCGAAGACCTTCTTGGCCAGGCTGGTAGCCGCCGCTGCCGGGTTCTGGCGAATGTTCTGCTCCTGTTTGCCGATCATCTCGAACAGGCCATCCAGCGCCTTCTCGGT > NC_002947/1724347‑1724640 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |