| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 3,812,195 | C→G | 18.8% | P159R (CCG→CGG) | PP_3368 → | MFS transporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 3,812,195 | 0 | C | G | 18.8% | 47.4 / 4.9 | 21 | P159R (CCG→CGG) | PP_3368 | MFS transporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (8/9); new base G (2/2); total (10/11) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
TTTCATCAGCGGCCTGCCCCACGGCGCCTACTTCGGCATTGCCGCAGTGGTGGCCTCGAGCATGGTCGCCAAGGATCAGCGCGCGGGGGCCGTTGCCCGGGTGATGATGGGCCTGACCTTGGCCATGTTGCTCGGCAACCCGGTTGCCACCTTCCTGGGCCAGTACTTCGGCTGGCGTTCGGCATTCGTGCTGGTCGGCGCGATCGCCCTGTGCACCATCGCCCTGGTCTGGCGTTTCGTGCCCCAGCGCCACGACGAAACACGCAGCGACCCGCGCAAGGAGCTCCA > NC_002947/3812055‑3812342 | tttCATCAGCGGCCTGCCCCACGGCGCCTACTTCGGCATTGCCGCAGTGGTGGCCTCGAGCATGGTCGCCAAGGATCAGCGCGCGGGGGCCGTTGCCCGGGTGATGATGGGCCTGACCTTGGCCATGTTGCTCGGCAACCGGGTTGccgg > 1:405614/1‑148 (MQ=255) tcaGCGGCCTGCCCCACGGCGCCTACTTCGGCATTGCCGCAGTGGTGGCCTCGAGCATGGTCGCCAAGGATCAGCGCGCGGGGGCCGTTGCCCGGGTGATGATGGGCCTGACCTTGGCCATGTTGCTCGGCAACCCGGTTGCCACCTTcc > 1:220805/1‑150 (MQ=255) tcaGCGGCCTGCCCCACGGCGCCTACTTCGGCATTGCCGCAGTGGTGGCCTCGAGCATGGTCGCCAAGGATCAGCGCGCGGGGGCCGTTGCCCGGGTGATGATGGGCCTGACCTTGGCCATGTTGCTCGGAAACCGGGTTGccgagcaac < 2:405614/150‑8 (MQ=255) caGCGGCCTGCCCCACGGCGCCTACTTCGGCATTGCCGCAGTGGTGGCCTCGAGCATGGTCGCCAAGGATCAGCGCGCGGGGGCCGTTGCCCGGGTGATGATGGGCCTGACCTTGGCCATGTTGCTCGGCAACCCGGTTGCCACCTTCCt < 2:337477/150‑1 (MQ=255) gCGGCCTGCCCCACGGCGCCTACTTCGGCATTGCCGCAGTGGTGGCCTCGAGCATGGTCGCCAAGGATCAGCGCGCGGGGGCCGTTGCCCGGGTGATGATGGGCCTGACCTTGGCCATGTTGCTCGGCAACCCGGTTGCCACCTTCCTgg < 1:56921/150‑1 (MQ=255) ggCCTGCCCCACGGCGCCTACTTCGGCATTGCCGCAGTGGTGGCCTCGAGCATGGTCGCCAAGGATCAGCGCGCGGGGGCCGTTGCCCGGGTGATGATGGGCCTGACCTTGGCCATGTTGCTCGGCAACCCGGTTGCCACCTTCCTGGGc < 1:27237/150‑1 (MQ=255) tGCCCCACGGCGCCTACTTCGGCATTGCCGCAGTGGTGGCCTCGAGCATGGTCGCCAAGGATCAGCGCGCGGGGGCCGTTGCCCGGGTGATGATGGGCCTGACCTTGGCCATGTTGCTCGGCAACCCGGTTGCCACCTTCCTGGGCCAGt > 2:54754/1‑150 (MQ=255) ccACGGCGCCTACTTCGGCATTGCCGCAGTGGTGGCCTCGAGCATGGTCGCCAAGGATCAGCGCGCGGGGGCCGTTGCCCGGGTGATGATGGGCCTGACCTTGGCCATGTTGCTCGGCAACCCGGTTGCCACCTTCCTGGGCCAGTACtt > 1:300879/1‑150 (MQ=255) ttCGGCATTGCCGCAGTGGTGGCCTCGAGCATGGTCGCCAAGGATCAGCGCGCGGGGGCCGTTGCCCGGGTGATGATGGTTCTGACCTTGGCCATGTTGCTCCGCAACCCCGTTGCCACCTTCCTGGGCCAGTACTTCGGCTGGCGTTCg < 2:197535/150‑1 (MQ=255) ttCGGCATTGCCGCAGTGGTGGCCTCGAGCATGGTCGCCAAGGATCAGCGCGCGGGGGCCGTTGCCCGGGTGATGATGGGCCTGACCTTGGCCATGTTGCTCGGCAACCCGGTTGCCACCTTCCTGGGCCAGTACTTCGGCTGGCGTTCg < 2:220805/150‑1 (MQ=255) ccGCAGTGGTGGCCTCGAGCATGGTCGCCAAGGATCAGCGCGCGGGGGCCGTTGCCCGGGTGATGATGGGCCCGACCTTGGCCATGTTGCTCGGCAACCCGGTTGCCACCTTCCTGGGCCAGTACTTCGGCTGGCGtt < 1:54297/138‑1 (MQ=255) ccGCAGTGGTGGCCTCGAGCATGGTCGCCAAGGATCAGCGCGCGGGGGCCGTTGCCCGGGTGATGATGGGCCCGACCTTGGCCATGTTGCTCGGCAACCCGGTTGCCACCTTCCTGGGCCAGTACTTCGGCTGGCGtt > 2:54297/1‑138 (MQ=255) tCAGCGCGCGGGGGCCGTTGCCCGGGTGATGATGGGCCTGACCTTGGCCATGTTGCTCGGCAACCCGGTTGCCACCTTCCTGGGCCAGTACTTCGGCTGGCGTTCGGCATTCGTGCTGGTCGGCGCGATCGCCCTGTGCACCATCGCCCt > 1:244230/1‑150 (MQ=255) gTTGCCCGGGTGATGATGGGCCTGACCTTGGCCATGTTGCTCGGCAACCCGGTTGCCACCTTCCTGGGCCAGTACTTCGGCTGGCGTTCGGCATTCGTGCTGGTCGGCGCGATCGCCCTGTGCACCATCGCCCTGGTCTGGCGTTTCGTg > 1:393865/1‑150 (MQ=255) gCCTGACCTTGGCCATGTTGCTCGGCAACCCGGTTGCCACCTTCCTGGGCCAGTACTTCGGCTGGCGTTCGGCATTCGTGCTGGTCGGCGCGATCGCCCTGTGCACCATCGCCCTGGTCTGGCGTTTCGTGCCCCAGCGCCACGACGaaa < 1:549943/150‑1 (MQ=255) tGACCTTGGCCATGTTGCTCGGCAACCCGGTTGCCACCTTCCTGGGCCAGTACTTCGGCTGGCGTTCGGCATTCGTGCTGGTCGGCGCGATCGCCCtgt < 2:121666/99‑1 (MQ=255) tGACCTTGGCCATGTTGCTCGGCAACCCGGTTGCCACCTTCCTGGGCCAGTACTTCGGCTGGCGTTCGGCATTCGTGCTGGTCGGCGCGATCGCCCtgt > 1:121666/1‑99 (MQ=255) gCCATGTTGCTCGGCAACCCGGTTGCCACCTTCCTGGGCCAGTACTTCGGCTGGCGTTCGGCATTCGTGCTGGTCGGCGCGATCGCCCTGTGCACCATCGCCCTGGTCTGGCGTTTCGTGCCCCAGCGCCACGACGAAACACGCAGCGAc > 1:448559/1‑150 (MQ=255) gaaggtggCAACCGGGTTGCCACCTTCCTGGGCCAGTACTTCGGCTGGCGTTCGGCATTCGTGCTGGTCGGCGCGATCGCCCTGTGCACCATCGCCCTGGTCTGGCGTTTCGTGCCCCAGCGCCACGACGAAACACGCAGCGACCCgcgc > 1:96932/7‑150 (MQ=255) ggCAACCCGGTTGCCACCTTCCTGGGCCAGTACTTCGGCTGGCGTTCGGCATTCGTGCTGGTCGGCGCGATCGCCCTGTGCACCATCGCCCTGGTCTGGCGTTTCGTGCCCCAGCGCCACGACGAAACACGCAGCGACCCGCGCAAGGAg < 1:54754/150‑1 (MQ=255) gCAACCGGGTTGCCACCTTCCTGGGCCAGTACTTCGGCTGGCGTTCGGCATTCGTGCTGGTCGGCGCGATCGCCCTGTGCACCATCGCCCTGGTCTGGCGTTTCGTGCCCCAGCGCCACGACGAAACACGCAGCGACCCGCGCAAGGAGc < 2:96932/150‑1 (MQ=255) cccGGTTGCCACCTTCCTGGGCCAGTACTTCGGCTGGCGTTCGGCATTCGTGCTGGTCGGCGCGATCGCCCTGTGCACCATCGCCCTGGTCTGGCGTTTCGTGCCCCAGCGCCACGACGAAACACGCAGCGACCCGCGCAAGGAGCTccc > 2:98789/1‑149 (MQ=255) | TTTCATCAGCGGCCTGCCCCACGGCGCCTACTTCGGCATTGCCGCAGTGGTGGCCTCGAGCATGGTCGCCAAGGATCAGCGCGCGGGGGCCGTTGCCCGGGTGATGATGGGCCTGACCTTGGCCATGTTGCTCGGCAACCCGGTTGCCACCTTCCTGGGCCAGTACTTCGGCTGGCGTTCGGCATTCGTGCTGGTCGGCGCGATCGCCCTGTGCACCATCGCCCTGGTCTGGCGTTTCGTGCCCCAGCGCCACGACGAAACACGCAGCGACCCGCGCAAGGAGCTCCA > NC_002947/3812055‑3812342 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |