| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 284,588 | T→A | 8.4% | intergenic (+34/+29) | betT‑II → / ← atsK | choline/carnitine/betaine transporter/alpha‑ketoglutarate‑dependent sulfonate dioxygenase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 284,588 | 0 | T | A | 8.4% | 272.4 / 14.6 | 95 | intergenic (+34/+29) | betT‑II/atsK | choline/carnitine/betaine transporter/alpha‑ketoglutarate‑dependent sulfonate dioxygenase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (43/43); new base A (4/4); total (48/47) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.31e-01 | |||||||||||
CCTGAGCGAAGGCAGCCAGAACTATGACCTGGTGGGCTACAGCAAGGAGCAGATCATCAACGACATCCTCGACCAGTACGAGC‑GGCACATGCAGTACCTGCACCTGGTCCGCTGACCAAGCTCTCCTGTCCTGGCCTCTTCGCGGGCTTGCCCGCGAAGAGGCCA‑GACAGGCAACCGCTAGAAAGGTGCATCCCCAAGGATGGTCGCCCGGTGCATCACCCGCCGGTTCGGTCGGTAATCATCCACCGCAAAATGCTGGGTCACGCGGTTGTCCCAGAACGCCACGTCATTCTCCT > NC_002947/284440‑284735 | ccTGAGCGAAGGCAGACAGAACTATGACCTGGTGGGCTACAGCAAGGAGCAGATCATCAACGACATCCTCGAACAGTAGGAGC‑GGCACATGCAGTACCTGCACCTGGTCCGGTGACCAAGCTCTCCTGTCCTGGCCTATTCGCGGGCTTg > 2:874673/1‑150 (MQ=255) aGCGAAGGCAGCCAGAACTATGACCTGGTGGGCTACAGCAAGGAGCAGATCATCAACGACATCCTCGACCAGTACGAGC‑GGCACATGCAGTACCTGCACCTGGTCCGCTGACCAAGCTCTCCTGTCCTGGCCTCTTCGCGGGCTTGCCcg > 2:1307349/1‑150 (MQ=255) gAAGGCAGCCAGAACTATGACCTGGTGGGCTACAGCAAGGAGCAGATCATCAACGACATCCTCGACCAGTACGAGC‑GGCACATGCAGTACCTGCACCTGGTCCGCTGACCAAGCTCTCCTGT‑CTGGCCTCTTCGCGGGCAAGCCCGCGaa > 1:1357749/1‑150 (MQ=255) 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(MQ=255) atcatcAACGACATCCTCGACCAGTACGAGC‑GGCACATGCAGTACCTGCACCTGGTCCGCTGACCAAGCTCTCCTGTCCTGGCCTCTTCGCGGGCTTGCCCGCGAAGAGGCCA‑GACAGGCAACCGCTAGAAAGGTGCATCCCCAAGGATg > 2:1801041/1‑150 (MQ=255) atcatcAACGACATCCTCGACCAGTACGAGC‑GGCACATGCAGTACCTGCACCTGGTCCGCTGACCAAGCTCTCCTGTCCTGGCCTCTTCGCGGGCTTGCCCGCGAAGAGGCCA‑GACAGGCAACCGCTAGAAAGGTGCATCCCCAAGGATg > 2:791173/1‑150 (MQ=255) tcaACGACATCCTCGACCAGTACGAGC‑GGCACATGCAGTACCTGCACCTGGTCCGCTGACCAAGCTCTCCTGTCCTGGCCTCTTCGCGGGCTTGCCCGCGAAGAGGCCA‑GACAGGCAACCGCTAGAAAgg < 2:298318/130‑1 (MQ=255) tcaACGACATCCTCGACCAGTACGAGC‑GGCACATGCAGTACCTGCACCTGGTCCGCTGACCAAGCTCTCCTGTCCTGGCCTCTTCGCGGGCTTGCCCGCGAAGAGGCCA‑GACAGGCAACCGCTAGAAAgg > 1:298318/1‑130 (MQ=255) tcaACGACATCCTCGACCAGTACGAGC‑GGCACATGCAGTACCTGCACCTGGTCCGCTGACCAAGCTCTCCTGTCCTGGCCTCTTCGCGGGCTTGCCCGCGAAGAGGCCA‑GACAGGCAACCGCTAGAAAGGTGCATCCCCAAGGATGGTCg > 2:1327582/1‑150 (MQ=255) 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tctTCGCGGGCTTGCCCGCGAAGAGGCCA‑GACAGGCAACCGCTAGAAAGGTGCATCCCCAAGGATGGTCGCCCGGTGCATCACCCGCCGGTTCGGTCGGTAATCATCCACCGCAAAATGCt < 1:478650/121‑1 (MQ=255) tctTCGCGGGCTTGCCCGCGAAGAGGCCA‑GACAGGCAACCGCTAGAAAGGTGCATCCCCAAGGATGGTCGCCCGGTGCATCACCCGCCGGTTCGGTCGGTAATCATCCACCGCAAAATGCTGGGTCACGCGGTTGTCCCAGAACGCCACg > 1:939049/1‑150 (MQ=255) tctTCGCGGGCTTGCCCGCGAAGAGGCCA‑GACAGGCAACCGCTAGAAAGGTGCATCCCCAAGGATGGTCGCCCGGTGCATCACCCGCCGGTCAGAACAATTTCAATGCACCGCAAAATGCTGGGTCACGCGGTTGTCCCAGATCggaaga > 2:1321771/1‑145 (MQ=255) tctTCGCGGGCAAGCCCGCGAAGAGGCCA‑GACAGGCAACCGCTAGAAAGGTGCATCCCCAAGGATGGTCGCCCGGTGCATCACCCGCCGGTTCGGTCGGTAATCATCCACCGCAAAATGCTGGGTCACGCGGTTGt > 2:556420/1‑136 (MQ=255) tctTCGCGGGCAAGCCCGCGAAGAGGCCA‑GACAGGCAACCGCTAGAAAGGTGCATCCCCAAGGATGGTCGCCCGGTGCATCACCCGCCGGTTCGGTCGGTAATCATCCACCGCAAAATGCTGGGTCACGCGGTTGt < 1:556420/136‑1 (MQ=255) ctTCGCGGGCTTGCCCGCGAAGAGGCCA‑GACAGGCAACCGCTAGAAAGGTGCATCCCCAAGGATGGTc > 2:1079508/1‑68 (MQ=255) ctTCGCGGGCTTGCCCGCGAAGAGGCCA‑GACAGGCAACCGCTAGAAAGGTGCATCCCCAAGGATGGTc < 1:1079508/68‑1 (MQ=255) ttCGCGGGCTTGCCCGCGAAGAGGCCA‑GACAGGCAACCGCTAGAAAGGTGCATCCCCAAGGATGGTCGCCCGGTGCATCACCCGCCGGTTCGGTCGGTAATCATCCACCGCAAAATGCTGGGTCACGCgg < 2:1320561/130‑1 (MQ=255) ttCGCGGGCTTGCCCGCGAAGAGGCCA‑GACAGGCAACCGCTAGAAAGGTGCATCCCCAAGGATGGTCGCCCGGTGCATCACCCGCCGGTTCGGTCGGTAATCATCCACCGCAAAATGCTGGGTCACGCgg > 1:1320561/1‑130 (MQ=255) ttCGCGGGCAAGCCCGCGAAGAGGCCA‑GACAGGCAACCGCTAGAAAGGTGCATCCCCAAg > 2:1557473/1‑60 (MQ=25) ttCGCGGGCAAGCCCGCGAAGAGGCCA‑GACAGGCAACCGCTAGAAAGGTGCATCCCCAAg < 1:1557473/60‑1 (MQ=25) cTTGCCCGCGAAGAGGCCA‑GACAGGCAACCGCTAGAAAGGTGCATCCCCAAGGATGGTCGCCCGGTGCATCACCCGCCGGTTCGGTCGGTAATCATCCACCGCAAAATGCTGGGTCACGCGGTTGTCCCAGAACGCCACGTCATTCTCCt < 2:936164/150‑1 (MQ=255) ttGCCCGCGAAGAGGCCA‑GACAGGCAACCGCTAGAAAGGTGCATCCCCAAGGATGGTCGCCCGGTGCATCACCCGCCGGt > 2:1742744/1‑80 (MQ=255) ttGCCCGCGAAGAGGCCA‑GACAGGCAACCGCTAGAAAGGTGCATCCCCAAGGATGGTCGCCCGGTGCATCACCCGCCGGt < 1:1742744/80‑1 (MQ=255) | CCTGAGCGAAGGCAGCCAGAACTATGACCTGGTGGGCTACAGCAAGGAGCAGATCATCAACGACATCCTCGACCAGTACGAGC‑GGCACATGCAGTACCTGCACCTGGTCCGCTGACCAAGCTCTCCTGTCCTGGCCTCTTCGCGGGCTTGCCCGCGAAGAGGCCA‑GACAGGCAACCGCTAGAAAGGTGCATCCCCAAGGATGGTCGCCCGGTGCATCACCCGCCGGTTCGGTCGGTAATCATCCACCGCAAAATGCTGGGTCACGCGGTTGTCCCAGAACGCCACGTCATTCTCCT > NC_002947/284440‑284735 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |