| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 358,733 | G→T | 16.0% | S66I (AGC→ATC) | gbdR → | AraC family transcriptional regulator |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 358,733 | 0 | G | T | 16.0% | 49.1 / 4.7 | 25 | S66I (AGC→ATC) | gbdR | AraC family transcriptional regulator |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (14/7); new base T (2/2); total (16/9) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.02e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.58e-01 | |||||||||||
CAGTCCATCGGGTTTCTTCTATTGGACAATTTCACCCTGATTTCCCTGGCATCGGCGGTCGAGCCGCTGCGCATGGCCAACCAGCTGTCTGGCCGTGAGCTGTATCGCTGGCACACGCTGACGATCGATGGCGGCCAGGTGTGGGCCAGCGATGGCCTGCAAATCACACCGGATGCCGCAATCAGCAATGCTCCGCCCATCGACACCGTGATTGTCTGTGGTGGTGTTGGCATCCAGCGTTCCGTCACCCGTGAACACGTCACCTGGTTGCAAGCCCAGGCCCGTCAGTCGCGCAG > NC_002947/358585‑358880 | cAGTCCATCGGGTTTCTTCTATTGGACAATTTCACCCTGATTTCCCTGGCATCGGCGGTCGAGCCGCTGCGCATGGCCAACCAGCTGTCTGGCCGTGAGCTGTATCGCTGGCACACGCTGACGATCGATGGCGGCCAGGTGTGGGCCAGc < 1:367007/150‑1 (MQ=255) aTCGGGTTTCTTCTATTGGACAATTTCACCCTGATTTCCCTGGCATCGGCGGTCGAGCCGCTGCGCATGGCCAACCAGCTGTCTGGCCGTGAGCTGTATCGCTGGCACACGCTGACGATCGATGGCGGCCAGGTGTGGGCCAGCGATgac < 1:70407/150‑3 (MQ=255) tcttctATTGGACAATTTCACCCTGATTTCCCTGGCATCGGCGGTCGAGCCGCTGCGCATGGCCAACCAGCTGTCTGGCCGTGAGCTGTATCGCTGGCACACGCTGACGATCGATGGCGGCCAGGTGTGGGCCAGCGATGGCCTGCAAAt > 2:217750/1‑150 (MQ=255) ggACAATTTCACCCTGATTTCCCTGGCATCGGCGGTCGAGCCGCTGCGCATGGCCAACCAGCTGTCTGGCCGTGAGCTGTATCGCTGGCACACGCTGACGATCGATGGCAAGAGCGTGGTGTCCGGCGATGGCCTGCAAATCACACCGGa > 2:35801/1‑150 (MQ=255) gACAATTTCACCCTGATTTCCCTGGCATCGGCGGTCGAGCCGCTGCGCATGGCCAACCAGCTGTCTGGCCGTGAGCTGTATCGCTGGCACACGCTGACGATCGATGGCGGCCAGGTGCAGGCCATCGCTGGcccaca < 2:37341/137‑5 (MQ=255) gACAATTTCACCCTGATTTCCCTGGCATCGGCGGTCGAGCCGCTGCGCATGGCCAACCAGCTGTCTGGCCGTGAGCTGTATCGCTGGCACACGCTGACGATCGATGGCGGCCAGGTGCAGGCCATCGCTGGcccaca > 1:37341/1‑133 (MQ=255) ccTGATTTCCCTGGCATCGGCGGTCGAGCCGCTGCGCATGGCCAACCAGCTGTCTGGCCGTGAGCTGTATCGCTGGCACACGCTGACGATCGATGGCGGCCAGGTGTGGGCCAGCGATGGCCTGCAAATCACACCGGATGCCGCAATCAg > 1:330616/1‑150 (MQ=255) cTGATTTCCCTGGCATCGGCGGTCGAGCCGCTGCGCATGGCCAACCAGCTGTCTGGCCGTGAGCTGTATCGCTGGCACACGCTGACGATCGATGGCGGCCAGGTGCAGGCCATCGCTGGcccacac < 2:303564/126‑6 (MQ=255) cTGATTTCCCTGGCATCGGCGGTCGAGCCGCTGCGCATGGCCAACCAGCAGTCGGGCCGTGAGCTGTATCGCTGGCACACGCTGACGATCGATGGCGGCCAGGTGCAGGCCATCGCTGGcccacac > 1:303564/1‑121 (MQ=255) tGATTTCCCTGGCATCGGCGGTCGAGCCGCTGCGCATGGCCAACCAGCTGTCTGGCCGTCAGCTGTATCGCTGGCACACGCTGACGATCGATGGCGGCCAGGTGTGGGCCAGCGCTGGCCTGCACATCACACCGGATGCCGCAATCAGCa > 2:77899/1‑150 (MQ=255) gAGCCGCTGCGCATGGCCAACCAGCTGTCTGGCCGTGAGCTGTATCGCTGGCACACGCTGACGATCGATGGCGGCCAGGTGTGGGCCAGCGATGGCCTGCAAATCACACCAGATACTGCAATCAGCAATGCTCCGCCCATCGACACCGTg < 1:35801/150‑1 (MQ=255) cTGCGCATGGCCAACCAGCTGTCTGGCCGTGAGCTGTATCGCTGGCACACGCTGACGATCGATGGCGGCCAGGTGTGGGCCAGCGATGGCCTGCAAATCACACCGGATGCCGCAATCAGCAATGCTCCGCCCATCGACACCGTGATTGTc > 2:443402/1‑150 (MQ=255) tGCGCATGGCCAACCAGCTGTCTGGCCGTGAGCTGTATCGCTGGCACACGCTGACGATCGATGGCGGCCAGGTGTGGGCCAGCGATGGCCTGCAAATCACACCGGATGCCGCAATCAGCAATGCTCCGCCCATCGACACCGTGATTGTCt > 2:357990/1‑150 (MQ=255) gCCGTGAGCTGTATCGCTGGCACACGCTGACGATCGATGGCGGCCAGGTGTGGGCCAGCGATGGCCTGCAAATCACACCGGATGCCGCAATCAGCAATGCTCCGCCCATCGACACCGTGATTGTCTGTGGTGGTGTTGGCATCCAGCGtt < 1:443402/150‑1 (MQ=255) tGTATCGCTGGCACACGCTGACGATCGATGGCGGCCAGGTGTGGGCCAGCGATGGCCTGCAAATCACACCGGATGCCGCAATCAGCAATGCTCCGCCCATCGACACCGTGATTGTCTGTGGTGGTGTTGGCATCCAGCGTTCCGTCAccc > 2:372275/1‑150 (MQ=255) acacGCTGACGATCGATGGCGGCCAGGTGTGGGCCAGCGATGGCCTGCAAATCACACCGGATGCCGCAATCAGCAATGCTCCGCCCATCGACACCGTGATTGTCTGTGGTGGTGTTGGCATCCAGCGTTCCGTCACCCGTGAACACGTCa > 1:263653/1‑150 (MQ=255) tGACGATCGATGGCGGCCAGGTGTGGGCCAGCGATGGCCTGCAAATCACACCGGATGCCGCAATCAGCAATGCTCCGCCCATCGACACCGTGATTGTCTGTGGTGGTGTTGGCATCCAGCGTTCCGTCACCCGTGAACACGTCACCTGGt > 1:38233/1‑150 (MQ=255) gatcgatGGCGGCCAGGTGTGGGCCAGCGATGGCCTGCAAATCACACCGGATGCCGCAATCAGCAATGCTCCGCCCATCGACACCGTGATTGTCTGTGGTGGTGTTGGCATCCAGCGTTCCGTCACCCGTGAACACGTCACCTGGTTGCa > 1:18542/1‑150 (MQ=255) atcgatGGCGGCCAGGTGTTGGCCAGCGATGGCCTGCAAATCACACCGGATGCCGCAATCAGCAATGCTCCGCCCATCGACACCGTGATTGTCTGTGGTGGTGTTGGCATCCAGCGTTCCGTCACCCGTGAACACGTCACCTGGTTGCaa < 2:263653/150‑1 (MQ=255) tGGCGGCCAGGTGTGGGCCAGCGATGGCCTGCAAATCACACCGGATGCCGCAATCAGCAATGCTCCGCCCATCGACACCGTGATTGTCTGTGGTGGTGTTGGCATCCAGCGTTCCGTCACCCGTGAACACGTCACCTGGTTGCAAGCCCa < 2:368958/150‑1 (MQ=255) ggCCAGCGATGGCCTGCAAATCACACCGGATGCCGCAATCAGCAATGCTCCGCCCATCGACACCGTGATTGTCTGTGGTGGTGTTGGCATCCAGCGTTCCGTCACCCGTGAACACGTCACCTGGTTGCAAGCCCa < 2:228867/135‑1 (MQ=255) ggCCAGCGATGGCCTGCAAATCACACCGGATGCCGCAATCAGCAATGCTCCGCCCATCGACACCGTGATTGTCTGTGGTGGTGTTGGCATCCAGCGTTCCGTCACCCGTGAACACGTCACCTGGTTGCAAGCCCa > 1:228867/1‑135 (MQ=255) gCCAGCGATGGCCTGCAAATCACACCGGATGCCGCAATCAGCAATGCTCCGCCCATCGACACCGTGATTGTCTGTGGTGGTGTTGGCATCCAGCGTTCCGTCACCCGTGAACACGTCACCTGGTTGCAAGCCCAGGCCCGTCAGTCgcgc > 2:101336/1‑150 (MQ=255) gCCAGCGATGGCCTGCAAATCACACCGGATGCCGCAATCAGCAATGCTCCGCCCATCGACACCGTGATTGTCTGTGGTGGTGTTGGCATCCAGCGTTCCGTCACCCGTGAACACGTCACCTGGTTGCAAGCCCAGGCCCGTCAGTCgcgc > 2:24695/1‑150 (MQ=255) cAGCGATGGCCTGCAAATCACACCGGATGCCGCAATCAGCAATGCTCCGCCCATCGACACCGTGATTGTCTGTGGTGGTGTTGGCATCCAGCGTTCCGTCACCCGTGAACACGTCACCTGGTTGCAAGCCCAGGCCCGTCAGTCGCGCAg > 2:422028/1‑150 (MQ=255) | CAGTCCATCGGGTTTCTTCTATTGGACAATTTCACCCTGATTTCCCTGGCATCGGCGGTCGAGCCGCTGCGCATGGCCAACCAGCTGTCTGGCCGTGAGCTGTATCGCTGGCACACGCTGACGATCGATGGCGGCCAGGTGTGGGCCAGCGATGGCCTGCAAATCACACCGGATGCCGCAATCAGCAATGCTCCGCCCATCGACACCGTGATTGTCTGTGGTGGTGTTGGCATCCAGCGTTCCGTCACCCGTGAACACGTCACCTGGTTGCAAGCCCAGGCCCGTCAGTCGCGCAG > NC_002947/358585‑358880 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |