| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_002947 | 2,368,107 | C→T | A294A (GCC→GCT) | gdhB → | NAD‑specific glutamate dehydrogenase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 2,368,107 | 0 | C | T | 99.4% | 536.3 / ‑5.2 | 163 | A294A (GCC→GCT) | gdhB | NAD‑specific glutamate dehydrogenase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/0); new base T (83/79); total (84/79) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.61e-01 | |||||||||||
Only 100 of 163 total aligned reads displayed.
GACGCCGATGGCGGCCAGATGGTCTACGACGAGCAGTCGTTCCTCGGCCTGCCGCGCCGTCTGCGCGTGGGCCTGACCGCAGAAGAGCTGCGCATCGAAGACTACGCTGTGGCCTACCTCAACGAGCCGCTGCTGCTGTCGTTCGCCAAGGCCGCACTGCCCAGCCGCGTGCACCGCCCGGCCTACCCGGACTACGTGTCGATCCGCCAGCTGGACGCCGACGGCAAGGTCATCAAGGAGCACCGCTTCATGGGGCTGTACACCTCGTCGGTGTATGGCGAAAGCGTGCATGC > NC_002947/2367961‑2368253 | gACGCCGATGGCGGCCAGATGGTCTACGACGAGCAGTCGTTCCTCGGCCTGCCGCGCCGTCTGCGCGTGGGCCTGACCGCAGAAGAGCTGCGCATCGAAGACTACGCTGTGGCCTACCTCAACGAGCCGCTGCTGCTGTCGTTCGCTAAg < 2:1059095/150‑1 (MQ=255)gACGCCGATGGCGGCCAGATGGTCTACGACGAGCAGTCGTTCCTCGGCCTGCCGCGCCGTCTGCGCGTGGGCCTGACCGCAGAAGAGCTGCGCATCGAAGACTACGCTGTGGCCTACCTCAACGAGCCGCTGCTGCTGTCGTTCGCTAAg < 2:3835473/150‑1 (MQ=255) aCGCCGATGGCGGCCAGATGGTCTACGACGAGCAGTCGTTCCTCGGCCTGCCGCGCCGTCTGCGCGTGGGCCTGACCGCAGAAGAGCTGCGCATCGAAGACTACGCTGTGGCCTACCTCAACGAGCCGCTGCTGCTGTCGTTCGCTAAgg < 1:2601014/150‑1 (MQ=255) gCCGATGGCGGCCAGATGGTCTACGACGAGCAGTCGTTCCTCGGCCTGCCGCGCCGTCTGCGCGTGGGCCTGACCGCAGAAGAGCTGCGCATCGAAGACTACGCTGTGGCCTACCTCAACGAGCCGCTGCTGCTGTCGTTCGCTAAgg > 2:202244/1‑148 (MQ=255) gCCGATGGCGACCAGATGGTCTACGACGAGCAGTCGTTCCTCGGCCTGCCGCGCCGTCTGCGCGTGGGCCTGACCGCAGAAGAGCTGCGCATCGAAGACTACGCTGTGGCCTACCTCAACGAGCCGCTGCTGCTGTCGTTCGCTAAGGc > 2:731513/1‑149 (MQ=255) gCCGATGGCGACCAGATGGTCTACGACGAGCAGTCGTTCCTCGGCCTGCCGCGCCGTCTGCGCGTGGGCCTGACCGCAGAAGAGCTGCGCATCGAAGACTACGCNGTGGCCTACCTCAACGAGCCGCTGCTGCTGTCGTTCGCTAAGGc < 1:731513/149‑1 (MQ=255) gATGGCGGCCAGATGGTCTACGACGAGCAGTCGTTCCTCGGCCTGCCGCGCCGTCTGCGCGTGGGCCTGACCGCAGAAGAGCTGCGCATCGAAGACTACGCTGTGGCCTACCTCAACGAGCCGCTGCTGCTGTCGTTCGCTAAGGCCGCa < 1:2785428/150‑1 (MQ=255) cAGATGGTCTACGACGAGCAGTCGTTCCTCGGCCTGCCGCGCCGTCTGCGCGTGGGCCTGACCGCAGAAGAGCTGCGCATCGAAGACTACGCTGTGGCCTACCTCAACGAGCCGCTGCTGCTGTCGTTCGCTAAGGCCGCACTGCCCAGc > 1:3603539/1‑150 (MQ=255) gTCTACGACGAGCAGTCGTTCCTCGGCCTGCCGCGCCGTCTGCGCGTGGGCCTGACCGCAGAAGAGCTGCGCATCGAAGACTACGCTGTGGCCTACCTCAACGAGCCGCTGCTGCTGTCGTTCGCTAAGGCCGCACTGCCCAGCCGCGTg < 1:864455/150‑1 (MQ=255) tCTACGACGAGCAGTCGTTCCTCGGCCTGCCGCGCCGTCTGCGCGTGGGCCTGACCGCAGAAGAGCTGCGCATCGAAGACTACGCTGTGGCCTACCTCAACGAGCCGCTGCTGCTGTCGTTCGCTAAGGCCGCACTGCCCa > 2:2130258/1‑141 (MQ=255) tACGACGAGCAGTCGTTCCTCGGCCTGCCGCGCCGTCTGCGCGTGGGCCTGACCGCAGAAGAGCTGCGCATCGAAGACTACGCTGTGGCCTACCTCAACGAGCCGCTGCTGCTGTCGTTCGCTAAGGCCGCACTGCCCAGCCGCGTGCAc < 2:2086825/150‑1 (MQ=255) tACGACGAGCAGTCGTTCCTCGGCCTGCCGCGCCGTCTGCGCGTGGGCCTCACCGCAGAAGAGCTGCGCATCGAAGACTACGCTGTGGCCTACCTCAACGAGCCGCTGCTGCTGTCTTGCGATAAGGCCGCACTGCCCAGCCGCGTGCAc < 1:2814784/150‑1 (MQ=255) acgacgAGCAGTCGTTCCTCGGCCTGCCGCGCCGTCTGCGCGTGGGCCTGACCGCAGAAGAGCTGCGCATCGAGGACTACGCTGTGGCCTACCTCAACGAGCCGCTGCTGCTGTCGTTCGCTAAGGCCGCACTGCCCCGCCGCGTGCAcc > 2:1173027/1‑150 (MQ=255) acgacgAGCAGTCGTTCCTCGGCCTGCCGCGCCGTCTGCGCGTGGGCCTGACCGCAGAAGAGCTGCGCATCGAAGACTACGCTGTGGCCTACCTCAACGAGCCGCTGCTGCTGTCGTTCGCTAAGGCCGCACTGCCCAGCCGCGTGCAcc < 1:3597235/150‑1 (MQ=255) gacgaGCAGTCGTTCCTCGGCCTGCCGCGCCGTCTGCGCGTGGGCCTGACCGCAGAAGAGCTGCGCATCGAAGACTACGCTGTGGCCTACCTCAACGAGCCGCTGCTGCTGTCGTTCGCTAAGGCCGCACTGCCCAGCCGCGt > 1:1325911/1‑143 (MQ=255) gacgaGCAGTCGTTCCTCGGCCTGCCGCGCCGTCTGCGCGTGGGCCTGACCGCAGAAGAGCTGCGCATCGAAGACTACGCTGTGGCCTACCTCAACGAGCCGCTGCTGCTGTCGTTCGCTAAGGCCGCACTGCCCAGCCGCGt < 2:1325911/143‑1 (MQ=255) gacgaGCAGTCGTTCCTCGGCCTGCCGCGCCGTCTGCGCGTGGGCCTGACCGCAGAAGAGCTGCGCATCGAAGACTACGCTGTGGCCTACCTCAACGAGCCGCTGCTGCTGTCGTTCGCTAAGGCCGCACTGCCCAGCCGCGTGCACCGc > 1:1497648/1‑150 (MQ=255) cgaGCAGTCGTTCCTCGGCCTGCCGCGCCGTCTGCGCGTGGGCCTGACCGCAGAAGAGCTGCGCATCGAAGACTACGCTGTGGCCTACCTCAACGAGCCGCTGCTGCTGTCGTTCGCTAAGGCCGCACTGCCCAGCCGCGTGCACCGccc > 2:3185328/1‑150 (MQ=255) 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tCGGCCTGCCGCGCCGTCTGCGCGTGGGCCTGACCGCAGAAGAGCTGCGCATCGAAGACTACGCTGTGGCCTACCTCAACGAGCCGCTGCTGCTGTCGTTCGCTAAGGCCGCACTGCCCAGCCGCGTGCACCGCCCGGCCTACCCGGACt > 2:3496720/1‑150 (MQ=255) ggCCTGCCGCGCCGTCTGCGCGTGGGCCTGACCGCAGAAGAGCTGCGCATCGAAGACTACGCTGTGGCCTACCTCAACGAGCCGCTGCTGCTGTCGTTCGCTAAGGCCGCACTGCCCAGCCGCGTGc < 2:341744/127‑1 (MQ=255) ggCCTGCCGCGCCGTCTGCGCGTGGGCCTGACCGCAGAAGAGCTGCGCATCGAAGACTACGCTGTGGCCTACCTCAACGAGCCGCTGCTGCTGTCGTTCGCTAAGGCCGCACTGCCCAGCCGCGTGc > 1:341744/1‑127 (MQ=255) gCCTGCCGCGCCGTCTGCGCGTGGGCCTGACCGCAGAAGAGCTGCGCATCGAAGACTACGCTGTGGCCTACCTCAACGAGCCGCTGCTGCTGTCGTTCGCTAAGGCCGCACTGCCCAGCCGCGTGCACCGCCCGGCCTACCCGGACTACg > 2:229857/1‑150 (MQ=255) ccTGCCGCGCCGTCTGCGCGTGGGCCTGACCGCAGAAGAGCTGCGCATCGAAGACTACGCTGTGGCCTACCTCAACGAGCCGCTGCTGCTGTCGTTCGCTAAGGCCGCACTGCCCAGCCGCGTGCACCGCCCGGCCTACCCGGACTACgt < 1:1771074/150‑1 (MQ=255) ccTGCCGCGCCGTCTGCGCGTGGGCCTGACCGCAGAAGAGCTGCGCATCGAAGACTACGCTGTGGCCTACCTCAACGAGCCGCTGCTGCTGTCGTTCGCTAAGGCCGCACTGCCCAGCCGCGTGCACCGCCCGGCCTACCCGGACTACgt < 1:2935642/150‑1 (MQ=255) tgccgtgccgTCTGCGCGTGGGCCTGACCGCAGAAGAGCTGCGCATCGAAGACTACGCTGTGGCCTACCTCAACGAGCCGCTGCTGCTGTCGTTCGCTAAGGCCGCACTGCCCAGCCGCGTGCACCGCCCGGCCTACCCGGACTACgtgt < 2:121710/150‑1 (MQ=255) tGCCGCGCCGTCTGCGCGTGGGCCTGACCGCAGAAGAGCTGCGCATCGAAGACTACGCTGTGGCCTACCTCAACGAGCCGCTGCTGCTGTCGTTCGCTAAGGCCGCACTGCCCAGCCGCGTGCACCGCCCGGCCTACCCGGACTACgtgt < 1:2329538/150‑1 (MQ=255) ccGCGCCGTCTGCGCGTGGGCCTGACCGCAGAAGAGCTGCGCATCGAAGACTACGCTGTGGCCTACCTCAACGAGCCGCTGCTGCTGTCGTTCGCTAAGGCCGCACTGCCCAGCCGCGTGCACCGCCCGGCCTACCCGGACTACGTGTCg > 2:481974/1‑150 (MQ=255) gcgcCGTCTGCGCGTGGGCCTGACCGCAGAAGAGCTGCGCATCGAAGACTACGCTGTGGCCTACCTCAACGAGCCGCTGCTGCTGTCGTTCGCTAAGGCCGCACTGCCCAGCCGCGTGCACCGCCCGGCCTACCCGGACTAc < 1:1050415/142‑1 (MQ=255) gcgcCGTCTGCGCGTGGGCCTGACCGCAGAAGAGCTGCGCATCGAAGACTACGCTGTGGCCTACCTCAACGAGCCGCTGCTGCTGTCGTTCGCTAAGGCCGCACTGCCCAGCCGCGTGCACCGCCCGGCCTACCCGGACTAc > 2:1050415/1‑142 (MQ=255) 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gagCTGCGCATCGAAGACTACGCTGTGGCCTACCTCAACGAGCCGCTGCTGCTGTCGTTCGCTAAGGCCGCACTGCCCAGCCGCGTGCACCGCCCGGCCTACCCGGACTACGTGTCGATCCGCCAGCTGGACGCCGACGGCAAGGtcatc < 1:481974/150‑1 (MQ=255) gagCTGCGCATCGAAGACTACGCTGTGGCCTACCTCAACGAGCCGCTGCTGCTGTCGTTCGCTAAGGCCGCACTGCCCAGCCGCGTGCACCGCCCGGCCTACCCGGACTACGTGTCGATCCGCCAGCTGGACGCCGACGGCAAGGtcatc < 1:1342545/150‑1 (MQ=255) gCTGCGCATCGAAGACTACGCTGTGGCCTACCTCAACGAGCCGCTGCTGCTGTCGTTCGCTAAGGCCGCACTGCCCAGCCGCGTGCACCGCCCGGCCTACCCGGACTACGTGTCGATCCGCCAGCTGGACGCCGACGGCAAGGTCATCaa < 2:3078912/150‑1 (MQ=255) aTCGAAGACTACGCTGTGGCCTACCTCAACGAGCCGCTGCTGCTGTCGTTCGCTAAGGCCGCACTGCCCAGCCGCGTGCAc < 1:199025/81‑1 (MQ=255) aaGACTACGCTGTGGCCTACCTCAACGAGCCGCTGCTGCTGTCGTTCGCTAAGGCCGCACTGCCCAGCCGCGTGCACCGCCCGGCCTACCCGGACTACGTGTCGGTCCGCCAGCTGGACGCCGACGGCAAGGTCATCAAGGAGCACCGCt > 2:1534051/1‑150 (MQ=255) aaGACTACGCTGTGGCCTACCTCAACGAGCCGCTGCTGCTGTCGTTCGCTAAGGCCGCACTGCCCAGCCGCGTGCACCGCCCGGCCTACCCGGACTACGTGTCGATCCGCCAGCTGGACGCCGACGGCAATGTCATCAAGGAGCACCGCt > 2:317872/1‑150 (MQ=255) 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cTCAACGAGCCGCTGCTGCTGTCGTTCGCTAAGGCCGCACTGCCCAGCCGCGTGCACCGCCCGGCCTACCCGGACTACGTGTCGATCCGCCAGCTGGACGCCGACGGCaa < 1:115355/110‑1 (MQ=255) cTCAACGAGCCGCTGCTGCTGTCGTTCGCTAAGGCCGCACTGCCCAGCCGCGTGCACCGCCCGGCCTACCCGGACTACGTGTCGATCCGCCAGCTGGACGCCGACGGCAAGGTCATCAAGGAGCACCGCTTCATGGGGCTGTACACCtcg > 1:387735/1‑150 (MQ=255) tCAACGAGGCGCTGCTGCTGTCGTTCGCTAAGGCCGCACTGCCCAGCCGCGTGCACCGCCCGGCCTACCCGGACTACGTGTCGATCCGCCAGCTGGACGCCGACGGCAAGGTCATCAAGGAGCACCGCTTCATGGGGCTGTACACCtcgt > 2:2264799/1‑150 (MQ=255) tCAACGAGCCGCTGCTGCTGTCGTTCGCTAAGGCCGCACTGCCCAGCCGCGTGCACCGCCCGGCCTACCCGGACTACGTGTCGATCCGCCAGCTGGACGCCGACGGCAAGGTCATCAAGGAGCACCGCTTCATgg > 1:575334/1‑135 (MQ=255) aaCGAGCCGCTGCTGCTGTCGTTCGCTAAGGCCGCACTGCCCAGCCGCGTGCACCGCCCGGCCTACCCGGACTACGTGTCGATCCGCCAGCTGGACGCCGACGGCAAGGTCATCAAGGAGCACCGCTTCATGGGGCTGTACACCtcgtcg > 1:1930767/1‑150 (MQ=255) cGAGCCGCTGCTGCTGTCGTTCGCTAAGGCCGCACTGCCCAGCCGCGTGCACCGCCCGGCCTACCCGGACTACGTGTCGATCCGCCAGCTGGACGCCGACGGCAAGGTCATCAAGGAGCACCGCTTCATGGGGCTGTACACCTCGTCGgt < 1:3449969/150‑1 (MQ=255) gctgctgctGTCGTTCGCTAAGGCCGCACTGCCCAGCCGCGTGCACCGCCCGGCCTACCCGGACTACGTGTCGATCCGCCAGCTGGACGCCGACGGCAAGGTCATCAAGGAGCACCGCTTCATGGGGCTGTACACCTCGTCGGTGTATgg < 1:2471872/150‑1 (MQ=255) ctgctgctgTCGTTCGCTAAGGCCGCACTGCCCAGCCGCGTGCACCGCCCGGCCTACCCGGACTACGTGTCGATCCGCCAGCTGGACGCCGACGGCAAGGTCATCAAGGAGCACCGCTTCATGGGGCTGTACACCTCGTCGGTGTATGGc > 1:3054921/1‑150 (MQ=255) tgctgctgTCGTTCGCTAAGGCCGCACTGCCCAGCCGCGTGCAGCGCCCGGCCTACCCGGACTACGTGTCGATCCGCCAGCTGGACGCCGACGGCAAGGTCATCAAGGAGCACCGCTTCATGGGGCTGTACACCTCGTCGGTGTATGGCg > 2:2776756/1‑150 (MQ=255) tgctgctgTCGTTCGCTAAGGCCGCACTGCCAAGACGCGTGCACCCGAGGGGGTGCCCGGACTACGTGTCTAGCCGCCAGCTGGACGCCGACGGCAAGGTCATCAAGGAGCACCGCTTCATGGGGCTGTGCACCTCGTCGGTGTATGGCg > 1:1616310/1‑150 (MQ=255) tgctgTCGTTCGCTAAGGCCGCACTGCCCAGCCGCGTGCACCGCCCGGCCTACCCGGACTACGTGTCGATCCGCCAGCTGGACGCCGACGGCAAgg < 2:929741/96‑1 (MQ=255) gctgTCGTTCGCTAAGGCCGCACTGCCCAGCCGCGTGCACCGCCCGGCCTACCCGGACTACGTGTCGATCCGCCAGCTGGACGCCGACGGCAAGGTCATCAAGGAGCACCGCTTCATGGGGCTGTACACCTCGTCGGTGTATGGCGAAAg > 1:2097421/1‑150 (MQ=255) ctgTCGTTCGCTAAGGCCGCACTGCCCAGCCGCGTGCACCGCCCGGCCTACCCGGACTACGTGTCGATCCCACTCATGGGGGCCGACGCCGAGTTGATCAAGGAGCACCGCTTCATGGGGCTGTACACCTCGTCGGTGTATGGCGAAAGc < 1:2374331/150‑1 (MQ=255) tgTCGTTCGCTAAGGCCGCACTGCCCAGCCGCGTGCACCGCCCGGCCTACCCGGACTACgtgt < 2:3051315/63‑1 (MQ=255) gTCGTTCGCTAAGGCCGCACTGCCCAGCCGCGTGCACCGCCCGGCCTACCCGGACTACGTGTCGATCCGCCAGCTGGACGCCGACGGCAAGGTCATCAAGGAGCACCGCTTCATGGGGCTGTACACCtcgtcg < 1:1794980/133‑1 (MQ=255) gTCGTTCGCTAAGGCCGCACTGCCCAGCCGCGTGCACCGCCCGGCCTACCCGGACTACGTGTCGATCCGCCAGCTGGACGCCGACGGCAAGGTCATCAAGGAGCACCGCTTCATGGGGCTGTACACCtcgtcg > 2:1794980/1‑133 (MQ=255) tCGTTCGCTAAGGCCGCACTGCCCAGCCGCGTGCACCGCCCGGCCTACCCGGACTACGTGTCGATCCGCCAGCTGGACGCCGACGGCAAGGTCATCAAGGAGCACCGCTTCATGGGGCTGTa > 2:1082689/1‑122 (MQ=255) tCGTTCGCTAAGGCCGCACTGCCCAGCCGCGTGCACCGCCCGGCCTACCCGGACTACGTGTCGATCCGCAAGATGGGCGCCGACGGCAAGGTCATCAAGGAGCACCGCTTCATGGGGCTGTACACCTCGTCGGTGTATGGCGAAAGCGTg < 1:461548/150‑1 (MQ=255) ttCGCTAAGGCCGCACTGCCCAGCCGCGTGCACCGCCCGGCCTACCCGGACTCCGTGTCGATCCGCCAGCTGGACGCCGACGGCAAGGTCATCAAGGAGCACCGCTTCATGGGGCTGTACACCTCGTCGGTGTATGGCGAAAGCGTGCAt > 1:1363884/1‑150 (MQ=255) ttCGCTAAGGCCGCACTGCCCAGCCGCGTGCACCGCCCGGCCTACCCGGACTACGTGTCGATCCGCCAGCTGGACGCCGACGGCAAGGTCATCAAGGAGCACCGCTTCATGGGGCTGTACACCTCGTCGGTGTATGGCGAAAGCGTGCAt > 2:1571206/1‑150 (MQ=255) ttCGCCAAGGCCGCACTGCCCAGCCGCGTGCACCGCCCGGCCTACCCGGACTACGTGTCGATCCGCCAGCTGGACGCCGACGGCAAGGTCATCAAGGAGCACCGCTTCATGGGGCTGTACACCTCGTCGGTGTATGGCGAAAGCGTGCAt > 1:3136095/1‑150 (MQ=255) cGCTAAGGCCGCACTGCCCAGCCGCGTGCACCGCCCGGCCTACCCGGACTACGTGTCGATCCGCCAGCTGGACGCCGACGGCAAGGTCATCAAGGAGCACCGCTTCATGGGGCTGTACACCTCGTCGGTGTATGGCGAAAGCGTGCATGc < 1:1628090/150‑1 (MQ=255) | GACGCCGATGGCGGCCAGATGGTCTACGACGAGCAGTCGTTCCTCGGCCTGCCGCGCCGTCTGCGCGTGGGCCTGACCGCAGAAGAGCTGCGCATCGAAGACTACGCTGTGGCCTACCTCAACGAGCCGCTGCTGCTGTCGTTCGCCAAGGCCGCACTGCCCAGCCGCGTGCACCGCCCGGCCTACCCGGACTACGTGTCGATCCGCCAGCTGGACGCCGACGGCAAGGTCATCAAGGAGCACCGCTTCATGGGGCTGTACACCTCGTCGGTGTATGGCGAAAGCGTGCATGC > NC_002947/2367961‑2368253 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |