| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_002947 | = 2063227 | 20 (0.650) | 5 (0.200) | 5/220 | 2.7 | 21.6% | intergenic (+41/‑166) | PP_1838/PP_1839 | membrane protein/hypothetical protein |
| ? | NC_002947 | = 2063271 | 20 (0.800) | intergenic (+85/‑122) | PP_1838/PP_1839 | membrane protein/hypothetical protein | |||||
GCCGGAAATGCTCAAGAAGCTGGAAGCGTATATCCAGACCGCGACCAAGAGCCTGCTGGATAACACCGCCGGCGTGGTGCACGGCACACCGAAGTAAACCGGGGCCGCGTTGCGGCCCATTCGCG‑GGCTTGCCCGCTCCCACAGGCATTGCACAGGGTTCGGACCTTGTGCAGGTCCTGTGCGAGCGGGCAAGCCCGCGAATGGGCCCCGCACAATTTTCCCGGACTGAACATTATCCCCGCCCCAAGGTCAGTTATTCAGGCATCACACACCTGGTGTTCGTTGAC > NC_002947/2063090‑2063376 | gCCGGAAATGCTCAAGAAGCTGGAAGCGTATATCCAGACCGCGACCAAGAGCCTGCTGGGTAACACCGCCGGCGTGGTGGACGGCACACCGAAGTAAACCGGGGGCGCGTTGCGGCCCATGCGCG‑GGCTTGCCCGCTCCCACAGGCAttt > 1:294869/1‑149 (MQ=255)gCCGGAAATGCTCAAGAAGCTGGAAGCGTATATCCAGACCGCGACCAAGAGCCTGCTGGATAACACCGCCGGCGTGGTGCACCGCACACCGAAGTAAAACGGGGCCGCGTTGCGGCCCATTCGCG‑GGCCTGGCCGCTCCCACAGGCactc > 1:276628/1‑147 (MQ=255) aTGCTCAAGAAGCTGGAAGCGTATATCCAGACCGCGACCAAGAGCCTGCTGGATAACACCGCCGGCGTGGTGCACGGCACACCGAAGTAAACCGGGGCCGCGTTGCGGCCCATTCGCG‑GGCTTGCCCGCTCCCACAGGCATTGCACAggg < 1:510813/150‑1 (MQ=255) aagaagCTGGAAGCGTATATCCAGACCGCGACCAAGAGCCTGCTGGATAACACCGCCGGCGTGGTGCACGGCACACCGAAGTAAACCGGGGCCGCGTTGCGGCCCATTCGCG‑GGCTTGCCCGCTCCCACAGGCATTGCACAGGGTTCGGa > 1:435989/1‑150 (MQ=255) agCTGGAAGCGTATATCCAGACCGCGACGAAGAGCCTGCTGGATAACACCGCCGGCGTGGTGCACGGCACACCGAAGTAAACCGGGGCCGCGTTGCGGCCCATTCGCG‑GGCTTGCCCGCTCCCACAGGCATTGCACAGGGTTCGGACCtt < 2:114840/150‑1 (MQ=255) gTATATCCAGACCGCGACCAAGAGCCTGCTGGATAACACCGCCGGCGTGGTGCACGGCACACCGAAGTAAACCGGGGCCGCGTTGCGGCCCATTCGCG‑GGCTTGCCCGCTCCCACAGGCATTGCACAGGGTTCGGACCTTGTGCAGGTcc > 1:665641/1‑150 (MQ=255) cttgaccGCGACCAAGAGCCTGCTGGATAACACCGCCGGCGTGGTGCACGGCACACCGAAGTAAACCGGGGCCGCGTTGCGGCCCATTCGCG‑GGCTTGCCCGCTCCCAAAGGCATTGCACAGGGTTCGGACCTTGTGCAGGTCCTGTGCg < 1:590221‑M2/147‑2 (MQ=255) ccAGACCGCGACCAAGAGCCTGCTGGATAACACCGCCGGCGTGGTGCACGGCACACCGAAGTAAACCGGGGCCGCGTTGCGGCCCATTCGCG‑GGCTTGCCCGCTCgcacaggacctgcacaaggtccgaaccctgtgcaatgcctgtggg > 2:637869‑M1/1‑105 (MQ=255) ccAGACCGCGACCAAGAGCCTGCTGGATAACACCGCCGGCGTGGTGCACGGCACACCGAAGTAAACCGGGGCCGCGTTGCGGCCCATTCGCG‑GGCATGACCGCTCCCACAGGCATTGCACAGGGTTCGGACCTTGTGCAGGTCCTGTGCg < 1:94242‑M2/150‑2 (MQ=255) aGACCGCGACCAAGAGCCTGCTGGATAACACCGCCGGCGTGGTGCACGGCACACCGAAGTAAACCGGGGCCGCGTTGCGGCCCATTCGCG‑GGCTTGCCCGCTCgcacaggacctgcacaaggtccgaaccctgtgcaatgcctgtgggag < 2:95062‑M1/150‑48 (MQ=255) gACCGCGACCAAGAGCCTGCTGTATAACACCGCCGGCGTGGTGCACGGCACACCGAAGTAAACCGGGGCCGCGTTGCGGCCCATTCGCG‑GGCTTGCCCGCTCCCACAGGCATTGCACAGGGTTCGGACCTTGTGCAGGTCCTGTGCgagc > 2:294869‑M2/1‑146 (MQ=255) ccGCGACCAAGAGCCTGCTGGATAACACCGCCGGCGTGGTGCACGGCACACCGAAGTAAACCGGGGCCGCGTTGCGGCCCATTCGCG‑GGCTTGCCCGCTCgcacaggacctgcacaaggtccgaaccctgtgcaatgcctgtgggagcgg < 1:637869‑M1/150‑51 (MQ=255) ccAAGAGCCTGCTGGATAACACCGCCGGCGTGGTGCACGGCACACCGAAGTAAACCGGGGCCGCGTTGCGGCCCATTCGCG‑GGCTTGCCCGCTCCCACAGGCATTGCACAGGGTTCGGACCTTGTGCAGGTCCTGTGCgagcgggcaagc < 1:335583‑M2/150‑13 (MQ=255) aaGAGCCTGCTGGATAACACCGCCGGCGTGGTGCACGGCACACCGAAGTAAACCGGGGCCGCGTTGCGGCCCATTCGCG‑GGCTTGCCCGCTCgcacaggacctgcacaaggtccgaaccctgtgcaatgc < 1:9035‑M1/130‑39 (MQ=255) aaGAGCCTGCTGGATAACACCGCCGGCGTGGTGCACGGCACACCGAAGTAAACCGGGGCCGCGTTGCGGCCCATTCGCG‑GGCTTGCCCGCTCgcacaggacctgcacaaggtccgaaccctgtgcaatgc > 2:9035‑M1/1‑92 (MQ=255) gagCCTGCTGGATAACACCGCCGGCGTGGTGCACGGCACACCGAAGTAAACCGGGGCCGCGTTGCGGCCCATTCGCG‑GGCTTGCCCGCTCCCACAGGCATTGCACAGGGTTCGGACCTTGTGCAGGTCCTGTGCgagcgggcaagcccgc < 2:506139‑M2/150‑17 (MQ=255) ccTGCTGGATAACACCGCCGGCGTGGTGCACGGCACACCGAAGTAAACCGGGGCCGCGTTGCGGCCCATTCGCG‑GGCTTGCCCGCTCCCACAGGCATTGCACAGGGTTCGGACCTTGTGCAGGTCCTGTGCgagcgggcaagcccgcgaa < 2:115469‑M2/150‑20 (MQ=255) ctgctgGATAACACCGCCGGCGTGGTGCACGGCACACCGAAGTAAACCGGGGCCGCGTTGCGGCCCATTCGCG‑GGCTTGCCCGCTCCCACAGGCATTGCACAGGGTTCGGACCTTGTGCAGGTCCTGTGCgagcgggcaagcccgcgaat > 2:435989‑M2/1‑130 (MQ=255) gctgGATAACACCGCCGGCGTGGTGCACGGCACACCGAAGTAAACCGGGGCCGCGTTGCGGCCCATTCGCG‑GGCTTGCCCGCTCCCACAGGCATTGCACAGGGTTCGGACCTTGTGCAGGTCCTGTGCgagcgggcaagcccgcgaatgg > 1:169331‑M2/1‑128 (MQ=255) tgGATAACACCGCCGGCGTGGTGCACGGCACACCGAAGTAAACCGGGGCCGCGTTGCGGCCCATTCGCG‑GGCTTGCCCGCTCCCACAGGCATTGCACAGGGTTCGGACCTTGTGCAGGTCCTGTGCgagcgggcaagcccgcgaattggc < 1:156179‑M2/150‑25 (MQ=255) ggATAACACCGCCGGCGTGGTGCACGGCACACCGAAGTAAACCGGGGCCGCGTTGCGGCCCATTCGCG‑GGCTTGCCCGCTCCCACAGGCATTGCACAGGGTTCGGACCTTGTGCAGGTCCTGTGCgagcgggcaagcccgcgaatgggcc > 1:115469‑M2/1‑125 (MQ=255) gATAACACCGCCGGCGTGGTGCACGGCACACCGAAGTAAACCGGGGCCGCGTTGCGGCCCATTCGCG‑GGCTTGCCCGCTCCCACAGGCATTGCACAGGGTTCGGACCTTGTGCAGGTCCTGTGCGAGCGGGCAAGCCAGCGAATGGGccc < 2:665641/150‑1 (MQ=255) acacCGCCGGCGTGGTGCACGGCACACCGAAGTAAACCGGGGCCGCGTTGCGGCCCATTCGCG‑GGCTTGCCCGCTCCCACAGGCATTGCACAGGGTTCGGACCTTGTGCAGGTCCTGTGCgagcgggcaagcccgcgaatg > 2:314719‑M2/1‑120 (MQ=255) acacCGCCGGCGTGGTGCACGGCACACCGAAGTAAACCGGGGCCGCGTTGCGGCCCATTCGCG‑GGCTTGCCCGCTCCCACAGGCATTGCACAGGGTTCGGACCTTGTGCAGGTCCTGTGCgagcgggcaagcccgcgaatg < 1:314719‑M2/141‑22 (MQ=255) ccgGCGTGGTGCACGGCACACCGAAGTAAACCGGGGCCGCGTTGCGGCCCATTCGCG‑GGCTTGCCCGCTCCCACAGGCATTGCACAGGGTTCGGACCTTGTGCAGGTCCTGTGCGAGCGGGCAAGCCCGCGAATGGGCCCCGCACAAttt > 2:115345/1‑150 (MQ=255) ccgGCGTGGTACACGGCACACCGAAGTAAACCGGGGCCGCGTTGCGGCCCATTCGCG‑GGCTTGCCCGCTCCCACAGGCATTGCACACGCTTCATGCCGGCTGGAGGTCCTGTGCGAGCGGGCAAGCCCGCGAATGGGCCCCGCACCAttt > 2:101344/1‑150 (MQ=37) ggtgCACGGCACACCGAAGTAAACCGGGGACGAGTTGC‑GCCCAGACGTGTGCCGTTCCCGTTCCCACAGCAATCCAACGGGGTTCGGACCTTGTGCAGGTCCTGTGCGAGCGGGCAAGCCCGCGAATGGGCCCCGCACAATTTTCCCGGa < 1:542105/150‑1 (MQ=255) cGAAGTAAACCGGGGCCGCGTTGCGGCCCATTCGCG‑GGCTTGCCCGCTCCCACAGGCATTGCACAGGGTTCGGACCTTGTGCAGGTCCTGTGCGAGCGGGCAAGCCCGCGAATGGGCCCCGCACAATTTTCCCGGACTGAACATTATccc < 2:335583/150‑1 (MQ=255) aaaCCGGGGCCGCGTTGCGGCCCATTCGCG‑GGCTTGCCCGCTCCCACAGGCa < 1:336319/52‑1 (MQ=255) aaaCCGGGGCCGCGTTGCGGCCCATTCGCG‑GGCTTGCCCGCTCCCACAGGCa > 2:336319/1‑52 (MQ=255) ctggggCCGCGTTGCGGCCCATCTGGG‑GCCTTGCCGGCTCCCACAGGCATTCCACCGGGTTCGAATTCTGCTCGGTTCCTGTGCGAGCGGGCAAGCCCGCGAATGGGCCCCGCACAATTTTCCCGGACTGAACATTATCCCCGCCCCAAg < 1:693982/148‑1 (MQ=25) cGGGGCCGCGTTGCGGCCCATTCGCG‑GGCTTGCCCGCTCCCACAGGCATTGCACAGGGTTCGGACCTTGTGCAGGTCCTGTGCgagcgggcaagc < 1:129769‑M2/95‑13 (MQ=255) cGGGGCCGCGTTGCGGCCCATTCGCG‑GGCTTGCCCGCTCCCACAGGCATTGCACAGGGTTCGGACCTTGTGCAGGTCCTGTGCgagcgggcaagc > 2:129769‑M2/1‑83 (MQ=255) cGGGGCCGCGTTGCGGCCCATTCGCG‑GGCTTGCCCGCTCCCACAGACACACAACACATTGCGGACCTTGTGCAGGTTCTGTGGGAGCGGGCAAGCCAGCGAATGGGCCCCGCACAATTTTCCCGGACTGAACATTATCCCCGCCCCAAgg > 1:91679/1‑150 (MQ=37) ggCCCATTCGCG‑GGCTTGCCCGCTCgcacaggacctgcacaaggtccgaaccctgtgcaatgcctgtgggagcgggcaagcccgcgaatgggccgcaacgcggccccggtttacttcggtgtgccgtgcaccacgccggcggtgttatcc > 1:115469‑M1/1‑25 (MQ=255) gCCAATTCGCG‑GGCTTGCCCGCTCgcacaggacctgcacaaggtccgaaccctgtgcaatgcctgtgggagcgggcaagcccgcgaatgggccgcaacgcggccccggtttacttcggtgtgccgtgcaccacgccggcggtgttatcca < 1:156179‑M1/150‑127 (MQ=255) ccATTCGCG‑GGCTTGCCCGCTCgcacaggacctgcacaaggtccgaaccctgtgcaatgcctgtgggagcgggcaagcccgcgaatgggccgcaacgcggccccggtttacttcggtgtgccgtgcaccacgccggcggtgttatccagc > 1:169331‑M1/1‑22 (MQ=255) ccATTCGCG‑GGCTTGCCCGCTCCCACAGGCATTGCACAGGGTTCGGACCTTGTGCAGGTCCTGTGCGAGCGGGCAAGCCCGCGAATGGGCCCCGCACAATTTTCCCGGACTGAACATTATCCCCGCCCCAAGGTCAGTTATTCAGGCATc < 1:115345/150‑1 (MQ=255) cATTCGCG‑GGCTTGCCCGCTCgcacaggacctgcacaaggtccgaaccctgtgcaatgcctgtgggagcgggcaagcccgcgaatgggccgcaacgcggccccggtttacttcggtgtgccgtgcaccacgccggcggtgt > 2:314719‑M1/1‑21 (MQ=255) cATTCGCG‑GGCTTGCCCGCTCgcacaggacctgcacaaggtccgaaccctgtgcaatgcctgtgggagcgggcaagcccgcgaatgggccgcaacgcggccccggtttacttcggtgtgccgtgcaccacgccggcggtgt < 1:314719‑M1/141‑121 (MQ=255) aTTCGCG‑GGCTTGCCCGCTCgcacaggacctgcacaaggtccgaaccctgtgcaatgcctgtgggagcgggcaagcccgcgaatgggccgcaacgcggccccggtttacttcggtgtgccgtgcaccacgccggcggtgttatccagcag > 2:435989‑M1/1‑20 (MQ=255) aTTCGCG‑GGCTTGCCCGCTCCCACAGGCATTGCACAGGGTTCGGACCTTGTGCAGGTc > 2:253297/1‑58 (MQ=255) aTTCGCG‑GGCTTGCCCGCTCCCACAGGCATTGCACAGGGTTCGGACCTTGTGCAGGTc < 1:253297/58‑1 (MQ=255) ttCGCG‑GGCTTGCCCGCTCgcacaggacctgcacaaggtccgaaccctgtgcaatgcctgtgggagcgggcaagcccgcgaatgggccgcaacgcggccccggtttacttcggtgtgccgtgcaccacgccggcggtgttatccagcagg < 2:115469‑M1/150‑132 (MQ=255) gcg‑GGCTTGCCCGCTCgcacaggacctgcacaaggtccgaaccctgtgcaatgcctgtgggagcgggcaagcccgcgaatgggccgcaacgcggccccggtttacttcggtgtgccgtgcaccacgccggcggtgttatccagcaggctc < 2:506139‑M1/150‑135 (MQ=255) gCTTGCCCGCTCgcacaggacctgcacaaggtccgaaccctgtgcaatgcctgtgggagcgggcaagcccgcgaatgggccgcaacgcggccccggtttacttcggtgtgccgtgcaccacgccggcggtgttatccagcaggctcttgg < 1:335583‑M1/150‑139 (MQ=255) gCTTGCCCGCTCgcacaggacctgcacaaggtccgaaccctgtgcaatgcctgtgggagcgggcaagcccgcgaatgggccgcaacgcggccccg > 2:129769‑M1/1‑12 (MQ=255) gCTTGCCCGCTCgcacaggacctgcacaaggtccgaaccctgtgcaatgcctgtgggagcgggcaagcccgcgaatgggccgcaacgcggccccg < 1:129769‑M1/95‑84 (MQ=255) cccGCTCCCACAGGCATTGCACAGGGTTCGGACCTTGTGCAGGTCCTGTGCGAGCGGGCAAGCCCGCGAATGGGCCCCGCACAATTTTCCCGGACTGAACATTATCCCCGCCCCAAGGTCAGTTATTCAGGCATCACACACCTGGTGTTc > 2:738253/1‑150 (MQ=255) ccGCTCCCACAGGCATTGCACAGGGTTCGGACCTTGTGCAGGTCCTGTGCgagcgggcaagcccgcgaatgggccgcaacgcggccccggtttacttcggtgtgccgtgcaccacgccggcggtgttatccagcaggctcttggtcgcgg < 1:637869‑M2/150‑101 (MQ=255) gCTCgcacaggacctgcacaaggtccgaaccctgtgcaatgcctgtgggagcgggcaagcccgcgaatgggccgcaacgcggccccggtttacttcggtgtgccgtgcaccacgccggcggtgttatacagcaggctcttggtcgcggtc > 2:294869‑M1/1‑4 (MQ=255) cTCCCACAGGCATTGCACAGGGTTCGGACCTTGTGCAGGTCCTGTGCgagcgggcaagcccgcgaatgggccgcaacgcggccccggtttacttcggtgtgccgtgcaccacgccggcggtgttatccagcaggctcttggtcgcggtct < 2:95062‑M2/150‑104 (MQ=255) cTCCCACAGGCATTGCACAGGGTTCGGACCTTGTGCAGGTCCTGTGCGAGCGGGCACGCCCGCGAATGGGCCCCGCACAATTTTCCCGGACTGAACATTATCCCCGCCCCAAGGTCAGTTATTCAGGCATCACACACCTGGTGTTCGTTg < 1:506139/150‑1 (MQ=255) cgcacaggacctgcacaaggtccgaaccctgtgcaatgcctttgggagcgggcaagcccgcgaatgggccgcaacgcggccccggtttacttcggtgtgccgtgcaccacgccggcggtgttatccagcaggctcttggtcgcggtcaag < 1:590221‑M1/150‑150 (MQ=255) cgcacaggacctgcacaaggtccgaaccctgtgcaatgcctgtgggagcggtcatgcccgcgaatgggccgcaacgcggccccggtttacttcggtgtgccgtgcaccacgccggcggtgttatccagcaggctcttggtcgcggtctgg < 1:94242‑M1/150‑150 (MQ=255) cccACAGGCATTGCACAGGGTTCGGACCTTGTGCAGGTCCTGTGCgagcgggcaagcccgcgaatgggccgcaacgcggccccggtttacttcggtgtgccgtgcaccacgccggcggtgttatccagcaggctcttggtcgcggtctgg > 2:637869‑M2/1‑45 (MQ=255) | GCCGGAAATGCTCAAGAAGCTGGAAGCGTATATCCAGACCGCGACCAAGAGCCTGCTGGATAACACCGCCGGCGTGGTGCACGGCACACCGAAGTAAACCGGGGCCGCGTTGCGGCCCATTCGCG‑GGCTTGCCCGCTCCCACAGGCATTGCACAGGGTTCGGACCTTGTGCAGGTCCTGTGCGAGCGGGCAAGCCCGCGAATGGGCCCCGCACAATTTTCCCGGACTGAACATTATCCCCGCCCCAAGGTCAGTTATTCAGGCATCACACACCTGGTGTTCGTTGAC > NC_002947/2063090‑2063376 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |