| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 1,558,546 | T→C | 14.3% | S133G (AGC→GGC) | PP_1369 ← | hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 1,558,546 | 0 | T | C | 14.3% | 61.7 / 4.1 | 28 | S133G (AGC→GGC) | PP_1369 | hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (8/16); new base C (2/2); total (10/18) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.01e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.67e-01 | |||||||||||
GACAGTTTGCGACGCCATGCGCTCCGGGCGCTCCAGACCAGGCCTGGCGCATCAATCGCCGTAAAGTCTGGCAAGCGGTACAGATGCTGAGGTGTACTGGTGTATTTCAGTGGCAGGCGGCACAGCGCTTGCCGCGTGCCCTGGCTCATGAGCCAGGCCGGTGCGACAAACCCTGCCACAGGCCACCCTTGGTCCTCGAACAGTGCCAGGCCCTCCTGTAGCCGGGTAAGCGCTTCGTTCTCATCAAGGCTGTAGAACTCGCCTTCATGGGTATAAATGCGCCGCATGAAGTA > NC_002947/1558401‑1558693 | gACAGTTTGCGACGCCATGCGCTCCGGGCGCTCCAGACCAGGCCTGGCGCATCAATCGCCGTAAAGTCTGGCAAGCGGTACAGATGCTGAGGTGTACTGGTGTATTTCAGTGGCAGGCGGCACAGCGCTTGCCGCGTGCCCTGGCCCATg > 1:259442/1‑150 (MQ=255)gACAGTTTGCGACGCCATGCGCTCCGGGCGCTCCAGACCAGGCCTGGCGCATCAATCGCCGTAAAGTCTGGCAAGCGGTACAGATGCTGAGGTGTACTGGTGTATTTCAGTGGCAGGCGGCACAGCGCTTGCCGCGTGCCCTGGCCCATg > 2:178948/1‑150 (MQ=255) aCAGTTTGCGACGCCATGCGCTCCGGGCGCTCCAGACCAGGCCTGGCGCATCAATCGCCGTAAAGTCTGGCAAGCGGTACAGATGCTGAGGTGTACTGGTGTATTTCAGTGGCAGGCGGCACAGCGCTTGCCGCGTGCCCTGGCTCATGa < 2:135781/150‑1 (MQ=255) aCAGTTTGCGACGCCATGCGCTCCGGGCGCTCCAGACCAGGCCTGGCGCATCAATCGCCGTAAAGTCTGGCAAGCGGTACAGATGCTGAGGTGTACTGGTGTATTTCAGTGGCAGGCGGCACAGCGCTTGCCGCGTGCCCTGGCCCATGa < 1:178948/150‑1 (MQ=255) aCAGTTTGCGACGCCATGCGCTCCGGGCGCTCCAGACCAGGCCTGGCGCATCAATCGCCGTAAAGTCTGGCAAGCGGTACAGATGCTGAGGTGTACTGGTGTATTTCAGTGGCAGGCGGCACAGCGCTTGCCGCGTGCCCTGGCCCATGa < 2:259442/150‑1 (MQ=255) cGCCATGCGCTCCGGGCGCTCCAGACCAGGCCTGGCGCATCAATCGCCGTAAAGTCTGGCAAGCGGTACAGATGCTGAGGTGTACTGGTGTATTTCAGTGGCAGGCGGCACAGCGCTTGCCGCGTGCCCTGGCTCATGAGCCAGGCCGGt < 2:290450/150‑1 (MQ=255) aTGCGCTCCGGGCGCTCCAGACCAGGCCTGGCGCATCAATCGCCGTAAAGTCTGGCAAGCGGTACAGATGCTGAGGTGTACTGGTGTATTTCAGTGGCAGGCGGCACAGCGCTTGCCGCGTGCCCTGGCTCGTGAGCCAGGCCGGTGCGa < 2:558859/150‑1 (MQ=255) tCCAGACCAGGCCTGGCGCATCAATCGCCGTAAAGTCTGGCAAGCGGTACAGATGCTGAGGTGTACTGGTGTATTTCAGTGGCAGGCGGCACAGCGCTTGCCGCGTGCCCTGGCTCATGAGcc > 1:127884/1‑123 (MQ=255) tCCAGACCAGGCCTGGCGCATCAATCGCCGTAAAGTCTGGCAAGCGGTACAGATGCTGAGGTGTACTGGTGTATTTCAGTGGCAGGCGGCACAGCGCTTGCCGCGTGCCCTGGCTCATGAGcc < 2:127884/123‑1 (MQ=255) gCCTGGCGCATCAATCGCCGTAAAGTCTGGCAAGCGGTACAGATGCTGAGGTGTACTGGTGTATTTCAGTGGCAGGCGGCACAGCGCTTGCCGCGTGCCCTGGCTCATGAGCCAGGCCGGTGCGACAAACCCt > 2:523920/1‑133 (MQ=255) gCCTGGCGCATCAATCGCCGTAAAGTCTGGCAAGCGGTACAGATGCTGAGGTGTACTGGTGTATTTCAGTGGCAGGCGGCACAGCGCTTGCCGCGTGCCCTGGCTCATGAGCCAGGCCGGTGCGACAAACCCt < 1:523920/133‑1 (MQ=255) gCCTGGCGCACCAATCGCCGTAAAGTCTGGCAAGCGGTACAGATGCTGAGGTGTACTGGTGTATTTCAGTGGCAGGCGGCACAGCGCTTGCCGCGTGCCCTGGCTCATGAGCCAGGCCGGTGCGACAAACCCTGCCACAGGCCACCCTTg < 1:519178/150‑1 (MQ=255) cGGTACAGATGCTGAGGTGTACTGGTGTATTTCAGTGGCAGGCGGCACAGCGCTTGCCGCGTGCCCTGGCTCATGAGCCAGGCCGGTGCGACAAACCCTGCCACAGGCCACCCTTGGTCCTCGAACAGTGCCAGGCCCTCCTGTAGCCgg < 2:461857/150‑1 (MQ=255) cGGTACAGATGCTGAGGTGTACTGGTGTATTTCAGTGGCAGGCGGCACAGCGCTTGCCGCGTGCCCTGGCTCATGAGCCAGGCCGGTGCGACAAACCCTGCCACAGGCCACCCTTGGTCCTCGAACAGTGCCAGGCCCTCCTGTAGCCgg < 2:113491/150‑1 (MQ=255) gTACAGATGCTGAGGTGTACTGGTGTATTTCAGTGGCAGGCGGCACAGCGCTTGCCGCGTGCCCTGGCTCATGAGCCAGGCCGGTGCGACAAACCCTGCCACAGGCCACCCTTGGTCCTCGAACAGTGCCAGGCCCTCCTGTAGCCGGGt > 1:251212/1‑150 (MQ=255) aGATGCTGAGGTGTACTGGTGTATTTCAGTGGCAGGCGGCACAGCGCTTGCCGCGTGCCCTGGCTCATGAGCCAGGCCGGTGCGACAAACCCTGCCACAGGCCACCCTTGGTCCTCGAACAGTGCCAGGCCCTCCTGTAGCCGGGTAAgc > 2:419028/1‑150 (MQ=255) aTGCTGAGGTGTACTGGTGTATTTCAGGGGCAGGCGGCACAGCGCTTGCCGCGTGCCCTGGCTCATGAGCCAGGCCGGTGCGACAAACCCTGCCAAAGGCCACCCTTGGTCCTCGAACAGTGCCAGGCCCTCCTGTAGCCGGGTAAgcgc < 2:37377/150‑1 (MQ=255) tGGTGTATTTCAGTGGCAGGCGGCACAGCGCTTGCCGCGTGCCCTGGCTCATGAGCCAGGCCGGTGCGACAAACCCTGCCACAGGCCACCCTTGGTCCTCTAACAGTGCCAGGCCCTCCTGTAGCCGGGTAAGCGCTTCGTTCTCATCaa > 1:494065/1‑150 (MQ=255) ggTGTATTTCAGTGGCAGGCGGCACAGCGCTTGCCGCGTGCCCTGGCTCATGAGCCAGGCCGGTGCGACAAACCCTGCCACAGGCCACCCTTGGTCCTCGAACAGTGCCAGGCCCTCCTGTAGCCGGGTAAGCGCTTCGTTCTCATCAAg < 1:279713/150‑1 (MQ=255) 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cgcTTGCCGCGTGCCCTGGCTCATGAGCCAGGCCGGTGCGACAAACCCTGCCACAGGCCACCCTCGGTCCTCGAACAGTGCCAGGCCCTCCTGTAGCCGGGTAAGCGCTTCGTTCTCATCAAGGCTGTAGAACTCGCCTTCATGGGtata > 2:103280/1‑150 (MQ=255) ttGCCGCGTGCCCTGGCTCATGAGCCAGGCCGGTGCGACAAACCCTGCCACAGGCCACCCTTGGTCCTCGAACAGTGCCAGGCCCTCCTGTAGCCGGGTAAGCGCTTCGTTCTCATCAAGGCTGTAGAACTCGCCTTCATGGGTATAAAt < 1:522696/150‑1 (MQ=255) ccGCGTGCCCTGGCTCATGAGCCAGGCCGGTGCGACAAACCCTGCCACAGGCAAAGCCGAGTCCTCGAACAGTGCCAGGCCCTCCTGTAGCCGGGTAAGCGCTTCGTTCTCATCAAGGCTGTAGAACTCGCCTTCATGGGTATAAATgcg < 1:149556/150‑1 (MQ=255) gCTCATGAGCCAGGCCGGTGCGACAAACCCTGCCACAGGCCACCCTTGGTCCTCGAACAGTGCCAGGCCCTCCTGTAGCCGGGTAAGCGCTTCGTTCTCATCAAGGCTGTAGAACTCGCCTTCATGGGTATAAATGCGCCGCATGAagta < 1:460662/150‑1 (MQ=255) | GACAGTTTGCGACGCCATGCGCTCCGGGCGCTCCAGACCAGGCCTGGCGCATCAATCGCCGTAAAGTCTGGCAAGCGGTACAGATGCTGAGGTGTACTGGTGTATTTCAGTGGCAGGCGGCACAGCGCTTGCCGCGTGCCCTGGCTCATGAGCCAGGCCGGTGCGACAAACCCTGCCACAGGCCACCCTTGGTCCTCGAACAGTGCCAGGCCCTCCTGTAGCCGGGTAAGCGCTTCGTTCTCATCAAGGCTGTAGAACTCGCCTTCATGGGTATAAATGCGCCGCATGAAGTA > NC_002947/1558401‑1558693 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |