Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 4,741,305 | 0 | A | . | 61.2% | 81.8 / 185.5 | 105 | intergenic (+496/+256) | gltA/yeiW | citrate synthase/putative oxidoreductase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (1/1); major base . (35/28); minor base C (20/20); total (56/49) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.86e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. |
Only 100 of 105 total aligned reads displayed.
CCATCCGCCTCCTTGATGGTCGTAATGTGCAGCACGGAATCACGCGGCGT‑CACCGGCCATGGCGTATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAG‑AA‑CC‑TCC‑GCCAAC‑TGCATT‑CGTGAA‑CCAAGCAACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGCCTTGTACTTGGACCCGGCCACCTCACTGAGGGACACCTTGATCCCGTCCTCGTCCTT > NC_002947/4741164‑4741440 | ccATCCGCCTCCTTGATGGTCGTAATGTGCAGCACGGAATCACGCGGCGT‑CACCGGCCATGGCGTATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAG‑CA‑GCTTCT‑GCGACT‑TGCATT‑CGTGAA‑TCCAGGCACAGGcc > 2:1041719/1‑150 (MQ=255) aTCCGCCTCCTTGATGGTCGTAATGTGCAGCACGGAATCACGCGGCGT‑CACCGGCCATGGCGTATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAG‑CT‑TCT‑GCGACT‑TGCATT‑CGTGAA‑TCCAGGCACAGGcccc < 2:760678/150‑1 (MQ=255) gCCTCCTTGATGGTCGTAATGTGCAGCACGGAATCACGCGGCGT‑CACCGGCCATGGCGTATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAG‑CT‑TCT‑GCGACT‑TGCATT‑CGTGAA‑TCCAGGCACAGGCCCCGGac > 1:2842730/1‑150 (MQ=255) gCCTCCTTGATGGTCGTAATGTGCAGCACGGAATCACGCGGCGT‑CACCGGCCATGGCGTATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAG‑CA‑GC‑TTC‑TGCGACTTGCATT‑CGTGAA‑TCCAGGCACAGGCCCCGGac > 2:1121333/1‑150 (MQ=255) cctcctTGATGGTCGTAATGTGCAGCACGGAATCACGCGGCGT‑CACCGGCCATGGCGTATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAG‑CT‑TCT‑GCGACT‑TGCATT‑CGTGAATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGaca > 1:2905531/1‑150 (MQ=255) ctcctTGATGGTCGTAATGTTCAGAACGGAATCACTCGTCGT‑CACCGGCCATGGCGTATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTTGTCACCTTCTTGCTTTATCAG‑CT‑TCT‑GCCACT‑TGCATT‑CTTGAA‑TCCAGGCACAGGCCCCGGacac < 2:296401/150‑1 (MQ=255) cctTGATGGTCGTAATGTGCAGCACGGAATCACGCGGCGT‑CACCGGCCATGGCGTATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAG‑CT‑TCT‑GCGACT‑TGCATT‑CGTGAATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGACACGt < 1:3347423/150‑1 (MQ=255) ttGATGGTCGTAATGTGCAGCACGGAATCACGCGGCGT‑CACCGGCCATGGCGTATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAG‑CAGCT‑TCT‑GCGACT‑TGCATT‑CGTGAATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGACACGtcc > 1:2781685/1‑150 (MQ=255) 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tCGTAATGTGCAGCACGGAATCACGCGGCGT‑CACCGGCCATGGCGTATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAG‑CAGCT‑TCT‑GCGACT‑TGCATT‑CGTGAA‑TCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCa > 1:1357761/1‑150 (MQ=255) gTAATGTGCAGCACGGAATCACGCGGCGT‑CACCGGCCATGGCGTATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAG‑CT‑TCT‑GCGACT‑TGCATT‑CGTGAATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAgc < 1:1766183/150‑1 (MQ=255) tAATGTGCAGCACGGAATCACGCGGCGT‑CACCGGCCATGGCGTATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAG‑CT‑TCT‑GCGACT‑TGCATT‑CGTGAATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGacac > 2:2259511/1‑136 (MQ=255) tAATGTGCAGCACGGAATCACGCGGCGT‑CACCGGCCATGGCGTATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAG‑CT‑TCT‑GCGACT‑TGCATT‑CGTGAATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGacac < 1:2259511/136‑1 (MQ=255) tgtgCAGCACGGAATCACGCGGCGT‑CACCGGCCATGGCGTATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAG‑CT‑TCT‑GCGACT‑TGCATT‑CGTGAATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCt > 1:3307229/1‑150 (MQ=255) 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ggAATCACGCGGCGT‑CACCGGCCATGGCGTATTGAACTGGGTCTAACTCCAACCCTGGTCACCTTCGTGCTTGAG‑CA‑GC‑TTC‑TGCGACTTGCATT‑CGTGAA‑TCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGc < 2:2926224/150‑1 (MQ=255) ggAATCACGCGGCGT‑CACCGGCCATGGCGTATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAG‑CT‑TCT‑GCGACT‑TGCATT‑CGTGAATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGc > 1:2975940/1‑150 (MQ=255) ggAATCACGCGGCGT‑CACCGGCCATGGCGTATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAG‑CT‑TCT‑GCGACT‑TGCATT‑CGTGAA‑TCCAGGAACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGc < 1:2280472/150‑1 (MQ=255) aCGCGGCGT‑CACCGGCCATGGCGTATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAG‑CT‑TCT‑GCGACT‑TGCATT‑CGTGAATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGa < 1:1410021/114‑1 (MQ=255) aCGCGGCGT‑CACCGGCCATGGCGTATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAG‑CT‑TCT‑GCGACT‑TGCATT‑CGTGAATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGa > 2:1410021/1‑114 (MQ=255) aCGCGGCGT‑CACCGGCCATGGCGTATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAG‑CT‑TCT‑GCGACT‑TGCATT‑CGTGAA‑TCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAgcgg > 1:258627/1‑150 (MQ=255) gcggcgT‑CACCGGCCATGGCGTATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAG‑CT‑TCT‑GCGACT‑TGCATT‑CGTGAATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAgcggcg > 1:2286093/1‑150 (MQ=255) ggcgT‑CACCGGCCATGGCGTATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAG‑CT‑TCT‑GCGACT‑TGCATT‑CGTGAA‑TCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGcc < 1:1708022/150‑1 (MQ=255) gcgT‑CACCGGCCATGGCGTATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAG‑CT‑TCT‑GCGACT‑TGCATT‑CGTGAATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCt < 2:2975940/150‑1 (MQ=255) cgT‑CACCGGCCATGGCGTATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAG‑CT‑TCT‑GCGACT‑TGCATT‑CGTGAATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCtt < 1:2637550/150‑1 (MQ=255) 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ctGGTCACCTTCGTGCTTGAG‑CAGCT‑TCT‑GCGACT‑TGCATT‑CGTGAATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGCCTTGTACTTGGACCCGGc < 2:3554435/150‑1 (MQ=255) tGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAG‑CT‑TCT‑GCGACT‑TGCATT‑CGTGAA‑TCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGCCTTGTACTTGGACCCGGcc < 1:182447/150‑1 (MQ=255) tGGTCACCTTCGTGCTTGAG‑CA‑GCTTCT‑GCGACT‑TGCATT‑CGTGAATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGCCTTGTACTTGGACCCGGcc > 2:663898/1‑150 (MQ=255) tGGTCACCTTCGTGCTTGAG‑CA‑GC‑TTCTGCGACT‑TGCATT‑CGTGAA‑TCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGCCTTGTACTTGGACCCGGcc > 2:1213731/1‑150 (MQ=255) tGGTCACCTTCGTGCTTGAG‑CA‑GC‑TTC‑TGCGACTTGCATT‑CGTGAA‑TCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGCCTTGTACTTGGACCCGGcc > 1:27339/1‑150 (MQ=255) ggTCACCTTCGTGCTTGAG‑CA‑GC‑TTC‑TGCGACTTGCATT‑CGTGAA‑TCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGCCTTGTACTTGGACCCGGCCa > 1:18520/1‑150 (MQ=255) gTCACCTTCGTGCTTGAGCAG‑CT‑TCT‑GCGACT‑TGCATT‑CGTGAATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTg > 2:2237207/1‑91 (MQ=255) gTCACCTTCGTGCTTGAG‑CA‑GC‑TTC‑TGCGACTTGCATT‑CGTGAA‑TCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTg < 1:2237207/91‑1 (MQ=255) tCACCTTCGTGCTTGAGCAG‑CT‑TCT‑GCGACT‑TGCATT‑CGTGAA‑TCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGCCTTGTACTTGGACCCGGCCAcc > 2:292536/1‑150 (MQ=255) aCCTTCGTGCTTGAG‑CA‑GC‑TTC‑TGCGACTTGCATT‑CGTGAATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGCCTTGTACTTGGACCCGGCCACCTc > 2:2216324/1‑150 (MQ=255) cTTCGTGCTTGAGCAG‑CT‑TCT‑GCGACT‑TGCATT‑CGTGAA‑TCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGCCTTGTACTTGGACCCGGCCACCTCAc < 2:2873597/150‑1 (MQ=255) tgcgacttGCATT‑CGTGAATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGCCTTGTACTTGGACCCGGCCACCTCACTGAGGGACACCTTGATCCcg > 1:1675973/8‑150 (MQ=255) gcgacttGCATT‑CGTGAATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGCCTTGTACTTGGACCCGGCCACCTCACt < 2:2147841/124‑1 (MQ=255) gcgacttGCATT‑CGTGAATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGCCTTGTACTTGGACCCGGCCACCTCACt > 1:2147841/7‑130 (MQ=255) cgacttGCATT‑CGTGAATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGCCTTGTACTTGGACCCGGCCACCTCACTGAGGGACACCTTGATCCcgtc > 2:3700214/6‑150 (MQ=255) acttGCATT‑CGTGAA‑TCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGCCTTGTACTTGGACCCGGCCACCTCACTGAGGGACACCTTGATCCcgtcct > 1:1350905/4‑150 (MQ=255) cttGCATT‑CGTGAA‑TCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGCCTTGTACTTGGACCCGGCCACCTCACTGAGGGACACCTTGATCCcgtcctc < 1:2688411/148‑1 (MQ=255) ttGCATT‑CGTGAA‑TCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGc > 2:3591179/2‑98 (MQ=255) ttGCATT‑CGTGAA‑TCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGc < 1:3591179/97‑1 (MQ=255) gCATT‑CGTGAATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGCCTTGTACTTGGACCCGGCCACCTCACTGAg < 2:191268/126‑1 (MQ=255) aTT‑CGTGAA‑TCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGCCTTGTACTTGGACCCGGCCACCTCACTGAGGGACACCTTGATCCcgtcctcgtcct > 1:2029285/1‑150 (MQ=255) tt‑CGTGAATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGCCTTGTACTTGGACCCGGCCACCTCACTGAGGGACACCTTGATCCCGTCCTCGTCCtt > 1:1100452/1‑150 (MQ=255) tt‑CGTGAATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGCCTTGTACTTGGACCCGGCCACCTCACTGAGGGACACCTTGATCCCGTCCTCGTCCtt < 1:3160663/150‑1 (MQ=255) tt‑CGTGAATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGCCTTGTACTTGGACCCGGCCACCTCACTGAGGGACACCTTGATCCCGTCCTCGTCCtt < 2:3307229/150‑1 (MQ=255) tt‑CGTGAA‑TCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGCCTTGTACTTGGACCCGGCCACCTCACTGAGGGACACCTTGATCCCGTCCTCGTCCtt < 2:1675973/150‑1 (MQ=255) t‑CGTGAA‑TCCAGGCACAGGCCCCCGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGCCTTGTACTTGGACCCGGCCACCTCACTGAGGGacac < 2:3441881/128‑1 (MQ=255) | CCATCCGCCTCCTTGATGGTCGTAATGTGCAGCACGGAATCACGCGGCGT‑CACCGGCCATGGCGTATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAG‑AA‑CC‑TCC‑GCCAAC‑TGCATT‑CGTGAA‑CCAAGCAACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGCCTTGTACTTGGACCCGGCCACCTCACTGAGGGACACCTTGATCCCGTCCTCGTCCTT > NC_002947/4741164‑4741440 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |