| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 1,001,199 | A→T | 11.1% | Q58L (CAG→CTG) | PP_0863 → | hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 1,001,199 | 0 | A | T | 11.1% | 100.2 / 4.8 | 36 | Q58L (CAG→CTG) | PP_0863 | hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (14/18); new base T (2/2); total (16/20) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.39e-01 | |||||||||||
GAAGTGGTGGATGTGGCCGGCTTGCAGGCCATGCTCGAGGAAACTCCCGGCAAGGCCGCCCAGGCGATTCTGGCGGCAGCGGGGCAGGGTGTGGTCGAGGCGCAGTTGCTGCTGGGGCAGATCCTGCTGGATGGGCGTGGCATCCAGCAGGATGCCACGGTTGCCCGGCGTTGGTTCGGTATCGCTGCACAGGGTGGCAGTGCCATGGCGCACAACATGCTCGGGCGTTGCCTGGAGCATGGCTGGGGTGGCGAGGTGAATTTGGTGCAGGCGGCCGTT > NC_002947/1001051‑1001329 | gAAGTGGTGGATGTGGCCGGCTTGCAGGCCATGCTCGAGGAAACTCCCGGCAAGGCCGCCCAGGCGATTCTGGCGGCAGCGGGGCAGGGTGTGGTCGAGGCGCAGTTGCTGCTGGGGCAGATCCTGCTGGATGGGCGTGGCATCcagca > 2:317852/1‑149 (MQ=255)gAAGTGGTGGATGTGGCCGGCTTGCAGGCCATGCTCGAGGAAACTCCCGGCAAGGCCGCCCAGGCGATTCTGGCGGCAGCGGGGCAGGGTGTGGTCGAGGCGCAGTTGCTGCTGGGGCAGATCCTGCTGGATGGGCGTGGCATCcagca < 1:317852/149‑1 (MQ=255) gATGTGGCCGGCTTGCAGGCCATGCTCGAGGAAACTCCCGGCAAGGCCGCCCAGGCGATTCTGGCGGCAGCGGGGCAGGGTGTGGTCGAGGCGCAGTTGCTGCTGGGGCAGATCCTGCTGGATGGGCGTGGCATCCAGCAGGATGCCa < 1:97435/148‑1 (MQ=255) gATGTGGCCGGCTTGCAGGCCATGCTCGAGGAAACTCCCGGCAAGGCCGCCCAGGCGATTCTGGCGGCAGCGGGGCAGGGTGTGGTCGAGGCGCAGTTGCTGCTGGGGCAGATCCTGCTGGATGGGCGTGGCATCCAGCAGGATGCCa > 2:97435/1‑148 (MQ=255) cGGCTTGCAGGCCATGCTCGAGGAAACTCCCGGCAAGGCCGCCCAGGCGATTCTGGCGGCAGCGGGGCAGGGTGTGGTCGAGGCGCAGTTGCTGCTGGGGCAGATCCTGCTGGATGGGCGTGGCATCCAGCAGGATGCCACGGTTGCCCg > 1:176575/1‑150 (MQ=255) ttGCAGGCCATGCTCGAGGAAACTCCCGGCAAGGCCGCCCAGGCGATTCTGGCGGCAGCGGGGCAGGGTGTGGTCGAGGCGCAGTTGCTGCTGGGGCAGATCCTGCTGGATGGGCGTGGCATCCTGCTGGATGCCa < 2:156415/136‑1 (MQ=255) ttGCAGGCCATGCTCGAGGAAACTCCCGGCAAGGCCGCCCAGGCGATTCTGGCGGCAGCGGGGCAGGGTGTGGTCGAGGCGCAGTTGCTGCTGGGGCAGATCCTGCTGGATGGGCGTGGCATCCTGCTGGATGCCa > 1:156415/1‑136 (MQ=255) gCAGGCCATGCTCGAGGAAACTCCCGGCAAGGCCGCCCAGGCGATTCTGGCGGCAGCGGGGCAGGGTGTGGTCGAGGCGCAGTTGCTGCTGGGGCAGATCCTGCTGGATGGGCGTGGCATCCAGCAGGATGCCACGGTTGCCCGGCGTTg < 1:24280/150‑1 (MQ=255) gCAGGCCATGCTCGAGGAAACTCCCGGCAAGGCCGCCCAGGCGATTCTGGCGGCAGCGGGGCAGGGTGTGGTCGAGGCGCAGTTGCTGCTGGGGCAGATCCTGCTGGATGGGCGTGGCATCCAGCAGGATGCCACGGTTGCCCGGCGTTg > 1:260140/1‑150 (MQ=255) aGGCCATGCTCGAGGAAACTCCCGGCAAGGCCGCCCAGGCGATTATGGCGGCAGCGGGGCAGGGTGTGGTCGAGGCGCAGTTGCTGCTGGGGCAGATCCTGCTGGATGGGCGTGGCATCCAGCAGGATGCCACGGTTGCCCGGCGTTGGt > 1:27370/1‑150 (MQ=255) ccATGCTCGAGGAAACTCCCGGCAAGGCCGCCCAGGCGATTCTGGCGGCAGCGGGGCAGGGTGTGGTCGAGGCGCAGTTGCTGCTGGGGCAGATCCTGCTGGATGGGCGTGGCATCCAGCAGGATGCCACGGTTGCCCGGCGTTGGTTCg < 2:260140/150‑1 (MQ=255) aGGAAACTCCCGGCAAGGCCGCCCAGGCGATTCTGGCGGCAGCGGGGCAGGGTGTGGTCGAGGCGCAGTTGCTGCTGGGGCAGATCCTGCTGGATGGGCGTGGCATCCAGCAGGATGCCACGGTTGCCCGGCGTTGGTTCGGTATCGCTg > 2:247043/1‑150 (MQ=255) aaaCTCCCGGCAAGGCCGCCCAGGCGATTCTGGCGGCAGCGGGGCAGGGTGTGGTCGAGGCGCAGTTGCTGCTGGGGCAGATCCTGCTGGATGGGCGTGGCATCCAGCAGGATGCCACGGTTGCCCGGCGTTGGTTCGGTATCGCt < 1:11741/146‑1 (MQ=255) aaaCTCCCGGCAAGGCCGCCCAGGCGATTCTGGCGGCAGCGGGGCAGGGTGTGGTCGAGGCGCAGTTGCTGCTGGGGCAGATCCTGCTGGATGGGCGTGGCATCCAGCAGGATGCCACGGTTGCCCGGCGTTGGTTCGGTATCGCt > 2:11741/1‑146 (MQ=255) aCTCCCGGCAAGGCCGCCCAGGCGATTCTGGCGGCAGCGGGGCAGGGTGTGGTCGAGGCGCAGTTGCTGCTGGGGCAGATCCTGCTGGATGGGCGTGGCATCCAGCAGGATGCCACGGTTGCCCGGCGTTGGTTCGGTATCGCTGCACAg < 1:247043/150‑1 (MQ=255) tCCCGGCAAGGCCGCCCAGGCGATTCTGGCGGCAGCGGGGCAGGGTGTGGTCGAGGCGCAGTTGCTGCTGGGGCAGATCCTGCTGGATGGGCGTGGCATCCAGCAGGATGCCACGGtt > 1:305115/1‑118 (MQ=255) tCCCGGCAAGGCCGCCCAGGCGATTCTGGCGGCAGCGGGGCAGGGTGTGGTCGAGGCGCAGTTGCTGCTGGGGCAGATCCTGCTGGATGGGCGTGGCATCCAGCAGGATGCCACGGtt < 2:305115/118‑1 (MQ=255) tCCCGGCAAGGCCGCCCAGGCGATTCTGGCGGCAGCGGGGCAGGGTGTGGTCGAGGCGCAGTTGCTGCTGGGGCAGATCCTGCTGGATGGGCGTGGCATCCAGCAGGATGCCACGGTTGCCCGGCGTTGGTTCGGTATCGCTGCACAggg > 1:485701/1‑150 (MQ=255) tCCCGGCAAGGCCGCCCAGGCGATTCTGGCGGCAGCGGGGCAGGGTGTGGTCGAGGCGCAGTTGCTGCTGGGGCAGATCCTGCTGGATGGGCGTGGCATCCAGCAGGATGCCACGGTTGCCCGGCGTTGGTTCGGTATCGCTGCACAggg > 2:383942/1‑150 (MQ=255) ggcAGCGGGGCAGGGTGTGGTCGAGGCGCAGTTGCTGCTGGGGCAGATCCTGCTGGATGGGCGTGGCATCCAGCAGGATGCCACGGTTGCCCGGCGTTGGTTCGGTATCGCTGCACAGGGTGGCAGTGCCATGGCGCACAACATGCTCgg < 2:27370/150‑1 (MQ=255) 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1:192424/150‑1 (MQ=255) ttGCTGCGGGGGCAGATCCTGCTGGATGGGCGTGGCATCCAGCAGGATGCCACGGTTGCCCGGCGTTGGTTCGGTATCGCTGCACAGGGTGGCAGTGCCATGGCGCACAACATGCTCGGGCGTTGCCTGGAGCATGGCTGGGGTGGCGAg < 2:62058/150‑1 (MQ=255) gggCAGATCCTGCTGGATGGGCGTGGCATCCAGCAGGATGCCACGGTTGCCCGGCGTTGGTTCGGTATCGCTGCACAGGGTGGCAGTGCCATGGCGCACAACATGCTCGGGCGTTGCCTGGAGCATGGCTGGGGTGGCGAGGTGAATTTg < 1:284853/150‑1 (MQ=255) gCAGATCCTGCTGGATGGGCGTGGCATCCAGCAGGATGCCACGGTTGCCCGGCGTTGGTTCGGTATCGCTGCACAGGGTGGCAGTGCCATGGCGCACAACATGCTCGGGCGTTGCCTGGAGCATGGCTGGGGTGGCGAGGTGAATTTGGt < 2:485701/150‑1 (MQ=255) cAGATCCTGCTGGATGGGCGTGGCATCCAGCAGGATGCCACGGTTGCCCGGCGTTGGTTCGGt < 1:44635/63‑1 (MQ=255) cAGATCCTGCTGGATGGGCGTGGCATCCAGCAGGATGCCACGGTTGCCCGGCGTTGGTTCGGt > 2:44635/1‑63 (MQ=255) gATGGGCGTGGCATCCAGCAGGATGCCACGGTTGCCCGGCGTTGGTTCGGTATCGCTGCACAGGGTGGCAGTGCCATGGCGCACAACATGCTCGGGCGTTGCCTGGAGCATGGCTGGGGTGGCGAGGTGAATTTGGTGCAGGCGGCCGtt < 2:451855/150‑1 (MQ=255) gCGTGGCATCCAGCAGGATGCCACGGTTGCCCGGCGTTGGTTCGGTATCGCTGCACAGGGTGGCAGTGCCATGGCGCACAACATGCTCGGGCGTTGCCTGGAGCATGGCTGGGGTGGCGa < 1:367814/120‑1 (MQ=255) gCGTGGCATCCAGCAGGATGCCACGGTTGCCCGGCGTTGGTTCGGTATCGCTGCACAGGGTGGCAGTGCCATGGCGCACAACATGCTCGGGCGTTGCCTGGAGCATGGCTGGGGTGGCGa > 2:367814/1‑120 (MQ=255) ccGTGGCATCCTGCTGGATGCCACGGTTGCCCGGCGTTGGTTCGGTATCGCTGCACAGGGTGGCAg > 2:265875/2‑66 (MQ=37) ccGTGGCATCCTGCTGGATGCCACGGTTGCCCGGCGTTGGTTCGGTATCGCTGCACAGGGTGGCAg < 1:265875/65‑1 (MQ=37) gTGGCATCCAGCAGGATGCCACGGTTGCCCGGCGTTGGTTCGGTATCGCTGCACAGGGTGGCAGTGCCATGGCGCACAACATGCTCGGGCGTTGCCTGGAGCATGGCTggg > 2:288346/1‑111 (MQ=255) gTGGCATCCAGCAGGATGCCACGGTTGCCCGGCGTTGGTTCGGTATCGCTGCACAGGGTGGCAGTGCCATGGCGCACAACATGCTCGGGCGTTGCCTGGAGCATGGCTggg < 1:288346/111‑1 (MQ=255) | GAAGTGGTGGATGTGGCCGGCTTGCAGGCCATGCTCGAGGAAACTCCCGGCAAGGCCGCCCAGGCGATTCTGGCGGCAGCGGGGCAGGGTGTGGTCGAGGCGCAGTTGCTGCTGGGGCAGATCCTGCTGGATGGGCGTGGCATCCAGCAGGATGCCACGGTTGCCCGGCGTTGGTTCGGTATCGCTGCACAGGGTGGCAGTGCCATGGCGCACAACATGCTCGGGCGTTGCCTGGAGCATGGCTGGGGTGGCGAGGTGAATTTGGTGCAGGCGGCCGTT > NC_002947/1001051‑1001329 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |