| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 5,551,429 | T→C | 17.7% | F204L (TTT→CTT) | PP_4882 → | iron ABC transporter permease |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 5,551,429 | 0 | T | C | 17.7% | 42.3 / 2.3 | 22 | F204L (TTT→CTT) | PP_4882 | iron ABC transporter permease |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (4/14); new base C (2/2); total (6/16) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.92e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
CGCAACCTCGACACCTCGCTGGAGGAGTCAGCACGCACCCTGGGTTGCAGCCGCTGGGGCGTGTTCAGCAAAGTCACCCTGCCGCTGCTGTGGCCGTCGATGCTCGGCGGTGCGCTACTGATTGCCCTGCATATGCTGGTGGAGTTTGGCGCATTGTCGATCCTCGGCCTGCAAACCTTTACCACGGCGATCTACCAGCAGTTCGAACTGGAGTTCAGCAACGCCAACGCGGCCATGCTGTCTGCCGTGCTGCTGGCGATGTGCCTGGCAATGCTGT > NC_002947/5551285‑5551561 | cgcAACCTCGACACCTCGCTGGAGGAGTCAGCACGCACCCTGGGTTGCAGCCGCTGGGGCGTGTTCAGCAAAGTCACCCTGCCGCTGCTGTGGCCGTCGATGCTCGGCGGTGCGCTACTGATTGCCCTGCATATGCTGGTGGAGTTTGgc < 1:279900/150‑1 (MQ=255) aCCTCGACACCTCGCTGGAGGAGTCAGCACGCACCCTGGGTTGCAGCCGCTGGGGCGTGTTCAGCAAAGTCACCCTGCCGCTGCTGTGGCCGTCGATGCTCGGCGGTGCGCTACTGATTGCCCTGCATATGCTGGTGGAGTTTGGCGCAt < 1:344677/150‑1 (MQ=255) tCGACACCTCGCTGGAGGAGTCAGCACGCACCCTGGGTTGCAGCCGCTGGGGCGTGTTCAGCAAAGTCACCCTGCCGCTGCTGTGACCGTCGATGCTCGGCGGTGCGCTACTGATTGCCCTGCATATGCTGGTGGAGTTTGGCGCATTGt < 1:261429/150‑1 (MQ=255) cTCGCTGGAGGAGTCAGCACGCACAGTTGGTTGCAGCCGCTGGGGCGTGTTCAGCAAAATCACCCTGCCGCTGCTGTGGCCGTCGATGCTCGGCGGTGCGCTACTGATTGCCCTGCATATGCTGGTGGAGTTTGGCGCATTGTCGATCCt > 1:359391/1‑150 (MQ=255) aGCACGCACCCTGGGTTGCAGCCGCTGGGGCGTGTTCAGCAAAGTCACCCTGCCGCTGCTGTGGCCGTCGATGCTCGGCGGTGCGCTACTGATTGCCCTGCATATGCTGGTGGAGTTTGGCGCATTGTCGATCCTCGGCCTGCAAACCtt < 2:307965/150‑1 (MQ=255) gcacCCTGGGTTGCAGCCGCTGGGGCGTGTTCGGCAAAGTCACCCTGCCGCTGCTGTGGCCGTCGATGCTCGGCGGTGCGCTACTGATTGCCCTGCATATGCTGGTGGCGCTTGGCGCATTGTCAATCCTGTGCCTGCAGACATTTAGCa > 2:176071/1‑150 (MQ=255) gcacCCTGGGTTGCAGCCGCTGGGGCGTGTTCAGCAAAGTCACCCTGCCGCTGCTGTGGCCGTCGATGCTCGGCGGTGCGCTACTGATTGCCCTGCATATGCTGGTGGAGCTTGGCGCATTGAAGATCCCAGGCCGGCGAAACGTTACCa > 2:176027/1‑150 (MQ=255) gggTTGCAGCCGCTGGGGCGTGTTCAGCAAAGTCACCCTGCCGCTGCTGTGGCCGTCGATGCTCGGCGGTGCGCTACTGATTGCCCTGCATATGCTGGTGGAGTTTGGCCCATTGTCGATCCTCGGCCTGCAAACCTTTACCACGGCGAt < 1:553552/150‑1 (MQ=255) gCCGCTGGGGCGTGTTCAGCAAAGTCACCCTGCCGCTGCTGTGGCCGTCGATGCTCGGCGGTGCGCTACTGATTGCCCTGCATATGCTGGTGGAGTTTGGCGCATTGTCGAt > 2:435304/1‑112 (MQ=255) gCCGCTGGGGCGTGTTCAGCAAAGTCACCCTGCCGCTGCTGTGGCCGTCGATGCTCGGCGGTGCGCTACTGATTGCCCTGCATATGCTGGTGGAGTTTGGCGCATTGTCGAt < 1:435304/112‑1 (MQ=255) gCCGCTGGGGCGTGTTCAGCAAAGTCACCCTGCCGCTGCTGTGGCCGTCGATGCTCGGCGGTGCGCTACTGATTGCCCTGCATATGCTGGTGGAGTTTGGCGCATTGTCGATCCTCGGCCTGCAAACCTTTACCACGGCGATCTACcagc < 1:7298/150‑1 (MQ=255) tgtTCAGCAAAGTCACCCTGCCGCTGCTGTGGCCGTCGATGCTCGGCGGTGCGCTACTGATTGCCCTGCATATGCTGGTGGAGTTTGGCGCATTGTCGATCCTCGGCCTGCAAACCTTTACCACGGCGATCTACCAGCAGTTCGAACTgg < 2:271572/150‑1 (MQ=255) ttCAGCAAAGTCACCCTGCCGCTGCTGTGGCCGTCGATGCTCGGCGGTGCGCTACTGATTGCCCTGCATATGCTGGTGGAGTTTGGCGCATTGTCGATCCTCGGCCTGCAAACCTTTACCACGGCGATCTACCAGCAGTTCGAACTg > 1:216022/1‑147 (MQ=255) ttCAGCAAAGTCACCCTGCCGCTGCTGTGGCCGTCGATGCTCGGCGGTGCGCTACTGATTGCCCTGCATATGCTGGTGGAGTTTGGCGCATTGTCGATCCTCGGCCTGCAAACCTTTACCACGGCGATCTACCAGCAGTTCGAACTg < 2:216022/147‑1 (MQ=255) aGCAAAGTCACCCTGCCGCTGCTGTGGCCGTCGATGCTCGGCGGTGCGCTACTGATTGCCCTGCATATGCTGGTGGAGCTTGGCGCATTGTCGATCCTCGGCCTGCAAACCTTTACCACGGCGATCTACCAGCAGTTCGAACTGGAGTTc < 1:176027/150‑1 (MQ=255) aGCAAAGTCACCCTGCCGCTGCTGTGGCCGTCGATGCGCGGCGGTGCGCTACTGATTGCCCTGCATATGCTGGTGGAGCTTGGCGCATTGTCGATCCTCGGCCTGCAAACCTTTACCACGGCGATCTACCAGCAGTTCGAACTGGAGTTc < 1:176071/150‑1 (MQ=255) ctgTGGCCGTCGATGCTCGGCGGTGCGCTACTGATTGCCCTGCATATGCTGGTGGAGTTTGGCGCATTGTCGATCCTCGGCCTGCAAACCTTTACCACGGCGATCTACCAGCAGTTCGAACTGGAGTTCAGCAACGCCAACGCGGCCATg < 2:412887/150‑1 (MQ=255) tCGATGCTCGGCGGTGCGCTACTGATTGCCCTGCATATGCTGGTGGAGTTTGGCGCATTGTCGATCCTCGGCCTGCAAACCTTTACCACGGCGATCTACCAGCAGTTCGAACTGGAGTTCAGCAACGCCACCGCAATGATGCTGTCTGcc < 1:19546/150‑1 (MQ=255) cGATGCTCGGCGGTGCGCTACTGATTGCCCTGCATATGCTGGTGGAGTTTGGCGCATTGTCGATCCTCGGCCTGCAAACCTTTACCACGGCGATCTACCAGCAGTTCGAACTGGAGTTCAGCAACGCCAACGCGGCCATGCTGTCTGCCg < 1:546011/150‑1 (MQ=255) ggTGCGCTACTGATTGCCCTGCATATGCTGGTGGAGTTTGGCGCATTGTCGATCCTCGGCCTGCAAACCTTTACCACGGCGATCTACCAGCAGTTCGAACTGGAGTTCAGCAACGCCAACGCGGCCATGCTGTCTGCCGTGCTGCTGGCg > 1:341445/1‑150 (MQ=255) tGATTGCCCTGCATATGCTGGTGGAGTTTGGCGCATTGTCGATCCTCCGCCTGCAAACCTTTACCCCGGCGATCTACCAGCAGTTCGAACTGGAGTTCAGCAACGCCAACGCGGCCATGCTGTCTGCCGTGCTGCTGGCGATGTGCCTgg < 1:225906/150‑1 (MQ=255) tGCATATGCTGGTGGAGTTTGGCGCATTGTTGATTCTCGGCCTGCAAACTTTTACCACGGCGATCTACCAGCAGTTCGAACTGGAGTTCAGCAACGTCAACGCGGCCATGCTGTCTGCCGTGCTTCTGGCGATGTGCCTGGCAATGCtgt < 2:37441/150‑1 (MQ=255) | CGCAACCTCGACACCTCGCTGGAGGAGTCAGCACGCACCCTGGGTTGCAGCCGCTGGGGCGTGTTCAGCAAAGTCACCCTGCCGCTGCTGTGGCCGTCGATGCTCGGCGGTGCGCTACTGATTGCCCTGCATATGCTGGTGGAGTTTGGCGCATTGTCGATCCTCGGCCTGCAAACCTTTACCACGGCGATCTACCAGCAGTTCGAACTGGAGTTCAGCAACGCCAACGCGGCCATGCTGTCTGCCGTGCTGCTGGCGATGTGCCTGGCAATGCTGT > NC_002947/5551285‑5551561 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |