| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 4,741,298 | 1 | . | T | 41.2% | 2.7 / 65.3 | 34 | intergenic (+489/+263) | gltA/yeiW | citrate synthase/putative oxidoreductase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (13/7); new base T (8/6); total (21/13) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.28e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 2.66e-03 | |||||||||||
| Rejected as consensus: E-value score below prediction cutoff. | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
ACGGGTCAGGCTGCCATCCGCCTCCTTGATGGTCGTAATGTGCAGCACGGAATCACGCGGCGTCACCGGCCATGGCGTATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTT‑CGTGCTTGAG‑AA‑CCTCC‑GCCAAC‑TGCATTCGTGAA‑CCAAGCAACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGCCTTGTACTTGGACCCGGCCACCTCACTGAGGGACACCTTGATCCCGTCCTCGT > NC_002947/4741151‑4741436 | aCGGGTCAGGCTGCCATCCGCCTCCTTGATGGTCGTAATGTGCAGCACGGAATCACGCGGCGTCACCGGCCATGGCGTATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTT‑CGTGCTTGAG‑CA‑GCTTCTGCGACT‑TGCATTCGTGaat < 1:1040567/150‑2 (MQ=255) cGCCTCCTTGATGGTCGTAATGTGCAGCACGGAATCACGCGGCGTCACCGGCCATGGCGTATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTT‑CGTGCTTGAGCAG‑CTTCT‑GCGACT‑TGCATTCGTGAATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGa > 1:1453437/1‑150 (MQ=255) cGCCTCCTTGATGGTCGTAATGTGCAGCACGGAATCACGCGGCGTCACCGGCCATGGCGTATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTT‑CGTGCTTGAGCAG‑CTTCT‑GCGACT‑TGCATTCGTGAATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGa < 2:1453437/150‑1 (MQ=255) ctcctTGATGGTCGTAATGTGCAGCACGGAATCACGCGGTGTCACCGGCCATGGCGTATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTT‑CGTGCTTGAG‑CA‑GCTTC‑TGCGACTTGCATTCGTGAA‑TCCAGGCACAGGCCCCGGacac < 1:930257/150‑1 (MQ=255) ctcctTGATGGTCGGAATGTGCAGCACGGAATCACGCGGCGTCACCGGCCATGGCGTATTGAACTGGGTATAGATCCAGCTCTGGTCACCTT‑CGTGCTTGAG‑CA‑GCTTC‑TGCGACTTGCATTCGTGAA‑TCCAGGCACAGGCCCCGGacac > 1:487502/1‑150 (MQ=255) gTAATGTGCAGCACGGAATCACGCGGCGTCACCGGCCATGGCGTATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTT‑CGTGCTTGAG‑CAGCTTCT‑GCGACT‑TGCATTCGTGAA‑TCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAgc > 2:289189/1‑150 (MQ=255) tAATGTGCAGCACGGAATCACGCGGCGTCACCGGCCATGGCGTATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTT‑CGTGCTTGAGCAG‑CTTCT‑GCGACT‑TGCATTCGTGAATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAgcg > 1:1017427/1‑150 (MQ=255) aaTGTGCAGCACGGAATCACGCGGCGTCACCGGCCATGGCGTATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTT‑CGTGCTTGAG‑CAGCTTCT‑GCGACT‑TGCATTCGTGAA‑TCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAgagc > 2:769336/1‑150 (MQ=255) aTGTGCAGCACGGAATCACGCGGCGTCACCGGCCATGGCGTATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTT‑CGTGCTTGAGCAG‑CTTCT‑GCGACT‑TGCATTCGTGAA‑TCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGcc > 2:1476893/1‑150 (MQ=255) tgtgCAGCACGGAATCACGCGGCGTCACCGGCCATGGCGTATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCCCAGCACGAC‑AA‑CTTCT‑GCGACT‑TGCATTCGTGAA‑TCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCt > 1:1030300/1‑150 (MQ=255) gtgCAGCACGGAATCACGCGGCGTCACCGGCCATGGCGTATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTT‑CGTGCTTGAGCAG‑CTTCT‑GCGACT‑TGCATTCGTGAA‑TCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTc < 1:289189/150‑1 (MQ=255) aCGGAATCACGCGGCGTCACCGGCCATGGCGTATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTT‑CGTGCTTGAGCAG‑CTTCT‑GCGACT‑TGCATTCGTGAATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTg < 2:936004/150‑1 (MQ=255) aCGGAATCACGCGGCGTCACCGGCCATGGCGTATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTT‑CGTGCTTGAGCAG‑CTTCT‑GCGACT‑TGCATTCGTGAA‑TCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGAc > 2:1489122/1‑146 (MQ=255) aCGGAATCACGCGGCGTCACCGGCCATGGCGTATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTT‑CGTGCTTGAGCAG‑CTTCT‑GCGACT‑TGCATTCGTGAA‑TCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGAc < 1:1489122/146‑1 (MQ=255) gAATCACGCGGCGTCACCGGCCATGGCGTATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTT‑CGTGCTTGAG‑CA‑GCTTC‑TGCGACTTGCATTCGTGAA‑TCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGcc > 2:243855/1‑150 (MQ=255) aaTCACGCGGCGTCACCGGCCATGGCGTATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTT‑CGTGCTTGAGCAG‑CTTCT‑GCGACT‑TGCATTCGTGAA‑TCCACACACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCa > 2:934370/1‑150 (MQ=255) ccGTCCATGGCGTATTGAACTGGGTATCGGTCCCGCTATGGTCCCCTT‑CGTGCTTGAG‑CAGCTTCT‑GCGACT‑TGCATTCGTGAA‑TCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCa < 2:1017427/150‑1 (MQ=255) gCCATGGCGTATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTT‑CGTGCTTGAGCAG‑CTTCT‑GCGACT‑TGCATTCGTGAATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACgg < 1:473379/150‑1 (MQ=255) cATGGCGTATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTT‑CGTGCTTGAG‑CA‑GCTTCTGCGACT‑TGCATTCGTGAATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTc > 2:748187/1‑150 (MQ=255) gTATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTT‑CGTGCTTGAGCAG‑CTTCT‑GCGACT‑TGCATTCGTGAA‑TCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACcg > 1:791616/1‑150 (MQ=255) tATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTT‑CGTGCTTGAGCAG‑CTTCT‑GCGACT‑TGCATTCGTGAATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCa < 2:1280433/105‑1 (MQ=255) tATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTT‑CGTGCTTGAGCAG‑CTTCT‑GCGACT‑TGCATTCGTGAATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCa > 1:1280433/1‑105 (MQ=255) ttGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTT‑CGTGCTTGAGCAG‑CTTCT‑GCGACT‑TGCATTCGTGAATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGa > 2:412620/1‑150 (MQ=255) ttGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTT‑CGTGCTTGAGCAG‑CTTCT‑GCGACT‑TGCATTCGTGAA‑TCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCAACTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGa > 1:345109/1‑150 (MQ=255) cTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTT‑CGTGCTTGAGCAG‑CTTCT‑GCGACT‑TGCATTCGTGAATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGacac > 2:803683/1‑87 (MQ=255) cTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTT‑CGTGCTTGAGCAG‑CTTCT‑GCGACT‑TGCATTCGTGAATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGacac < 1:803683/87‑1 (MQ=255) gTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTT‑CGTGCTTGAG‑CA‑GCTTC‑TGCGACTTGCATTCGTGAA‑TCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGCCTTg > 2:1056411/1‑150 (MQ=255) ctctGGTCACCTT‑CGTGCTTGAG‑CAGCTTCT‑GCGACT‑TGCATTCGTGAA‑TCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGCCTTGTACTTGGACCCg > 2:74663/1‑150 (MQ=255) ctGGTCACCTT‑CGTGCTTGAGCAG‑CTTCT‑GCGACT‑TGCATTCGTGAA‑TCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGCCTTGTACTTGGACCCGGc < 1:1056411/150‑1 (MQ=255) tGGTCACCTT‑CGTGCTTGAGCAG‑CTTCT‑GCGACT‑TGCATTCGTGAATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACcgc > 2:103660/1‑124 (MQ=255) tGGTCACCTT‑CGTGCTTGAG‑CA‑GCTTCTGCGACT‑TGCATTCGTGAA‑TCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACcgc < 1:103660/124‑1 (MQ=255) gTCACCTT‑CGTGCTTGAGCAG‑CTTCT‑GCGACT‑TGCATTCGTGAATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGCCTTGTACTTGGACCCGGCCAc > 1:524992/1‑150 (MQ=255) tCACCTT‑CGTGCTTGAGCAG‑CTTCT‑GCGACT‑TGCATTCGTGAA‑TCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGCCTTGTACTTGGACCCGGCCAcc > 1:562755/1‑150 (MQ=255) cgacttGCATTCGTGAA‑TCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGCCTTGTACTTGGACCCGGCCACCTCACTGAGGGACACCTTGATCCcgtc < 1:412620/145‑1 (MQ=255) tGCATTCGTGAATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGCCTTGTACTTGGACCCGGCCACCTCACTGAGGGACACCTTGATCCcgtcctcgt < 2:1266216/150‑1 (MQ=255) | ACGGGTCAGGCTGCCATCCGCCTCCTTGATGGTCGTAATGTGCAGCACGGAATCACGCGGCGTCACCGGCCATGGCGTATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTT‑CGTGCTTGAG‑AA‑CCTCC‑GCCAAC‑TGCATTCGTGAA‑CCAAGCAACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGCCTTGTACTTGGACCCGGCCACCTCACTGAGGGACACCTTGATCCCGTCCTCGT > NC_002947/4741151‑4741436 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |