| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 115,951 | T→G | 11.8% | L85W (TTG→TGG) | PP_0110 → | CyoE‑like protoheme IX farnesyltransferase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 115,951 | 0 | T | G | 11.8% | 77.2 / 5.8 | 34 | L85W (TTG→TGG) | PP_0110 | CyoE‑like protoheme IX farnesyltransferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (14/16); new base G (2/2); total (16/18) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.30e-01 | |||||||||||
TGGCCACCCGGGCGGGCGTCAGCTGGAGCGTGCTGTTGTTCGGCAACCTGGGCATCGGCCTGTGTGCGGGTGGTGCGGCAGTGGTCAATCATGTGGTGGATCGGCGCATTGATGCGCTGATGGCACGCACCCACAAACGGCCTTTGGCCCAAGGCCGAGTCGAGCCCCTGCCGGCGCTGTTGTTCGCCTTGGCCCTGGCGCTGCTGGGCATGGTCCTGCTGCTGGTGTTCACCAACGCCCTCACCGCCTGGCTGACCCTGGCCTCATTACTCGGTTATGCGGTGCTCTACACCG > NC_002947/115807‑116100 | tGGCCACCCGGGCGGGCGTCAGCTGGAGCGTGCTGTTGTTCGGCAACCTGGGCATCGGCCTGTGTGCGGGTGGTGCGGCAGTGGTCAATCATGTGGTGGATCGGCGCATTGATGCGCTGATGGCACGCACCCACAAACGGCCTTTGGccc > 2:310609/1‑150 (MQ=255) gCCACCCGGGCGGGCGTCAGCTGGAGCGTGCTGTTGTTCGGCAACCTGGGCATCGGCCTGTGTGCGGGTGGTGCGGCAGTGGTCAATCATGTGGTGGATCGGCGCATTGATGCGCTGATGGCACGCACCCACAAACGGCCTTTGGCCCaa < 2:207558/150‑1 (MQ=255) ccccgcgggcgggCGTCAGCTGGAGCGTGCTGTTGTTCGGCAACCTGGGCATCGGCCTGTGTGCGGTTGGTGCGGCAGTGGTCAATCATGTGGTGGATCGGCGCATTGATGCGCTGATGGCACGCACCAACAAACGGCCTTTGGCCCAAg < 2:216039/145‑1 (MQ=255) tCAGCTGGAGCGTGCTGTTGTTCGGCAACCTGGGCATCGGCCTGTGTGCGGGTGGTGCGGCAGTGGTCAATCATGTGGTGGATCGGCGCATTGATGCGCTGATGGCACGCACCCACAAACGGCCTTTGGCCCAAGGCCGAGTCGAGcccc > 1:411824/1‑150 (MQ=255) aGCGTGCTGTTGTTCGGCAACCTGGGCATCGGCCTGTGTGCGGGTGGTGCGGCAGTGGTCAATCATGTGGTGGATCGGCGCATTGATGCGCTGATGGCACGCACCCACAAACGGCCCTTGGCCCAAGGCCGAGTCGAGCCCCTGCCGgcg < 2:158071/150‑1 (MQ=255) tgttgtTCGGCAACCTGGGCATCGGCCTGTGTGCGGGTGGTGCGGCAGTGGTCAATCATGTGGTGGATCGGCGCATTGATGCGCTGATGGCACGCACCCACAAACGGCCTTTGGCCCAAGGCCGAGTCGAGCCCCTGCCGGCGCtgttgt > 1:157097/1‑150 (MQ=255) ttgttCGGCAACCTGGGCATCGGCCTGTGTGCGGGTGGTGCGGCAGTGGTCAATCATGTGGTGGATCGGCGCATTGATGCGCTGATGGCACGCACCCACAAACGGCCTTTGGCCCAAGGCCGAGTCGAGCCCCTGCCGGCGCTGTTGTTc < 1:39772/150‑1 (MQ=255) ggCAACCTGGGCATCGGCCTGTGTGCGGGTGGTGCGGCAGTGGTCAATCATGTGGTGGATCGGCGCATTGATGCGCTGATGGCACGCACCCACAAACGGCCTTTGGCCCAAGGCCGAGTCGAGCCCCTGCCGGCGCTGTTGTTc > 1:195593/1‑144 (MQ=255) 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gtggtgCGGCAGTGGTCAATCATGTGGTGGATCGGCGCATTGATGCGCTGATGGCACGCACCCACAAACGGCCTTTGGCCCAAGGCCGAGTCGAGCCCCTGCCGGCGCTGTTGTTCGCCTTGGCCCTGGCGCTGCTGGGCATGGTCctgc < 1:232009/150‑1 (MQ=255) gtgCGGCAGTGGTCAATCATGTGGTGGATCGGCGCATTGATGCGCTGATGGCACGCACCCACAAACGGCCTTTGGCCCAAGGCCGAGTCGAGCCCCTGCCGGCGCTGTTGTTCGCCTTGGCCCTGGCGCTGCTGGGCATGGTCctgctgc < 1:223309/150‑1 (MQ=255) aaTCATGTGGTGGATCGGCGCATTGATGCGCTGATGGCACGCACCCACAAACGGCCTTTGGCCCAAGGCCGAGTCGAGCCCCTGCCGGCGCTGTTGTTCGCCTTGGCCCTGGCGCTGCTGGGCATGGTCCTGCTGCTGGTGTTCACCAAc < 2:484987/150‑1 (MQ=255) aaTCATGTGGTGGATCGGCGCATTGATGCGCTGATGGCACGCACCCACAAACGGCCTTTGGCCCAAGGCCGAGTCGAGCCCCTGCCGGCGCTGTTGTTCGCCTTGGCCCTGGCGCTGCTGGGCATGGTCCTGCTGCTGGTGTTCACCAAc > 1:484987/1‑150 (MQ=255) cATGTGGTGGATCGGCGCATTGATGCGCTGATGGCACGCACCCACAAACGGCCTTTGGCCCAAGGCCGAGTCGAGCCCCTGCCGGCGCTGTTGTTCGCCTTGGCCCTGGCGCTGCTGGGCATGGTCCTGCTGCTGGTGTTCACCAACGcc < 1:75720/150‑1 (MQ=255) aTCGGCGCATTGATGCGCTGATGGCACGCACCCACAAACGGCCTTTGGCCCAAGGCCGAGTCGAGCCCCTGCCGGCGCTGTTGTTCGCCTTGGCCCTGGCGCTGCTGGGCATGGTCCTGCTGCTGGTGTTCACCAACGCCCTCACCGCCt < 1:416278/150‑1 (MQ=255) tCGGCGCATTGATGCGCTGATGGCACGCACCCACAAACGGCCTTTGGCCCAAGGCCGAGTCGAGCCCCTGCCGGCGCTGTTGTTCGCCTTGGCCCTGGCGCTGCTGGGCATGGTCCTGCTGCTGGTGTTCACCAACGCCCTCACCGCCTg > 1:483998/1‑150 (MQ=255) gcATTGATGCGCTGATGGCACGCACCCACAAACGGCCTTTGGCCCAAGGCCGAGTCGAGCCCCTGCCGGCGCTGTTGTTCGCCTTGGCCCTGGCGCTGCTGGGCATGGTCCTGCTGCTGGTGTTCACCAACGCCCTCACCGCCTGGCTGa < 2:315006/150‑1 (MQ=255) cATTGATGCGCTGATGGCACGCACCCACAAACGGCCTTTGGCCCAAGGCCGAGTCGAGCCCCTGCCGGCGCTGTTGTTCGCCTTGGCCCTGGCGCTGCTGGGCATGGTCCTGCTGCTGGTGTTCACCAACGCCCTCACCGCCTGGCTGAc > 2:340778/1‑150 (MQ=255) gATGCGCTGATGGCACGCACCCACAAACGGCCTTTGGCCCAAGGCCGAGTCGAGCCCCTGCCGGCGCTGTTGTTCGCCTTGGCCCTGGCGCTGCTGGGCATGGTCCTGCTGCTGGTGTTCACCAACGCCCTCACCGCCTGGCTGACCCTg > 2:72566/1‑150 (MQ=255) tGCGCTGATGGCACGCACCCACATACGGCCTTTGGCCCACGGCCGAGTATAGACCCTGCCGGCGCTTTTGTTCGGCTTGGCCCTGGCGCTGCCGGCCATCGTCTTGCTGCTGGTGGTTGCCAACGCCCTCACCGCCTCGCTGACCCTAGc > 2:29642/1‑150 (MQ=255) gATGGCACGCACCCACAAACGGCCTTTGGCCCAAGGCCGAGTCGAGCCCCTGCCGGCGCTGTTGTTCGCCTTGGCCCTGGCGCTGCTGGGCATGGTCCTGCTGCTGGTGTTCACCAACGCCCTCACCGCCTGGCTGACCCTGGCCTCaat < 1:340778/150‑3 (MQ=255) gcacgcacCCACAAACGGCCTTTGGCCCAAGGCCGAGTCGAGCCCCTGCCGGCGCTGTTGTTCGCCTTGGCCCTGGCGCTGCTGGGCATGGTCCTGCTGCTGGTGTTCACCAACGCCCTCACCGCCTGGCTGACCCTGGCCTCATTACTc < 1:292317/150‑1 (MQ=255) acaAACGGCCTTTGGCCCAAGGCCGAGTCGAGCCCCTGCCGGCGCTGTTGTTCGCCTTGGCCCTGGCGCTGCTGGGCATGGTCCTGCTGCTGGTGTTCACCAACGcc < 2:244591/107‑1 (MQ=255) acaAACGGCCTTTGGCCCAAGGCCGAGTCGAGCCCCTGCCGGCGCTGTTGTTCGCCTTGGCCCTGGCGCTGCTGGGCATGGTCCTGCTGCTGGTGTTCACCAACGcc > 1:244591/1‑107 (MQ=255) aaaCGGCCTTTGGCCCAAGGCCGAGTCGAGCCCCTGCCGGCGCTGTTGTTCGCCTTGGCCCTGGCGCTGCTGGGCATGGTCCTGCTGCTGGTGTTCACCAACGCCCTCACCGCCTGGCTGACCCTGGCCTCATTACTCGGTTATGCGGTg < 1:72566/150‑1 (MQ=255) tcGGCCTTGGGCCAAAGGCCGAGTCGAGCCCCTGCCGGCGCTGTTGTTCGCCTTGGCCCTGGCGCTGCTGGGCATGGTCCTGCTGCTGGTGTTCACCAACGCCCTCACCGCCTGGCTGACCCTGGCCTCATTACTCGGTTATGCGGTg > 2:218146/2‑148 (MQ=255) tcGGCCTTGGGCCAAAGGCCGAGTCGAGCCCCTGCCGGCGCTGTTGTTCGCCTTGGCCCTGGCGCTGCTGGGCATGGTCCTGCTGCTGGTGTTCACCAACGCCCTCACCGCCTGGCTGACCCTGGCCTCATTACTCGGTTATGCGGTg < 1:218146/147‑1 (MQ=255) tcGGCCTTGGGCCAAAGGCCGAGTCGAGCCCCTGCCGGCGCTGTTGTTCGCCTTGGCCCTGGCGCTGCTGGGCATGGTCCTGCTGCTGGTGTTCACCAACGCCCTCACCGCCTGGCTGACCCTGGCCTCATTACTCGGTTATGCGGTGct > 1:114291/2‑150 (MQ=255) gCCTTGGGCCAAAGGCCGAGTCGAGCCCCTGCCGGCGCTGTTGTTCGCCTTGGCCCTGGCGCTGCTGGGCATGGTCCTGCTGCTGGTGTTCACCAACGCCCTCACCGCCTGGCTGACCCTGGCCTCATTACTCGGTTATGCGGTGCTCTa < 2:114291/150‑1 (MQ=255) tttGGCCCAAGGCCGAGTCGAGCCCCTGCCGGCGCTGTTGTTCGCCTTGGCCCTGGCGCTGCTGGGCATGGTCCTGCTGCTGGTGTTCACCAACGCCCTCACCGCCTGGCTGACCCTGGCCTCATTACTc > 1:40333/1‑130 (MQ=255) tttGGCCCAAGGCCGAGTCGAGCCCCTGCCGGCGCTGTTGTTCGCCTTGGCCCTGGCGCTGCTGGGCATGGTCCTGCTGCTGGTGTTCACCAACGCCCTCACCGCCTGGCTGACCCTGGCCTCATTACTc < 2:40333/130‑1 (MQ=255) tGGCCCAAGGCCGAGTCGAGCCCCTGCCGGCGCTGTTGTTCGCCTTGGCCCTGGCGCTGCTGGGCATGGTCCTGCTGCTGGTGTTCACCAACGCCCTCACCGCCTGGCTGACCCTGTCCTCATTACTCGGTTATGCGGTGCTCTACACCg < 1:166313/150‑1 (MQ=255) | TGGCCACCCGGGCGGGCGTCAGCTGGAGCGTGCTGTTGTTCGGCAACCTGGGCATCGGCCTGTGTGCGGGTGGTGCGGCAGTGGTCAATCATGTGGTGGATCGGCGCATTGATGCGCTGATGGCACGCACCCACAAACGGCCTTTGGCCCAAGGCCGAGTCGAGCCCCTGCCGGCGCTGTTGTTCGCCTTGGCCCTGGCGCTGCTGGGCATGGTCCTGCTGCTGGTGTTCACCAACGCCCTCACCGCCTGGCTGACCCTGGCCTCATTACTCGGTTATGCGGTGCTCTACACCG > NC_002947/115807‑116100 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |