| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 1,375,382 | G→A | 15.4% | L332L (CTG→CTA) | kup → | potassium transport system protein Kup |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 1,375,382 | 0 | G | A | 15.4% | 53.4 / 3.4 | 26 | L332L (CTG→CTA) | kup | potassium transport system protein Kup |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (10/12); new base A (2/2); total (12/14) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.04e-01 | |||||||||||
AGGCCGCGCGCAATCCGTTCTATCTGCTGGCGCCGGGCTGGGCGCTGCTGCCGTTGGTCGGGCTGGCCACCATGGCCACGGTTATCGCCTCGCAGGCGGTGATTTCCGGGGCCTTCTCCCTGACCCGCCAGGCCATCCAGCTGGGCTATATTCCGCGCATGCAGATTCAGCACACCTCAAGCGACGAGCAGGGGCAGATCTACATTGGTGCGGTGAACTGGACGCTGATGGTGGGCGTGGTGTTGCTGGTCATCGGTTTCGAGTCGTCAGGTGCCCTTGCGGCTGCC > NC_002947/1375240‑1375526 | aGGCCGCGCGCAATCCGTTCTATCTGCTGGCGCCGGGCTGGGCGCTGCTGCCGTTGGTCGGGCTGGCCACCATGGCCACGGTTATCGCCTCGCAGGCGGTGATTTCCGGGGCCTTCTCCCTGACCCGCCAGGCCATCCAGCTGGGCtata < 1:165101/150‑1 (MQ=255) tATCTGCTGGCGCCGGGCTGGGCGCTGCTGCCGTTGGTGTCTTTGGCCACCATGGCCACGGTTATCGCCTCGCAGGCGGTGATTTCCGGGGCCTTCTCCCTGACCCGCCAGGCCATCCAGCTGGGCTATATTCCGCGCATGCAGATTCAg < 1:117407/150‑1 (MQ=255) tgGCGCCGGGCTGGGCGCTGCTGTCGTTGGTCGGGCTGGCCACCATGGCCACGGTTATCGCCTCGCAGGCGGTGATTTCCGGGGCCTTCTCCCTGACCCGCCAGGCCATCCAGCTGGGCTATATTCCGCGCATGCAGATTCAGCACACCt > 1:85257/1‑150 (MQ=255) ggCTGGGCGCTGCTGTCGTTGGTCGGGCTGGCCACCATGGCCACGGTTATCGCCTCGCAGGCGGTGATTTCCGGGGCCTTCTCCCTGACCCGCCAGGCCATCCAGCTGGGCTATATTCCGCGCATGCAGATTCAGCACACCTCAAGcgac < 2:85257/150‑1 (MQ=255) cTGGGCGCTGCTGCCGTTGGTCGGGCTGGCCACCATGGCCACGGTTATCGCCTCGCAGGCGGTGATTTCCGGGGCCTTCTCCCTGACCCGCCAGGCCATCCAGCTGGGCTATATTCCGCGCATGCAGATTCAGCACACCTCAAGcgacga > 1:204379/1‑150 (MQ=255) gcCGTTGGTCGGGCTGGCCACCATGGCCACGGTTATCGCCTCGCAGGCGGTGATTTCCGGGGCCTTCTCCCTGACCCGCCAGGCCATCCAGCTGGGCTATATTCCGCGCATGCAGATTCAGCACACCTCAAGCGACGAGCAGGGGCAGAt < 1:147742/150‑1 (MQ=255) gTTGGTCGGGCTGGCCACCATGGCCACGGTTATCGCCTCGCAGGCGGTGATTTCCGGGGCCTTCTCCCTGACCCGCCAGGCCATCCAGCTGGGCTATATTCCGCGCATGCAGATTCAGCACACCTCAAGCGACGAGCAGGGGCAGATCTa < 1:57304/150‑1 (MQ=255) tGGTCGGTCTGGCCCCCATGGCCACGGTTATCGCCTCGCAGGCGATGATTTCCGGGGCCTTCTCCCTGACCCGCCAGGCCATCCCGCTGGGCTATATTCCGCGCATGCAGATTCAGCACACCTCAGGCGACGAGCAGGGGGAGATCTACa < 2:320785/150‑1 (MQ=255) tGGCCACCATGGCCACGGTTATCGCCTCGCAGGCGGTGATTTCCGGGGCCTTCTCCCTGACCCGCCAGGCCATCCAGCTAGGCTATATTCCGCGCATGCAGATTCAg < 2:326269/107‑1 (MQ=255) tGGCCACCATGGCCACGGTTATCGCCTCGCAGGCGGTGATTTCCGGGGCCTTCTCCCTGACCCGCCAGGCCATCCAGCTAGGCTATATTCCGCGCATGCAGATTCAg < 2:326263/107‑1 (MQ=255) tGGCCACCATGGCCACGGTTATCGCCTCGCAGGCGGTGATTTCCGGGGCCTTCTCCCTGACCCGCCAGGCCATCCAGCTAGGCTATATTCCGCGCATGCAGATTCAg > 1:326269/1‑107 (MQ=255) tGGCCACCATGGCCACGGTTATCGCCTCGCAGGCGGTGATTTCCGGGGCCTTCTCCCTGACCCGCCAGGCCATCCAGCTAGGCTATATTCCGCGCATGCAGATTCAg > 1:326263/1‑107 (MQ=255) tGGCCACGGTTATCGCCTCGCAGGCGGTGATTTCCGGGGCCTTCTCCCTGACCCGCCAGGCCATCCAGCTGGGCTATATTCCGCGCATGCAGATTCAGCACACCTc > 1:73770/1‑106 (MQ=255) tGGCCACGGTTATCGCCTCGCAGGCGGTGATTTCCGGGGCCTTCTCCCTGACCCGCCAGGCCATCCAGCTGGGCTATATTCCGCGCATGCAGATTCAGCACACCTc < 2:73770/106‑1 (MQ=255) cACGGTTATCGCCTCGCAGGCGGTGATTTCCGGGGCCTTCTCCCTGACCCGCCAGGCCATCCAGCTGGGCTATATTCCGCGCATGCAGATTCAGCACACCTCAAGCGACGAGCAGGGGCAGATCTACATTGGTGCGGTGAACTGGACGCt > 1:170383/1‑150 (MQ=255) tCGCCTCGCAGGCGGTGATTTCCGGGGCCTTCTCCCTGACCCGCCAGGCCATCCAGCTGGGCTATATTCCGCGCATGCAGATTCAGCACACCTCAAGCGACGAGCAGGGGCAGATCTACATTGGTGCGGTGAACTGGACGCTGAtggtgg > 1:220677/1‑150 (MQ=255) gCCTCGCAGGCGGTGATTTCCGGGGCCTTCTCCCTGACCCGCCAGGCCATCCAGCTGGGCTATATTCCGCGCATGCAGATTCAGCACACCTCAAGCGACGAGCAGGGGCAGATCTACATTGGTGCGGTGAACTGGACGCTGATGGTGGGc > 1:391378/1‑150 (MQ=255) ggggCCTTCTCCCTGACCCGCCAGGCCATCCAGCTGGGCTATATTCCGCGCATGCAGATTCAGCACACCTCAAGCGACGAGCAGGGGCAGATCTACATTGGTGCGGTGAACTGGACGCTGATGGTGGGCgtg > 1:316943/1‑132 (MQ=255) ggggCCTTCTCCCTGACCCGCCAGGCCATCCAGCTGGGCTATATTCCGCGCATGCAGATTCAGCACACCTCAAGCGACGAGCAGGGGCAGATCTACATTGGTGCGGTGAACTGGACGCTGATGGTGGGCgtg < 2:316943/132‑1 (MQ=255) ggCCTTCTCCCTGACCCGCCAGGCCATCCAGCTGGGCTATATTCCGCGCATGCAGATTCAGCACACCTCAAGCGACGAGCAGGGGCAGATCTACATTGGTGCGGTGAACTGGACGCTGATGGTGGGCGTGGTGTTGCTGGTCATCGGttt < 2:204379/150‑1 (MQ=255) ttCTCCCTGACCCGCCAGGCCATCCAGCTGGGCTATATTCCGCGCATGCAGATTCAGCACACCTCAAGCGACGAGCAGGGGCAGATCTACATTGGTGCGGTGAACTGGACGCTGAtggtg < 2:219374/120‑1 (MQ=255) ttCTCCCTGACCCGCCAGGCCATCCAGCTGGGCTATATTCCGCGCATGCAGATTCAGCACACCTCAAGCGACGAGCAGGGGCAGATCTACATTGGTGCGGTGAACTGGACGCTGAtggtg > 1:219374/1‑120 (MQ=255) cAGGCCATCCAGCTGGGCTATATTCCGCGCATGCAGATTCAGCACACCTCAAGCGACGAGCAGGGGCAGATCTACATTGGTGCGGTGAACTGGAAGCTGATGGTGGGCGTGGTGTTGCTGGTCATCGGTTTCGAGTCGTCAGGTGCCCtt > 1:103913/1‑150 (MQ=255) ggCCATCCAGCTGGGCTATATTCCGCGCATGCAGATTCAGCACACCTCAAGCGACGAGCAGGGGCAGATCTACATTGGTGCGGTGAACTGGACGCTGATGGTGGGCGTGGTGTTGCTGGTCATCGGTTTCGAGTCGTCAGGTGCCCTTGc < 2:391378/150‑1 (MQ=255) ggCCATCCAGCTGGGCTATATTCCGCGCATGCAGATTCAGCACACCTCAAGCGACGAGCAGGGGCAGATCTACATTGGTGCGGTGAACTGGACGCTGATGGTGGGCGTGGTGTTGCTGGTCATCGGTTTCGAGTCGTCAGGTGCCCTTGc < 2:170383/150‑1 (MQ=255) cAGCTGGGCTATATTCCGCGCATGCAGATTCAGCACACCTCAAGCGACGAGCAGGGGCAGATCTACATTGGTGCGGTGAACTGGACGCTGATGGTGGGCGTGGTGTTGCTGGTCATCGGTTTCGAGTCGTCAGGTGCCCTTGCGGCTGcc > 1:93004/1‑150 (MQ=255) | AGGCCGCGCGCAATCCGTTCTATCTGCTGGCGCCGGGCTGGGCGCTGCTGCCGTTGGTCGGGCTGGCCACCATGGCCACGGTTATCGCCTCGCAGGCGGTGATTTCCGGGGCCTTCTCCCTGACCCGCCAGGCCATCCAGCTGGGCTATATTCCGCGCATGCAGATTCAGCACACCTCAAGCGACGAGCAGGGGCAGATCTACATTGGTGCGGTGAACTGGACGCTGATGGTGGGCGTGGTGTTGCTGGTCATCGGTTTCGAGTCGTCAGGTGCCCTTGCGGCTGCC > NC_002947/1375240‑1375526 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |