| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 4,964,154 | Δ1 bp | 100% | coding (1249/1476 nt) | fleQ ← | transcriptional regulator FleQ |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 4,964,154 | 0 | G | . | 100.0% | 118.7 / NA | 27 | coding (1249/1476 nt) | fleQ | transcriptional regulator FleQ |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base . (16/11); total (16/11) | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. | |||||||||||
GATACCGTTGGCATCGTCCAGCGCCTGCTGGATCAGGCCCTGCTCCAGGCTACCCAGGTAGTCCTTGAGGTCCAGGCCTTCGGGCGGCAGCATGGCGTGGTTGCTGAAGTTTGGTGTGTGGCCATTGATCGCCACGCGCTCTTCCAGGTCGCTGCGCAGGCTGTCGACCATCTGCTCGTCTTCGTCATCGACATAGCGGAATTTCTTCGGCAGTTCCGACACGCCAATGACCCCGTACGGGTGCATGATCGCCATGCGCTCGA > NC_002947/4964035‑4964297 | gATACCGTTGGCATCGTCCAGCGCCTGCTGGATCAGGCCCTGCTCCAGGCTACCCAGGTAGTCCTTGAGGTCCAGGCCTTCGGGCGGCAGCATGGCGTGGTTGCTGAAGTTTGGTGTGT‑GCCATTGATc > 2:243933/1‑129 (MQ=255)gATACCGTTGGCATCGTCCAGCGCCTGCTGGATCAGGCCCTGCTCCAGGCTACCCAGGTAGTCCTTGAGGTCCAGGCCTTCGGGCGGCAGCATGGCGTGGTTGCTGAAGTTTGGTGTGT‑GCCATTGATc < 1:243933/129‑1 (MQ=255) tCGTCCAGCGCCTGCTGGATCAGGCCCTGCTCCAGGCTACCCAGGTAGTCCTTGAGGTCCAGGCCTTCGGGCGGCAGCATGGCGTGGTTGCTGAAGTTTGGTGTGT‑GCCATTGATCGCCACGCGCTCTTCCAGGTCGCTGCGCAGGCTGt > 1:458780/1‑150 (MQ=255) tCCAGCGCCTGCTGGATCAGGCCCTGCTCCAGGCTACCCAGGTAGTCCTTGAGGTCCAGGCCTTCGGGCGGCAGCATGGCGTGGTTGCTGAAGTTTGGTGTGT‑GCCATTGATCGCCACGCCCTCGTCCAGGTCGCTGCGCAGGCTGTCGa > 1:189988/1‑150 (MQ=255) ccTGCTGGATCAGGCCCTGCTCCAGGCTACCCAGGTAGTCCTGGAGGTCCAGGCCTTCGGGCGGCAGCATGGCGTGGTTGCTGAAGTTTGGTGTGT‑GCCATTGATCGCCACGGGCTCTTCCAGGTCGCTGCGCAGGCTGTCGAACCTCTg > 1:106874/1‑150 (MQ=255) ctgGAGCAGGGCCTGATCCAGGCTACCCAGGTAGTCCTTGAGGTCCAGGCCTTCGGGCGGCAGCATGGCGTGGTTGCTGAAGTTTGGTGTGT‑GCCATTGATCGCCACGCGCTCTTCCAGGTCGCTGCGCAGGCTGTCGACCATCTGCTCg > 1:459669/1‑150 (MQ=255) tCAGGCCCTGCTCCAGGCTACCCAGGTAGTCCTTGAGGTCCAGTCCCTCGGGCGGCAGCATGGCGTGGTTGCTGAAGTTTGGTGTGT‑GCCATTGATCGCCACGCGCTCTTCCAGGTCGCTGCGCAGGCTGTCGACCATCTGCTCGTCTTc < 2:106874/150‑1 (MQ=255) cAGGCCCTGCTCCAGGCTACCCAGGTAGTCCTTGAGGTCCAGGCCTTCGGGCGGCAGCATGGCGTGGTTGCTGAAGTTTGGTGTGT‑GCCATTGATCGCCACGCGCTCTTCCAGGTCGCTGCGCAGGCTGTCGACCATCTGCTCGTCTTCg > 1:484180/1‑150 (MQ=255) tCCAGGCTACCCAGGTAGTCCTTGAGGTCCAGGCCTTCGGGCGGCAGCATGGCGTGGTTGCTGAAGTTTGGTGTGT‑GCCATTGATCGCCACGCGCTCTTCCAGGTCGCTGCGCAGGCTGTCGACCATCTGCTCGTCTTCGTCATCGACAt > 1:211878/1‑150 (MQ=255) ccAGGCTACCCAGGTAGTCCTTGAGGTCCAGGCCTTCGGGCGGCAGCATGGCGTGGTTGCTGAAGTTTGGTGTGT‑GCCATTGATCGCCACGCGCTCTTCCAGGTCGCTGCGCAGGCTGTCGACCATCTGCTCGTCTTCGTCATCGACATa < 1:68522/150‑1 (MQ=255) gCTACCCAGGTAGTCCTTGAGGTCCAGGCCTTCGGGCGGCAGCATGGCGTGGTTGCTGAAGTTTGGTGTGT‑GCCATTGATCGCCACGCGCTCTTCCAGGTCGCTGCGCAGGCTGTCGACCATCTGCTCGTCTTCGTCATCGACATAGCgg < 2:181445/150‑1 (MQ=255) aGGTAGTCCTTGAGGTCCAGGCCTTCGGGCGGCAGCATGGCGTGGTTGCTGAAGTTTGGTGTGT‑GCCATTGATCGCCACGCGCTCTTCCAGGTCGCTGCGCAGGCTGTCGACCATCTGCTCGTCTTCGTCATCGACATAGCGGAATttct > 1:435048/1‑150 (MQ=255) cTTGAGGTCCAGGCCTTCGGGCGGCAGCATGGCGTGGTTGCTGAAGTTTGGTGTGT‑GCCATTGATCGCCACGCGCTCTTCCAGGTCGCt > 1:151557/1‑89 (MQ=255) cTTGAGGTCCAGGCCTTCGGGCGGCAGCATGGCGTGGTTGCTGAAGTTTGGTGTGT‑GCCATTGATCGCCACGCGCTCTTCCAGGTCGCt < 2:151557/89‑1 (MQ=255) ggTCCAGGCCTTCGGGCGGCAGCATGGCGTGGTTGCTGAAGTTTGGTGTGT‑GCCATTGATCGCCACGCGCTCTTCCAGGTCGCTGCGCAGGCTGTCGACCATCTGCTCGTCTTCGTCATCGACATAGCGGAATTTCTTCGGCAGTTCCgc < 2:484180/150‑2 (MQ=255) gTCCAGGCCTTCGGGCGGCAGCATGGCGTGGTTGCTGAAGTTTGGTGTGT‑GCCATTGATCGCCACGCGCTCTTCCAGGTCGCTGCGCAGGCTGTCGACCATCTGCTCGTCTTCGTCATCGACATAGCGGAATTTCTTCGGCAGTTCCGac > 1:415764/1‑150 (MQ=255) ccAGGCCTTCGGGCGGCAGCATGGCGTGGTTGCTGAAGTTTGGTGTGT‑GCCATTGATCGCCACGCGCTCTTCCAGGTCGCTGCGCAGGCTGTCGACCATCTGCTCGTCTTCGTCATCGACATAGCGGAATTTCTTCGGCAGTTCCGacac < 2:435048/150‑1 (MQ=255) ccAGGCCTTCGGGCGGCAGCATGGCGTGGTTGCTGAAGTTTGGTGTGT‑GCCATTGATCGCCACGCGCTCTTCCAGGTCGCTGCGCAGGCTGTCGACCATCTGCTCGTCTTCGTCATCGACATAGCGGAATTTCTTCGGCAGTTCCGacac < 2:459669/150‑1 (MQ=255) cAGGCCTTCGGGCGGCAGCATGGCGTGGTTGCTGAAGTTTGGTGTGT‑GCCATTGATCGCCACGCGCTCTTCCAGGTCGCTGCGCAGGCTGTCGACCATCTGCTCGTCTTCGTCATCGACATAGCGGAATTTCTTCGGCAGTTCCGACACg > 2:204466/1‑150 (MQ=255) cAGGCCTTCGGGCGGCAGCATGGCGTGGTTGCTGAAGTTTGGTGTGT‑GCCATTGATCGCCACGCGCTCTTCCAGGTCGCTGCGCAGGCTGTCGACCATCTGCTCGTCTTCGTCATCGACATAGCGGAATTTCTTCGGCAGTTCCGACACg > 2:216639/1‑150 (MQ=255) gcggcAGCATGGCGTGGTTGCTGAAGTTTGGTGTGT‑ACCATTGATCGCCACGCGCTCTTCCAGGTCGCTGCGCAGGCTGTCGACCATCTGCTCGTCTTCGTCATCGACATAGCGGAATTTCTTCGGCAGTTCCGACACGCCAATGAcccc > 1:83130/1‑150 (MQ=255) cggcAGCATGGCGTGGTTGCTGAAGTTTGGTGTGT‑GCCATTGATCGCCACGCGCTCTTCCAGGTCGCTGCGCAGGCTGTCGACCATCTGc > 1:441627/1‑90 (MQ=255) cggcAGCATGGCGTGGTTGCTGAAGTTTGGTGTGT‑GCCATTGATCGCCACGCGCTCTTCCAGGTCGCTGCGCAGGCTGTCGACCATCTGc < 2:441627/90‑1 (MQ=255) aTGGCGTGGTTGCTGAAGTTTGGTGTGT‑GCCATTGATCGCCACGCGCTCTTCCAGGTCGCTGCGCAGGCTGTCGACCATCTGCTCGTCTTCGTCATCGACATCGCGGAAGTTCTTCGGCAGTTCCGACACGCCAATGACCCCGTACGGGt < 1:204466/150‑1 (MQ=255) gAAGTTTGGTGTGT‑GCCATTGATCGCCACGCGCTCTTCCAGGTCGCTGCGCAGGCTGTCGACCATCTGCTCGTCTTCGTCATCGACATAGCGGAATTTCTTCGGCAGTTCCGACACGCCAATGACCCCGTACGGGTGCATGATCGCCATg > 1:268864/1‑150 (MQ=255) aaGTTTGGTGTGT‑GCCATTGATCGCCACGCGCTCTTCCAGGTCGCTGCGCAGGCTGTCGACCATCTGCTCGTCTTCGTCATCGACATAGCGGAATTTCTTCGGCAGTTCCGACACGCCAATGACCCCGTACGGGTGCATGATCGCCATgc > 2:394705/1‑150 (MQ=255) ggTGTGT‑GCCATTGATCGCCACGCGCTCTTCCAGGTCGCTGCGCAGGCTGTCGACCATCTGCTCGTCTTCGTCATCGACATAGCGGAATTTCTTCGGCAGTTCCGACACGCCAATGACCCCGTACGGGTGCATGATCGCCATGCGCTCGa < 2:458780/150‑1 (MQ=255) | GATACCGTTGGCATCGTCCAGCGCCTGCTGGATCAGGCCCTGCTCCAGGCTACCCAGGTAGTCCTTGAGGTCCAGGCCTTCGGGCGGCAGCATGGCGTGGTTGCTGAAGTTTGGTGTGTGGCCATTGATCGCCACGCGCTCTTCCAGGTCGCTGCGCAGGCTGTCGACCATCTGCTCGTCTTCGTCATCGACATAGCGGAATTTCTTCGGCAGTTCCGACACGCCAATGACCCCGTACGGGTGCATGATCGCCATGCGCTCGA > NC_002947/4964035‑4964297 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |