| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_002947 | = 5506637 | 19 (0.570) | 9 (0.340) | 5/214 | 2.9 | 34.7% | intergenic (+48/‑151) | PP_4839/cycA | iron‑regulated membrane protein/D‑alanine/beta‑alanine/D‑serine/glycine permease |
| ? | NC_002947 | = 5506650 | 19 (0.730) | intergenic (+61/‑138) | PP_4839/cycA | iron‑regulated membrane protein/D‑alanine/beta‑alanine/D‑serine/glycine permease | |||||
GCTGGGGGTGATGTTCCCGCTGGTGGGGGTGTCGATGGTGGTGATGTGGGGGGTGGATAGTTTGGTGGTGAGGCGCCGCCGGGTCTTGGCCAGCGCTTGAGCCTTGTGTTGCCTGTG‑CTGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGAGGGACCGCGTTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGTACAGGCGAAATGCTGAGCCGAAAATGCAGAGTCGATCTGTCGCGCCCCGATCTGGAACGCGCGTGTTAGCCTAGCCGGCTACCTCTGACAAGAAGACTG > NC_002947/5506490‑5506781 | gtttccggTGATGTTCCCGCTGGTGGGGGTGTCGATGGTGGTGATGTGGGGGGTGGATAGTTTGGTGGTGAGGCGCCGCCGGGTCTTGGCCAGCGCTTGAGCCTTGTGTTGCCTGTG‑CTGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGa < 1:681171/144‑1 (MQ=255)gctggGGGTGATGTTCCCGCTGGTGGGGGTGTCGATGGTGGTGATGTGGGGGGTGGATAGTTTGGTGGTGAGGCGCCGCCGGGTCTTGGCCAGCGCTTGAGCCTTGTGTTGCCTGTG‑CTGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGa < 2:89350/150‑1 (MQ=255) gtggGGGTGATGGTCCCGCTGGTGGGGGTGTCGATGGTGGTGATGTGGGGGGTGGATAGTTTGGTGGTGAGGCGCCGCCGGGTCTTGGCCAGCGCTTGAGCCTTGTGTTGCCTGTG‑CTGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGAg < 1:712943/149‑1 (MQ=255) cGCTGGTGCGTGTGTCGATGGTGGTGATGTGGGGGGTGGATAGTTTGGTGGTGAGGCGCCGCCGGGTCTTGGCCAGCGCTTGAGCCTTGTGTTGCCTGTG‑CTGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACaacgcggtccctcgtagga < 1:695038‑M1/150‑20 (MQ=255) gggggggtgTCGATGGTGGTGATGTGGGGGGTGGATAGTTTGGTGGTGAGGCGCCGCCGGGTCTTGGCCAGCGCTTGAGCCTTGTGTTGCCTGTG‑CTGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACaacgcggtccctcgtaggagcggg < 2:194552‑M1/148‑25 (MQ=255) gggTGTCGATGGTGGTGATGTGGGGGGTGGATAGTTTGGTGGTGAGGCGCCGCCGGGTCTTGGCCAGCGCTTGAGCCTTGTGTTGCCTGTG‑CTGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGAGGGACAGAGTTgtaggcgagggttta > 2:415185‑M2/1‑135 (MQ=255) ggTGTCGATGGTGGTGATGTGGGGGGTGGATAGTTTGGTGGTGAGGCGCCGCCGGGTCTTGGCCAGCGCTTGAGCCTTGTGTTGCCTGTG‑CCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACaacgcggtccctcgtaggagcgggtttac < 2:514656‑M1/150‑30 (MQ=255) gATGGGGGTGATGTGGGGGGTGGATAGTTTGGTGGTGAGGCGCCGCCGGGTCTTGGCCAGCGCTTGAGCCTTGTGTTGCCTGTG‑CTGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGAGGGACCGCGTTgtaggagcgggtttacacgcga < 2:216604‑M2/150‑23 (MQ=255) tgGGGGGTGGATAGTTTGGTGGTGAGGCGCCGCCGGGTCTTGGCCAGCGCTTGAGCCTTGTGTTGCCTGTG‑CTGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGAGGGACCGCGTTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGTACa > 1:407880/1‑150 (MQ=255) ggcggTGGAGAGTCTGGTGGTGAGGCGCCGCCGGGTCTTGCCAGGCCATAGGGGC‑CGCGCAGCGGGCGCCGGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGAGGGACCGCGTTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGTACAgg < 1:95376/147‑1 (MQ=12) tttGGTGGTGAGGCGCCGCCGGGTCTTGGCCAGCGCTTGAGCCTTGTGTTGCCTGTG‑CTGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGAGGGACCGCGTTgtaggagcgggtttacccgcgaaga < 2:557488‑M2/126‑26 (MQ=255) tttGGTGGTGAGGCGCCGCCGGGTCTTGGCCAGCGCTTGAGCCTTGTGTTGCCTGTG‑CTGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGAGGGACCGCGTTgtaggagcgggtttacccgcgaaga > 1:557488‑M2/1‑101 (MQ=255) gtggtgAGGCGCCGCCGGGTCTTGGCCAGCGCTTGAGCCTTGTGTTGCCTGTG‑CTGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACaacgcggtccctcgtaggagcggg > 1:581754‑M1/1‑84 (MQ=255) gtggtgAGGCGCCGCCGGGTCTTGGCCAGCGCTTGAGCCTTGTGTTGCCTGTG‑CTGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACaacgcggtccctcgtaggagcggg < 2:581754‑M1/108‑25 (MQ=255) gAGGCGCCGCCGGGTCTTGGCCAGCGCTTGAGCCTTGTGTTGCCTGTG‑CTGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACaacgcggtccctcgtaggagcggg < 1:421985‑M1/103‑25 (MQ=255) gAGGCGCCGCCGGGTCTTGGCCAGCGCTTGAGCCTTGTGTTGCCTGTG‑CTGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACaacgcggtccctcgtaggagcggg > 2:463687‑M1/1‑79 (MQ=255) gAGGCGCCGCCGGGTCTTGGCCAGCGCTTGAGCCTTGTGTTGCCTGTG‑CTGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACaacgcggtccctcgtaggagcggg < 1:463687‑M1/103‑25 (MQ=255) gAGGCGCCGCCGGGTCTTGGCCAGCGCTTGAGCCTTGTGTTGCCTGTG‑CTGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACaacgcggtccctcgtaggagcggg > 2:421985‑M1/1‑79 (MQ=255) gcgcCGCCGGGTCTTGGCCAGCGCTTGAGCCTTGTGTTGCCTGTG‑CTGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGAGGGACCGCGTTgtaggagcgggtttacccgcgaagagg > 2:187106‑M2/1‑89 (MQ=255) gcgcCGCCGGGTCTTGGCCAGCGCTTGAGCCTTGTGTTGCCTGTG‑CTGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGAGGGACCGCGTTgtaggagcgggtttacccgcgaagagg < 1:187106‑M2/116‑28 (MQ=255) cgccgGGTCTTGGCCAGCGCTTGAGCCTTGTGTTGCCTGGG‑CTGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGAGGGACCGCGTTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGTACAGGCGAAATGCTGAGCCGAAAATGCAGAGTc < 1:445108/150‑1 (MQ=255) ccgGGTCTTGGCCAGCGCTTGAGCCTTGTGTTGCCTGTG‑CTGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGAGGGACCGCGTTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGTACAGGCGAAATGCTGAGCCGAAAATGCAGAGTCGa < 2:759191/150‑1 (MQ=255) ccgGGTCTTGGCCAGCGCTTGAGCCTTGTGTTGCCTGTG‑CTGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGAGGGACCGCGTTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGTACAGGCGAAATGCTGAGCCGAAAATGCAGAGTCGa > 2:385985/1‑150 (MQ=255) ccAGCGCTTGAGCCTTGTGTTGCCTGTG‑CTGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTGCTACGAGGGACCGCGTTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGTACAGGCGAAATGCTGAGCCGAAAATGCAGAGTCGATCTGTCGCGcc < 1:66151/150‑1 (MQ=255) aGCGCTTGAGCCTTGTGTTGCCTGTG‑CTGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGAGGGACCGCGTTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGTACAGGCGAAATGCTGAGCCGAAAATGCAGAGTCGATCTGTCGCGcccc < 1:385985/150‑1 (MQ=255) aGCGCTTGAGCCTTGTGTTGCCTGTG‑CTGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCGCCTACGAGGGACCGCGTTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGTACAGGCGAAATGCTGAGCCGAAAATGCAGAGTCGATCTGTCGCGcccc > 1:759850/1‑150 (MQ=255) ttGCCTGTG‑CTGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGAGGGACCGAGAAGGATGATCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGTACAGGCGAAATGCTGAGCCGAAAATGCAGAGTCGATCTGTCGAGCCCCGATCTGGAACGCGCgtg > 2:673548/1‑150 (MQ=38) gCCTGTG‑CTGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGAGGGACCGCGTTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGTACAGGCGAAATGCTGa < 1:718150/99‑1 (MQ=255) gCCTGTG‑CTGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGAGGGACCGCGTTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGTACAGGCGAAATGCTGa > 2:718150/1‑99 (MQ=255) ccTGTG‑CTGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGAGGGACCGCGTTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGTACAGGCGAAATGCTGAGCCGAAAATGCAGAGTCGATCTGTCGCGCCCCGATCTGGAACGCCGGTGTta < 1:673548/150‑1 (MQ=255) tGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGAGGGACCGCGTTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGTACAGGCGAAATGCTGAGCCGAAAATGCAGAGTCGATCTGTCGCGCCCCGATCTGGAACGCGCGTGTtagcctagc > 2:516127/1‑150 (MQ=255) ccTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACaacgcggtccctcgtaggagcgggtttacccgcgaagaggccagcacaggcaacacaaggctcaagcgctggccaagacccggcggcgc > 2:187106‑M1/1‑27 (MQ=255) ccTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACaacgcggtccctcgtaggagcgggtttacccgcgaagaggccagcacaggcaacacaaggctcaagcgctggccaagacccggcggcgc < 1:187106‑M1/116‑90 (MQ=255) tctTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACaacgcggtccctcgtaggagcgggtttacccgcgaagaggccagcacaggcaacacaaggctcaagcgctggccaagacccggcggcgcctcaccaccaaa > 1:557488‑M1/1‑25 (MQ=255) tctTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACaacgcggtccctcgtaggagcgggtttacccgcgaagaggccagcacaggcaacacaaggctcaagcgctggccaagacccggcggcgcctcaccaccaaa < 2:557488‑M1/126‑102 (MQ=255) tCGCGTGTAAACCCGCTCCTACaacgcggtccctcgtaggagcgggtttacccgcgaagaggccagcacaggcaacacaaggctcaagcgctggccaagacccggcggcgcctcaccaccaaactatccaccccccacatcacccccatc < 2:216604‑M1/150‑129 (MQ=255) gTAAACCCGCTCCTACGAGGGACCGCGTTgtaggagcgggtttacccgcgaagaggccggcacaggcaacacaaggctcaagcgctggccaagacccggcggcgcctcaccaccaaactatccaccccccacatcaccaccatcgacacc < 2:514656‑M2/150‑122 (MQ=255) tAAACCCTCGCCTACaactctgtccctcgtaggagcgggtttacccgcgaagaggccagcacaggcaacacaaggctcaagcgctggccaagacccggcggcgcctcaccaccaaactatccaccccccacatcaccaccatcgacaccc > 2:415185‑M1/1‑15 (MQ=255) tAAACCCGCTCCTACGAGGGACCGCGTTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGTACAGGCGAAATGCTGAGCCGAAAATGCAGAGTc > 2:364212/1‑93 (MQ=255) tAAACCCGCTCCTACGAGGGACCGCGTTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGTACAGGCGAAATGCTGAGCCGAAAATGCAGAGTc < 1:364212/93‑1 (MQ=255) aaCCCGCTCCTACGAGGGACCGCGTTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGTACAGGCGAAATGCTGAGCCGAAAATGCAGAGTCGATCTGTCGCGCCCCGATCTGGAACGCGCGTGTTAGCCTAGCCGGCTACCTCTGACaag > 2:31483/1‑150 (MQ=255) cccGCTCCTACGAGGGACCGCGTTgtaggagcgggtttacccgcgaagaggccagcacaggcaacacaaggctcaagcgctggccaagacccggcggcgcctcaccaccaaactatccaccccccacatcaccaccatcgacaccccccc < 2:194552‑M2/150‑127 (MQ=255) cccGCTCCTACGAGGGACCGCGTTgtaggagcgggtttacccgcgaagaggccagcacaggcaacacaaggctcaagcgctggccaagacccggcggcgcctcaccac < 2:581754‑M2/108‑85 (MQ=255) cccGCTCCTACGAGGGACCGCGTTgtaggagcgggtttacccgcgaagaggccagcacaggcaacacaaggctcaagcgctggccaagacccggcggcgcctcaccac > 1:581754‑M2/1‑24 (MQ=255) cccGCTCCTACGAGGGACCGCGTTgtaggagcgggtttacccgcgaagaggccagcacaggcaacacaaggctcaagcgctggccaagacccggcggcgcctc < 1:421985‑M2/103‑80 (MQ=255) cccGCTCCTACGAGGGACCGCGTTgtaggagcgggtttacccgcgaagaggccagcacaggcaacacaaggctcaagcgctggccaagacccggcggcgcctc > 2:463687‑M2/1‑24 (MQ=255) cccGCTCCTACGAGGGACCGCGTTgtaggagcgggtttacccgcgaagaggccagcacaggcaacacaaggctcaagcgctggccaagacccggcggcgcctc > 2:421985‑M2/1‑24 (MQ=255) cccGCTCCTACGAGGGACCGCGTTgtaggagcgggtttacccgcgaagaggccagcacaggcaacacaaggctcaagcgctggccaagacccggcggcgcctc < 1:463687‑M2/103‑80 (MQ=255) tCCTACGAGGGACCGCGTTgtaggagcgggtttacccgcgaagaggccagcacaggcaacacaaggctcaagcgctggccaagacccggcggcgcctcaccaccaaactatccaccccccacatcaccaccatcgacacacgcaccagcg < 1:695038‑M2/150‑132 (MQ=255) | GCTGGGGGTGATGTTCCCGCTGGTGGGGGTGTCGATGGTGGTGATGTGGGGGGTGGATAGTTTGGTGGTGAGGCGCCGCCGGGTCTTGGCCAGCGCTTGAGCCTTGTGTTGCCTGTG‑CTGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGAGGGACCGCGTTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGTACAGGCGAAATGCTGAGCCGAAAATGCAGAGTCGATCTGTCGCGCCCCGATCTGGAACGCGCGTGTTAGCCTAGCCGGCTACCTCTGACAAGAAGACTG > NC_002947/5506490‑5506781 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |