| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 3,670,152 | C→T | 19.1% | R135C (CGT→TGT) | fnrB → | Crp/Fnr family transcriptional regulator |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 3,670,152 | 0 | C | T | 19.1% | 33.4 / 5.1 | 21 | R135C (CGT→TGT) | fnrB | Crp/Fnr family transcriptional regulator |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (9/8); new base T (2/2); total (11/10) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 3.34e-01 | |||||||||||
TCGGGCTGGACGCTATTGGTGCCAGTCATTACCGAAGCTTTGCCGTTGCCCTGGAACTCTCGCTGGTCTGCTCCATCAGGCTGGATCAGCTGGTGGACCTGTCCGGCCAGATTCCGGGGTTGCGTTATCAGTTGCTGCACATGCTCAGCCTGGGGATCCAGGGCAAGGACGAGCACCTGCGCTGCTGCCATGGGCGTGCCGAGCAGCGGCTGGCGATCTTCCTGCTGGGCATGTCGGCGCGTTACCAGGCGCGGGGGTTGCGGGCGGATGT > NC_002947/3670030‑3670300 | tCGGGCTGGACGCTATTGGTGCCAGTCATTACCGAAGCTTTGCCGTTGCCCTGGAACTCTCGCTGGTCTGCTCCATCAGGCTGGATCAGCTGGTGGACCTGTCCGGCCAGATTCCGGGGTTGCGTTATCAGTTGCTGCACATGCTCAGcc > 1:336113/1‑150 (MQ=255) cTATTGGTGCCAGTCATTACCGAAGCTTTGCCGTTGCCCTGGAACTCTCGCTGGTCTGCTCCATCAGGCTGGATCAGCTGGTGGACCTGTCCGGCCAGATTCCGGGGTTGCGTTATCAGTTGCTGCACATGCTCAGCCTGGGGATCCAgg < 2:336113/150‑1 (MQ=255) ttGGTGCCAGTCATTACCGAAGCTTTGCCGTTGCCCTGGAACTCTCGCTGGTCTGCTCCATCAGGCTGGATCAGCTGGTGGACCTGTCCGGCCAGATTCCGGGGTTGCGTTATCAGTTGCTGCACATGCTCAGCCTgg < 1:141249/138‑1 (MQ=255) ttGGTGCCAGTCATTACCGAAGCTTTGCCGTTGCCCTGGAACTCTCGCTGGTCTGCTCCATCAGGCTGGATCAGCTGGTGGACCTGTCCGGCCAGATTCCGGGGTTGCGTTATCAGTTGCTGCACATGCTCAGCCTgg > 2:141249/1‑138 (MQ=255) gAACTCTCGCTGGTCTGCTCCATCAGGCTGGATCAGCTGGTGGACCTGTCCGGCCAGATTCCGGGGTTGCGTTATCAGTTGCTGCACATGCTCAGCCTGGGGGTCCAGGGCAAGGACGAGCACCTGCGCTGCTGCCATGGGCGTGCCGag > 1:300189/1‑150 (MQ=255) tctcGCTGGTCTGCTCCATCAGGCTGGATCAGCTGGTGGACCTGTCCGGCCAGATTCCGGGGTTGCGTTATCAGTTGCTGCACATGCTCAGCCTgg > 2:40134/1‑96 (MQ=255) tctcGCTGGTCTGCTCCATCAGGCTGGATCAGCTGGTGGACCTGTCCGGCCAGATTCCGGGGTTGCGTTATCAGTTGCTGCACATGCTCAGCCTgg < 1:40134/96‑1 (MQ=255) tctcGCTGGTCTGCTCCATCAGGCTGGATCAGCTGGTGGACCTGTCCGGCCAGACCTCCCGGTTGCGTTATCAGTTGCTGCACATGCTCAGCCTGGGGATCCAGGGCAAGGACGAGCACCTGCGCTGCTGCCATGGGCGTGCCGagcagc < 1:130560/150‑1 (MQ=255) gCTGGATCAGCTGGTGGACCTGTCCGGCCAGATTCCGGGGTTGTGTTATCAGTTGCTGCACATGCTCAGCCTGGGGATCCa < 2:442615/81‑1 (MQ=255) gCTGGATCAGCTGGTGGACCTGTCCGGCCAGATTCCGGGGTTGTGTTATCAGTTGCTGCACATGCTCAGCCTGGGGATCCa > 1:442615/1‑81 (MQ=255) cTGGATCAGCTGGTGGACCTGTCCGGCCAGATTCCGGGGTTGCGTTATCAGTTGCTGCACACGCTCAGCCTGGGGATCCAGGGCAAGGACGATCACCTGCGCTGCTGCCATCAGCGTGCCGAGCAGCGGCTCGCGATCTTCCTGCTGGGc < 1:63936/150‑1 (MQ=255) cTGTGCGGCTAGATTACGGGGGGGCGTTATCAGTTGCTGCACATGCTCCGCCGGGGGATACACGGCAAGGACGAGCACCGGCGCTGCTGCCATGCGCGTGGCGCACGGCGTCTGGCGCTCTTCCTGCTGGGCATGTCGGCGCGttgcgtg > 2:35918/1‑145 (MQ=255) tCCGGCCAGATTCCGGGGTTGCGTTATCAGTTGCTGCACATGCTCAGCCTGGGGATCCAGGGCAAGGACGAGCACCTGCGCTGCTGCCATGGGCGTGCCGAGCAGCGGCTGGCGATCTTCCTGCTGGGCATGTCGGCGCGTTACCAGgcg > 1:59381/1‑150 (MQ=255) ccAGATTCCGGGGTTGTGTTATCAGTTGCTGCACATGCTCAGCCTGGGGATCCAGGGCAAGGACGAGCACCTGCGCTGCTGCCATGGGCGTGCCGAGCAGCGGCTGGCGATCTTCCTGCTGGGCATGTCg < 2:297218/130‑1 (MQ=255) ccAGATTCCGGGGTTGTGTTATCAGTTGCTGCACATGCTCAGCCTGGGGATCCAGGGCAAGGACGAGCACCTGCGCTGCTGCCATGGGCGTGCCGAGCAGCGGCTGGCGATCTTCCTGCTGGGCATGTCg > 1:297218/1‑130 (MQ=255) ggTTGCGTTATCAGTTGCTACACATGCTCCGCCAGGGGATCCAGGGCAAGGACGAGCACCTGCGCTGCTGCCATGGACGTGCCGAGCAGCGGCTGGCCATCTTCCTGCTGGGCATGTCGGCGCGTTACCAGGCGGGGCGGTTgcgggcgg > 2:47511/1‑150 (MQ=255) ttGCGTTATCAGTTGCTGCACATGCTCAGCCTGGGGATCCAGGGCAAGGACGAGCACCTGCGCTGCTGCCATGGGCGTGCCGAGCAGCGGCTGGCGATCTTCCTTCTGGGCATGTCGGCGCGt < 1:491940/123‑1 (MQ=255) ttGCGTTATCAGTTGCTGCACATGCTCAGCCTGGGGATCCAGGGCAAGGACGAGCACCTGCGCTGCTGCCATGGGCGTGCCGAGCAGCGGCTGGCGATCTTCCTTCTGGGCATGTCGGCGCGt > 2:491940/1‑123 (MQ=255) gCGTTATCAGTTGCTGCACATGCTCAGCCTGGGGATCCAGGGCAAGGACGAGCACCTGCGCTGCTGCCATGGGCGTGCCg > 2:260860/1‑80 (MQ=255) gCGTTATCAGTTGCTGCACATGCTCAGCCTGGGGATCCAGGGCAAGGACGAGCACCTGCGCTGCTGCCATGGGCGTGCCg < 1:260860/80‑1 (MQ=255) gCGTTATCAGTTGCTGCACATGCTCAGCCTGGGGATCCAGGGCAAGGACGAGCACCTGCGCTGCTGCCATGGGCGTGCCGAGCAGCGGCTGGCGATCTTCCTGCTGGGCATGTCGGCGCGTTACCAGGCGCGGGGGTTGCGGGCGGAtgt < 2:59381/150‑1 (MQ=255) | TCGGGCTGGACGCTATTGGTGCCAGTCATTACCGAAGCTTTGCCGTTGCCCTGGAACTCTCGCTGGTCTGCTCCATCAGGCTGGATCAGCTGGTGGACCTGTCCGGCCAGATTCCGGGGTTGCGTTATCAGTTGCTGCACATGCTCAGCCTGGGGATCCAGGGCAAGGACGAGCACCTGCGCTGCTGCCATGGGCGTGCCGAGCAGCGGCTGGCGATCTTCCTGCTGGGCATGTCGGCGCGTTACCAGGCGCGGGGGTTGCGGGCGGATGT > NC_002947/3670030‑3670300 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |