| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 2,824,561 | A→C | 36.6% | E44A (GAG→GCG) ‡ | PP_2478 → | isoquinoline 1‑oxidoreductase subunit beta |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 2,824,561 | 0 | A | C | 36.6% | 0.3 / 6.9 | 11 | E44A (GAG→GCG) ‡ | PP_2478 | isoquinoline 1‑oxidoreductase subunit beta |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (3/4); new base C (2/2); total (5/6) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.50e-01 | |||||||||||
ACGAAGTGACTGTTGATATGTCCCGTCGCCGCCTCTTGCAGGGCAGCGGTATCGCCCTCAGTGGCTTGGTGTTGAGTACCTGGCTACCGCCGCTGGTGGCCAAAAGCGCAGCCGCCGAGGCGGCTGCGGCAGGTCGGCTTGGTGATCACTCCGCGGAGGGTTACGGTGCCTTTGTCCGCATTGGCCCCGATGGCGTGGTCACGGTGATCTCGCCGAAAATTGAAATGGGCCAGGGTGCGCAAACCGGTATTGCCATGAT > NC_002947/2824444‑2824702 | aCGAAGTGACTGTTGATATGTCCCGTCGCCGCCTCTTGCAGGGCAGCGGTATCGCCCTCAGTGGCTTGGTGTTGAGTACCTGGCTACCGCCGCTGGTGGCCAAAAGCGCAGCCGCCGAGGCGGCTGCGGCAGGTCGGCTTGGTGATCACt > 2:460279/1‑150 (MQ=255) aCTGTTGATATGTCCCGTCGCCGCCTCTTGCAGGGCAGCGGTATCGCCCTCAGTGGCTTGGTGTTGAGTACCTGGCTACCGCCGCTGGTGGCCAAAAGCGCAGCCGCCGAGGCGGCTGCGCCAGGTCGGCTTGGTGATCACTCCGCGGAg < 1:67578/150‑1 (MQ=255) atatGTCCCGTCGCCGCCTCTTGCAGGGCAGCGGTATCGCCCTCAGTGGCTTGGTGTTGAGTACCTGGCTACCGCCGCTGGTGGCCAAAAGCGCAGCCGCCTCGGCGGCTGc < 1:206032/112‑1 (MQ=255) atatGTCCCGTCGCCGCCTCTTGCAGGGCAGCGGTATCGCCCTCAGTGGCTTGGTGTTGAGTACCTGGCTACCGCCGCTGGTGGCCAAAAGCGCAGCCGCCTCGGCGGCTGc > 2:206032/1‑112 (MQ=255) cccGTCGCCGCCTCTTGCAGGGCAGCGGTATCGCCCTCAGTGGCTTGGTGTTGAGTACCTGGCTACCGCCGCTGGTGGCCAAAAGCGCAGCCGCCGAGGCGGCTGCGGCAGGTCGGCTTGGTGATCACTCCGCGGAGGGTTACGGTGCCt < 2:213062/150‑1 (MQ=255) ccGTCGCCGCCTCTTGCAGGGCAGCGGTATCGCCCTCAGTGGCTTGGTGTTGAGTACCTGGCTACCGCCGCTGGTGGCCAAAAGCGCAGCCGCCGAGGCGGCTGCGGCAGGTCGGCTTGGTGATCACTCCGCGGAGGGTTACGGTGCCtt > 1:198037/1‑150 (MQ=255) cGTCGCCGCCTCTTGCAGGGCAGCGGTATCGCCCTCAGTGGCTTGGTGTTGAGTACCTGGCTACCGCCGCTGGTGGCCAAAAGCGCAGCCGCCGAGGCGGCTGCGGCAGGTCGGCTTGGTGATCACTCCGCGGAGGGTTACGGTGCCttt < 1:460279/150‑1 (MQ=255) cAAAAGCGCAGCCGCCGAGGCGGCTGCGGCAGGTCGGCTTGGTGATCACTCCGCGGAGGGTTACGGTGCCTTTGTCCGCATTGGCCCCGATGGCGTGGTCACGGTGATCTCGCCGAAAATTGAAATGGGCCAGGGTGCGCAAACCGGTAt > 2:52606/1‑150 (MQ=255) gcAGCCGCCTCGGCGGCTGCGGCAGGTCGGCTTGGTGATCACTCCGCGGAGGGTTACGGTGCCTTTGt < 1:235622/68‑1 (MQ=39) gcAGCCGCCTCGGCGGCTGCGGCAGGTCGGCTTGGTGATCACTCCGCGGAGGGTTACGGTGCCTTTGt > 2:235622/1‑68 (MQ=38) agtcgccgAGGCGGCTGCGGCAGGTCGGCTTGGTGATCACTCCGCGGAGGGTTACGGTGCCTTTGTCCGCATTGGCCCCGATGGCGTGGTCACGGTGATCTCGCCGAAAATTGAAATGGGCCAGGGTGCGCAAACCGGTATTGCCatgat < 1:48254/147‑1 (MQ=255) | ACGAAGTGACTGTTGATATGTCCCGTCGCCGCCTCTTGCAGGGCAGCGGTATCGCCCTCAGTGGCTTGGTGTTGAGTACCTGGCTACCGCCGCTGGTGGCCAAAAGCGCAGCCGCCGAGGCGGCTGCGGCAGGTCGGCTTGGTGATCACTCCGCGGAGGGTTACGGTGCCTTTGTCCGCATTGGCCCCGATGGCGTGGTCACGGTGATCTCGCCGAAAATTGAAATGGGCCAGGGTGCGCAAACCGGTATTGCCATGAT > NC_002947/2824444‑2824702 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |