| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 289,046 | G→C | 14.3% | G155A (GGC→GCC) | oprE → | outer‑membrane porin E |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 289,046 | 0 | G | C | 14.3% | 72.7 / 6.0 | 28 | G155A (GGC→GCC) | oprE | outer‑membrane porin E |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (12/12); new base C (2/2); total (14/14) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.98e-01 | |||||||||||
GACTGGGCACGCATTGGTGGTAACGCCAAGGCTCGCTTCTCCAAAACCGAGGTCCACTACGGTAGCGCCCTGGCGCCTATGCTGCCGATCCTGGTCTCCAACGATGGCCGTCTGCTTCCGCAGACCTTCGAGGGTGGCACCCTCCAGTCGAAGGAAATCGACAACCTGACCATCAACGCGGGTCAACTGACCCACGCCATGGGTCGTGCTTCGAGCAACCGTACCGGTCTCTCCGTTTCCGGCGCCTTCCGCGACAGCAACAAGTTCCAGTTCGCCGGCGGTGA > NC_002947/288910‑289193 | gACTGGGCACGCATTGGTGGTAACGCCAAGGCTCGCTTCTCCAAAACCGAGGTCCACTACGGTAGCGCCCTGGCGCCTATGCTGCCGATCCTGGTCTCCAACGATGGCCGTCTGCTTCCGCAGACCTTCGAGGGTGGCACCCTCCAGTCg > 2:472568/1‑150 (MQ=255) gggCACGCATTGGTGGTAACGCCAAGGCTCGCTTCTCCAAAACCGAGGTCCACTACGGTAGCGCCCTGGCGCCTATGCTGCCGATCCTGGTCTCCAACGATGGCCGTCTGCTTCCGCAGACCTTCGAGGGTGGCACCCTCCAGTCGAAgg < 2:176474/150‑1 (MQ=255) gCATTGGTGGTAACGCCAAGGCTCGCTTCTCCAAAACCGAGGTCCACTACGGTAGCGCCCTGGCGCCTATGCTGCCGATCCTGGTCTCCAACCATGGCCGTCTGCTTCCGCAGACCTTCGGGGGTGGCACCCTCCAGTCGAAGGAAATCg > 1:81955/1‑150 (MQ=255) gtggtAACGCCAAGGCTCGCTTCTCCAAAACCGAGGTCCACTACGGTAGCGCCCTGGCGCCTATGCTGCCGATCCTGGTCTCCAACGATGGCCGTCTGCTTCCGCAGACCTTCGAGGGTGCCACCCTcgaa < 2:317563/131‑4 (MQ=255) gtggtAACGCCAAGGCTCGCTTCTCCAAAACCGAGGTCCACTACGGTAGCGCCCTGGCGCCTATGCTGCCGATCCTGGTCTCCAACGATGGCCGTCTGCTTCCGCAGACCTTCGAGGGTGCCACCCTcgaa > 1:317563/1‑128 (MQ=255) aCGCCAAGGCTCGCTTCTCCAAAACCGAGGTCCACTACGGTAGCGCCCTGGCGCCTATGCTGCCGATCCTGGTCTCCAACGATGGCCGTCTGCTTCCGCAGACCTTCGAGGGTGCCACCCTcgaa < 2:7991/125‑4 (MQ=255) aCGCCAAGGCTCGCTTCTCCAAAACCGAGGTCCACTACGGTAGCGCCCTGGCGCCTATGCTGCCGATCCTGGTCTCCAACGATGGCCGTCTGCTTCCGCAGACCTTCGAGGGTGCCACCCTcgaa > 1:7991/1‑122 (MQ=255) gCCAAGGCTCGCTTCTCCAAAACCGAGGTCCACTACGGTAGCGCCCTGGCGCCTATGCTGCCGATCCTGGTCTCCAACGATGGCCGTCTGCTTCCGCAGACCTTCGAGGGTGGCACCCTCCAGTCGAAg < 2:93096/129‑1 (MQ=255) gCCAAGGCTCGCTTCTCCAAAACCGAGGTCCACTACGGTAGCGCCCTGGCGCCTATGCTGCCGATCCTGGTCTCCAACGATGGCCGTCTGCTTCCGCAGACCTTCGAGGGTGGCACCCTCCAGTCGAAg > 1:93096/1‑129 (MQ=255) gCTTCTCCAAAACCGAGGTCCACTACGGTAGCGCCCTGGCGCCTATGCTGCCGATCCTGGTCTCCAACGATGGCCGTCTGCTTCCGCAGACCTTCGAGGGTGGCACCCTCCAGTCGAAGGAAATCGACAACCTGACCATCAACGCGGGTc > 2:224683/1‑150 (MQ=255) cACTACGGTAGCGCCCTGGCGCCTATGCTGCCGATCCTGGTCTCCAACGATGGCCGTCTGCTTCCGCAGACCTTCGAGGGTGGCACCCTCCAGTCGAAGGAAATCGACAACCTGACCATCAACGCGGGTCAACTGACCCACGCCATGGGt > 1:196578/1‑150 (MQ=255) tACGGTAGCGCCCTGGCGCCTATGCTGCCGATCCTGGTCTCCAACGATGGCCGTCTGCTTCCGCAGACCTTCGAGGGTGGCACCCTCCAGTCGAAGGAAATCGACAACCTGACCATCAACGCGGGTCAACTGACCCACGCCATGGGTCGt < 1:77580/150‑1 (MQ=255) ccTGGCGCCTATGCTGCCGTTTCTGGTCTCCAACGATGGCCGTCTGCTTCCGCAGACCTTCGAGGGTGGCACCCTCCAGTCGAAGGAAATCGACAACCTGACCATCAACGCGGGTCAACTGACCCACGCCATGGGTCGTGCTTCGAGCaa < 2:90705/150‑1 (MQ=255) gctgcCGATCCTGGTCTCCAACGATGGCCGTCTGCTTCCGCAGACCTTCGAGGGTGGCACCCTCCAGTCGAAGGAAATCGACAACCTGACCATCAACGCGGGTCAACTGACCCACGCCATGGGTCGTGCTTCGAGCAACCGTACCGGtct < 2:196578/150‑1 (MQ=255) gcCGATCCTGGTCTCCAACGATGGCCGTCTGCTTCCGCAGACCTTCGAGGGTGGCACCCTCCAGTCGAAGGAAATCGACAACCTGACCATCAACGCGGGTCAACTGACCCACGCCATGGGTCGTGCTTCGAGCAACCGTACCGGtctctc < 1:224683/150‑1 (MQ=255) gcCGATCCTGGTCTCCAACGATGGCCGCCTGCTTCCGCAGACATTCGAGGGTGGCACCCTCCAGTCGAAGGAAATCGACAACCTGACCATCAACGCGGGCCAACTGACCCACGCCATGGGTCTTGCTTCGAGCAACCGTACCGGtctctc < 2:81955/150‑1 (MQ=255) cGATCCTGGTCTCCAACGATGGCCGTCTGCTTCCGCAGACCTTCGAGGGTGGCACCCTCCAGTCGAAGGAAATCGACAACCTGACCATCAACGCGGGTCAACTGACCCACGCCa < 1:307445/114‑1 (MQ=255) cGATCCTGGTCTCCAACGATGGCCGTCTGCTTCCGCAGACCTTCGAGGGTGGCACCCTCCAGTCGAAGGAAATCGACAACCTGACCATCAACGCGGGTCAACTGACCCACGCCa > 2:307445/1‑114 (MQ=255) tcCAACGATGGCCGTCTGCTTCCGCAGACCTTCGAGGGTGGCACCCTCCAGTCGAAGGAAATCGACAACCTGACCATCAACGCGGGTCAACTGACCCACGCCATGGGTCGTGCTTCGAGCAACCGTACCGGTCTCTCCGTTTCCGGCGcc > 1:49446/1‑150 (MQ=255) aCGATGGCCGTCTGCTTCCGCAGACCTTCGAGGGTGGCACCCTCCAGTCGAAGGAAATCGACAACCTGACCATCAACGCGGGTCAACTGACCCACGCCATGGGTCGTGCTTCGAGCAACCGTACCGGTCTCTCCGTTTCCGGCGCCTTcc > 2:137381/1‑150 (MQ=255) tGGCCGTCTGCTTCCGCAGACCTTCGAGGGTGGCACCCTCCAGTCGAAGGAAATCGACAACCTGACCATCAACGCGGGTCAACTGACCCACGCCATGGGTCGTGCTTCGAGCAACCGTACCGGTCTCTCCGTTTCCGGCGCCTTCCGCGa < 2:23218/150‑1 (MQ=255) cGTCTGCTTCCGCAGACCTTCGAGGGTGGCACCCTCCAGTCGAAGGAAATCGACAACCTGACCATCAACGCGGGTCAACTGACCCACGCCATGGGTCGTGCTTCGAGCAACCGTACCGGTCTCTCCGTTTCCGGCGCCTTCCGCGACAGc > 1:38066/1‑150 (MQ=255) aGACCTTCGAGGGTGGCACCCTCCAGTCGAAGGAAATCGACAACCTGACCATCAACGCGGGTCAACTGACCCACGCCATGGGTCGTGCTTCGAGCAACCGTACCGGTCTCTCCGTTTCCGGCGCCTTCCGCGACAGCAACAAGTTCCAGt < 2:49446/150‑1 (MQ=255) aGACCTTCGAGGGTGGCACCCTCCAGTCGAAGGAAATCGACAACCTGACCATCAACGCGGGTCAACTGACCCACGCCATGGGTCGTGCTTCGAGCAACCGTACCGGTCTCTCCGTTTCCGGCGCCTTCCGCGACAGCAACAAGTTCCAGt > 1:189795/1‑150 (MQ=255) ttCGAGGGTGGCACCCTCCAGTCGAAGGAAATCGACAACCTGACCATCAACGCGGGTCAACTGACCCACGCCATGGGTCGTGCTTCGAGCAACCGTACCGGTCTCTCCGTTTCCGGCGCCTTCCGCGAc > 2:375353/1‑129 (MQ=255) ttCGAGGGTGGCACCCTCCAGTCGAAGGAAATCGACAACCTGACCATCAACGCGGGTCAACTGACCCACGCCATGGGTCGTGCTTCGAGCAACCGTACCGGTCTCTCCGTTTCCGGCGCCTTCCGCGAc < 1:375353/129‑1 (MQ=255) ttCGAGGGTGGCACCCTCCAGTCGAAGGAAATCGACAACCTGACCATCAACGCGGGTCAACTGACCCACGCCATGGGTCGTGCTTCGAGCAACCGTACCGGTCTCTCCGTTTCCGGCGCCTTCCGCGACAGCAACAAGTTCCAGTTCGcc > 2:483415/1‑150 (MQ=255) tGGCACCCTCCAGTCGAAGGAAATCGACAACCTGACCATCAACGCGGGTCAACTGACCCACGCCATGGGTCGTGCTTCGAGCAACCGTACCGGTCTCTCCGTTTCCGGCGCCTTCCGCGACAGCAACAAGTTCCAGTTCGCCGGCGGTGa < 1:483415/150‑1 (MQ=255) | GACTGGGCACGCATTGGTGGTAACGCCAAGGCTCGCTTCTCCAAAACCGAGGTCCACTACGGTAGCGCCCTGGCGCCTATGCTGCCGATCCTGGTCTCCAACGATGGCCGTCTGCTTCCGCAGACCTTCGAGGGTGGCACCCTCCAGTCGAAGGAAATCGACAACCTGACCATCAACGCGGGTCAACTGACCCACGCCATGGGTCGTGCTTCGAGCAACCGTACCGGTCTCTCCGTTTCCGGCGCCTTCCGCGACAGCAACAAGTTCCAGTTCGCCGGCGGTGA > NC_002947/288910‑289193 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |