| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 4,972,934 | C→A | 16.6% | G220V (GGC→GTC) | flgL ← | flagellar hook‑associated protein FlgL |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 4,972,934 | 0 | C | A | 16.6% | 52.7 / 2.1 | 24 | G220V (GGC→GTC) | flgL | flagellar hook‑associated protein FlgL |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (11/9); new base A (2/2); total (13/11) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.83e-01 | |||||||||||
TATTGACGTCGAACTTGCCCTTGCCGGCGGTTTCATTGGTGATGTCATTGCCGGCGGCATCCCTCACGCTGTACTCGGTGGCACTGGTGAAGGTGACAGAATACGGCTGACCAGCGGCAAACTGATTGCCGTAGGTGGTGGCCGAGGTCAACAGGCCGCCAGACAGCAATACCTTGCCGTCATCCGGCGACGGTGCTACCAGGCTCGACTGGGTGCGGCTGTTGTTGGTGGCCTGGTCGAAAATGCTGTAGCCGGTGTCGTTGGTCGCCAGGCG > NC_002947/4972806‑4973079 | tATTGACGTCGAACTTGCCCTTGCCGGCGGTTTCATTGGTGATGTCATTGCCGGCGGCATCCCTCACGCTGTACTCGGTGGCACTGGTGAAGGTGACAGAATACGGCTGACCAGCGGCAAACTGATTGCCGTAGGTGGTGGCCGAGGTCa > 1:226918/1‑150 (MQ=255) ggTTTCATTGGTGATGTCATTGCCGGCGGCATCCCTCACGCTGTACTCGGTGGCACTGGTGAAGGTGACAGAATACGGCTGACCAGCGGCAAACTGATTGCCGTAGGTGGTGGCCGAGGTCAACAGGCCGCCAGACAGCAATACCTTGcc < 1:422453/150‑1 (MQ=255) gTTTCATTGGTGATGTCATTGCCGGCGGCATCCCTCACGCTGTACTCGGTGGCACTGGTGAAGGTGACAGAATACGGCTGACCAGCGGCAAACTGATTGCCGTAGGTGGTGGCCGAGGTCAACAGGCCGCCAGACAGCAATACCTTGCCg > 1:409869/1‑150 (MQ=255) tctGCCGGCGGCGTCCCTCTCGCTGTACGCGTTCGGACTGATTAAGGTGCCAGAATACGGCCGGCCGGCGACAAACTGATTGCCGTAGGTGCTGGCCGAGGTCAACAGGCCGCGAGACAGCAATACCTTGCCGGCATCCGGCGACGGTGc < 2:132746/148‑1 (MQ=255) cTCACGCTGTACTCGGTGGCACTGGTGAAGGTGACAGAATACGGCTGACCAGCGGCAAACTGATTGCCGTAGGTGGTGGCCGAGGTCAACAGGCCGCCAGACAGCAATACCTTGCCGTCATCCGGCGACGGTGCTACCAGGCTCGACTgg > 1:106183/1‑150 (MQ=255) tACTCGGTGGCACTGGTGAAGGTGACAGAATACGGCTGACCAGCGGCAAACTGATTGCCGTAGGTGGTGGCCGAGGTCAACAGGCCGCCAGACAGCAATACCTTGCCGTCATCCGGCGACGGTGCTACCAGGCTCGa < 1:134501/137‑1 (MQ=255) tACTCGGTGGCACTGGTGAAGGTGACAGAATACGGCTGACCAGCGGCAAACTGATTGCCGTAGGTGGTGGCCGAGGTCAACAGGCCGCCAGACAGCAATACCTTGCCGTCATCCGGCGACGGTGCTACCAGGCTCGa > 2:134501/1‑137 (MQ=255) cTCGGTGGCACTGGTGAAGGTGACAGAATACGGCTGACCAGCGGCAAACTGATTGCCGTAGGTGGTGGCCGa > 2:190140/1‑72 (MQ=255) cTCGGTGGCACTGGTGAAGGTGACAGAATACGGCTGACCAGCGGCAAACTGATTGCCGTAGGTGGTGGCCGa < 1:190140/72‑1 (MQ=255) cTCGGTGGCACTGGTGAAGGTGACAGAATACGGCTGACCAGCGGCAAACTGATTGCCGTAGGTGGTGGCCGAGGTCAACAGGCCGCCAGACAGCAATACCTTGCCGTCATCCGGCGACGGTGCTACCAGGCTCGACTGGGTGCGGCtgtt < 1:21000/150‑1 (MQ=255) cTCGGTGGCACTGGTGAAGGTGACAGAATACGGCTGACCAGCGGCAAACTGATTGCCGTAGGTGGTGGCCGAGGTCAACAGGCCGCCAGACAGCAATACCTTGCCGTCATCCGGCGACGGTGCTACCAGGCTCGACTGGGTGCGGCtgtt > 2:278002/1‑150 (MQ=255) tCGGTGGCACTGGTGAAGGTGACAGAATACGGCTGACCAGCGGCAAACTGATTGCCGTAGGTGGTGGCCGAGGTCAACAGGCCGCCAGACAGCAATACCTTGCCGTCATCCGGCGACGGTGCTACCAGGCTCGACTGGGTGCGGCtgttg < 2:226918/150‑1 (MQ=255) ggCACTGGTGAAGGTGACAGAATACGGCTGACCAGCGGCAAAGTTCTTGCCGTAGGTGGTGGCCGAGGTCAACAGGCCGCCAGAGAGCAATACCTTGGCGTCATCCGGCGACGGTGCTACCAGGCTCGACTGGGTGCGGCTGTTGTtggt < 1:138125/150‑1 (MQ=255) gTGAAGGTGACAGAATACGGCTGACCAGCGGCAAACTGATTGCCGTAGGTGGTGGCCGAGGTCAACAGGCCGCCAGACAGCAATACCTTGCCGTCATCCGGCGACGGTGCTACCAGGCTCGACTGGGTGCGGCTGTTGTTGGTGGCCTgg < 1:278002/150‑1 (MQ=255) gACAGAATACGGCTGACTAGCGGCAAACTGATTGCGGTAGGTGGTGGCCGAGGTCAACACGCGGCCAGACAGCAATACCTTGCCGTCATCCGGCGACGGTGCTACCAGGCTCGACTGGGTGCGGCTGTTGTTGGTGGCGTGGTCGacaag > 2:7199/1‑149 (MQ=255) aGAATACGGCTGACCAGCGGCAAACTGATTGCCGTAGGTGGTGGCCGAGGTCAACAGGCCGCCAGACAGCAATACCTTGCCGTCATCCGGCGACGGTGCTACCAGGCTCGACTGGGTGCGGCTGTTGTTGGTGGCCTGGTCGAAAATGCt > 1:188322/1‑150 (MQ=255) aTACGGCTGACCAGCGGCAAACTGATTGCCGTAGGTGGTGGCCGAGGTCAACAGGCCGCCAGACAGCAATACCTTGCCGTCATCCGGCGACGGTGCTACCAGGCTCGACTGGGTGCGGCTGTTGTTGGTGGCCTGGTCGAAAATGCTGTa > 2:44011/1‑150 (MQ=255) ggCTGACCAGCGGCAAACTGATTGCCGTAGGTGGTGGCCGAGGTCAACAGGCCGCCAGACAGCAATACCTTGCCGTCATCCGGCGACGGTGCTACCAGGCTCGACTGGGTGCGGCTGTTGTTGGTGGCCTGGTCGAAAATTCTGTAGCCg < 2:409869/150‑1 (MQ=255) ggCTGACCAGCGGCAAACTGATTGCCGTAGGTGGTGGCCGAGGTCAACAGGCCGCCAGACAGCAATACCTTGCCGTCATCCGGCGACGGTGCTACCAGGCTCGACTGGGTGCGGCTGTTGTTGGTGGCCTGGTCGAAAATGCTGTAGCCg > 1:70551/1‑150 (MQ=255) aTTGCCGTAGGTGGTGGCCGAGGTCAACAGGCCGCCAGACAGCAATACCTTGCCGTCATCCGGCGACGGTGCTACCAGGCTCGACTGGGTGCGGCTGTTGTTGGTGGCCTGGTCGAAAATGCTGTAGCCGGTGGCGTTGGTCGCCAGgcg > 2:426275/1‑150 (MQ=255) aTTGACGTAGGTGGTGGCCGAGGTCAACAGGCCGCCAGACAGCAATACCTTGCCGTCATCCGGCGACGGTGCTACCAGGCTCGACTGGGTGCGGCTGTTGTTGGTGGCCTGGTCGAAAATGCTGTAGCCGGTGTCGTTGGTCGCCa > 2:116808/1‑146 (MQ=255) aTTGACGTAGGTGGTGGCCGAGGTCAACAGGCCGCCAGACAGCAATACCTTGCCGTCATCCGGCGACGGTGCTACCAGGCTCGACTGGGTGCGGCTGTTGTTGGTGGCCTGGTCGAAAATGCTGTAGCCGGTGTCGTTGGTCGCCa > 2:116725/1‑146 (MQ=255) aTTGACGTAGGTGGTGGCCGAGGTCAACAGGCCGCCAGACAGCAATACCTTGCCGTCATCCGGCGACGGTGCTACCAGGCTCGACTGGGTGCGGCTGTTGTTGGTGGCCTGGTCGAAAATGCTGTAGCCGGTGTCGTTGGTCGCCa < 1:116808/146‑1 (MQ=255) aTTGACGTAGGTGGTGGCCGAGGTCAACAGGCCGCCAGACAGCAATACCTTGCCGTCATCCGGCGACGGTGCTACCAGGCTCGACTGGGTGCGGCTGTTGTTGGTGGCCTGGTCGAAAATGCTGTAGCCGGTGTCGTTGGTCGCCa < 1:116725/146‑1 (MQ=255) | TATTGACGTCGAACTTGCCCTTGCCGGCGGTTTCATTGGTGATGTCATTGCCGGCGGCATCCCTCACGCTGTACTCGGTGGCACTGGTGAAGGTGACAGAATACGGCTGACCAGCGGCAAACTGATTGCCGTAGGTGGTGGCCGAGGTCAACAGGCCGCCAGACAGCAATACCTTGCCGTCATCCGGCGACGGTGCTACCAGGCTCGACTGGGTGCGGCTGTTGTTGGTGGCCTGGTCGAAAATGCTGTAGCCGGTGTCGTTGGTCGCCAGGCG > NC_002947/4972806‑4973079 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |