| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 5,675,706 | G→A | 13.8% | A96V (GCC→GTC) | yceJ ← | iron‑regulated cytochrome b561 |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 5,675,706 | 0 | G | A | 13.8% | 64.4 / 3.8 | 29 | A96V (GCC→GTC) | yceJ | iron‑regulated cytochrome b561 |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (14/11); new base A (2/2); total (16/13) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.05e-01 | |||||||||||
AACCACACCCGCCACATCTGCCTGGTCAGGCAGGTCGCTGATCAGTGCCGGCACTTCGAACAGGCCGAACACCGGAATGCCGACGCCGTCGGCGGTGGAAATCAGGTAACCGGCAACCATCACCGCAAACAGCCCAAGGTACAGGGCCAGGTGGCCCAGCTTGGCCGCCAGGCGTGTGACCGCACCATGGTTGGTTGGTGCCGGTGGTGGCGGGCTGATGAAACGCCAGACTACCCGCAGCAGCATCACCGCCAGCAGCACCAGGCCGATGCTCTTGTGCAG > NC_002947/5675561‑5675842 | aaCCACACCCGCCACATCTGCCTGGTCAGGCAGGTCGCTGATCAGTGCCGGCACTTCGAACAGGCCGAACACCGGAATGCCGACGCCGTCGGCGGTGGAAATCAGGTAACCGGCAACCATCACCGCAAACAGCCCAAGGTACAGGGCCAg < 2:310455/150‑1 (MQ=255) ccACACCCGCCACATCTGCCTGGTCAGGCAGGTCGCTGATTAGTGCCGGCACTTCGAACAGGCCGAACACCGGAATGCCGACGCCGTCGGCGGTGGAAATCAGGTAACCGGCAACCATCACCGCAAACAGCCCAAGGTACAGGGCCAGGt > 1:308070/1‑150 (MQ=255) acCCGCCACATCTGCCTGGTCAGGCAGGTCGCTGATCAGTGCCGGCACTTCGAACAGGCCGAACACCGGAATGCCGACGCCGTCGGCGGTGGAAATCAGGTAACCGGCACCCACCACCGCAAACAGCCCAAGGTACAGGGGCAGGTGGcc > 2:419929/1‑150 (MQ=255) ccGCCACATCTGCCTGGTCAGGCAGGTCGCTGATCAGTGCCGGCACTTCGAACAGGCCGAACACCGGAATGCCGACGCCGTCGGCGGTGGAAATCAGGTAACCGGCAACAATGACCGCAAACAGCCCAAGGTACAGGGCCAGGTGGCCCa > 1:4254/1‑150 (MQ=255) gCCACATCTGCCTGGTCAGGCAGGTCGCTGATCAGTGCCGGCACTTCGAACAGGCCGAACACCGGAATGCCGACGCCGTCGGCGGTGGAAATCAGGTAACCGGCAACCATCACCGCAAACAGCCCAAGGTACAGGGCCACCTGGccctgt > 1:32323/1‑147 (MQ=255) ccACATCTGCCTGGTCAGGCAGGTCGCTGATCAGTGCCGGCACTTCGAACAGGCCGAACACCGGAATGCCGACGCCGTCGGCGGTGGAAATCAGGTAACCGGCAACCATCACCGCAAACAGCCCAAGGTACAGGGCCACCTGGccctgta < 2:32323/150‑5 (MQ=255) aggcaggTCGCTGATCAGTGCCGGCACTTCGAACAGGCCGAACACCGGAATGCCGACGCCGTCGGCGGTGGAAATCAGGTAACCGGCAACCATCACCGCAAACAGCCCAAGGTACAGGGCCAGGTGGCCCAGCTTGGCCGCCAGGCgtgt < 2:248063/150‑1 (MQ=255) gcaggTCGCTGATCAGTGCCGGCACTTCGAACAGGCCGAACACCGGAATGCCGACGCCGTCGGCGGTGGAAATCAGGTAACCGGCAACCATCACCGCAAACAGCCCAAGGTACAGGGCCAGGTGGCCCAGCTTGGCCGCCAGGCGTGTGa > 2:80651/1‑150 (MQ=255) tCAGTGCCGGCACTTCGAACAGGCCGAACACCGGAATGCCGACGCCGTCGGCGGTGGAAATCAGGTAACCGGCAACCATCACCGCAAACAGCCCAAGGTACGGGACCAGGTGGCCCAGCTTGGCCGCCAGGCGTGTGACCGCACCAtggt > 2:329820/1‑150 (MQ=255) tCAGTGCCGGCACTTCGAACAGGCCGAACACCGGAATGCCGACGCCGTCGGCGGTGGAAATCAGGTAACCGGCAACCATCACCGCAAACAGCCCAAGGTACAGGACCAGGTGGCCCAGCTTGgc < 1:183571/124‑1 (MQ=255) tCAGTGCCGGCACTTCGAACAGGCCGAACACCGGAATGCCGACGCCGTCGGCGGTGGAAATCAGGTAACCGGCAACCATCACCGCAAACAGCCCAAGGTACAGGACCAGGTGGCCCAGCTTGgc > 2:183571/1‑124 (MQ=255) cAGTGCCGGCACTTCGAACAGGCCGAACACCGGAATGCCGACGCCGTCGGCGGTGGAAATCAGGTAACCGGCAACCATCACCGCAAACAGCCCAAGGTACAGGACCAGGTGGCCCAGCTTGGCCGCCAGGCGTGTGACCGCACCAtggtt < 1:329820/150‑1 (MQ=255) ttCGAACAGGCCGAACACCGGAATGCCGACGCCGTCGGCGGTGGAAATCAGGTAACCGGCAACCATCACCGCAAACAGCCCAAGGTACAGGGCCAGGTGGCCCAGCTTGGCCGCCAGGCGTGTGACCGCACCATGGTTGGTTGGTGCCgg < 1:352657/150‑1 (MQ=255) aaCAGGCCGAACACCGGAATGCCGACGCCGTGGGCGGTGGAAATCAGGTAACCGGCAACCATCACCGCAAACAGCCCAAGGTACAGGGACAGGTGGCCCAGCTTGGCCGCCAGGCGTGTGACCGCACCATGGTTGGTTGGTGCCggtggt < 1:227098/150‑1 (MQ=255) gAACACCGGAATGCCGACGCCGTCGGCGGTGGAAATCAGGTAACCGGCAACCATCACCGCAAACAGCCCAAGGTACAGGGCCAGGTGGCCCAGCTTGGCCGCCAGGCGTGTGACCGCACCATGGTTGGTTGGTGCCGGTGGTGGCGGGCt > 1:123734/1‑150 (MQ=255) cacCGGAATGCCGACGCCGTCGGCGGTGGAAATCAGGTAACCGGCAACCATCACCGCAAACAGCCCAAGGTACAGGGCCAGGTGGCCCAGCTTGGCCGCCAGGCGTGTGACCGCACCATGGTTGGTTGGTGCCGGTGGTGGCGGGCtgat < 1:80651/150‑1 (MQ=255) gTCGGCGGTGGAAATCAGGTAACCGGCAACCATCACCGCAAACAGCCCAAGGTACAGGGCCAGGTGGCCCAGCTTGGCCGCCAGGCGTGTGACCGCACCATGGTTGGTTGGTGCCGGTGGTGGCGGGCTGATGAAACGCCAGACTCCCCg < 2:123734/150‑1 (MQ=255) aaTCAGGTAACCGGCAACCATCACCGCAAACAGCCCAAGGTACAGGGCCAGGTGGCCCAGCTTGGCCGCCAGGCGTGTGACCGCACCATGGTTGGTTGGTGCCGGTGGTGGCGGGCTGATGAAACGCCAGACTACCCGCAGCAGCATCAc > 2:227891/1‑150 (MQ=255) cGGCAACCATCACCGCAAACAGCCCAAGGTACAGGGCCAGGTGGCCCAGCTTGGCCGCCAGGCGTGTGACCGCACCATGGTTGGTTGGTGCCGGTGGTGGCGGGCTGATGAAACGCCAGACTACCCGCAGCAGCATCACCGCCAgcagca > 1:282450/1‑150 (MQ=255) ggCAACCATCACCGCAAACCGCACACGGCAAAGTGCCAGGTGGCCCAGCTTGGCCGCCAGGCGTGTGACCGCACCATGGTTGGTTGGTGCCGGTGGTGGCGGGCTGATGAAACGCCAGACTACCCGCAGCAGCATCACCGCCAGCAGCAc < 2:308070/150‑1 (MQ=255) aaCCATCACCGCAAACAGCCCAAGGTACAGGGCCAGGTGGCCCAGCTTGGCCGCCAGGCGTGTGACCGCACCATGGTTGGTTGGTGCCGGTGGTGGCGGGCTGATGAAACGCCAGACTACCCGCAGCAGCATCACCGCCAGCAGCACCAg > 1:126831/1‑150 (MQ=255) aCCATCACCGCAAACAGCCCAAGGTACAGGGCCAGGTGGCCCAGCTTGGCCGCCAGGCGTGTGACCGCACCATGGTTGGTTGGTGCCGGTGGTGGCGGGCTGATGAAACGCCAGACTACCCGCAGCAGCATCACCGCCAGCAGCACCAgg < 2:282450/150‑1 (MQ=255) tCACCGCAAACAGCCCAAGGTACAGGGCCAGGTGGCCCAGCTTGGCCGCCAGGCGTGTGACCGCACCATGGTTGGTTGGTGCCGGTGGTGGCGGGCTGATGAAACGCCAGACTACCCGCAGCAGCATCACCGCCAGCAGCACCAGGCCGa > 1:405112/1‑150 (MQ=255) ccGCAAACAGCCCAAGGTACAGGGCCAGGTGGCCCAGCTTGGCCGCCAGGCGTGTGACCGCACCATGGTTGGTTGGTGCCGGTGGTGGCggg > 1:351751/1‑92 (MQ=255) ccGCAAACAGCCCAAGGTACAGGGCCAGGTGGCCCAGCTTGGCCGCCAGGCGTGTGACCGCACCATGGTTGGTTGGTGCCGGTGGTGGCggg < 2:351751/92‑1 (MQ=255) cAAACAGCCCAAGGTACAGGGCCAGGTGGCCCAGCTTGGCCGCCAGGCGTGTGACCGCACCATGGTTGGTTGGTGCCGGTGGTGGCGGGCTGATGAAACGCCAGACTACCCGCAGCAGCATCACCGCCAGCAGCACCAGGCCGATGctct > 1:426444/1‑150 (MQ=255) aCAGCCCAAGGTACAGGGCCAGGTGGCCCAGCTTGGCCGCCAGGCGTGTGACCGCACCATGGTTGGTTGGTGCCGGTGGTGGCGGGCTGATGAAACGCCAGACTACCCGCAGCAGCATCACCGCCAGCAGCACCAGGCCGATGCTCTtgt < 2:405112/150‑1 (MQ=255) aCAGCCCAAGGTACAGGGCCAGGTGGCCCAGCTTGGCCGCCAGGCGTGTGACCGCACCATGGTTGGTTGGTGCCGGTGGTGGCGGGCTGATGAAACGCCAGACTACCCGCAGCAGCATCACCGCCAGCAGCACCAGGCCGATGCTCTtgt > 2:55126/1‑150 (MQ=255) cccAAGGTACAGGGCCAGGTGGCCCAGCTTGGCCGCCAGGCGTGTGACCGCACCATGGTTGGTTGGTGCCGGTGGTGGCGGGCTGATGAAACGCCAGACTACCCGCAGCAGCATCACCGCCAGCAGCACCAGGCCGATGCTCTTGTGCAg > 2:48361/1‑150 (MQ=255) | AACCACACCCGCCACATCTGCCTGGTCAGGCAGGTCGCTGATCAGTGCCGGCACTTCGAACAGGCCGAACACCGGAATGCCGACGCCGTCGGCGGTGGAAATCAGGTAACCGGCAACCATCACCGCAAACAGCCCAAGGTACAGGGCCAGGTGGCCCAGCTTGGCCGCCAGGCGTGTGACCGCACCATGGTTGGTTGGTGCCGGTGGTGGCGGGCTGATGAAACGCCAGACTACCCGCAGCAGCATCACCGCCAGCAGCACCAGGCCGATGCTCTTGTGCAG > NC_002947/5675561‑5675842 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |