| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 5,688,571 | Δ1 bp | 12.2% | coding (451/2061 nt) | pilJ ← | twitching motility protein PilJ |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 5,688,571 | 0 | C | . | 12.2% | 115.9 / 10.3 | 41 | coding (451/2061 nt) | pilJ | twitching motility protein PilJ |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (17/19); new base . (3/2); total (20/21) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.63e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
GACCGAGCCAAGGATGCGTTCGGCCAGCAACAGCTGGCGCTGGGCCACCGCAACCTGATTGGCCGGGGCACCGCTCTGCAGCAGGATCTCGACCACTTTTTCGTATTCCACCTGCAGCTGCGGCACGGTCTCGGCCAGGGTCGCTGCCACCTGGT‑GCAGCGACAGCACGGTCTGCTCGCTGGCCAGGATGATGTCGGTGTTCTTGCGCAGGTTTTCCCAGTCGCGGCGTACCGATTCCATCTCGTCACGCACCGCAGGTGGCGCAGGCGGCAGGCCAGTGGACTTGTCAC > NC_002947/5688425‑5688714 | gACCGAGCCAAGGATGCGTTCGGCCAGCAACAGCTGGCGCTGGGCCACCGCAACCTGATTGGCCGGGGCACCGCTCTGCAGCAGGATCTCGACCACTTTTTCGTATTCCACCTGCAGCTGCGGCACGGTCTCGGCCAGGGTCGCTGCCAc < 1:438794/150‑1 (MQ=255) aGGATGCGTTCGGCCAGCAACAGCTGGCGCTCGGACGCCGGCTCTTCCGTTGTCGTTGCACCGCTCTGCAGCAGGATCTCGACCACTTTTTCGTATTCCACCTGCAGCTGCGGCACGGTCTCGGCCAGGGTCGCTGCCACCTGGT‑GCAGc < 1:355323/150‑1 (MQ=255) ggATGCGTTCGGCCAGCAACAGCTGGCGCTGGGCCACCGCAACCTGATTGGCCGGGGCACCGCTCTGCAGCAGGATCTCGACCACTTTTTCGTATTCCACCTGCAGCTGCGGCACGGTCTCGGCCAGGGTCGCTGCCACCTGGT‑GCAGCg > 2:303180/1‑150 (MQ=255) aTGCGTTCGGCCAGCAACAGCTGGCGCTGGGCCACCGCAACCTGATTGGCAGGGGCACCGCTCTGCAGCAGGATCTCGACCACTTTTTCGTATTCCACCTGCAGCTGCGGCACGGTCTCGGCCAGGGTCGCTG‑CACCAGGTGGCAGCGAc < 1:273637/150‑1 (MQ=255) gTTCGGCCAGCAACAGCTGGCGCTGGGCCACCGCAACCTGATTGGCCGGGGCACCGCTCTGCAGCAGGATCTCGACCACTTTTTCGTATTCCACCTGCAGCTGCGGCACGGTCTCGGCCAGGGTCGCTGCCACCTGGT‑GCAGCGACAGCa > 1:344410/1‑150 (MQ=255) cAGCAACAGCTGGCGCTGGGCCACCGCAACCTGATTGGCCGGGGCACCGCTCTGCAGCAGGATCTCGACCACTTTTTCGTATTCCACCTGCAGCTGCGGCACGGTCTCGGCCAGGGTCGCTGCCACCTGGT‑GCAGCGACAGCACGGTCTg > 1:712294/1‑150 (MQ=255) aGCAACAGCTGGCGCTGGGCCACCGCAACCTGATTGGCCGGGGCACCGCTCTGCAGCAGGATCTCGACCACTTTTTCGTATTCCACCTGCAGCTGCGGCACGGTCTCGGCCAGGGTCGCTGCCACCTGGT‑GCAGCGACAGCACGGTCTGc > 1:725692/1‑150 (MQ=255) gCAACAGCTGGCGCTGGGCCACCGCAACCTGATTGGCCGGGGCACCGCTCTGCAGCAGGATCTCGACCACTTTTTCGTATTCCACCTGCAGCTGCGGCACGGTCTCGGCCAGGGTCGCTGCCACCTGGT‑GCAGCGACAGCACGGTCTGCt > 2:285940/1‑150 (MQ=255) ccACCGCAACCTGATTGGCCGGGGCACCGCTCTGCAGCAGGATCTCGACCACTTTTTCGTATTCCACCTGCAGCTGCGGCACGGTCTCGGCCAGGGTCGCTGCCACCTGGT‑GCAGCGACAGCACGGTCTGCTCGCTGGCCAGGATGATGt > 1:166808/1‑150 (MQ=255) aCCGCAACCTGATTGGCCGGGGCACCGCTCTGCAGCAGGATCTCGACCACTTTTTCGTATTCCACCTGCAGCTGCGGCACGGTCTCGGCCAGGGTCGCTGCCACCTGGT‑GCAGCGACAGCACGGTCTGCTCGCTGGCCAGGATGATGTCg < 2:725692/150‑1 (MQ=255) aCCGCAACCTGATTGGCCGGGGCACCGCTCTGCAGCAGGATCTCGACCACTTTTTCGTATTCCACCTGCAGCTGCGGCACGGTCTCGGCCAGGGTCGCTGCCACCTGGT‑GCAGCGACAGCACGGTCTGCTCGCTGGCCAGGATGATGTCg < 1:409765/150‑1 (MQ=255) aCCTGATTGGCCGGGGCACCGCTCTGCAGCAGGATCTCGACCACTTTTTCGTATTCCACCTGCAGCTGCGGCACGGTCTCGGCCAGGGTCGCTGCCACCTGGT‑GCAGCGACAGCACGGTCTGCTCGCTGGCCAGGATGATGTCGGTGTTc < 2:344410/150‑1 (MQ=255) tGATTGGCCGGGGCACCGCTCTGCAGCAGGATCTCGACCACTTTTTCGTATTTCACCTGCAGCTGCGGCACGGTCTCAGCCAGTGTTGGTGCCACCTGGT‑ACAGCAACAGCACGGTCTGCTCGCTGGCGAGGATGATGTCGGTGGTCtgt > 2:36308/1‑148 (MQ=255) tGGCCGGGGCACCGCTCTGCAGCAGGATCTCGACCACTTTTTCGTATTCCACCTGCAGCTGCGGCACGGTCTCGGCCAGGGTCGCTGCCACCTGGT‑GCAGCGACAGCACGGTCTGCTCGCTGGCCAGGATGATGTCGGTGTTCTTGCGCa < 2:166808/150‑1 (MQ=255) gCCGGGGCACCGCTCTGCAGCAGGATCTCGACCACTTTTTCGTATTCCACCTGCAGCTGCGGCACGGTCTCGGCCAGGGTCGCTGCCACCTGGT‑GCAGCGACAGCACGGTCTGACAGCTGGCCAGGATGATGTCGGTGTTCTTGCGCAgg < 1:623823/150‑1 (MQ=255) gggCACCGCTCTGCAGCAGGATCTCGACCACTTTTTCGTATTCCACCTGCAGCTGCGGCACGGTCTCGGCCAGGGTCGCTGCCACCTGGT‑GCAGCGACAGCACGGTCTGCTCGCTGGCCAGGATGATGTCGGTGTTCTTGCGCAGGtttt > 2:103306/1‑150 (MQ=255) ggCACCGCTCTGCAGCAGGATCTCGACCACTTTTTCGTATTCCACCTGCAGCTGCGGCACGGTCTCGGCCAGGGTCGCTGCCACCTGGT‑GCAGCGACAGCACGGTCTGCTCGCTGGCCAGGATGATGTCGGTGTTCTTGCGCAGGTTTTc < 1:303180/150‑1 (MQ=255) tctGCAGCAGGATCTCGACCACTTTTTCGTATTCCACCTGCAGCTGCGGCACGGTCTCGGCCAGGGTCGCTGCCACCTGGT‑GCAGCGACAGCACGGTCTGCTCGCTGGCCAGGATGATGTCGGTGTTCTTGCGCAGGTTTTCCCAGTcgc > 1:156556/1‑150 (MQ=255) gATCTCGACCACTTTTTCGTATTCCACCTGCAGCTGCGGCACGGTCTCGGCCAGGGTCGCTGCCACCTGGT‑GCAGCGACAGCACGGt > 2:582584/1‑87 (MQ=255) gATCTCGACCACTTTTTCGTATTCCACCTGCAGCTGCGGCACGGTCTCGGCCAGGGTCGCTGCCACCTGGT‑GCAGCGACAGCACGGt < 1:582584/87‑1 (MQ=255) aTCTCGACCACTTTTTCGTATTCCACCTGCAGCTGCGGCACGGTCTCGGCCAGGGTCGCTGCCACCTGGT‑GCAGCGACAGCACGGTCTGCTCGCTGGCCAGGATGATGTCGGTGTTCTTGCGCAGGTTTTCCCAGTCGCGGCGTACCGAt < 2:156556/150‑1 (MQ=255) ctcGACCACTTTTTCGTATTCCACCTGCAGCTGCGGCACGGTCTCGGCCAGGGTCGCTGCCACCTGGT‑GCAGCGACAGCACGGTCTGCTCGCTGGCCAGGATGATGTCGGTGTTCTTGCGCAGGTTTTCCCAGTCGCGGCGTACCGATTc < 2:15945/150‑1 (MQ=255) gACCACTTTTTCGTATTCCACCTGCAGCTGCGGCACGGTCTCGGCCAGGGTCGCTGCCACCTgg > 1:713064/1‑64 (MQ=255) gACCACTTTTTCGTATTCCACCTGCAGCTGCGGCACGGTCTCGGCCAGGGTCGCTGCCACCTgg < 2:713064/64‑1 (MQ=255) gACCACTTTTTCGTATTCCACCTGCAGCTGCGGCACGGTCTCGGCCAGGGTCGCTGCCACCTGGT‑GCAGCGACAGCACGGTCTGCTCGCTGGCCAGGATGATGTCGGTGTTCTTGCGCAGGTTTTCCCAGTCGCGGCGTACCGATTCCAt < 1:646839/150‑1 (MQ=255) gACCACTTTTTCGTATTCCACCTGCAGCTGCGGCACGGTCTCGGCCAGGGTCGCTGCCACCTGGT‑GCAGCGACAGCACGGTCTGCTCGCTGGCCAGGATGATGTCGGTGTTCTTGCGCAGGTTTTCCCAGTCGCGGCGTACCGATTCCAt > 1:299405/1‑150 (MQ=255) gACCACTTTTTCGTATTCCACCTGCAGCTGCGGCACGGTCTCGGCCAGGGTCGCTGCCACCTGGT‑GCAGCGACAGCACGGTCTGCTCGCTGGCCAGGATGATGTCGGTGTTCTTGCGCAGGTTTTCCCAGTCGCGGCGTACCGATTCCAt > 2:48934/1‑150 (MQ=255) gACCACTTTTTCGTATTCCACCTGCAGCTGCGGCACGGTCTCGGCCAGGGTCGCTGCCACCTGGT‑GCAGCGACAGCACGGTCTGCTCGCTGGCCAGGATGATGTCGGTGTTCTTGAGCGGGATCGCCCAGTCGCGGCGTACCGATTCCAt > 2:645954/1‑150 (MQ=255) cTGCAGCTGCGGCACGGTCTCGGCCAGGGTCGCTGCCACCTGGT‑GCAGTGACAGCACGGTCTGCTCGCTGGCCAGGATGATGTCGGTGTTCTTGCGCAGGTTTTCCCAGTCGCGGCGTACCGATTCCATCTCGTCACGCACCGCAGGTgg < 1:645954/150‑1 (MQ=255) tGCAGCTGCGGCACGGTCTCGGCCAGGGTCGCTGCCACCTGGT‑GCAGCGACAGCACGGTCTGCTCGCTGGCCAGGATGATGTCGGTGTTCTTGCGCAGGTTTTCCCAGTCGCGGCGTACCGATTCCATCTCGTCACGCACCGCAGGTGgc < 2:242089/150‑1 (MQ=255) tctcGGCCAGGGTCGCTGCCACCTGGT‑GCAGCGACAGCACGGTCTGCTCGCTGGCCAGGATGATGTCGGTGTTCTTGCGCAGGTTTTCCCAGTCGCGGCGTACCGATTCCATCTCGTCACGCACCGCAGGTGGCGCAGGCGGCAGGCCAg < 1:48934/150‑1 (MQ=255) tcGGCCAGGGTCGCTGCCACCTGGT‑GCAGCGACAGCACGGTCTGCTCGCTGGCCAGGATGATGTCGGTGTTCTTGCGCAGGTTTTCCCAGTCGCGGCGTACCGATTCCATCTCGTCACGCACCGCAGGt < 1:567606/129‑1 (MQ=255) tcGGCCAGGGTCGCTGCCACCTGGT‑GCAGCGACAGCACGGTCTGCTCGCTGGCCAGGATGATGTCGGTGTTCTTGCGCAGGTTTTCCCAGTCGCGGCGTACCGATTCCATCTCGTCACGCACCGCAGGt > 2:567606/1‑129 (MQ=255) gCCAGGGTCGCTGCCACCTGGT‑GCAGCGACAGCACGGTCTGCTCGCTGGCCAGGATGATGTCGGTGTTCTTGCGCa > 2:435955/1‑76 (MQ=255) gCCAGGGTCGCTGCCACCTGGT‑GCAGCGACAGCACGGTATGCTCGCTGGCCAGGATGATGTCGGTGTTCTTGCGCa < 1:435955/76‑1 (MQ=255) tgTCGCTG‑CACCAGGTGGCAGCGACAGCACGGTCTGCTCGCTGGCCAGGATGATGTCGGTGTTCtt > 2:512345/2‑66 (MQ=25) tgTCGCTG‑CACCAGGTGGCAGCGACAGCACGGTCTGCTCGCTGGCCAGGATGATGTCGGTGTTCtt < 1:512345/65‑1 (MQ=25) gTCGCTGCCACCTGGT‑GCAGCGACAGCACGGTCTGCTCGCTGGCCAGGATGATGTCGgtgt < 2:551285/61‑1 (MQ=255) gTCGCTGCCACCTGGT‑GCAGCGACAGCACGGTCTGCTCGCTGGCCAGGATGATGTCGgtgt > 1:551285/1‑61 (MQ=255) tCGCTG‑CACCAGGTGGCAGCGACAGCACGGTCTGCTCGCTGGCCAGGATGATGTCGGTGTTCTTGCGCAGGTTTTCCCAGTCGCGGCGTACCGATTCTATCTCGTCACGCACCGCAGGTGGCGCAGGCGGCAGGCCAGTGGACTTGTCAc > 1:606372/1‑150 (MQ=255) tCGCTG‑CACCAGGTGGCAGCGACAGCACGGTCTGCTCGCTGGCCAGGATGATGTCGGTGTTCTTGCGCAGGTTTTCCCAGTCGCGGCGTACCGATTCCATCTCGTCACGCACCGCAGGTGGCGCAGGCGGCAGGCCAGTGGACTTGTCAc > 1:87242/1‑150 (MQ=255) | GACCGAGCCAAGGATGCGTTCGGCCAGCAACAGCTGGCGCTGGGCCACCGCAACCTGATTGGCCGGGGCACCGCTCTGCAGCAGGATCTCGACCACTTTTTCGTATTCCACCTGCAGCTGCGGCACGGTCTCGGCCAGGGTCGCTGCCACCTGGT‑GCAGCGACAGCACGGTCTGCTCGCTGGCCAGGATGATGTCGGTGTTCTTGCGCAGGTTTTCCCAGTCGCGGCGTACCGATTCCATCTCGTCACGCACCGCAGGTGGCGCAGGCGGCAGGCCAGTGGACTTGTCAC > NC_002947/5688425‑5688714 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |