| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 6,178,698 | G→A | 13.6% | P146S (CCT→TCT) | atpA ← | ATP synthase subunit alpha |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 6,178,698 | 0 | G | A | 13.6% | 70.6 / 3.7 | 31 | P146S (CCT→TCT) | atpA | ATP synthase subunit alpha |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (11/15); new base A (2/2); total (14/17) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.90e-01 | |||||||||||
CACAGAAAATACCGGAGTCTTTCTGGTTGATGATGGCGTCGATGGCCATGGCGGTCTTGCCGATCTGACGGTCGCCAATGATCAGCTCACGCTGGCCACGGCCGACAGGGATCATGGCGTCGACGGATTTGTAACCAGTCTGTACAGGCTGGTCTACCGACTTACGCCAGATCACGCCTGGAGCCACTTTCTCGACTGCGTCGGTCTGGGTGTTGCCCAGAGGACCTTTGCCGTCGATCGGGTTACCCAGTGCGTCAACGACGCGACCCAGCAGTTCCTTACCAACCGGAA > NC_002947/6178551‑6178841 | cacaGAAAATACCGGAGTCTTTCTGGTTGATGATGGCGTCGATGGCCATGGCGGTCTTGCCGATCTGACGGTCGCCAATGATCAGCTCACGCTGGCCACGGCCGACAGGGATCATGGCGTCGACGGATTTGTAACCAGTCTGTACAGGCt < 2:278816/150‑1 (MQ=255) acaGAAAATACCGGAGTCTTTCTGGTTGATGATGGCGTCGATGGCCATGGCGGTCTTGCCGATCTGACGGTCGCCAATGATCAGCTCACGCTGGCCACGGCCGACAGGGATCATGGCGTCGACGGATTTGTAACCAGTCTGTACAGGCTg < 2:207976/150‑1 (MQ=255) acaGAAAATACCGGAGTCTTTCTGGTTGATGATGGCGTCGATGGCCATGGCGGTCTTGCCGATCTGACGGTCGCCAATGATCAGCTCACGCTGGCCACGGCCGACAGGGATCATGGCGTCGACGGATTTGTAACCAGTCTGTACAGGCTg < 1:547780/150‑1 (MQ=255) 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gTACAGGCTGGTCTACCGACTTACGCCAGATCACGCCTGGAGCCACTTTCTCGACTGCGTCGGTCTGGGTGTTGCCCAGAGGACCTTTGCCGTCGATCGGGTTACCCAGTGCGTCAACGACGCGACCCAGCAGTTCCTTACCAACCGGaa > 2:116351/1‑150 (MQ=255) | CACAGAAAATACCGGAGTCTTTCTGGTTGATGATGGCGTCGATGGCCATGGCGGTCTTGCCGATCTGACGGTCGCCAATGATCAGCTCACGCTGGCCACGGCCGACAGGGATCATGGCGTCGACGGATTTGTAACCAGTCTGTACAGGCTGGTCTACCGACTTACGCCAGATCACGCCTGGAGCCACTTTCTCGACTGCGTCGGTCTGGGTGTTGCCCAGAGGACCTTTGCCGTCGATCGGGTTACCCAGTGCGTCAACGACGCGACCCAGCAGTTCCTTACCAACCGGAA > NC_002947/6178551‑6178841 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |