| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 6,022,417 | T→C | 10.8% | L190P (CTG→CCG) | PP_5273 → | oxidoreductase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 6,022,417 | 0 | T | C | 10.8% | 93.3 / 3.4 | 37 | L190P (CTG→CCG) | PP_5273 | oxidoreductase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (17/16); new base C (2/2); total (19/18) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.00e-01 | |||||||||||
GCCCAAGACGCCGAGGAGCTGCGCGGTCTGGGCTATGCACATGAGCTGCGGCTGGTCGGCAAGGACGATATCCACAGCGTGGTGGGTGCCGACTGCTATGTGGGGGGGCTGGTCGACATGGGCTCCGGGCATCTGCATCCGCTCAATCTGGCATTGGGTGAAGCCGCCGCAGCCGCCCGCCTGGGCGTGAAGTTGTTCGAGCAATCCGAAGTCACCCGCATCGACTACGGCACTGAAGTGCAGGTGCATACTGCCCAAGGCCGGGTACGCGCCAAGACCCTGGTACTGTGCTGCAAC > NC_002947/6022269‑6022565 | gCCCAAGACGCCGAGGAGCTGCGCGGTCTGGGCTATGCACATGAGCTGCGGCTGGTCGGCAAGGACGATATCCACAGCGTGGTGGGTGCCGACTGCTATGTGGGGGGGCTGGTCGACATGGGCTCCGGGCATCTGCATCCGCTCAATCTg < 1:314995/150‑1 (MQ=255) gCCGAGGAGCTGCGCGGTCTGGGCTATGCACATGAGCTGCGGCTGGTCGGCAAGGACGATATCCACAGCGTGGTGGGTGCCGACTGCTATGTGGGGGGGCTGGTCGACATGGGCTCCGGGCATCTGCATCCGCTCAATCTGGCATTGGGt > 1:232135/1‑150 (MQ=255) gagCTGCGCGGTCTGGGCTATGCACATGAGCTGCGGCTGGTCGGCAAGGACGATATCCACAGCGTGGTGGGTGCCGACTGCTATGTGGGGGGGCTGGTCGACATGGGCTCCGGGCATCTGCATCCGCTCAATCCGGCAtt < 2:497042/140‑1 (MQ=255) gagCTGCGCGGTCTGGGCTATGCACATGAGCTGCGGCTGGTCGGCAAGGACGATATCCACAGCGTGGTGGGTGCCGACTGCTATGTGGGGGGGCTGGTCGACATGGGCTCCGGGCATCTGCATCCGCTCAATCCGGCAtt < 2:496979/140‑1 (MQ=255) gagCTGCGCGGTCTGGGCTATGCACATGAGCTGCGGCTGGTCGGCAAGGACGATATCCACAGCGTGGTGGGTGCCGACTGCTATGTGGGGGGGCTGGTCGACATGGGCTCCGGGCATCTGCATCCGCTCAATCCGGCAtt > 1:497042/1‑140 (MQ=255) gagCTGCGCGGTCTGGGCTATGCACATGAGCTGCGGCTGGTCGGCAAGGACGATATCCACAGCGTGGTGGGTGCCGACTGCTATGTGGGGGGGCTGGTCGACATGGGCTCCGGGCATCTGCATCCGCTCAATCCGGCAtt > 1:496979/1‑140 (MQ=255) cgcgGTCTGGGCTATGCACATGAGCTGCGGCTGGTCGGCAAGGACGATATCCACAGCGTGGTGGGTGCCGACTGCTATGTGGGGGGGCTGGTCGACATGGGCTCCGTGCATCTGCATCCGCTCAATCTGGCATTGGGTGAAGCCGCCGCa > 1:268516/1‑150 (MQ=255) tGGGCTATGCACATGAGCTGCGGCTGGTCGGCAAGGACGATATCCACAGCGTGGTGGGTGCCGACTGCTATGTGGGGGGGCTGGTCGACATGGGCTCCGGGCATCTGCATCCGCTCAATCTgg < 2:517338/123‑1 (MQ=255) tGGGCTATGCACATGAGCTGCGGCTGGTCGGCAAGGACGATATCCACAGCGTGGTGGGTGCCGACTGCTATGTGGGGGGGCTGGTCGACATGGGCTCCGGGCATCTGCATCCGCTCAATCTgg > 1:517338/1‑123 (MQ=255) tGCACATGAGCTGCGGCTGGTTGGCAATGAATAAAACCACAACCACCGAGATGTCGACTTCTATGTGGGGTGGCTGGTCGACATGGGCTCCGGGCATCTGCATCCGCTCAATCTGGCATTGGGTGAAGCCGCCGCAGCCGCCCGCCTggg < 2:265079/150‑1 (MQ=255) acaTGAGCTGCGGCTGGTCGGCAAGGACGATATCCACAGCGTGGTGGGTGCCGACTGCTATGTGGGGGGGCTGGTCGACATGGGCTCCGGGCATCTGCATCCGCTCAATCTGGCATTGGGTGAAGCCGCCGCAGCCGCCCGCCTGGGCGt > 1:223724/1‑150 (MQ=255) gAGCTGCGGCTGGTCGGCAAGGACGATATCCACAGCGTGGTGGGTGCCGACTGCTATGTGGGGGGGCTGGTCGACATGGGCTCCGGGCATCTGCATCCGCTCAATCTGGCATTGGGTGAAGCGGCCGAAGCCTTCCGCCTGGGCGTGAAg > 2:131542/1‑150 (MQ=255) cGGCTGGTCGGCAAGGACGATATCCACAGCGTGGTGGGTGCCGACTGCTATGTGGGGGGGCTGGTCGACATGGGCTCCGGGCATCTGCATCCGCTCAATCTGGCATTGGGTGAAGCCGCCGCAGCCGCCCGCCTGGGCGTGAAGTTGTTc < 2:133045/150‑1 (MQ=255) gCAAGGACGATATCCACAGCGTGGTGGGTGCCGACTGCTATGTGGGGGGGCTGGTCGACATGGGCTCCGGGCATCTGCATCCGCTCAATCTGGCATTGGGTGAAGCCGCCGCAGCCGCCCGCCTGGGCGTGAAGTTGTTCGAGCAATCCg > 1:20744/1‑150 (MQ=255) aGGACGATATCCACAGCGTGGTGGGTGCCGACTGCTATGTGGGGGGGCTGGTCGACATGGGCTCCGGGCATCTGCATCCGCTCAATCTGGCATTGGGTGAAGCCGCCGCAGCCGCCCGCCTGGGCGTGAAGTTGTTCGAGCAATCCGAAg < 2:389776/150‑1 (MQ=255) 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tCCGGGCATCTGCATCCGCTCAATCTGGCATTGGGTGAAGCCGCCGCAGCCGCCCGCCTGGGCGTGAAGTTGTTCGAGCAATCCGAAGTCACCCGCATCGACTACGGCACTGAAGTGCAGGTGCATACTGCCCAAGGcc > 2:267104/1‑139 (MQ=255) tCCGGGCATCTGCATCCGCTCAATCTGGCATTGGGTGAAGCCGCCGCAGCCGCCCGCCTGGGCGTGAAGTTGTTCGAGCAATCCGAAGTCACCCGCATCGACTACGGCACTGAAGTGCAGGTGCATACTGCCCAAGGcc < 1:267104/139‑1 (MQ=255) cGGGCATCTGCATCCGCTCAATCTGGCATTGGGTGAAGCCGCCGCAGCCGCCCGCCTGGGCGTGAAGTTGTTCGAGCAATCCGAAGTCACCCGCATCGACTACGGCACTGAAGTGCAGGTGCATACTGCCCAAGGCCGGGTACGCGCCaa < 2:20744/150‑1 (MQ=255) ggCATCTGCATCCGCTCAATCTGGCATTGGGTGAAGCCGCCGCAGCCGCCCGCCTGGGCGTGAAGTTGTTCGAGCAATCCGAAGTCACCCGCATCGACTACGGCACTGAAGTGCAGGTGCATACTGCCCAAGGCCGGGTACGCGCCAAGa < 2:272873/150‑1 (MQ=255) ggCATCTGCATCCGCTCAATCTGGCATTGGGTGAAGCCGCCGCAGCCGCCCGCCTGGGCGTGAAGTTGTTCGAGCAATCCGAAGTCACCCGCATCGACTACGGCACTGAAGTGCAGGTGCATACTGCCCAAGGCCGGGTACGCGCCAAGa > 2:540230/1‑150 (MQ=255) ggCATCTGCATCCGCTCAATCTGGCATTGGGTGAAGCCGCCGCAGCCGCCCGCCTGGGCGTGAAGTTGTTCGAGCAATCCGAAGTCACCCGCATCGACTACGGCACTGAAGTGCAGGTGCATACTGCCCAAGGCCGGGTACGCGCCAAGa > 2:540490/1‑150 (MQ=255) cTGCATCCGCTCAATCTGGCATTGGGTGAAGCCGCCGCAGCCGCCCGCCTGGGCGTGAAGTTGTTCGAGCAATCCGAAGTCACCCGCATCGACTAc > 2:229078/1‑96 (MQ=255) cTGCATCCGCTCAATCTGGCATTGGGTGAAGCCGCCGCAGCCGCCCGCCTGGGCGTGAAGTTGTTCGAGCAATCCGAAGTCACCCGCATCGACTAc < 1:229078/96‑1 (MQ=255) cTGCATCCGCTCAATCTGGCATTGGGTGAAGCCGCCGCAGCCGCCCGCCTGGGCGTGAAGTTGTTCGAGCAATCCGAAGTCACCCGCATCGACTACGGCACTGAAGTGCAGGTGCATACTGCCCAAGGCCGGGTACGCGCCAAGACCCTg < 2:114581/150‑1 (MQ=255) cTGCATCCGCTCAATCTGGCATTGGGTGAAGCCGCCGCAGCCGCCCGCCTGGGCGTGAAGTTGTTCGAGCAATCCGAAGTCACCCGCATCGACTACGGCACTGAAGTGCAGGTGCATACTGCCCAAGGCCGGGTACGCACCAAGACCCTg < 2:231694/150‑1 (MQ=255) gCTCAATCTGGCATTGGGTGAAGCCGCCGCACCCGCCCGCCTGGGCGTGAAGTTGTTCGAGCAATCCGAAGTCACCCGCATCGACTACGGCACTGAAGTGCAGGTGCATACTGCCCAAGGCCGGGTACGCGCCAAGACCCTGCTACtgtg > 2:212945/1‑150 (MQ=255) cTGGCATTGGGTGAAGCCGCCGCAGCCGCCCGCCTGGGCGTGAAGTTGTTCGAGCAATCCGAAGTCACCCGCATCGACTACGGCACTGAAGTGCAGGTGCATACTGCCCAAGGCCGGGTACGCGCCAAGACCCTGGTACTGTGCTGCAAc < 2:268516/150‑1 (MQ=255) | GCCCAAGACGCCGAGGAGCTGCGCGGTCTGGGCTATGCACATGAGCTGCGGCTGGTCGGCAAGGACGATATCCACAGCGTGGTGGGTGCCGACTGCTATGTGGGGGGGCTGGTCGACATGGGCTCCGGGCATCTGCATCCGCTCAATCTGGCATTGGGTGAAGCCGCCGCAGCCGCCCGCCTGGGCGTGAAGTTGTTCGAGCAATCCGAAGTCACCCGCATCGACTACGGCACTGAAGTGCAGGTGCATACTGCCCAAGGCCGGGTACGCGCCAAGACCCTGGTACTGTGCTGCAAC > NC_002947/6022269‑6022565 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |