New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | = 1844179 | 0 (0.000) | 35 (0.960) | 31/262 | 0.3 | 63.6% | coding (657/2754 nt) | gacS | sensor protein GacS |
? | NC_002947 | 2177745 = | 40 (1.090) | intergenic (+103/‑63) | PP_5485/PP_1931 | GNAT family acetyltransferase/hypothetical protein |
TGGTTTCCAGGTTCTGGCGCACGTCTTCGGTGGCCTGGTCGATGCTGTGTTGCAGTTCTTCGTGGGCATTCTGCAGGGTTTCGGCCATGCGGTTGATGCCGTG‑GGCCAGTTCGTCCAGCTCATGGCTGCCCATGGTC‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > NC_002947/1844043‑1844179 ‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ggtcCAGACTGTGTGAAAACGCCCGCGGTTGTCTAACCTTCTGGTCGTCGTGACCGTGGGGACAATCATGAAGCGATTCATCGAAGGTGAGGCTCGAACGCAGGTTACATTGCTGCCGGAGTGCCTGGACGACTACGTCACCGATGAAAACCC > NC_002947/2177745‑2177893 TGGTTTCCAGGTTCTGGCGCACGTCTTCGGTGGCCTGGTCGATGCTGTGTTGCAGTTCTTCGTGGGCATTCTGCAGGATTTCGGCCATGGGGTTGAT‑TCGTGTGGCCAGCGCGTCCAGCTCATGGCTGCCCATGGTCCAGACTGTGTGAA > 2:790108/1‑150 TGGTTTCAAGGTTCTGGCGCACGTCTTCGGTGGCCGGGTCGATGCTGTGTTGCAGTTCTTCGTGGGCATTCTGCAGGGTTTCGGCCATGCGGTTGATGCCGTG‑GGCCAGTTCGTCCAGCTCATGGCTGCCCATGGTCCAGACTGTGTGAA > 1:305703/1‑150 CCACGTTCTGGCGCACGTCTTCGGTGGCCTGGTCGATGCTGTGTTGCAGTTCTTCGTGGGCATTCTGCAGGGTTTCGGCCATGCGGTTGATGCCGTG‑GGCCAGTTCGTCCAGCTCATGGCTGCCCATGGTCCAGACTGTGTGAAAACGCC > 2:35369/1‑150 GTTCTGGCGCACGTCTTCGGTGGCCTGGTCGATGCTGTGTTGCAGTTCTTCGTGGGCATTCTGCAGGGTTTCGGCCATGCGGTTGATGCCGTG‑GGCCAGTTCGTCCAGCTCATGGCTGCCCATGGTCCAGACTGTGTGAAAACGCCCGCG > 2:729497/1‑150 CTTCGGTGGCCTGGTCGATGCTGTGTTGCAGTTCTTCGTGGGCATTCTGCAGGGTTTCGGCCATGCGGTTGATGCCGTG‑GGCCAGTTCGTCCAGCTCATGGCTGCCCATGGTCCAGACTGTGTGAAAACGCCCGCGGTTGTCTAACCTTC < 1:898912/150‑1 CTTCGGTGGCCTGGTCGATGCTGTGTTGCAGTTCTTCGTGGGCATTCTGCAGGGTTTCGGCCATGCGGTTGATGCCGTG‑GGCCAGTTCGTCCAGCTCATGGCTGCCCATGGTCCAGACTGTGTGAAAACGCCCGCGGTTGTCTAACCTTC < 1:50542/150‑1 GCCTGGTCGATGCTGTGTTGCAGTTCTTCGTGGGCATTCTGCAGGGTTTCGGCCATGCGGTTGATGCCGTG‑GGCCAGTTCGTCCAGCTCATGGCTGCCCATGGTCCAGACTGTGTGAAAACGCCCGCGGTTGTCTAACCTTCTGGTCGTC < 1:35369/150‑1 CCTGGTCGATGCTGTGTTGCAGTTCTTCGTGGGCATTCTGCAGGGTTTCGGCCATGCGGTTGATGCCGTG‑GGCCAGTTCGTCCAGCTCATGGCTGCCCATGGTCCAGACTGTGTGAAAACGCCCGCGGTTGTCTAACCTTCTGGTCGTCG > 2:219637/1‑150 TCGATGCTGTGTTGCAGTTCTTCGTGGGCATTCTGCAGGGTTTCGGCCATGCGGTTGATGCCGTG‑GGCCAGTTCGTCCAGCTCATGGCTGCCCATGGTCCAGACTGTGTGAAAACGCCCGCGGTTGTCTAACCTTCTGGTCGTCGTGACC > 1:142425/1‑150 TGCAGTTCTTCGTGGGCATTCTGCAGGGTTTCGGCCATGCGGTTGATGCCGTG‑GGCCAGTTCGTCCAGCTCATGGCTGCCCATGGTCCAGACTGTGTGAAAACGCCCGCGGTTGTCTAACCTTCTGGTCGTCGTGACCGTGGGGACAATC < 1:455371/150‑1 TGCAGTTCTTCGTGGGCATTCTGCAGGGTTTCGGCCATGCGGTTGATGCCGTG‑GGCCAGTTCGTCCAGCTCATGGCTGCCCATGGTCCAGACTGTGTGAAAACGCCCGCGGTTGTCTAACCTTCTGGTCGTCGTGACCGTGGGGACAATC < 1:455407/150‑1 AGTTCTTCGTGGGCATTCTGCAGGGTTTCGGCCATGCGGTTGATGCCGTG‑GGCCAGTTCGTCCAGCTCATGGCTGCCCATGGTCCAGACTGTGTGAAAACGCCCGCGGTTGTCTAACCTTCTGGTCGTCGTGACCGTGGGGACAATCATG > 2:156356/1‑150 GTTCTTCGTGGGCATTCTGCAGGGTTTCGGCCATGCGGTTGATGCCGTG‑GGCCAGTTCGTCCAGCTCATGGCTGCCCATGGTCCAGACTGTGTGAAAACGCCCGCGGTTGTCTAACCTTCTGGTCGTCGTGACCGTGGGGACAATCATGA < 2:834362/150‑1 TTCTTCGTGGGCATTCTGCAGGGTTTCGGCCATGCGGTTGATGCCGTG‑GGCCAGTTCGTCCAGCTCATGGCTGCCCATGGTCCAGACTGTGTGAAAACGCCCGCGGTTGTCTAACCTTCTGGTCGTCGTGACCGTGGGGACAATCATGAA < 2:142425/150‑1 TCGTGGGCATTCTGCAGGGTTTCGGCCATGCGGTTGATGCCGTG‑GGCCAGTTCGTCCAGCTCATGGCTGCCCATGGTCCAGACTGTGTGAAAACGCCCGCGGTTGTCTAACCTTCTGGTCGTCGTGACCGTGGGGACAGTCATGAAGCGA < 2:479080/150‑1 GTGGGCATTCTGCAGGGTTTCGGCCATGCGGTTGATGCCGTG‑GGCCAGTTCGTCCAGCTCATGGCTGCCCATGGTCCAGACTGTGTGAAAACGCCCGCGGTTGTCTAACCTTCTGGTCGTCGTGACCGTGGGGACAATCATGAAGCGATT < 1:219637/150‑1 TGGGCATTCTGCAGGGTTTCGGCCATGCGGTTGATGCCGTG‑GGCCAGTTCGTCCAGCTCATGGCTGCCCATGGTCCAGACTGTGTGAAAACGCCCGCGGTTGTCTAACCTTCTGGTCGTCGTGACCGTGGGGACAATCATGAAGCGATTC > 1:862072/1‑150 GCAGGGTTTCGGCCATGCGGTTGATGCCGTG‑GGCCAGTTCGTCCAGCTCATGGCTGCCCATGGTCCAGACTGTGTGAAAACGCCCGCGGTTGTCTAACC > 2:370241/1‑99 GCAGGGTTTCGGCCATGCGGTTGATGCCGTG‑GGCCAGTTCGTCCAGCTCATGGCTGCCCATGGTCCAGACTGTGTGAAAACGCCCGCGGTTGTCTAACC < 1:370241/99‑1 TTTCGGCCATGCGGTTGATGCCGTG‑GGCCAGTTCGTCCAGCTCATGGCTGCCCATGGTCCAGACTGTGTGAAAACGCCCGCGGTTGTCTAACCTTCTGGTCGTCGTGACCGTGGGGACAATCATGAAGCGATTCATCGAAGGTGAGGCTC < 1:790108/150‑1 GCGGTTGATGCCGTG‑GGCCAGTTCGTCCAGCTACTGGCTGCCCATGGTCCAGACTGTGTGAAAACGCCCGCGGTTGTCTAACCTTCTGGTCGTCGTGACCGTGGGGACAATCATGAAGCGATTCATCGAAGGTGAGGCTCGAACGCAGGT > 1:672899/1‑150 GGTTGATGCCGTG‑GGCCAGTTCGTCCAGCTCATGGCTGCCCATGGTCCAGACTGTGTGAAAACGCCCGCGGTTGTCTAGCCTTCTGGTCGTCGTGACCGTGGGGACAACCATGAAGCGATTCATCGAAGGTGAGGCTCGAACGCAGGTTA > 1:630594/1‑150 ATGCCGTG‑GGCCAGTTCGTCCAGCTCATGGCTGCCCATGGTCCAGACTGTGTGAAAACGCCCGCGGTTGTCTAACCTTCTGGTCGTCGTGACCGTGGGGACAATCATGAAGCGATTCATCGAAGGTGAGGCTCGAACGCAGGTTACATTG > 1:466439/1‑150 GGCCAGTTCGTCCAGCTCATGGCTGCCAATGCTTTAGGTTTTGTGAAAACGCCCGCGGTTGTCTAACCTTCTGGTCGTCGTGACCGTGGGGACAATCATGAAGCGATTCATCGAAGGTGAGGCTCGAACGCAGGTTACATTGCTGCCGGA < 2:305703/150‑1 CCAGTTCGTCCAGCTCATGGCTGCCCATGGTCCAGACTGTGTGAAAACGCCCGCGGTTGTCTAACTTTCTGGTCGTCGTGACCGTGGGGACAATCATGAAGCGATTCATCGAAGGTGAGGCTCGAACGCAGGTTACATTGCTGCCGGAGT > 2:658738/1‑150 CAGTTCGTCCAGCTCATGGCTGCCCATGGTCCAGACTGTGTGAAAACGCCCGCGGTTGTCTAACCTTCTGGTCGTCGTGACCGTGGGGACAATCATACAGCTATTCATCGAAGGTGAGGCTCGAACGCAGGTTACATTGCTGCCGGAGTG > 1:55961/1‑150 TCCAGCTCATGGCTGCCCATGGTCCAGACTGTGTGAAAACGCCCGCGGTTGTCTAACCTTCTGGTCGTCGTGACCGTGGGGACAATCATGAAGCGATTCATCGAAGGTGAGGCTCGAACGCAGGTTACATTGCTGCCGGAGTGCCTGGAC > 2:435371/1‑150 GCTCATGGCTGCCCATGGTCCAGACTGTGTGAAAACGCCCGCGGTTGTCTAACCTTCTGGTCGTCGTGACCGTGGGGACAATCATGAAGCGATTCATCGAAGGTGAGGCTCGAACGCAG < 1:320911/119‑1 GCTCATGGCTGCCCATGGTCCAGACTGTGTGAAAACGCCCGCGGTTGTCTAACCTTCTGGTCGTCGTGACCGTGGGGACAATCATGAAGCGATTCATCGAAGGTGAGGCTCGAACGCAG > 2:320911/1‑119 TCATGGCTGCCCATGGTCCAGACTGTGTGAAAACGCCCGCGGTTGTCTAACCTTCTGGTCGTCGTGACCGTGGGGACAATCATGAAGCGATTCATCGAAGGTGAGGCTCGAACGCAGGTTACATTGCTGCCGGAGTGCCTGGACGACTAC > 1:114347/1‑150 TCATGGCTGCCCATGGTCCAGACTGTGTGAAAACGCCCGCGGTTGTCTAACCTTCTGGTCGTCGTGACCGTGGGGACAATCATGAAGCGATTCATCGAAGGTGAGGCTCGAACGCAGGTTACATTGCTGCCGGAGTGCCTGGACGACTAC > 1:629230/1‑150 CTGCCCATGGTCCAGACTGTGTGAAAACGCCCGCGGTTGTCTAACCTTCTGGTCGTCGTGACCGTGGGGACAATCATGAAGCGATTCATCGAAGGTGAGGCTCGAACGCAGGTTACATTGCTGCCGGAGTGCCTGGACGACTACGTCACC < 1:772230/150‑1 TGCCCATGGTCCAGACTGTGTGAAAACGCCCGCGGTTGTCTAACCTTCTGGTCGTCGTGACCGTGGGGACAATCATGAAGCGATTCATCGAAGGTGAGGCTCGAACGCAGGTTACATTGCTGCCGGAGTGCCTGGACGACTACGTCACCG > 2:169469/1‑150 CCCATGGTCCAGACTGTGTGAAAACGCCCGCGGTTGTCTAACCTTCTGGTCGTCGTGACCGTGGGGACAATCATGAAGCGATTCATCGAAGGTGAGGCTCGAACGCAGGTTACATTGCTGCCGGAGTGCCTGGACGACTACGTCACCGAT < 2:629230/150‑1 CATGGTCCAGACTGTGTGAAAACGCCCGCGGTTGTCTAACCTTCTGGTCGTCGTGACCGTGGGGACAATCATGAAGCGATTCATCGAAGGTGAGGCTCGAACGCAGGTTACATTGCTGCCGGAGTGCCTGGACGACTACGTCACCGATGA > 1:511099/1‑150 GGTCCAGACTGTGTGAAAACGCCCGCGGTTGTCTAACCTTCTGGTCGTCGTGACCGTGGGGACAATCATGAAGCGATTCATCGAAGGTGAGGCTCGAACGCAGGTTACATTGCTGCCGGAGTGCCTGGACGACTACGTCACCGATGAAAA < 1:133954/150‑1 CCAGACTGTGTGAAAACGCCCGCGGTTGTCTAACCTTCTGGTCGTCGTGACCGTGGGGACAATCATGAAGCGATTCATCGAAGGTGAGGCTCGAACGCAGGTTACATTGCTGCCGGAGTGCCTGGACGACTACGTCACCGATGAAAACCC > 1:878863/1‑150 TGGTTTCCAGGTTCTGGCGCACGTCTTCGGTGGCCTGGTCGATGCTGTGTTGCAGTTCTTCGTGGGCATTCTGCAGGGTTTCGGCCATGCGGTTGATGCCGTG‑GGCCAGTTCGTCCAGCTCATGGCTGCCCATGGTC‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > NC_002947/1844043‑1844179 ‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ggtcCAGACTGTGTGAAAACGCCCGCGGTTGTCTAACCTTCTGGTCGTCGTGACCGTGGGGACAATCATGAAGCGATTCATCGAAGGTGAGGCTCGAACGCAGGTTACATTGCTGCCGGAGTGCCTGGACGACTACGTCACCGATGAAAACCC > NC_002947/2177745‑2177893 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |