| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| MC JC | NC_002947 | 1,738,046 | Δ39,415 bp | [yffB]–PP_5476 | 59 genes [yffB], PP_1532, PP_1533, PP_1534, PP_1535, PP_1536, PP_1537, PP_5472, PP_1538, PP_1539, PP_1540, PP_1541, PP_1542, PP_1543, PP_1544, PP_1545, PP_1546, PP_5473, PP_5474, PP_1548, PP_5744, PP_1549, PP_1550, PP_1551, PP_1552, PP_1553, PP_1554, PP_1555, PP_1556, PP_1557, PP_1558, PP_1559, PP_1560, PP_1561, PP_1562, PP_1563, PP_1564, PP_1565, PP_1566, PP_1567, PP_1568, PP_1569, PP_1570, PP_1571, PP_1572, PP_1573, PP_1574, PP_1575, PP_1576, PP_1577, PP_1578, PP_5475, PP_1579, PP_1580, PP_1581, PP_1582, PP_1583, PP_1584, PP_5476 |
|
| Missing coverage evidence... | ||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | start | end | size | ←reads | reads→ | gene | description | |||
| * | * | ÷ | NC_002947 | 1738046 | 1777460 | 39415 | 69 [0] | [0] 70 | [yffB]–PP_5476 | [yffB],PP_1532,PP_1533,PP_1534,PP_1535,PP_1536,PP_1537,PP_5472,PP_1538,PP_1539,PP_1540,PP_1541,PP_1542,PP_1543,PP_1544,PP_1545,PP_1546,PP_5473,PP_5474,PP_1548,PP_5744,PP_1549,PP_1550,PP_1551,PP_1552,PP_1553,PP_1554,PP_1555,PP_1556,PP_1557,PP_1558,PP_1559,PP_1560,PP_1561,PP_1562,PP_1563,PP_1564,PP_1565,PP_1566,PP_1567,PP_1568,PP_1569,PP_1570,PP_1571,PP_1572,PP_1573,PP_1574,PP_1575,PP_1576,PP_1577,PP_1578,PP_5475,PP_1579,PP_1580,PP_1581,PP_1582,PP_1583,PP_1584,PP_5476 |
| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_002947 | = 1738045 | 0 (0.000) | 65 (1.170) | 48/240 | 0.2 | 100% | coding (16/348 nt) | yffB | glutathione‑dependent thiol reductase |
| ? | NC_002947 | 1777461 = | 0 (0.000) | intergenic (+153/+139) | PP_5476/PP_1585 | hypothetical protein/antidote protein | |||||
CACGGTTGAGGATGACTTCCCAGCCGTGTTCGTCGCACCAGCGGTTCAGGCTGTCACGGTCGATGCCTTGGGTTTTGTAATCATGGAATTCGTAGGCGATGGCTTTGTCTTCGAGCCAGGTACGCGCCTTTTTCATGGTGTCACAGGCTTTGATGCCGTA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > NC_002947/1737886‑1738045‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑caggctttgatgccgtaGAGCGTGTAGGTCATTGTGTACATTGGGGTTGCAAGTAGCCCCAATCTCTCCGTTTTTCGATGTCAGTCGCGGGATTATGCGGGAACGATCCTC‑GCGGCGCCACGCCCGTGGCGCCCCTGTTTATTGATCAGGA > NC_002947/1777461‑1777594 CACGGTTGAGGATGACTTCCCAGCCGTGTTCGTCGCACCAGCGGTTCAGGCTGTCACGGTCGATGCCTTGGGTTTTGTAATCATGGAATTCGTAGGCGATGGCTTTGTCTTCGAGCCAGGTACGCGCCTTTTTCATGGTGTCACAGGCTT < 1:237786/150‑1 ACGGTTGAGGATGACTTCCCAGCCGTGTTCGTCGCACCAGCGGTTCAGGCGGTTAGGGGCGATGCCTTGGGTTTTGTAATCATGGAATTCGTAGGCGATGGCTTTGTCTTCGAGCCAGGTACGCGCCTTTTTCATGGTGTCACAGGCTTT > 1:875936/1‑150 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1:299923/150‑1 TGTTCGTCGTGCCGGCGGTTCAGGCTGTCACGGTCGATGCCTTGGGTTTTGTAATCATGGAATTCGTAGGCGATGGCTTTGTCTTCGAGCCAGGTACGCGCCTTTTTCATGGTGTCACAGGCTTTGATGCCGTAGAGCGTGTAGGTCATT < 2:875936/150‑1 CGTCGCACCAGCGGTTCAGGCTGTCACGGTCGATGCCTTGGGTTTTGTAATCATGGAATTCGTAGGCGATGGCTTTGTCTTCGAGCCAGGTACGCGCCTTTTTCATGGTGTCACAGGCTTTGATGCCGTAGAGCGTGTAGGTCATTGTGT < 2:1442816/150‑1 ACCAGCGGTTCAGGCTGTCACGGTCGATGCCTTGGGTTTTGTAATCATGGAATTCGTAGGCGATGGCTTTGTCTTCGAGCCAGGTACGCGCCTTTTTCATGGTGTCACAGGCTTTGATGCCGTAGAGCGTGTAGGTCATTGTGTACATTG < 2:218682/150‑1 ACCAGCGGTTCAGGCTGTCACGGTCGATGCCTTGGGTTTTGTAATCATGGAATTCGTAGGCGATGGCTTTGTCTTCGAGCCAGGTACGCGCCTTTTTCATGGTGTCACAGGCTTTGATGCCGTAGAGCGTGTAGGTCATTGTGT > 1:340481/1‑144 ACCAGCGGTTCAGGCTGTCACGGTCGATGCCTTGGGTTTTGTAATCATGGAATTCGTAGGCGATGGCTTTGTCTTCGAGCCAGGTACGCGCCTTTTTCATGGTGTCACAGGCTTTGATGCCGTAGAGCGTGTAGGTCATTGTGT < 2:340481/144‑1 GCGGTTCAGGCTGTCACGGTCGATGCCTTGGGTTTTGTAATCATGGAATTCGTAGGCGATGGCTTTGTCTTCGAGCCAGGTACGCGCCTTTTTCATGGTGTCACAGGCTTTGATGCCGTAGAGCGTGTAGGTCATTGTGTACATTGGGGT > 1:127622/1‑150 CGGTTCAGGCTGTCACGGTCGATGCCTTGGGTTTTGTAATCATGGAATTCGTAGGCGATGGCTTTGTCTTCGAGCCAGGTACGCGCCTTTTTCATGGTGTCACAGGCTTTGATGCCGTAGAGCGTGTAGGTCATTGTGTACATTGGGGTT < 1:580119/150‑1 TCAGGCTGTCACGGTCGATGCCTTGGGTTTTGTAATCATGGAATTCGTAGGCGATGGCTTTGTCTTCGAGCCAGGTACGCGCCTTTTTCATGGTGTCACAGGCTTTGATGCCGTAGAGCGTGTAGGTCATTGTGTACATTGGGGTTGCAA < 1:838488/150‑1 TCAGGCTGTCACGGTCGATGCCTTGGGTTTTGTAATCATGGAATTCGTAGGCGATGGCTTTGTCTTCGAGCCAGGTACGCGCCTTTTTCATGGTGTCACAGGCTTTGATGCCGTAGAGCGTGTAGGTCATTGTGTACATTGGGGTTGCAA < 2:1263301/150‑1 GTCACGGTCGATGCCTTGGGTTTTGTAATCATGGAATTCGTAGGCGATGGCTTTGTCTTCGAGCCAGGTACGCGCCTTTTTCATGGTGTCACAGGCTTTGAT < 1:817263/102‑1 GTCACGGTCGATGCCTTGGGTTTTGTAATCATGGAATTCGTAGGCGATGGCTTTGTCTTCGAGCCAGGTACGCGCCTTTTTCATGGTGTCACAGGCTTTGAT > 2:817263/1‑102 ACGGTCGATGCCTTGGGTTTTGTAATCATGGAATTCGTAGGCGATGGCTTTGTCTTCGAGCCAGGTACGCGCCTTTTTCATGGTGTCACAGGCTTTGATGCCGTAGAGCGTGTAGGTCATT > 2:1045726/1‑121 ACGGTCGATGCCTTGGGTTTTGTAATCATGGAATTCGTAGGCGATGGCTTTGTCTTCGAGCCAGGTACGCGCCTTTTTCATGGTGTCACAGGCTTTGATGCCGTAGAGCGTGTAGGTCATT < 1:1045726/121‑1 CGGTCGATGCCTTGGGTTTTGTAATCATGGAATTCGTAGGCGATGGCTTTGTCTTCGAGCCAGGTACGCGCCTTTTTCATGGTGTCACAGGCTTTGATGCCGTAGAGCGTGTAGGTCATT < 2:626869/120‑1 CGGTCGATGCCTTGGGTTTTGTAATCATGGAATTCGTAGGCGATGGCTTTGTCTTCGAGCCAGGTACGCGCCTTTTTCATGGTGTCACAGGCTTTGATGCCGTAGAGCGTGTAGGTCATT > 1:626869/1‑120 GCCTTGGGTTTTGTAATCATGGAATTCGTAGGCGATGGCTTTGTCTTCGAGCCAGGTACGCGCCTTTTTCATGGTGTCACAGGCTTTGATGCCGTAGAGCGTGTAGGTCATTGTGTACATTGGGGTTGCAAGTAGCCCCAATCTCTCCGT > 2:1175726/1‑150 CTTGGGTTTTGTAATCATGGAATTCGTAGGCGATGGCTTTGTCTTCGAGCCAGGTACGCGCCTTTTTCATGGTGTCACAGGCTTTGATGCCGTAGAGCGTGTAGGTCATTGTGTACATTGGGGTTGCAAGTAGCCCCAATCTCTCCGTTT > 1:1347416/1‑150 TTGGGTTTTGTAATCATGGAATTCGTAGGCGATGGCTTTGTCTTCGAGCCAGGTACGCGCCTTTTTCATGGTGTCACAGGCTTTGATGCCGTAGAGCGTGTAGGTCATTGTGTACATTGGGGTTGCAAGTAGCCCCAATCTCTCCGTTTT > 1:256087/1‑150 TTGGGTTTTGTAATCATGGAATTCGTAGGCGATGGCTTTGTCTTCGAGCCAGGTACGCGCCTTTTTCATGGTGTCACAGGCTTTGATGCCGTAGAGCGTGTAGGTCATTGTGTACATTGGGGTT > 2:618312/1‑124 TTGGGTTTTGTAATCATGGAATTCGTAGGCGATGGCTTTGTCTTCGAGCCAGGTACGCGCCTTTTTCATGGTGTCACAGGCTTTGATGCCGTAGAGCGTGTAGGTCATTGTGTACATTGGGGTT < 1:618312/124‑1 TTTTGTAATCATGGAATTCGTAGGCGATGGCTTTGTCTTCGAGCCAGGTACGCGCCTTTTTCATGGTGTCACAGGCTTTGATGCCGTAGAGCGTGTAGGTCATTGTGTACATTGGGGTTGCAAGTAGCCCCAATCTCTCCGTTTTTCGAT > 1:1280419/1‑150 TTTTGTAATCATGGAATTCGTAGGCGATGGCTTTGTCTTCGAGCCAGGTACGCGCCTTTTTCATGGTGTCACAGGCTTTGATGCCGTAGAGCGTGTAGGTCATTGTGTACATTGGGGTTGCAAGTAGCCCCAATCTCTCCGTTTTTCGAT < 1:1175726/150‑1 TTTTGTAATCATGGAATTCGTAGGCGATGGCTTTGTCTTCGAGCCAGGTACGCGCCTTTTTCATGGTGTCACAGGCTTTGATGCCGTAGAGCGTGTAGGTCATTGTGTACATTGGGGTTGCAAGTAGCCCCAATCTCTCCGTTTTTCGAT < 1:1122064/150‑1 GTAATCATGGAATTCGTAGGCGATGGCTTTGTCTTCGAGCCAGGTACGCGCCTTTTTCATGGTGTCACAGGCTTTGATGCCGTAGAGCGTGTAGGTCATTGTGTACATTGGGGTTGCAAGTAGCCCCAATCTCTCCGTTTTTCGATGTCA > 1:991703/1‑150 GTAATCATGGAATTCGTAGGCGATGGCTTTGTCTTCGAGCCAGGTACGCGCCTTTTTCATGGTGTCACAGGCTTTGATGCCGTAGAGCGTGTAGGTCATTGTGTACATTGGGGTTGCAAGTAGCCC < 1:1014036/126‑1 GTAATCATGGAATTCGTAGGCGATGGCTTTGTCTTCGAGCCAGGTACGCGCCTTTTTCATGGTGTCACAGGCTTTGATGCCGTAGAGCGTGTAGGTCATTGTGTACATTGGGGTTGCAAGTAGCCC > 2:1014036/1‑126 TCATGGAATTCGTAGGCGATGGCTTTGTCTTCGAGCCAGGTACGCGCCTTTTTCATGGTGTCACAGGCTTTGATGCCGTAGAGCGTGTAGGTCATTGTGTACATTGGGGTTGCAAGTAGCCCCAATCTCTCCGTTTTTCGATGTCAGTCG > 2:144808/1‑150 TCATGGAATTCGTAGGCGATGGCTTTGTCTTCGAGCCAGGTACGCGCCTTTTTCATGGTGTCACAGGCTTTGATGCCGTAGAGCGTGTAGGTCATTGTGTACATTGGGGTTGCAAGTAG < 1:258159/119‑1 TCATGGAATTCGTAGGCGATGGCTTTGTCTTCGAGCCAGGTACGCGCCTTTTTCATGGTGTCACAGGCTTTGATGCCGTAGAGCGTGTAGGTCATTGTGTACATTGGGGTTGCAAGTAG > 2:258159/1‑119 ATGGAATTCGTAGGCGATGGCTTTGTCTTCGAGCCAGGTACGCGCCTTTTTCATGGTGTCACAGGCTTTGATGCCGTAGAGCGTGTAGGTCATTGTGTACATTGGGGTTGCAAGTAGCCCCAATCTCTCCGTTTTTCGATGTCAGTCGCG > 1:732873/1‑150 ATGGAATTCGTAGGCGATGGCTTTGTCTTCGAGCCAGGTACGCGCCTTTTTCATGGTGTCACAGGCTTTGATGCCGTAGAGCGTGTAGGTCATTGTGTACATTGGGGTTGCAAGTAGCCCCAATCTCTCCGTTTTTCGATGTCAGTCGCG > 1:133586/1‑150 ATGGAATTCGTAGGCGATGGCTTTGTCTTCGAGCCAGGTACGCGCCTTTTTCATGGTGTCACAGGCTTTGATGCCGTAGAGCGTGTAGGTCATTGTGTACATTGGGGTTGCAAGTAGCCCCAATCTCTCCGTTTTTCGATGTCAGTCGCG < 1:1522442/150‑1 GTAGGCGATGGCTTTGTCTTCGAGCCAGGTACGCGCCTTTTTCATGGTGTCACAGGCTTTGATGCCGTAGAGCGTGTAGGTCATTGTGTACATTGGGGTTGCAAGTAGCCCCAATCTCTCCGTTTTTCGATGTCAGTCGCGGGATTATGC < 1:144808/150‑1 AGGCGATGGCTTTGTCTTCGAGCCAGGTACGCGCCTTTTTCATGGTGTCACAGGCTTTGATGCCGTAGAGCGTGTAGGTCATTGTGTACATTGGGGTTGCAAGTAGCCCCAATCTCTCCGTTTTTCGATGTCAGTCGCGGGATTATGCGG < 2:991703/150‑1 AGGCGATGGCTTTGTCTTCGAGCCAGGTACGCGCCTTTTTCATGGTGTCACAGGCTTTGATGCCGTAGAGCGTGTAGGTCATTGTGTACATTGGGGTTGCAAGTAGCC < 2:901068/108‑1 AGGCGATGGCTTTGTCTTCGAGCCAGGTACGCGCCTTTTTCATGGTGTCACAGGCTTTGATGCCGTAGAGCGTGTAGGTCATTGTGTACATTGGGGTTGCAAGTAGCC > 1:901068/1‑108 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GCTTTGTCTTCGAGCCAGGTACGCGCCTTTTTCATGGTGTCACAGGCTTTGATGCCGTAGAGCGTGTAGGTCATTGTGTACATTGGGGTTGCAAGT < 1:231198/96‑1 CTTTGTCTTCGAGCCAGGTACGCGCCTTTTTCATGGTGTCACAGGCTTTGATGCCGTAGAGCGTGTAGGTCATTGTGTACATTGGGGTTGCAAGTAGCCCCAATCTCTCCGTTTTTCGATGTCAGTCGC < 2:1221235/129‑1 CTTTGTCTTCGAGCCAGGTACGCGCCTTTTTCATGGTGTCACAGGCTTTGATGCCGTAGAGCGTGTAGGTCATTGTGTACATTGGGGTTGCAAGTAGCCCCAATCTCTCCGTTTTTCGATGTCAGTCGC > 1:1221235/1‑129 CTTTGTCTTCGAGCCAGGTACGCGCCTTTTTCATGGTGTCACAGGCTTTGATGCCGTAGAGCGTGTAGGTCATTGTGTACATTGGGGTTGCAAGTAGCCCCAATCTCTC > 1:999525/1‑109 CTTTGTCTTCGAGCCAGGTACGCGCCTTTTTCATGGTGTCACAGGCTTTGATGCCGTAGAGCGTGTAGGTCATTGTGTACATTGGGGTTGCAAGTAGCCCCAATCTCTC < 2:999525/109‑1 CTTCGAGCCAGGTACGCGCCTTTTTCATGGTGTCACAGGCTTTGATGCCGTAGAGCGTGTAGGTCATTGTGTACATTGGGGTTGCAAGTAGCCCCAATCTCTCCGTTTTTCGATGTCAGTCGCGGGATTATGCGGGAACGATCCTC‑GCGG > 2:1232122/1‑150 GCCAGGTACGCGCCTTTTTCATGGTGTCACAGGCTTTGATGCCGTAGAGCGTGTAGGTCATTGTGTACATTGGGGTTGCAAGTAGCCCCAATCTCTCCGTTTTTCGAT < 1:1110374/108‑1 GCCAGGTACGCGCCTTTTTCATGGTGTCACAGGCTTTGATGCCGTAGAGCGTGTAGGTCATTGTGTACATTGGGGTTGCAAGTAGCCCCAATCTCTCCGTTTTTCGAT > 2:1110374/1‑108 AGGTACGCGCCTTTTTCATGGTGTCACAGGCTTTGATGCCGTAGAGCGTGTAGGTCATTGTGTACATTGGGGTTGC > 2:491861/1‑76 AGGTACGCGCCTTTTTCATGGTGTCACAGGCTTTGATGCCGTAGAGCGTGTAGGTCATTGTGTACATTGGGGTTGC < 1:491861/76‑1 GGTACGCGCCTTTTTCATGGTGTCACAGGCTTTGATGCCGTAGAGCGTGTAGGTCATTGTGTATATTGGGGTTGCAAGTAGCCCCAATCTCTCCGTTTTTCGATGTCAGTCGCGGGATTATGCGGGAACGATCCTC‑GCGGCGCCACGggc > 1:1369522/1‑147 GGTACGCGCCTTTTTCATGGTGTCACAGGCTTTGATGCCGTAGAGCGTGTAGGTCATTGTGTACATTGGGGTTGCAAGTAGCCCCAATCTCTCCGTTTTTCGATGTCAGTCGCGGGATTATGCGGGAACGATCCTC‑GCGGCGCCACGggc > 1:1201429/1‑147 GCGCCTTTTTTATGGTGTCACAGGCTTTGATGCCGTAGAGCGTGTAGGTCATTGTGTACATTGGGGTTGCAAGTAGCCCCAATCTCTCCGTTTTTCGATGTCAGTCGCGGGATTATGCGGGAACGATCCTC‑GCGGCGCCACGCCCGTGGC > 2:1078455/1‑150 GCGCCTTTTTCATGGTGTCACAGGCTTTGATGCCGTAGAGCGTGTAGGTCATTGTGTACATTGGGGTTGCAAGTAGCCCCAATCTCTCCGTTTTTCGATGTCAGTCGCGGGATTATGCGGGAACGATCCTC‑GCGGCGCCACGCCCGTGGC > 2:486742/1‑150 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CACGGTTGAGGATGACTTCCCAGCCGTGTTCGTCGCACCAGCGGTTCAGGCTGTCACGGTCGATGCCTTGGGTTTTGTAATCATGGAATTCGTAGGCGATGGCTTTGTCTTCGAGCCAGGTACGCGCCTTTTTCATGGTGTCACAGGCTTTGATGCCGTA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > NC_002947/1737886‑1738045‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑caggctttgatgccgtaGAGCGTGTAGGTCATTGTGTACATTGGGGTTGCAAGTAGCCCCAATCTCTCCGTTTTTCGATGTCAGTCGCGGGATTATGCGGGAACGATCCTC‑GCGGCGCCACGCCCGTGGCGCCCCTGTTTATTGATCAGGA > NC_002947/1777461‑1777594 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |