| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 4,071,255 | A→G | 21.0% | D316D (GAT→GAC) | mdtB ← | multidrug transporter membrane protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 4,071,255 | 0 | A | G | 21.0% | 32.0 / 4.2 | 19 | D316D (GAT→GAC) | mdtB | multidrug transporter membrane protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (7/8); new base G (2/2); total (9/10) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.57e-01 | |||||||||||
CGGCAATCGACGGAATGAGGGTGGCGCTGAAACGGCGCAGGAAAACGAAGGTGACCATCACCACCAGAACGATGGCGATCAGCAGTTCGTGCTGCACGTCCTTGACCGCAGCGCGGATGGTCTGGGTGCGGTCGGTCAGCACCGATACATCGAGGCCCGCCGGCAGGTTGTCGGTGATCGACGGCAGCAGGCCCTTGATGCGGTCGACCACTTCGATCACGTTGGCGCCCGGCTGACGCTGGATGTTCAGCAGCACTGCATGGTTCTCGT > NC_002947/4071107‑4071376 | cGGCAATCGACGGAATGAGGGTGGCGCTGAAACGGCGCAGGAAAACGAAGGTGACCATCACCACCAGAACGATGGCGATCAGCAGTTCGTGCTGCACGTCCTTGACCGCAGCGCGGATGGTCTGGGTGCGGTCGGTCAGCACCGATACAt < 1:42082/150‑1 (MQ=255) gAGGGTGGCGCTGAAACGGCGCAGGAAAACGAAGGTGACCATCACCACCAGAACGATGGCGATCAGCAGTTCGTGCTGCACGTCCTTGACCGCAGCGCGGATGGTCTGGGTGCGGTCGGTCAGCACCGATACATCGAGGCCCGCCGGCAg > 2:107425/1‑150 (MQ=255) aGGGTGGCGCTGAAACGGCGCAGGAAAACGAAGGTGACCATCACCACCAGAACGATGGCGATCAGCAGTTCGTGCTGCACGTCCTTGACCGCAGCGCGGATGGTCTGGGTGCGGTCGGTCAGCACCGATACATCGAGGCCCGCCGGCAgg < 1:452937/150‑1 (MQ=255) cgcTGAAACGGCGCAGGAAAACGAAGGTGACCATCACCACCAGAACGATGGCGATCAGCAGTTCGTGCTGCACGTCCTTGACCGCAGCGCGGATGGTCTGGGTGCGGTCGGTCAGCACCGATACATCGAGGCCCGCCGGCAGGTTGTCgg < 1:349387/150‑1 (MQ=255) cGAAGGTGACCATCACCACCAGAACGATGGCGATCAGCAGTTCGTGCTGCACGTCCTTGACCGCAGCGCGGATGGTCTGGGTGCGGTCGGTCAGCACCGATACATCGAGGCCCGCCGGCAGGTTGTCGGTGATCGAc > 1:242473/1‑137 (MQ=255) cGAAGGTGACCATCACCACCAGAACGATGGCGATCAGCAGTTCGTGCTGCACGTCCTTGACCGCAGCGCGGATGGTCTGGGTGCGGTCGGTCAGCACCGATACATCGAGGCCCGCCGGCAGGTTGTCGGTGATCGAc < 2:242473/137‑1 (MQ=255) cGAAGGTGACCATCACCACCAGAACGATGGCGATCAGCAGTTCGTGCTGCACGTCCTTGACCGCAGCGCGGATGGTCTGGGTGCGGTCGGTCAGCACCGATACATCGAGGCCCGCCGGCAGGTTGTCGGTGATCGACGGCAGCAGGCCCt < 1:107425/150‑1 (MQ=255) gAAGGTGACCATCACCACCAGAACGATGGCGATCAGCAGTTCGTGCTGCACGTCCTTGACCGCAGCGCGGATGGTCTGGGTGCGGTCGGTCAGCACCGATACATCGAGGCCCGCCGGCAgg > 1:240319/1‑121 (MQ=255) gAAGGTGACCATCACCACCAGAACGATGGCGATCAGCAGTTCGTGCTGCACGTCCTTGACCGCAGCGCGGATGGTCTGGGTGCGGTCGGTCAGCACCGATACATCGAGGCCCGCCGGCAgg < 2:240319/121‑1 (MQ=255) gACCATCACCACCAGAACGATGGCGATCAGCAGTTCGTGCTGCACGTCCTTGACCGCAGCGCGGATGGTCTGGGTGCGGTCGGTCAGCACCGATACATCGAGGCCCGCCGGCAGGTTGTCGGTGATCGACGGCAGCAGGCCCTTGATGCg < 2:22537/150‑1 (MQ=255) aaCGATGGCGATCAGCAGTTCGTGCTGCACGTCCTTGACCGCAGCGCGGATGGTCTGGGTGCGGTCGGTCAGCACCGATACATCGAGGCCCGCCGGCAGGTTGTCGGTGATCGACGGCAGCAGGCCCTTGATGCGGTCGACCACTTCGAt > 2:209429/1‑150 (MQ=255) tGGCGATCAGCAGTTCGTGCTGCACGTCCTTGACCGCAGCGCGGATGGTCTGGGTGCGGTCGGTCAGCACCGATACATCGAGGCCCGCCGGCAGGTTGTCGGTGATCTACGGCAGCAGGCCCTTGATGCGGTCGACCACTTCGATCACGt < 1:209429/150‑1 (MQ=255) cTTGACCGCAGCGCGGATGGTCTGGGTGCGGTCGGTCAGCACCGATACATCGAGGCCCGCCGGCAGGTTGTCGTTGATCGAAGCCAGCAGGCCCTTGATGCGGTCGACCACTTCGATCACGTTGGCGCCCGGCTGACGCTGGATGTTcag > 1:159678/1‑150 (MQ=255) gACCGCAGCGCGGATGGTCTGGGTGCAGTGGGGCAGCACCGATACATCGAGGCCCGCCGGCAGGTTGTCGGTGATCGACGGCAGCAGGCCCTTGATGCGGTCGACCACTTCGATCACGTTGGCGCCCGGCTGACGCTGGATGTTcagcag > 1:335731/1‑150 (MQ=255) tatGGGTGCGGTCGGTGAGCACCGATACATCGAGGCCCGCCGGCAGGTTGTCGGTGATCGACGGCAGCAGGCCCTTGATGCGGTCGACCACTTCGATCACGTTGGCGCCCGGCTGACGCTGGATGTTCAGCAGCACTGCATGGTTCTCGt > 2:476234/3‑150 (MQ=255) gCGGTCGGTCAGCACCGATACGTCGAGGCCCGCCGGCAGGTTGTCGGTGATCGACGGCAGCAGGCCCTTGATGCGGTCGAc > 1:374692/1‑81 (MQ=255) gCGGTCGGTCAGCACCGATACGTCGAGGCCCGCCGGCAGGTTGTCGGTGATCGACGGCAGCAGGCCCTTGATGCGGTCGAc > 1:374638/1‑81 (MQ=255) gCGGTCGGTCAGCACCGATACGTCGAGGCCCGCCGGCAGGTTGTCGGTGATCGACGGCAGCAGGCCCTTGATGCGGTCGAc < 2:374638/81‑1 (MQ=255) gCGGTCGGTCAGCACCGATACGTCGAGGCCCGCCGGCAGGTTGTCGGTGATCGACGGCAGCAGGCCCTTGATGCGGTCGAc < 2:374692/81‑1 (MQ=255) | CGGCAATCGACGGAATGAGGGTGGCGCTGAAACGGCGCAGGAAAACGAAGGTGACCATCACCACCAGAACGATGGCGATCAGCAGTTCGTGCTGCACGTCCTTGACCGCAGCGCGGATGGTCTGGGTGCGGTCGGTCAGCACCGATACATCGAGGCCCGCCGGCAGGTTGTCGGTGATCGACGGCAGCAGGCCCTTGATGCGGTCGACCACTTCGATCACGTTGGCGCCCGGCTGACGCTGGATGTTCAGCAGCACTGCATGGTTCTCGT > NC_002947/4071107‑4071376 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |