| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 4,741,285 | 2 bp→CT | intergenic (+476/+275) | gltA → / ← yeiW | citrate synthase/putative oxidoreductase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 4,741,285 | 0 | A | C | 88.4% | 122.1 / 2.8 | 43 | intergenic (+476/+276) | gltA/yeiW | citrate synthase/putative oxidoreductase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (2/3); new base C (20/18); total (22/21) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.64e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.46e-01 | |||||||||||
| * | NC_002947 | 4,741,286 | 0 | C | T | 88.4% | 109.3 / 5.8 | 43 | intergenic (+477/+275) | gltA/yeiW | citrate synthase/putative oxidoreductase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (2/3); new base T (20/18); total (22/21) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.64e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.42e-01 | |||||||||||
GTCAGGCTGCCATCCGCCTCCTTGATGGTCGTAATGTGCAGCACGGAATCACGCGGCGTCACCGGCCATGGCGTATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAG‑AA‑CCTCC‑GCCAAC‑TGCATTCGTGAA‑CCAAGCAACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGCCTTGTACTTGGACCCGGCCACC > NC_002947/4741155‑4741405 || gTCAGGCTGCCATCCGCCTCCTTGATGGTCGTAATGTGCAGCACGGAATCACGCGGCGTCACCGGCCATGGCGTATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAG‑CAGCTTCT‑GCGACT‑TGCATTCGTGaatccag > 1:1878116/1‑145 (MQ=255) gCCTCCTTGATGGTCGTAATGTGCAGCACGGAATCACGCGGCGTCACCGGCCATGGCGTATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAG‑CTTCT‑GCGACT‑TGCATTCGTGAA‑TCCAGGCACAGGCCCCGGac > 2:103703/1‑150 (MQ=255) gCCTCCTTGATGGTCGTAATGTGCAGCACGGAATCACGCGGCGTCACCGGCCATGGCGTATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAG‑CTTCT‑GCGACT‑TGCATTCGTGAA‑TCCAGGCACAGGCCCCGGac > 1:360554/1‑150 (MQ=255) gCCTCCTTGATGGTCGTAATGTGCAGCACGGAATCACGCGGCGTCACCGGCCATGGCGTATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAG‑CA‑GCTTC‑TGCGACTTGCATTCGTGAATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGac > 1:1972790/1‑150 (MQ=255) tcctTGATGGTCGTAATGTGCAGCACGGAATCACGCGGCGTCACCGGCCATGGCGTATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAG‑CTTCT‑GCGACT‑TGCATTCGTGAA‑TCCAGGCACAGGCCCCGGACACg > 2:2044215/1‑150 (MQ=255) tgctCGTAATGTGCAGCACGGAATCACGCGGCGTCACCGGCCATGGCGTATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAG‑CTTCT‑GCGACT‑TGCATTCGTGAA‑TCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTcctcct > 2:559893/4‑150 (MQ=255) aTGTGCAGCACGGAATCACGCGGCGTCACCGGCCATGGCGTATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAG‑CTTCT‑GCGACT‑TGCATTCGTGAATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGcc < 1:103703/150‑1 (MQ=255) agcaCGGAATCACGCGGCGTCACCGGCCATGGCGTATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAG‑CTTCT‑GCGACT‑TGCATTCGTGAATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGAcc < 1:1676888/150‑1 (MQ=255) aCGGAATCACGCGGCGTCACCGGCCATGGCGTATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAG‑CTTCT‑GCGACT‑TGCATTCGTGAATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTg < 2:2197367/150‑1 (MQ=255) gAATCAATCGGCGTCACCGGCCAGGGCGTATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAG‑CA‑GCTTC‑TGCGACTTGCATTCGTGAA‑TCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGcc < 2:734155/150‑1 (MQ=255) aTCACGCGGCGTCACCGGCCATGGCGTATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAG‑CA‑GCTTCTGCGACT‑TGCATTCGTGAA‑TCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAg > 1:720018/1‑150 (MQ=255) aCGCGGCGTCACCGGCCATGGCGTATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAG‑CTTCT‑GCGACT‑TGCATTCGTGAA‑TCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAgcgg > 1:884966/1‑150 (MQ=255) tCACCGGCCATGGCGTATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAG‑CTTCT‑GCGACT‑TGCATTCGTGAATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTg > 1:1096365/1‑134 (MQ=255) tCACCGGCCATGGCGTATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAG‑CTTCT‑GCGACT‑TGCATTCGTGAA‑TCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTg < 2:1096365/134‑1 (MQ=255) tCACCGGCCATGGCGTATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAG‑CTTCT‑GCGACT‑TGCATTCGTGAA‑TCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGa > 2:1333966/1‑150 (MQ=255) aCCGGCCATGGCGTATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAG‑CTTCT‑GCGACT‑TGCATTCGTGAATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTc > 1:647245/1‑125 (MQ=255) aCCGGCCATGGCGTATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAG‑CTTCT‑GCGACT‑TGCATTCGTGAATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATc > 2:2078904/1‑150 (MQ=255) aCCGGCCATGGCGTATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAG‑CTTCT‑GCGACT‑TGCATTCGTGAA‑TCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTc < 2:647245/125‑1 (MQ=255) ccGGCCATGGCGTATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAG‑CTTCT‑GCGACT‑TGCATTCGTGAATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCa < 2:1894637/150‑1 (MQ=255) ggCCATGGCGTATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAG‑CA‑GCTTCTGCGACT‑TGCATTCGTGAA‑TCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACg < 1:2044215/150‑1 (MQ=255) gCGTATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAG‑CTTCT‑GCGACT‑TGCATTCGTGAATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCacac < 1:2078904/150‑1 (MQ=255) tATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAG‑CTTCT‑GCGACT‑TGCATTCGTGAA‑TCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACcgc > 1:708655/1‑150 (MQ=255) aaCTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAG‑CTTCT‑GCGACT‑TGCATTCGTGAA‑TCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAg < 2:427221/150‑1 (MQ=255) aaCTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAG‑CA‑GCTTCTGCGACT‑TGCATTCGTGAA‑TCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAg < 1:1014377/150‑1 (MQ=255) aCTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAG‑CTTCT‑GCGACT‑TGCATTCGTGAA‑TCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAgg < 2:299992/150‑1 (MQ=255) gTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAG‑CTTCT‑GCGACT‑TGCATTCGTGAATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGCCTTg < 2:275507/150‑1 (MQ=255) ggTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAG‑CTTCT‑GCGACT‑TGCATTCGTGAA‑TCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGCCTTGTACtt < 2:884966/150‑1 (MQ=255) gTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAG‑CTTCT‑GCGACT‑TGCATTCGTGAATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGCCTTGTACTTg > 2:629286/1‑150 (MQ=255) gTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAG‑CTTCT‑GCGACT‑TGCATTCGTGAA‑TCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGCCTTGTACtt > 1:1886653/1‑149 (MQ=255) gTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAG‑CAGCTTCT‑GCGACT‑TGCATTCGTGAATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGCCTTGTACTTg < 1:559893/150‑1 (MQ=255) gTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAG‑CA‑GCTTC‑TGCGACTTGCATTCGTGAATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGCCTTGTACtt < 2:1886653/149‑1 (MQ=255) tCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAG‑CA‑GCTTCTGCGACT‑TGCATTCGTGAATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGCCTTGTACTTgg > 2:1477693/1‑150 (MQ=255) ccAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAG‑CA‑GCTTC‑TGCGACTTGCATTCGTGAA‑TCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGCCTTGTACTTGGa > 2:400875/1‑150 (MQ=255) cAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAG‑CTTCT‑GCGACT‑TGCATTCGTCAT‑TCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGCCTTGTACTTGGAc < 1:1607788/150‑1 (MQ=255) tctGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAG‑CTTCT‑GCGACT‑TGCATTCGTGAATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGCCTTGTACTTGGACCCgg > 2:1076142/1‑150 (MQ=255) tctGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAG‑CTTCT‑GCGACT‑TGCATTCGTGAA‑TCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGCCTTGTACTTGGACCCgg > 1:1039300/1‑150 (MQ=255) tctGGTCACCTTCGTGCTTGAG‑CA‑GCTTCTGCGACT‑TGCATTCGTGAA‑TCCAGGCACAGGTCCCGGTCAACTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGCCTTGTACTTGGACCCgg < 1:607464/150‑1 (MQ=255) ggTCACCTTCGTGCTTGAGCAG‑CTTCT‑GCGACT‑TGCATTCGTGAATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGACACGtcc < 2:340712/71‑1 (MQ=255) ggTCACCTTCGTGCTTGAGCAG‑CTTCT‑GCGACT‑TGCATTCGTGAATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGACACGtcc > 1:340712/1‑71 (MQ=255) tCACCTTCGTGCTTGAGCAG‑CTTCT‑GCGACT‑TGCATTCGTGAATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGc > 2:1431299/1‑128 (MQ=255) tCACCTTCGTGCTTGAGCAG‑CTTCT‑GCGACT‑TGCATTCGTGAATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGCCTTGTACTTGGACCCGGCCAcc > 1:657489/1‑150 (MQ=255) tCACCTTCGTGCTTGAG‑CAGCTTCT‑GCGACT‑TGCATTCGTGAA‑TCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGc < 1:1431299/128‑1 (MQ=255) aCCTTCGTGCTTGAG‑CA‑GCTTC‑TGCGACTTGCATTCGTGAA‑TCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGCCTTGTACTTg < 1:866414/136‑1 (MQ=255) || GTCAGGCTGCCATCCGCCTCCTTGATGGTCGTAATGTGCAGCACGGAATCACGCGGCGTCACCGGCCATGGCGTATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAG‑AA‑CCTCC‑GCCAAC‑TGCATTCGTGAA‑CCAAGCAACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGCCTTGTACTTGGACCCGGCCACC > NC_002947/4741155‑4741405 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |