Predicted mutation | ||||||
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evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 1,138,858 | C→T | G265S (GGT→AGT) | arcB ← | ornithine carbamoyltransferase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 1,138,858 | 0 | C | T | 97.7% | 136.1 / NA | 45 | G265S (GGT→AGT) | arcB | ornithine carbamoyltransferase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base T (20/23); minor base G (1/0); total (21/24) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.77e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
GCACGCTGGCGACTCGAACACGTCATCGGTCACTTCGATGCCGTTGGCCAGGTCCGGGTATTGTTCGGCGATCTGCTTGCCTACCTTGGTTTCGGAGTTGTGGAATGCCGGCAGGCAGTGCATGAACTTGGTCCGTGGGTTACCGGTGGACTTCATCAGTTCGGCATTCACCTGATAAGGCTTGAGCTGCTTGATGCGCTCACCCCAGGCTTCGATCGGCTCGCCCATCGATACCCACACGTCGGTATGCACAAAGTCGACACCCTTGACCGCGGCTTTCGGGTCTTCG > NC_002947/1138715‑1139003 | gCACGCTGGCGACTCGAACACGTCATCGGTCACTTCGATGCCGTTGGCCAGGTCCGGGTATTGTTCGGCGATCTGCTTGCCTACCTTGGTTTCGGAGTTGTGGAATGCCGGCAGGCAGTGCATGAACTTGGTCCGTCGGTTACAGGTgta < 2:245820/150‑3 (MQ=255) gCTGGCGACTCGAACACGTCATCGGTCACTTCGATGCCGTTGGCCAGGTCCGGGTATTGTTCGGCGATCTGCTTGCCTACCTTGGTTTCGGAGTTGTGGAATGCCGGCAGGCAGTGCATGAACTTGGTCCGTGGGTTACTGGTGGACTtc < 2:784749/150‑1 (MQ=255) gACTCGAACACGTCATCGGTCACTTCGATGCCGTTGGCCAGGTCCGGGTATTGTTCGGCGATCTGCTTGCCTACCTTGGTTTCGGAGTTGTGGAATGCCGGCAGGCAGTGCATGAACTTGGTCCGTGGGTTACTGGTGGACTTCATCAGt > 1:882604/1‑150 (MQ=255) acacGTCATCGGTCACTTCGATGCCGTTGGCCAGGTCCGGGTATTGTTCGGCGATCTGCTTGCCTACCTTGGTTTCGGAGTTGTGGAATGCCGGCAGGCAGTGCATGAACTTGGTCCGTGGGTTACTgg < 2:926586/129‑1 (MQ=255) gtgaTCGGTCACTTCGATGCCGTTGGCCAGGTCCGGGTATTGTTCGGCGATCTGCTTGCCTACCTTGGTTTCGGAGTTGTGGAATGCCGGCAGGCAGTGCATGAACTTGGTCCGTGGGTTACTGGTGGACTTCATCAGTTCGGCATTc > 1:977416/4‑148 (MQ=255) gTCATCGGTCACTTCGATGCCGTTGGCCAGGTCCGGGTATTGTTCGGCGATCTGCTTGCCTACCTTGGTTTCGGAGTTGTGGAATGCCGGCAGGCAGTGCATGAACTTGGTCCGTGGGTTACTGGTGGACTTCATCAGTTCGGCATTc < 2:977416/148‑1 (MQ=255) gTCATCGGTCACTTCGATGCCGTTGGCCAGGTCCGGGTATTGTTCGGCGATCTGCTTGCCTACCTTGGTTTCGGAGTTGTGGAATGCCGGCAGGCAGTGCATGAACTTGGTCCGTGGGTTACTGGTGGACTTCATCAGTTCGGCATTCAc > 2:92574/1‑150 (MQ=255) ggTCACTTCGATGCCGTTGGCCAGGTCCGGGTATTGTTCGGCGATCTGCTTGCCTACCTTGGTTTCGGAGTTGTGGAATGCCGGCAGGCAGTGCATGAACTTGGTCCGTGGGTTACTGGTGGACTTCATCAGTTCGGCATTCACCTGATa > 1:236528/1‑150 (MQ=255) tCACTTCGATGCCGTTGGCCAGGTCCGGGTATTGTTCGGCGATCTGCTTGCCTACCTTGGTTTCGGAGTTGTGGAATGCCGGCAGGCAGTGCATGAACTTGGTCCGTGGGTTACTGGTGGACTTCATCAGTTCGGCATTCACCTGATAAg > 2:955850/1‑150 (MQ=255) cACTTCGATGCCGTTGGCCAGGTCCGGGTATTGTTCGGCGATCTGCTTGCCTACCTTGGTTTCGGAGTTGTGGAATGCCGGCAGGCAGTGCATGAACTTGGTCCGTGGGTTACTGGTGGACTTCATCAGTTCGGCATTCACCTGATAAgg < 2:77668/150‑1 (MQ=255) ttCGATGCCGTTGGCCAGGTCCGGGTATTGTTCGGCGATCTGCTTGCCTACCTTGGTTTCGGAGTTGTGGAATGCCGGCAGGCAGTGCATGAACTTGGTCCGTGGGTTACTGGTGGACTTCATCAGTTCGGCATTCACCTGATAAGGCtt > 2:961386/1‑150 (MQ=255) tCGATGCCGTTGGTCAGGTCCGGGTATTGTTCGGCGATCTGCTTGCCTACCTTGGTTTCGGAGTTGTGGAATGCCGGCAGGCAGTGCATGAACTTGGTCCGTGGGTTACTGGTGGACTTCATCAGTTCGGCATTCACCTGATAAGGCTTg < 1:887403/150‑1 (MQ=255) gATGCCGTTGGCCAGGTCCGGGTATTGTTCGGCGATCTGCTTGCCTACCTTGGTTTCGGAGTTGTGGAATGCCGGCAGGCAGTGCATGAACTTGGTCCGTGGGTTACTGGTGGACTTCATCAGTTCGGCATTCACCTGATAAGGCTTGAg > 1:748124/1‑150 (MQ=255) ccGTTGGCCAGGTCCGGGTATTGTTCGGCGATCTGCTTGCCTACCTTGGTTTCGGAGTTGTGGAATGCCGGCAGGCAGTGCATGAACTTGGTCCGTGGGTTACTGGTGGACTTCATCAGTTCGGCATTCACCTGATAAGGCTTGAgctgc < 1:750203/150‑1 (MQ=255) ccGTTGGCCAGGTCCGGGTATTGTTCGGCGATCTGCTTGCCTACCTTGGTTTCGGAGTTGTGGAATGCCGGCAGGCAGTGCATGAACTTGGTCCGTGGGTTACTGGTGGACTTCATCAGTTCGGCATTCACCTGATAAGGCTTGAgctgc < 2:332608/150‑1 (MQ=255) ggCCAGGTCCGGGTATTGTTCGGCGATCTGCTTGCCTACCTTGGTTTCGGAGTTGTGGAATGCCGGCAGGCAGTGCATGAACTTGGTCCGTGGGTTACTGGTGGACTTCATCAGTTCGGCATTCACCTGATAAGGCTTGAGCTGCTTGAt < 2:882604/150‑1 (MQ=255) ccAGGTCCGGGTATTGTTCGGCGATCTGCTTGCCTACCTTGGTTTCGGAGTTGTGGAATGCCGGCAGGCAGTGCATGAACTTGGTCCGTGGGTTACTGGTGGACTTCATCAGTTCGGCATTCACCTGATAAGGCTTGAGCTGCTTGATgc > 1:379321/1‑150 (MQ=255) tATTGTTCGGCGATCTGCTTGCCTACCTTGGTTTCGGAGTTGTGGAATGCCGGCAGGCAGTGCATGAACTTGGTCCGTGGGTTACTGGTGGACTTCATCAGTTCGGCATTCACCTGATAAGGCTTGAGCTGCTTGATGCGCTCACCCCAg < 2:748124/150‑1 (MQ=255) ttGTTCGGCGATCTGCTTGCCTACCTTGGTTTCGGAGTTGTGGAATGCCGGCAGGCAGTGCATGAACTTGGTCCGTGGGTTACTGGTGGACTTCATCAGTTCGGCATTCACCTGATAAGGCTTGAGCTGCTTGATGCGCTCACCCCAGGc < 1:92574/150‑1 (MQ=255) gCGATCTGCTTGCCTACCTTGGTTTCGGAGTTGTGGAATGCCGGCAGGCAGTGCATGAACTTGGTCCGTGGGTTACTGGTGGACTTCATCAGTTCGGCATTCACCTGATAAGGCTTGAGCTGCTTGATGCGCTCACCCCAGGCTTCGATc < 2:236528/150‑1 (MQ=255) tGCTTGCCTACCTTGGTTTCGGAGTTGTGGAATGCCGGCAGGCAGTGCATGAACTTGGTCCGTGGGTTACTGGTGGACTTCATCAGTTCGGCATTCACCTGATAAGGCTTGAGCTGCTTGATGCGCTCACCCCAGGCTTCGATCGGCTCg > 2:219338/1‑150 (MQ=255) tGCTTGCCTACCTTGGTTTCGGAGTTGTGGAATGCCGGCAGGCAGTGCATGAACTTGGTCCGTGGGTTACTGGTGGACTTCATCAGTTCGGCATTCACCTGATAAGGCTTGAGCTGCTTGATGCGCTCACCCCAGGCTTCGATCGGCTCg < 1:219338/150‑1 (MQ=255) tGCCTACCTTGGTTTCGGAGTTGTGGAATGCCGGCAGGCAGTGCATGAACTTGGTCCGTGGGTTACTGGTGGACTTCATCAGTTCGGCATTCACCTGATAAGGCTTGAGCTGCTTGATGCGCTCACCCCAGGCTTCGATCGGCTCGCCCa > 2:294056/1‑150 (MQ=255) cTTGGTTTCGGAGTTGTGGAATGCCGGCAGGCAGTGCATGAACTTGGTCCGTGGGTTACTGGTGGACTTCATCAGTTCGGCATTCACCt > 1:860624/1‑89 (MQ=255) cTTGGTTTCGGAGTTGTGGAATGCCGGCAGGCAGTGCATGAACTTGGTCCGTGGGTTACTGGTGGACTTCATCAGTTCGGCATTCACCt < 2:860624/89‑1 (MQ=255) ttGGTTTCGGAGTTGTGGAATGCCGGCAGGCAGTGCATGAACTTGGTCCGTGGGTTACTGGTGGACTTCATCAGTTCGGCATTCACCTGATAAGGCTTGAGCTGCTTGATGCGCTCACCCCAGGCTTCGATCGGCTCGCCCATCGATAcc > 1:916207/1‑150 (MQ=255) gTTGTGGAATGCCGGCAGGCAGTGCATGAACTTGGTCCTTGGGTTACTGGTGGACTTCATCAGTTCGGCATTCACCTGATAAGGCTTGAGCTGCTTGATGCGCTCACCCCAGGCTTCGATCTGCTCGCCCATCGATACCCACACGTCGGt < 1:14299/150‑1 (MQ=255) tgGAATGCCGGCAGGCAGTGCATGAACTTGGTCCGTGGGTTACTGGTGGACTTCATCAGTTCGGCATTCACCTGATAAGGCTTGAGCTGCTTGATGCGCTCACCCCAGGCTTCGATCGGCTCGCCCATCGATACCCACACGTCGGTATGc > 2:752781/1‑150 (MQ=255) aaTGCCGGCAGGCAGTGCATGAACTTGGTCCGTGGGTTACTGGTGGACTTCATCAGTTCGGCATTCACCTGATAAGGCTTGAGCTGCTTGATGCGCTCACCCCAGGCTTCGATCGGCTCGCCCATCGATACCCACACGTCGGTATGc > 2:779763/1‑147 (MQ=255) aaTGCCGGCAGGCAGTGCATGAACTTGGTCCGTGGGTTACTGGTGGACTTCATCAGTTCGGCATTCACCTGATAAGGCTTGAGCTGCTTGATGCGCTCACCCCAGGCTTCGATCGGCTCGCCCATCGATACCCACACGTCGGTATGc < 1:779763/147‑1 (MQ=255) aTGCCGGCAGGCAGTGCATGAACTTGGTCCGTGGGTTACTGGTGGACTTCATCAGTTCGGCATTCACCTGATAAGGc > 2:342414/1‑77 (MQ=255) aTGCCGGCAGGCAGTGCATGAACTTGGTCCGTGGGTTACTGGTGGACTTCATCAGTTCGGCATTCACCTGATAAGGc < 1:342414/77‑1 (MQ=255) aTGCCGGCAGGCAGTGCATGAACTTGGTCCGTGGGTTACTGGTGGACTTCATCAGTTCGGCATTCACCTGATAAGGCTTGAGCTGCTTGATGCGCTCACCCCAGGCTTCGATCGGCTCGCCCATCGATACCCACACGTCGGTATGCACaa < 1:294056/150‑1 (MQ=255) tGCCGGCAGGCAGTGCATGAACTTGGTCCGTGGGTTACTGGTGGACTTCATCAGTTCGGCATTCACCTGATAAGGCTTGAGCTGCTTGATGCGCTCACCCCAGGCTTCGATCGGCTCGCCCATCGATACCCACACGTCGGTATGCACaaa > 1:827538/1‑150 (MQ=255) tGCCGGCAGGCAGTGCATGAACTTGGTCCGTGGGTTACTGGTGGACTTCATCAGTTCGGCATTCACCTGATAAGGCTTGAGCTGCTTGATGCGCTCACCCCAGGCTTCGATCGGCTCGCCCATCGATACCCACACGTCGGTATGCACaaa > 2:601857/1‑150 (MQ=255) cGGCAGGCAGTGCATGAACTTGGTCCGTGGGTTACTGGTGGACTTCATCAGTTCGGCATTCACCTGATAAGGCTTGAGCTGCTTGATGCGCTCACCCCAGGCTTCGATCGGCTCGCCCATCGATACCCACACGTCGGTATGCACAAAGTc < 2:827538/150‑1 (MQ=255) cGGCAGGCAGTGCATGAACTTGGTCCGTGGGTTACTGGTGGACTTCATCAGTTCGGCATTCACCTGATAAGGCTTGAGCTGCTTGATGCGCTCACACAAGGCTTCGATCGGCTCGCCCATCGATACCCACACGTCGGTATGCACAAAGTc < 1:955850/150‑1 (MQ=255) cGGCAGGCAATGCATGAACTTGGTCCGTGGGTTACTGGTGGACTTCATCAGTTCGGCATTCACCTGATAAGGCTTGAGCTGCTTGATGCGCTCACCCCAGGCTTCGATCGGCTCGCCCATCGATACCCACACGTCGGTATGCACAAAGTc < 1:534446/150‑1 (MQ=255) ggcagTGCATGAACTTGGTCCGTGGGTTACTGGTGGACTTCATCAGTTCGGCATTCACCTGATAAGGCTTGAGCTGCTTGATGCGATCACCCCAGGCTTCGATCGGCTCGCCCATCGATACCCACACGTCGGTATGCACAAAGTAGacac > 1:750449/1‑150 (MQ=255) gTGCATGAACTTGGTCCGTGGGTTACTGGTGGACTTCATCAGTTCGGCATTCACCTGATAAGGCTTGAGCTGCTTGATGCGCTCACCCCAGGCTTCGATCGGCTCGCCCATCGATACCCACACGTCGGTATGCACAAAGTCGACACCCtt < 1:601857/150‑1 (MQ=255) cATGAACTTGGTCCGTGGGTTACTGGTGGACTTCATCAGTTCGGCATTCACCTGATAAGGCTTGAGCTGCTTGATGCGCTCACCCCAGGCtt < 2:858988/92‑1 (MQ=255) cATGAACTTGGTCCGTGGGTTACTGGTGGACTTCATCAGTTCGGCATTCACCTGATAAGGCTTGAGCTGCTTGATGCGCTCACCCCAGGCtt > 1:858988/1‑92 (MQ=255) ttGGTCCGTGGGTTACGGGTGGAGTTCATCAATCCGGCATGTACCGGAGAAGGCTTGAGCTGCTTGATGCGCTCACCCCAGGCTTCGATCGGCTCGCCCATCGATACCCACACGTCGGTATGCACAAAGTCGACAACCTTGAGCGCGGCt > 2:162843/1‑150 (MQ=255) cGTGGGTTACTGGTGGACTTCATCAGTTCGGCATTCACCTGATAAGGCTTGAGCTGCTTGATGCGCTCACCCCAGGCTTCGATCGGCTCGCCCATCGATACCCACACGTCGGTATGCACAAAGTCGACACCCTTGACCGCGGCTTTCggg > 2:812030/1‑150 (MQ=255) ttACTGGTGGACTTCATCAGTTCGGCATTCACCTGATAAGGCTTGAGCTGCTTGATGCGCTCACCCCAGGCTTCGATCGGCTCGCCCATCGATACCCACACGTCGGTATGCACAAAGTCGACACCCTTGACCGCGGCTTTCGGGTCTTCg < 1:752781/150‑1 (MQ=255) | GCACGCTGGCGACTCGAACACGTCATCGGTCACTTCGATGCCGTTGGCCAGGTCCGGGTATTGTTCGGCGATCTGCTTGCCTACCTTGGTTTCGGAGTTGTGGAATGCCGGCAGGCAGTGCATGAACTTGGTCCGTGGGTTACCGGTGGACTTCATCAGTTCGGCATTCACCTGATAAGGCTTGAGCTGCTTGATGCGCTCACCCCAGGCTTCGATCGGCTCGCCCATCGATACCCACACGTCGGTATGCACAAAGTCGACACCCTTGACCGCGGCTTTCGGGTCTTCG > NC_002947/1138715‑1139003 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |