| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 3,910,667 | C→T | 16.7% | Q858* (CAA→TAA) | PP_3450 → | TPR repeat‑containing protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 3,910,667 | 0 | C | T | 16.7% | 46.5 / 4.1 | 24 | Q858* (CAA→TAA) | PP_3450 | TPR repeat‑containing protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (9/11); new base T (2/2); total (11/13) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 3.44e-01 | |||||||||||
TGTCGAGTTCTCCAGCCAGGACCCCAGCAACGACTGGCGCCAGGACGCCCGCGCCGGGGTTGGCGTGCGCTGGCAATGGTGGTTCGACGACGACCGCTACAACGCCTACCGCGGCTCGCTGAAAGTGCGTGCCGAGTACCAGCAATCGCTGGGCGGTAACCTCTACGAGCGCGCCAACGGTGTGCTGGTCGGTGCGGAGATGACCTTCTGATGCGTACGCTCATCGCCTTCTGCCTGCTGGCCCTGTGCCTACCGGCCACCGCTGACCAGCGCCTGTTCTACCAACCCCTC > NC_002947/3910525‑3910815 | tGTCGAGTTCTCCAGCCAGGACCCCAGCAACGACTGGCGCCAGGACGCCCGCGCCGGGGTTGGCGTGCGCTGGCAATGGTGGTTCGACGACGACCGCTACAACGCCTACCGCGGCTCGCTGAAAGTGCGTGCCGAGTACCAGCAATCGCt > 2:291467/1‑150 (MQ=255) gAGTTCTCCAGCCAGGACCCCAGCAACGACTGGCGCCAGGACGCCCGCGCCGGGGTTGGCGTGCGCTGGCAATGGTGGTTCGACGACGACCGCTACAACGCCTACCGCGGCTCGCTGAAAGTGCGTGCCGAGTACCAGCAATCGCTGGGc < 1:216123/150‑1 (MQ=255) ctcCAGCCAGGACCCCAGCAACGACTGGCGCCAGGACGCCCGCGCCGGGGTTGGCGTGCGCTGGCAATGGTGGTTCGACGACGACCGCTACAACGCCTACCGCGGCTCGCTGAAAGTGCGTGCCGAGTACCAGTAATCGCTGGGCGGTaa > 2:33803/1‑150 (MQ=255) ctcCAGCCAGGACCCCAGCAACGACTGGCGCCAGGACGCCCGCGCCGGGGTTGGCGTGCGCTGGCAATGGTGGTTCGACGACGACCGCTACAACGCCTACCGCGGCTCGCTGAAAGTGCGTGCCGAGTACCAGTAATCGCTGGGCGGTaa > 2:33712/1‑150 (MQ=255) tcCAGCCAGGACCCCAGCAACGACTGGCGCCAGGACGCCCGCGCCGGGGTTGGCGTGCGCTGGCAATGGTGGTTCGACGACGACCGCTACAACGCCTACCGCGGCTCGCTGAAAGTGCGTGCCGAGTACCAGCAATCGCTGGGCGGTAAc > 1:333124/1‑150 (MQ=255) aCGACTGGCGCCAGGACGCCCGCGCCGGGGTTGGCGTGCGCTGGCAATGGTGGTTCGACGACGACCGCTACAACGCCTACCGCGGCTCGCTGAAAGTGCGTGCCGAGTACCAGCAATCGCTGGGCGGTAACCTCTACGAGCGCGCCAACg < 1:291467/150‑1 (MQ=255) gACTGGCGCCAGGACGCCCGCGCCGGGGTTGGCGTGCGCTGGCAATGGTGGTTCGACGACGACCGCTACAACGCCTACCGCGGCTCGCTGAAAGTGCGTGTCGAGTACCAGCAATCGCTGGGCGGTAACCTCTACGAGCGCGCCAACGgt < 1:415054/150‑1 (MQ=255) cTGGCGCCAGGACGCCCGCGCCGGGGTTGGCGTTCGCTGGCAATGGTGGTTCGACGACGACCGCTACAACGCCTACCGCGGCTCGCTGAAAGTGCGTGCCGAGTACCAGCAATCGCTGGGCGGTAACCTCTACGAGCGCGCCAACGgtgt > 1:224281/1‑150 (MQ=255) ccGCGCCGGGGTTGGCGTGCGCTGGCAATGGTGGTTCGACGACGACCGCTACAACGCCTACCGCGGCTCGCTGAAAGTGCGTGCCGAGTACCAGCAATCGCTGGGCGGTAACctct < 1:254244/116‑1 (MQ=255) ccGCGCCGGGGTTGGCGTGCGCTGGCAATGGTGGTTCGACGACGACCGCTACAACGCCTACCGCGGCTCGCTGAAAGTGCGTGCCGAGTACCAGCAATCGCTGGGCGGTAACctct > 2:254244/1‑116 (MQ=255) ggCGTGCGCTGGCAATGGTGGTTCGACGACGACCGCTACAACGCCTACCGCGGCTCGCTGAAAGTGCGTGCCGAGTACCAGCAATCGCTGGGCGGTAACCTCTACGAGCGCGCCAACGGTGTGCTGGTCGGTGCGGAGATGACCTTCTGa < 1:41396/150‑1 (MQ=255) gTGCGCTGGCAATGGTGGTTCGACGACGACCGCTACAACGCCTACCGCGGCTCGCTGAAAGTGCGTGCCGAGTACCAGCAATCGCTGGGCGGTAACCTCTACGAGCGCGCCAACGGTGTGCTGGTCGGTGCGGAGATGACCTTCTGATGc < 1:296821/150‑1 (MQ=255) cTGGCAATGGTGGTTCGACGACGACCGCTACAACGCCTACCGCGGCTCGCTGAAAGTGCGTGCCGAGTACCAGCAATCGCTGGGCGGTAACCTCTACGAGCGCGCCAACGGTGTGCTGGTCGGTGCGGAGATGACCTTCTGATGCGTACg < 2:224281/150‑1 (MQ=255) gtTCGACGACGACCGCTACAACGCCTACCGCGGCTCGCTGAAAGTGCGTGCCGAGTACCAGCAATCGCTGGGCGGTAACCTCTACGAGCGCGCCAACGGTGTGCTGGTCGGTGCGGAGATGACCTTCTGATGCGTACGCTCATCGCCTTc > 2:261468/1‑150 (MQ=255) gacgacgacCGCTACAACGCCTACCGCGGCTCGCTGAAAGTGCGTGCCGTGTTCTAGCAATCGCTGGGCGGTAACCTCTACGAGCGCGCCAACGGTGTGCTGGTCGGTGCGGAGATGACCTTCTGATGCGTACGCTCATCGCCTTctgcc < 2:346419/150‑1 (MQ=255) tACAACGCCTACCGCGGCTCGCTGAAAGTGCGTGCCGAGTACCAGCAATCGCTGGGCGGTAACCTCTACGAGCGCGCCAACGGTGTGCTGGTCGGTGCGGAGATGACCTTCTGCTGCGTACGCTCATCGCCTTCTGCCTGCTGGCCCtgt < 2:250566/150‑1 (MQ=255) aaCGCCTACCGCGGCTCGCTGAAAGTGCGTGCCGAGTACCAGTAATCGCTGGGCGGTAACCTCTACGAGCGCGCCAACGGTGTGCTGGTCGGTGCGGAGATGACCTTCTGATGCGTACGCTCATCGCCTTCTGCCTGCTGGCCCTGTGcc < 1:33712/150‑1 (MQ=255) aaCGCCTACCGCGGCTCGCTGAAAGTGCGTGCCGAGTACCAGTAATCGCTGGGCGGTAACCTCTACGAGCGCGCCAACGGTGTGCTGGTCGGTGCGGAGATGACCTTCTGATGCGTACGCTCATCGCCTTCTGCCTGCTGGCCCTGTGcc < 1:33803/150‑1 (MQ=255) cTCGCTGAAAGTGCGTGCCGAGTACCAGCAATCGCTGGGCGGTAACCTCTACGAGCGCGCCAACGGTGTGCTGGTCGGTGCGGAGATGACCTTCTGATGCGTACGCTCATCGCCTTCTGCCTGCTGGCCCTGTGCCTACCGGCCACCGCt < 1:397563/150‑1 (MQ=255) gCTGAAAGTGCGTGCCGAGTACCAGCAATCGCTGGGCGGTAACCTCTACGAGCGCGCCAACGGTGTGCTGGTCGGTGCGGAGATGACCTTCTGATGCGTACGCTCATCGCCTTCTGCCTGCTGGCCCTGTGCCTACCGGCCACCGCTGAc > 1:18323/1‑150 (MQ=255) tgcCGAGTACCAGCAATCGCTGGGCGGTAACCTCTACGCGCGCGCCAACGGTGTGCTGGTCGGTGCGGAGATGACCTTCTGATGCGTACGCTCATCGCCTTCTGCCTGCTGGCCCTGTGCCTACCGGCCACCGCTGa > 2:249576/1‑137 (MQ=255) tgcCGAGTACCAGCAATCGCTGGGCGGTAACCTCTACGAGCGCGCCAACGGTGTGCTGGTCGGTGCGGAGATGACCTTCTGATGCGTACGCTCATCGCCTTCTGCCTGCTGGCCCTGTGCCTACCGGCCACCGCTGa < 1:249576/137‑1 (MQ=255) gAGTACCAGCAATCGCTGGGCGGTAACCTCTACGAGCGCGCCAACGGTGTGCTGGTCGGTGCGGAGATGACCTTCTGATGCGTACGCTCATCGCCTTCTGCCTGCTGGCCCTGTGCCTACCGGCAACCGCTGACCAGCGCCTGTTCTAcc > 2:192961/1‑150 (MQ=255) gCAATCGCTGGGCGGTAACCTCTACGAGCGCGCCAACGGTGTGCTGGTCGGTGCGGAGATGACCTAATGACGCTTTCGCAGATCGCCTTCTGCCTGCTGGCCCTGTGCCTACCGGCCACCGCTGACCAGCGCCTGTTCTACCAACCCCTc > 2:238569/1‑150 (MQ=255) | TGTCGAGTTCTCCAGCCAGGACCCCAGCAACGACTGGCGCCAGGACGCCCGCGCCGGGGTTGGCGTGCGCTGGCAATGGTGGTTCGACGACGACCGCTACAACGCCTACCGCGGCTCGCTGAAAGTGCGTGCCGAGTACCAGCAATCGCTGGGCGGTAACCTCTACGAGCGCGCCAACGGTGTGCTGGTCGGTGCGGAGATGACCTTCTGATGCGTACGCTCATCGCCTTCTGCCTGCTGGCCCTGTGCCTACCGGCCACCGCTGACCAGCGCCTGTTCTACCAACCCCTC > NC_002947/3910525‑3910815 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |