| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 4,000,708 | G→A | 21.0% | A116T (GCC→ACC) | dmoA‑II → | dimethyl‑sulfide monooxygenase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 4,000,708 | 0 | G | A | 21.0% | 31.1 / 4.3 | 19 | A116T (GCC→ACC) | dmoA‑II | dimethyl‑sulfide monooxygenase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (9/6); new base A (2/2); total (11/8) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.77e-01 | |||||||||||
GCGGTGGCGTGCAGGTGCCGGTCAATGATCCGCTGCTGCTGGTGCCGGCAATGGCCGGGGTGACCGAACACCTGGGTTTTGGTGTCACCTTTTCGCTGACCTACGAACACCCCTACCCCTTCGCCCGGCGCATGTCCACGCTCGACCACCTGAGCAATGGCCGGGTCGGCTGGAACATCGTCACCGGGTATCTGGACAGCGCTGCGCGCAACCTCGGCCTGGCGCGTCAACGGGGCCACGACCAACGCTACGACCTGGCCGAG > NC_002947/4000586‑4000848 | gcgGTGGCGTGCAGGTGCCGGTCAATGATCCGCTGCTGCTGGTGCCGGCAATGGCCGGGGTGACCGAACACCTGGGTTTTGGTGTCACCTTTTCGCTGACCTACGAACACCCCTACCCCTTCGCCCGGCGCATGTCCACGCTCGaccacc > 2:258217/1‑150 (MQ=255) gCAGGTGCCGGTCAATGATCCGCTGCTGCTGGTGCCGGCAATGGCCGGGGTGACCGAACACCTGGGTTTTGGTGTCACCTTTTCGCTGACCTACGAACACCCCTACCCCTTCGCCCGGCGCATGTCCACGCTCGACCACCTGAGCAATgg < 2:453724/150‑1 (MQ=255) aGGTGCCGGTCAATGATCCGCTGCTGCTGGTGCCGGCAATGGCCGGGGTGACCGAACACCTGGGTTTTGGTGTCACCTTTTCGCTGACCTACGAACACCCCTACCCCTTCGCCCGGCGCATGTCCACGCTCGACCACCTGAGCAATGGcc > 2:133311/1‑150 (MQ=255) tCAATGATCCGCTGCTGCTGGTGCCGGCAATGGCCGGGGTGACCGAACACCTGGGTTTTGGTGTCACCTTTTCGCTGACCTACGAACACCCCTACCCCTTCGCCCGGCGCATGTCCACGCTCGACCACCTGAGCAATGGCCGGGTCGGCt > 2:212702/1‑150 (MQ=255) aaTGATCCGCTGCTGCTGGTGCCGGCAATGGCCGGGGTGACCGAACACCTGGGTTTTGGTGTCACCTTTTCGCTGACCTACGAACACCCCTACCCCTTCGCCCGGCGCATGTCCACGCTCGACCACCTGAGCAATGGCCGGGTCGGCTgg > 1:162727/1‑150 (MQ=255) gATCCGCTGCTGCTGGTGCCGGCAATGGCCGGGGTGACCGAACACCTGGGTTTTGGTGTCACCTTTTCGCTGACCTACGAACACCCATACCCCGTCGCCCCGCGCATGTCCACGCTCGACCACCTGAGCAATGGCCGGGTCGGCTGGaaa > 1:182806/1‑149 (MQ=255) ccGCTGCTGCTGGTGCCGGCAATGGCCGGGGTGACCGAACACCTGGGTTTTGGTGTCACCTTTTCGCTGACCTACGAACACCCCTACCCCTTCGCCCGGCGCATGTCCACGCTCGACCACCTGAGCAATGGCCGGGTCGGCTGGAACATc < 2:45883/150‑1 (MQ=255) ctgctgGTGCCGGCAATGGCCGGGGTGACCGAACACCTGGGTTTTGGTGTCACCTTTTCGCTGACCTACGAACACCCCTACCCCTTCACCCGGCGCATGTCCACGCTCGACCACCTGAGCAATGGCCGGGTCGGCTGGAACATCGTCAcc > 2:466055/1‑150 (MQ=255) ctgctgGTGCCGGCAATGGCCGGGGTGACCGAACACCTGGGTTTTGGTGTCACCTTTTCGCTGACCTACGAACACCCCTACCCCTTCACCCGGCGCATGTCCACGCTCGACCACCTGAGCAATGGCCGGGTCGGCTGGAACATCGTCAcc > 2:466054/1‑150 (MQ=255) ggCAATGGCCGGGGTGACCGAACACCTGGGTTTTGGTGTCACCTTTTCGCTGACCTACGAACACCCCTACCCCTTCGCCCGGCGCATGTCCACGCTCGACCACCTGAGCAAt > 1:337691/1‑112 (MQ=255) ggCAATGGCCGGGGTGACCGAACACCTGGGTTTTGGTGTCACCTTTTCGCTGACCTACGAACACCCCTACCCCTTCGCCCGGCGCATGTCCACGCTCGACCACCTGAGCAAt < 2:337691/112‑1 (MQ=255) gCAATGGCCGGGGTGACCGAACACCTGGGTTTTGGTGTCACCTTTTCGCTGACCTACGAACACCCCTACCCCTTCGCCCGGCGCATGTCCACGCTCGACCACCTGAGCAATGGCCGGGTCGGCTGGAACATCGTCACCGGGTATCTGGAc > 2:158804/1‑150 (MQ=255) acacCTGGGTTTTGGTGTCACCTTTTCGCTGACCTACGAACACCCCTACCCCTTCGCCCGGCGCATGTCCACGCTCGACCACCTGAGCAATGGCCGGGTCGGCTGGAACATCGTCACCGGGTATCTGGACAGCGCTGCGCGCAACCTCgg < 1:258217/150‑1 (MQ=255) tGGGTTTTGGTGTCACCTTTTCGCTGACCTACGAACACCCCTACCCCTTCGCCCGGCGCATGTCCACGCTCGACCACCTGAGCAATg > 1:91745/1‑87 (MQ=255) tGGGTTTTGGTGTCACCTTTTCGCTGACCTACGAACACCCCTACCCCTTCGCCCGGCGCATGTCCACGCTCGACCACCTGAGCAATg < 2:91745/87‑1 (MQ=255) ttttCGCTGACCTACGAACACCCCTACCCCTTCGCCCGGCGCATGTCCACGCTCGACCACCTGAGCAATGGCCGGGTCGGCTGGAACATCGTCACCGGGTATCTGGACAGCGCTGCGCGCAACCTCGGCCTGGCGCGTCAACGGGGCCAc < 1:212702/150‑1 (MQ=255) cTACGAACACCCCTACCCCTTCGCCCGGCGCATGTCCACGCTCGACCACCTGAGCAATGGCCGGGTCGGCTGGAACATCGTCACCGGGTATCTGGACAGCGCTGCGCGCAACCTCGGCCTGGCGCGTCAACGGGGCCACGACCAACGCTa > 2:413043/1‑150 (MQ=255) tacccctTCACCCGGCGCATGTCCACGCTCGACCACCTGAGCAATGGCCGGGTCGGCTGGAACATCGTCACCGGGTATCTGGACAGCGCTGCGCGCAACCTCGGCCTGGCGCGTCAACGGGGCCACGACCAACGCTACGACCTGGCCGAg < 1:466055/150‑1 (MQ=255) tacccctTCACCCGGCGCATGTCCACGCTCGACCACCTGAGCAATGGCCGGGTCGGCTGGAACATCGTCACCGGGTATCTGGACAGCGCTGCGCGCAACCTCGGCCTGGCGCGTCAACGGGGCCACGACCAACGCTACGACCTGGCCGAg < 1:466054/150‑1 (MQ=255) | GCGGTGGCGTGCAGGTGCCGGTCAATGATCCGCTGCTGCTGGTGCCGGCAATGGCCGGGGTGACCGAACACCTGGGTTTTGGTGTCACCTTTTCGCTGACCTACGAACACCCCTACCCCTTCGCCCGGCGCATGTCCACGCTCGACCACCTGAGCAATGGCCGGGTCGGCTGGAACATCGTCACCGGGTATCTGGACAGCGCTGCGCGCAACCTCGGCCTGGCGCGTCAACGGGGCCACGACCAACGCTACGACCTGGCCGAG > NC_002947/4000586‑4000848 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |