| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 4,964,154 | Δ1 bp | 100% | coding (1249/1476 nt) | fleQ ← | transcriptional regulator FleQ |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 4,964,154 | 0 | G | . | 95.5% | 91.1 / ‑1.7 | 22 | coding (1249/1476 nt) | fleQ | transcriptional regulator FleQ |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/1); new base . (11/10); total (11/11) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: E-value score below prediction cutoff. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. | |||||||||||
GCAACGATACCGTTGGCATCGTCCAGCGCCTGCTGGATCAGGCCCTGCTCCAGGCTACCCAGGTAGTCCTTGAGGTCCAGGCCTTCGGGCGGCAGCATGGCGTGGTTGCTGAAGTTTGGTGTGTGGCCATTGATCGCCACGCGCTCTTCCAGGTCGCTGCGCAGGCTGTCGACCATCTGCTCGTCTTCGTCATCGACATAGCGGAATTTCTTCGGCAGTTCCGACACGCCAATGACCCCGTACGGGTGCATGATCGCCATGCGCTCGAC > NC_002947/4964030‑4964298 | gcAACGATACCGTTGGCATCGTCCAGCGCCTGCTGGATCAGGCCCTGCTCCAGGCTACCCAGGTAGTCCTTGAGGTCCAGGCCTTCGGGCGGCAGCATGGCGTGGTTGCTGAAGTTTGGTGTGT‑GCCATTGATCGCCACGCGCTCTTCCa < 1:120919/150‑1 (MQ=255) gATACCGTTGGCATCGTCCAGCGCCTGCTGGATCAGGCCCTGCTCCAGGCTACCCAGGTAGTCCTTGAGGTCCAGGCCTTCGGGCGGCAGCATGGCGTGGTTGCTGAAGTTTGGTGTGT‑GCCATTGATCGCCACGCGCTCTTCCAGGTCg > 2:292675/1‑150 (MQ=255) aTCGTCCAGCGCCTGCTGGATCAGGCCCTGCTCCAGGCTACCCAGGTAGTCCTTGAGGTCCAGGCCTTCGGGCGGCAGCATGGCGTGGTTGCTGAAGTTTGGTGTGT‑GCCATTGATCGCCACGCGCTCTTCCAGGTCGCTGCGCAGGCTg > 1:85115/1‑150 (MQ=255) gTCCAGCGCCTGCTGGATCAGGCCCTGCTCCAGGCTACCCAGGTAGTCCTTGAGGTCCAGGCCTTCGGGCAGCAGCATGGCGGGGTTGCTGAAGTTTGGTGTGT‑GCCATTGATCGCCACGCGCTCTTCCAGGTCGCTGCGCAGGCTGTCg > 2:390817/1‑150 (MQ=255) gctgGATCAGGCCCTGCTCCAGGCTACCCAGGTAGTCCTTGAGGTCCAGGCCTTCGGGCGGCAGCATGGCGTGGTTGCTGAAGTTTGGTGTGT‑GCCATTGATCGCCACGCGGTCTTCCAGGTCGCTGCGCAGGCTGTCGACCATCTGCTc < 2:326615/150‑1 (MQ=255) gCCCTGCTCCAGGCTACCCAGGTAGTCCTTGAGGTCCAGGCCTTCGGGCGGCAGCATGGCGTGGTTGCTGAAGTTTGGTGTGT‑GCCATTGATCGCCACGCGCTCTTCCAGGTCGCTGCGCAGGCTGTCGACCATCTGCTCGTCTTCGTCa < 2:473874/150‑1 (MQ=255) tCCAGGCTACCCAGGTAGTCCTTGAGGTCCAGGCCTTCGGGCGGCAGCATGGCGTGGTTGCTGAAGTTTGGTGTGT‑GCCATTGATCGCCACGCGCTCTTCCAGGTCGCTGCGCAGGCTGTCGACCATCTGCTCGTCTTCGTCATCGACAt > 1:25431/1‑150 (MQ=255) cAGGCTACCCAGGTAGTCCTTGAGGTCCAGGCCTTCGGGCGGCAGCACGGCGTGGTTGCTGAAGTTTGGTGTGT‑GCCATTGATCGCCACGCGCTCTTCCAGGTCGCTGCGCAGGCTGTCGACCATCTGCTCGTCTTCGTCATCGACATAg > 2:221665/1‑150 (MQ=255) ccAGGTAGTCCTTGAGGTCCAGGCCTTCGGGCGGCAGCATGGCGTGGTTGATGAAGTTTGGTGTGT‑GCCATTGATCGCCACGCGCTCTTCCAGGTCGCTGCGCAGGCTGTCGACCATCTGCTCGTCTTCGTCATCGACATAGCGGAAttt > 1:305854/1‑150 (MQ=255) ggTAGTCCTTGAGGTCCAGGCCTTCGGGCGGCAGCATGGCGTGGTTGCTGAAGTTTGGTGTGT‑GCCATTGATCGCCACGCGCTCTTCCAGGTCGCTGCGCAGGCTGTCGACCATCTGCTCGTCTTCGTCATCGACATAGCGGAATttctt > 1:234059/1‑150 (MQ=255) tAGTCCTTGAGGTCCAGGCCTTCGGGCGGCAGCATGGCGTGGTTGCTGAAGTTTGGTGTGTGGCCATTGATCGCCACGCGCTCTTCCAGGTCGCTGCGCAGGCTGTCGACCATCTGCTCGTCTTCGTCATCGACATAGCGGAATttcttc < 2:481620/150‑1 (MQ=255) cTTGAGGTCCAGGCCTTCGGGCGGCAGCATGGCGTGGTTGCTGAAGTTTGGTGTGT‑GCCATTGATCGCCACGCGCTCTTCCAGGTCGCTGCGCAGGCTGTCGACCATCTGc < 1:405544/111‑1 (MQ=255) cTTGAGGTCCAGGCCTTCGGGCGGCAGCATGGCGTGGTTGCTGAAGTTTGGTGTGT‑GCCATTGATCGCCACGCGCTCTTCCAGGTCGCTGCGCAGGCTGTCGACCATCTGc > 2:405544/1‑111 (MQ=255) ttGAGGTCCAGGCCTTCGGGCGGCAGCATGGCGTGGTTGCTGAAGTTTGGTGTGT‑GCCATTGATCGCCACGCGCTCTTCCAGGTCGATGCGCAGGCTGTCGACCATCTGCTCGTCTTCGTCATCGACATAGCGGAATTTCTTCGGCAGtt < 2:40168/150‑1 (MQ=255) ggTCCAGGCCTTCGGGCGGCAGCATGGCGTGGTTGCTGAAGTTTGGTGTGT‑GCCATTGATCGCCACGCGCTCTTCCAGGTCGCTGCGCAGGCTGTCGACCATCTGCTCGTCTTCGTCATCGACATAGCGGAATTTCTTCGGCAGTTCCGa < 2:25431/150‑1 (MQ=255) gTCCAGGCCTTCGGGCGGCAGCATGAAGAAGGTGCTGAAGTTTGGTGTGT‑GCCATTGATCGCGACGCGCTCTTCCAGGTCGCTGCGCAGGCTGTCGACCATCTGCTAGTCTTCGTCATCGACATAGCGGAATTTCTTCGGCAGTTCCGac > 1:385501/1‑150 (MQ=255) aGGCCTTCGGGCGGCAGCATGGCGTGGTTGCTGAAGTTTGGTGTGT‑GCCATTGATCGCCACGCGCTATTCCAg > 1:435946/1‑73 (MQ=255) aGGCCTTCGGGCGGCAGCATGGCGTGGTTGCTGAAGTTTGGTGTGT‑GCCATTGATCGCCACGCGCTATTCCAg < 2:435946/73‑1 (MQ=255) gTTGCTGAAGTTTGGTGTGT‑GCCATTGATCGCCACGCGCTCTTCCAGGTCGCTGCGCAGGCTGTCGACCATCTGCTCGTCTTCGTCATCGACATAGCGGAATTTCTTCGGCAGTTCCGACACGCCAATGACCCCGTACGGGTGCATGATc < 2:234059/150‑1 (MQ=255) tgatGAAGTTTGGTGTGT‑GCCATTGATCGCCACGCGCTCTTCCAGGTCGCTGCGCAGGCTGTCGACCATCTGCTCGTCTTCGTCATCGACATAGCGGAATTTCTTCGGCAGTTCCGACACGCCAATGACCCCGTACGGGTGCATGATCGc < 2:305854/147‑1 (MQ=255) tGGTGTGT‑GCCATTGATCGCCACGCGCTCTTCCAGGTCGCTGCGCAGGCTGTCGACCATCTGCTCGTCTTCGTCATCGACATAGCGGAATTTCTTCGGCAGTTCCGACACGCCAATGACCCCGTACGGGTGCATGATCGCCATGCGCTCg < 1:292675/150‑1 (MQ=255) gtgtgt‑GCCATTGATCGCCACGCGCTCTTCCAGGTCGCTGCGCAGGCTGTCGACCATCTGCTCGTCTTCGTCATCGACATAGCGGAATTTCTTCGGCAGTTCCGACACGCCAATGACCCCGTACGGGTGCATGATCGCCATGCGCTCGAc > 1:224899/1‑150 (MQ=255) | GCAACGATACCGTTGGCATCGTCCAGCGCCTGCTGGATCAGGCCCTGCTCCAGGCTACCCAGGTAGTCCTTGAGGTCCAGGCCTTCGGGCGGCAGCATGGCGTGGTTGCTGAAGTTTGGTGTGTGGCCATTGATCGCCACGCGCTCTTCCAGGTCGCTGCGCAGGCTGTCGACCATCTGCTCGTCTTCGTCATCGACATAGCGGAATTTCTTCGGCAGTTCCGACACGCCAATGACCCCGTACGGGTGCATGATCGCCATGCGCTCGAC > NC_002947/4964030‑4964298 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |