New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | 5537079 = | 38 (0.840) | 11 (0.310) | 9/210 | 2.9 | 30.9% | intergenic (+8/+95) | nadE/PP_4870 | NH(3)‑dependent NAD(+) synthetase/azurin |
? | NC_002947 | 5537155 = | 19 (0.530) | intergenic (+84/+19) | nadE/PP_4870 | NH(3)‑dependent NAD(+) synthetase/azurin |
TCGTCGCCACCTACCGCAAGACCCAGCACAAGCGCGAACTGCCGTTCGCTCCTTGATAAGTGGCCTGCAGGAGCGGGTTCACCCGCGAATACGAGGGTGAACCCACCGACGCATTCGCGGGTGAACCCGCTCCTGCAGGGTTCGCCGTCAGCCTTTGATTACTTGACGATGACCTTGCCTTTCATCATCGAGATGTGGCCCGGGAAGGTGCAGAAGAAGCTGTAGTCACCACCGGCTTCCAGCTTGGAAGTGTCGAACTTCACTTCGGTTTCTTTCTCAGGCG > NC_002947/5537016‑5537298 | tcgtcgCCACCTACCGCAAGACCCAGCACAAGCGCGAACTGCCGTTCGCTCCTTGATAAGTGGCCTGCAGGAGCGGGTTCACCCGCGAATACGAGGGTGAACCCACCGACGCATTCGCGGGTGAACCCGCTCCTGCAGGGTTCGCCGTCa > 1:907404/1‑150 (MQ=255) cACCTACCGCAAGACCCAGCACAAGCGCGAACTGCCGTTCGCTCCTTGATAAGTGGCCTGCAGGAGCGGGTTCACCCGCGAATACGAGGGTGAACCCACCGACGCATTCGCGGGTGAACCCGCTCCTGCAGGGTTCGCCGTCAGCCTTTg < 2:907404/150‑1 (MQ=255) cAGCACAAGCGCGAACTGCCGTTCGCTCCTTGATAAGTGGCCTGCAGGAGCGGGTTCACCCGCGAATACGAGGGTGAACCCACCGACGCATTCGCGGGTGAACCCGCTCCTGCAGGGTTCGCCGTCAGCCTTTGATTACTTGACGATGAc > 1:105760/1‑150 (MQ=255) gcgcGAACTGCCGTTCGCTCCTTGATAAGTGGCCTGCAGGAGCGGGTTCACCCGCGAATACGAGGGTGAACCCACCGACGCATTCGCGGGTGAACCCGCTCCTGCAGGGTTCGCCGTCAGCCTTTGATTACtt > 1:185569/1‑133 (MQ=255) gcgcGAACTGCCGTTCGCTCCTTGATAAGTGGCCTGCAGGAGCGGGTTCACCCGCGAATACGAGGGTGAACCCACCGACGCATTCGCGGGTGAACCCGCTCCTGCAGGGTTCGCCGTCAGCCTTTGATTACtt < 2:185569/133‑1 (MQ=255) gagcgAACGGCAGTTCGCTCCTTGTTAAGTGGCCTGCAGGAGCGGGTTCACCCGCGAATACGAGGGTGAACCCACCGACGCATTCGCGGGTGAACCCGCTCCTGCAGGGTTCGCCGTCAGCCTTTGATTACTTGACGATGACCTTGCCtt > 2:710259/3‑150 (MQ=255) tGCCGTTCGCTCCTTGATAAGTGGCCTGCAGGAGCGGGTTCACCCGCGAATACGAGGGTGAACCCACCGACGCATTCGCGGGTGAACCCGCTCCTGCAGGGTTTGCTGTCAGCCTTTGATTACTTGACGATGACCTTGCCTTTCatcatc > 1:537098/1‑150 (MQ=255) tGCCGTTCGCTCCTTGATAAGTGGCCTGCAGGAGCGGGTTCACCCGCGAATACGAGGGTGAACCCACCGACGCATTCGCGGGTGAACCCGCTCCTGCAGGGTTCGCCGTCAGCCTTTGATTACTTGACGATGACCTTGCCTTTCatcatc < 1:706617/150‑1 (MQ=255) ccGTTCGCTCCTTGATAAGTGGCCTGCAGGAGCGGGTTCACCCGCGAATACGAGGGTGAACCCACCGACGCATTCGCGGGTGAACCCGCTCCTGCAGGGTTCGCCGTCAGCCTTTGATTAATTGACGATGACCTTGCCTTTCATCATCga > 1:422548/1‑150 (MQ=255) cTTGATAAGTGGCCTGCAGGAGCGGGTTCACCCGCGAATACGAGGGTGAACCCACCGACGCATTCGCGGGTGAACCCGCTCCTGCAGGGTTCGCCGTCAGCCTTTGAt < 2:509305/108‑1 (MQ=255) cTTGATAAGTGGCCTGCAGGAGCGGGTTCACCCGCGAATACGAGGGTGAACCCACCGACGCATTCGCGGGTGAACCCGCTCCTGCAGGGTTCGCCGTCAGCCTTTGAt > 1:509305/1‑108 (MQ=255) tGATAAGCGGCTCGCATGAGCGGGTTCACCCGCGAATACGAGGGTGAACCCACCGACGCAATGACCGGTGAGCCCGCACCCAAAGGGTTCGCCGTCAGCCTTTGATTACTTGACGATGACCTTGCCTTTCATCATCGAGATGTGGCCCgg < 1:81387/150‑1 (MQ=255) cctgcaggagcgggttcacccgcgaatgcgtcggtgggttcaccctcgtattcgcgggtgaacccgctcctgcaggGTTCGCCGTCAGCCTTTGATTACTTGACGATGACCTTGCCTTTCATCATCga < 2:85146‑M2/52‑1 (MQ=255) cctgcaggagcgggttcacccgcgaatgcgtcggtgggttcaccctcgtattcgcgggtgaacccgctcctgcaggGTTCGCCGTCAGCCTTTGATTACTTGACGATGACCTTGCCTTTCATCATCga > 1:85146‑M2/77‑128 (MQ=255) AGGAGCGGGTTCACCCGCGAATACGAGGGTGAACCCACCGACGCATTCGCGGGTGAACCCGCTCCTGCAGGGTTCGCCGTCAGCCTTTGATTACTTGACGATGACCTTg < 1:1050035‑M1/109‑1 (MQ=255) AGGAGCGGGTTCACCCGCGAATACGAGGGTGAACCCACCGACGCATTCGCGGGTGAACCCGCTCCTGCAGGGTTCGCCGTCAGCCTTTGATTACTTGACGATGACCTTg > 2:1050035‑M1/1‑109 (MQ=255) gtGGGTTCACCCTCGTATTCGCGGGTGAACCCACCGACGCATTCGCGGGTGAACCCGCTCCTGCAGGGTTCGCCGTCa > 1:631627‑M1/3‑78 (MQ=255) gtGGGTTCACCCTCGTATTCGCGGGTGAACCCACCGACGCATTCGCGGGTGAACCCGCTCCTGCAGGGTTCGCCGTCa < 2:631627‑M1/76‑1 (MQ=255) CGGGTTCACCCGCGAATACGAGGGTGAACCCACCGACGCATTCGCGGGTGAACCCGCTCCTGCAGGGTTCGCCGTCAGCCTTTGATTACTTGACGATGACCTTGCCTTTCATCATCGAGATGTGGCCCGGGAAGGTGCAGAAGAAGCTGt < 1:842677‑M1/150‑1 (MQ=255) CACCCGCGAATACGAGGGTGAACCCACCGACGCATTCGCGGGTGAACCCGCTCCTGCAGGGTTCGCCGTCAGCCTTTGATTACTTGACGATGACCTTGCCTTTCATCATCGAGATGTGGCCCGGGAAGGTGCAGAAGAAGCTGTAGTcac > 2:2862‑M1/1‑150 (MQ=255) cccgcgaatgcgtcggtgggttcaccctcgtattcgcgggtgaacccgctcctgcaggGTTCGCCGTCAGCCTTTGATTACTTGACGATGACCTTGCCTTTCATCATCGAGATGTGGCCCGGGAAGGTGCAGAAGAAGCTGTAg < 2:223520‑M2/86‑1 (MQ=255) cccgcgaatgcgtcggtgggttcaccctcgtattcgcgggtgaacccgctcctgcaggGTTCGCCGTCAGCCTTTGATTACTTGACGATGACCTTGCCTTTCATCATCGAGATGTGGCCCGGGAAGGTGCAGAAGAAGCTGTAg > 1:223520‑M2/59‑144 (MQ=255) ccgcgaatgcgtcggtgggttcaccctcgtattcgcgggtgaacccgctcctgcaggGTTCGCCGTCAGCCTTTGATTACTTGACGATGACCTTGCCTTTCATCATCGAGATGTGGCCCGGGAGGGTGCAGAAGAAGCTGTAGTcaccac > 1:867532‑M2/58‑150 (MQ=255) ccgcgaatgcgtcggtgggttcaccctcgtattcgcgggtgaacccgctcctgcaggGTTCGCCGTCAGCCTTTGATTACTTGACGATGACCTTGCCTTTCATCATCGAGATGTGGCCCGGGAAgg > 1:667522‑M2/58‑126 (MQ=255) ccgcgaatgcgtcggtgggttcaccctcgtattcgcgggtgaacccgctcctgcaggGTTCGCCGTCAGCCTTTGATTACTTGACGATGACCTTGCCTTTCATCATCGAGATGTGGCCCGGGAAgg < 2:667522‑M2/69‑1 (MQ=255) ccgcgaatgcgtcggtgggttcaccctcgtattcgcgggtgaacccgctcctgcaggGTTCGCCGTCAGCCTTTGATTACTTGACGATGACCTTGCCTTTCATCATCGAGATGTGGCCCGGGAAGGTGCAGAAGAAGCTGTAGTcaccac > 1:522369‑M2/58‑150 (MQ=255) CCGCGAATACGAGGGTGAACCCACCGACGCATTCGCGGGTGAACCCGCTCCTGCAGGGTTCGCCGTCAGCCTTTGATTACTTGACGATGACCTTGCCTTTCATCATCGAGATGTGGCCCGGGGAGGTGCAGAAGAAGCTGTAGTca < 2:393105‑M1/146‑1 (MQ=255) CCGCGAATACGAGGGTGAACCCACCGACGCATTCGCGGGTGAACCCGCTCCTGCAGGGTTCGCCGTCAGCCTTTGATTACTTGACGATGACCTTGCCTTTCATCATCGAGATGTGGCCCGGGGAGGTGCAGAAGAAGCTGTAGTca > 1:393105‑M1/1‑146 (MQ=255) CCGCGAATACGAGGGTGAACCCACCGACGCATTCGCGGGTGAACCCGCTCCTGCAGGGTTCGCCGTCAGCCTTTGATTACTTGACGATGACCTTGCCTTTCATCATCGAGATGTGGCCCGGGAAGGTGCAGAAGAAGCTGTAGTcaccac < 2:464401‑M1/150‑1 (MQ=255) CCGCGAATACGAGGGTGAACCCACCGACGCATTCGCGGGTGAACCCGCTCCTGCAGGGTTCGCCGTCAGCCTTTGATTACTTGACGATGACCTTGCCTTCCATCATCGAGATGTGGCCCGGGAAGGTGCAGAAGAAGCTGTAGTcaccac < 1:534618‑M1/150‑1 (MQ=255) cgcgaatgcgtcggtgggttcaccctcgtattcgcgggtgaacccgctcctgcaggGTTCGCCGTCAGCCTTTGATTACTTGACGATGACCTTGCCTTTCATCATCGAGATGTGGCCCGGGAAGGTGCAGaagaag > 1:224729‑M2/57‑136 (MQ=255) cgcgaatgcgtcggtgggttcaccctcgtattcgcgggtgaacccgctcctgcaggGTTCGCCGTCAGCCTTTGATTACTTGACGATGACCTTGCCTTTCATCATCGAGATGTGGCCCGGGAAGGTGCAGaagaag < 2:224729‑M2/80‑1 (MQ=255) CGCGAATACGAGGGTGAACCCACCGACGCATTCGCGGGTGAACCCGCTCCTGCAGGGTTCGCCGTCAGCCTTTGATTACTTGACGATGACCTTGCCTTTCATCATCGAGATGTGGCCCGGGAAGGTGCAGAAGAAGCTGTAGTCaccacc < 2:741470‑M1/150‑1 (MQ=255) tcggaTACGAGGGTGAACCCACCGACGCATTCGCGGGTGAACCCGCTCCTGCAGGGTTCGCCGTCAGCCTTTGATTACTTGACGATGACCTTGCCTTTCATCATCGAGATGTGGCCCGGGAAGGTGCAGAAGAAGCTGTAGTCACCACCg > 1:164875/5‑150 (MQ=255) gAGGGTGAACCCACCGACGCATTCGCGGGTGAACCCGCTCCTGCAGGGTTCGCCGTCAGCCTTTGATTACTTGACGATGACCtt < 1:219581/84‑1 (MQ=255) gAGGGTGAACCCACCGACGCATTCGCGGGTGAACCCGCTCCTGCAGGGTTCGCCGTCAGCCTTTGATTACTTGACGATGACCtt > 2:219581/1‑84 (MQ=255) gAGGGTGAACCCACCGACGCATTCGCGGGTGAACCCGCTCCTGCAGGGTTCGCCGTCAGCCTTTGATTACTTGACGATGACCTTGCCTTTCATCATCGAGATGTGGCCCGGGAAg > 2:1046943/1‑115 (MQ=255) gAGGGTGAACCCACCGACGCATTCGCGGGTGAACCCGCTCCTGCAGGGTTCGCCGTCAGCCTTTGATTACTTGACGATGACCTTGCCTTTCATCATCGAGATGTGGCCCGGGAAg < 1:1046943/115‑1 (MQ=255) ggtgggttcaccctcgtattcgcgggtgaacccgctcctgcaggGTTCGCCGTCAGCCTTTGATTACTTGACGATGACCTTGCCTTTCATCATCGAGATGTGGCCCGGGAGGGTGCAGAAGAAGCTGTAGTCACCACCGGCTTCCAGCtt < 2:867532‑M2/106‑1 (MQ=255) gTGAACCCACCGACGCATTCGCGGGTGAACCCGCTCCTGCAGGGTTCGCCGTCAGCCTTTGATTACTTGACGATGACCTTGCCTTTCATCATCGAGATGTGGCCCGGGAAGGTGCAGAAGAAGCTGTAGTCACCACCGGCTTCCAGCTTg < 2:105760/150‑1 (MQ=255) aaCCCACCGACGCATTCGCGGGTGAACCCGCTCCTGCAGGGTTCGCCGTCAGCCTTTGATTACTTGACGATGACCTTGCCTTTCATCATCGAGATGTGGCCCGGGAAGGTGCAGAAGAAGCTGTAGTCACCACCGGCTTCCAGCTTGGaa < 1:585545/150‑1 (MQ=255) ttcgcgggtgaacccgctcctgcaggGTTCGCCGTCAGCCTTTGATTACTTGACGATGACCTTGCCTTTCATCATCGAGATGTGGCCCGGGAAGGTGCagaa < 2:790232‑M2/76‑1 (MQ=255) ttcgcgggtgaacccgctcctgcaggGTTCGCCGTCAGCCTTTGATTACTTGACGATGACCTTGCCTTTCATCATCGAGATGTGGCCCGGGAAGGTGCagaa > 1:790232‑M2/27‑102 (MQ=255) cgcgggtgaacccgctcctgcaggGTTCGCCGTCAGCCTTTGATTACTTGACGATGACCTTGCCTTTCATCATCGAGATGTGGCCCGGGAAGGTGCAGAAGAAGCTGTAGTCACCACCGGCTTCCAGCTTGGAAGTGTCGAacttc < 2:481802‑M2/122‑1 (MQ=255) cgcgggtgaacccgctcctgcaggGTTCGCCGTCAGCCTTTGATTACTTGACGATGACCTTGCCTTTCATCATCGAGATGTGGCCCGGGAAGGTGCAGAAGAAGCTGTAGTCACCACCGGCTTCCAGCTTGGAAGTGTCGAacttc > 1:481802‑M2/25‑146 (MQ=255) cgggtgaacccgctcctgcaggGTTCGCCGTCAGCCTTTGATTACTTGACGATGACCTTGCCTTTCATCATCGAGATGTGGCCCGGGAAGGTGCAGAAGAAGCTGTAGTCACCACCGGCTTCCAGCTTGGAAGTGTCGAACTTCACTTCg < 1:536620‑M2/128‑1 (MQ=255) cgggcgaaaccgttcgtgcacgGGTCGCCGTCAGCGTGTGATTACTTGACGATGACCTTGCCTTTCATCATCGAGATGTGGCCCGGGAAGGTGCAGAAGAAGCTGTAGTCACCACCGGCTTCCAGCTTGGAAGTGTCGAACTTCACTTCg < 2:247035‑M2/128‑1 (MQ=255) ggtgaacccgctcctgcaggGTTCGCCGTCAGCCTTTGATTACTTGACGATGACCTTGCCTTTCATCATCGAGATGTGGCCCGGGAAg > 2:94176‑M2/21‑88 (MQ=255) ggtgaacccgctcctgcaggGTTCGCCGTCAGCCTTTGATTACTTGACGATGACCTTGCCTTTCATCATCGAGATGTGGCCCGGGAAg < 1:94176‑M2/68‑1 (MQ=255) cccgctgctgcaggGGTCGCCGGGAGCCTTTGATTAGTTGACGGTGAGCTTGCCTTTCATCATCGAGATGTGGCCCGGGAAGGTACAGAAGAAGCTGTAGTCACCACCGGCTTCCAGCTTGGAAGTGTCGAACTTCACTTCGGtttcttt > 2:304569‑M2/15‑150 (MQ=255) ccgctcctgcaggGTTCGCCGTCAGCCTTTGATTACTTGACGATGACCTTGCCTTTCATCATCGAGATGTGGCCCGGGAAGGTGCAGAAGAAGCTGTAGTCACCACCGGCTTCCAGCTTGGAAGTGTCGAACTTCACTTCGGtttctttc > 2:38345‑M2/14‑150 (MQ=255) ccgctcctgcaggGTTCGCCGTCAGCCTTTGATTACTTGACGATGACCTTGCCTTTCATCATCGAGATGTGGCCCGGGAAGGTGCAGAAGAAGCTGTAGTCACCACCGGCTTCCAGCTTGGAAGTGTCGAACTTCACTTCGGtttctttc > 1:378085‑M2/14‑150 (MQ=255) ccgctcctgcaggGTTCGCCGTCAGCCTTTGATTACTTGACGATGACCTTGCCTTTCATCATCGAGATGTGGCCCGGGAAGGTGCAGAAGAAGCTGTAGTCACCACCGGCTTCCAGCTTGGAAGTGTCGAACTTCACTTCGGttt < 1:86538‑M2/132‑1 (MQ=255) ccgctcctgcaggGTTCGCCGTCAGCCTTTGATTACTTGACGATGACCTTGCCTTTCATCATCGAGATGTGGCCCGGGAAGGTGCAGAAGAAGCTGTAGTCACCACCGGCTTCCAGCTTGGAAGTGTCGAACTTCACTTCGGttt > 2:86538‑M2/14‑145 (MQ=255) gctcctgcaggGTTCGCCGTCAGCCTTTGATTACTTGACGATGACCTTGCCTTTCATCATCGAGATGTGGCCCGGGAAGGTGTAGAAGAAGCTGTAGTCACCACCGGCTTCCAGCTTGGAAGTGTCGAACTTCACTTCGGTTTCTTtctc < 2:422548‑M2/139‑1 (MQ=255) gctcctgcaggGTTCGCCGTCAGCCTTTGATTACTTGACGATGACCTTGCCTTTCATCATCGAGATGTGGCCCGGGAAGGTGCAGAAGAAGCTGTAGTCACCACCGGCTTCCAGCTTGGAAGTGTCGAACTTCACTTCGGTTTCTTtctc < 1:464401‑M2/139‑1 (MQ=255) ctcctgcaggGTTCGCCGTCAGCCTTTGATTACTTGACGATGACCTTGCCTTTCATCATCGAGATGTGGCCCGGGAAGGTGCAGAAGAAGCTGTAGTCACCACCGGCTTCCa < 2:806143‑M2/102‑1 (MQ=255) ctcctgcaggGTTCGCCGTCAGCCTTTGATTACTTGACGATGACCTTGCCTTTCATCATCGAGATGTGGCCCGGGAAGGTGCAGAAGAAGCTGTAGTCACCACCGGCTTCCa > 1:806143‑M2/11‑112 (MQ=255) ctcctgcaggGTTCGCCGTCAGCCTTTGATTACTTGACGATGACCTTGCCTTTCATCATCGAGATGTGGCCCGGGAAGGTGCAGAAGAAGCTGTAGTCACCACCGGCTTCCAGCTTGGAAGTGTCGAACTTCACTTCGGTTTCTTTCTCa < 2:378085‑M2/140‑1 (MQ=255) tcctgcaggGTTCGCCGTCAGCCTTTGATTACTTGACGATGACCTTGCCTTTCATCATCGAGATGTGGCCCGGGAAGGTGCAGAAGAAGCTGTAGTCACCACCGGCTTCCAGCTTGGAAGTGTCGAACTGCACTTCTGTTTCTTTCTCAg < 2:164875‑M2/141‑1 (MQ=255) tgcaggGTTCGCCGTCAGCCTTTGATTACTTGACGATGACCTTGCCTTTCATCATCGAGATGTGGCCCGGGAAGGTGCAGAAGAAGCTGTAGTCACCACCGGCTTCCAGCTTGGAAGTGTCGAACTTCACTTCGGTTTCTTTCTCAGgcg > 2:541793‑M2/7‑150 (MQ=255) | TCGTCGCCACCTACCGCAAGACCCAGCACAAGCGCGAACTGCCGTTCGCTCCTTGATAAGTGGCCTGCAGGAGCGGGTTCACCCGCGAATACGAGGGTGAACCCACCGACGCATTCGCGGGTGAACCCGCTCCTGCAGGGTTCGCCGTCAGCCTTTGATTACTTGACGATGACCTTGCCTTTCATCATCGAGATGTGGCCCGGGAAGGTGCAGAAGAAGCTGTAGTCACCACCGGCTTCCAGCTTGGAAGTGTCGAACTTCACTTCGGTTTCTTTCTCAGGCG > NC_002947/5537016‑5537298 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |