| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_002947 | = 4586100 | 5 (0.180) | 8 (0.410) | 4/170 | NT | 82.2% | intergenic (+139/+78) | PP_4061/PP_4063 | hypothetical protein/long‑chain fatty acid‑‑CoA ligase |
| ? | NC_002947 | = 4586128 | 0 (0.000) | intergenic (+167/+50) | PP_4061/PP_4063 | hypothetical protein/long‑chain fatty acid‑‑CoA ligase | |||||
GAAGGCTTAAGGGTAGACCACGGCACCGGCGTGAACAGCTGATCTGCGCTGCTCCATTGAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCAGGGACCGTGCCGGCCTTGAATGCGGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCGCGCCAGCACATCAACCCGCAGATGCAGCCGCAATCTCCGCCACACTGATCTCACGCATGCGGAACTTCTGCACCTTGCCG > NC_002947/4585952‑4586247 | gAAGGCTTAAGGGTAGACCACGGCACCGGCGTGAACAGCTGATCTGCGCTGCTCCATTGAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCAGGGa < 2:622068/150‑1 (MQ=255) ttAAGGGTAGACCACGGCACCGGCGTGAACAGCTGATCTGCGCTGCTCCATTGAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCAGGGACCGTGc > 1:233733/1‑150 (MQ=255) tacccgatgaccgtgaccggcaaggtgcagaagttccgcatgcgtgagatcagtgtggcggagattgcggctgcatctgcgggttgatgtgctggcgcGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCAGGGACCGTGCCGGCCtt < 1:585461‑M1/52‑1 (MQ=255) gACCACGGCACCGGCGTGAACAGCTGATCTGCGCTGCTCCATTGAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCAGGGACCGTGCCGGCCTTGa < 1:343294/150‑1 (MQ=255) ccggcaaggtgcagaagttccgcatgcgtgagatcagtgtggcggagattgcggctgcatctgcgggttgatgtgctggcgcGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCAGGGACCGTGCCGGCCTTGAATGCGGCGCTGccc > 2:578314‑M1/83‑150 (MQ=255) gTGAACAGCTGATCTGCGCTGCTCCATTGAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCAGGGACCGTGCCGGCCTTGAATGCGGCGCTGCccc > 1:698488‑M2/1‑147 (MQ=255) gAACAGCTGATCTGCGCTGCTCCATTGAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCAGGGgcagcgccgcattcaaggccggcacggtccctg < 1:605003‑M1/150‑34 (MQ=255) caaggtgcagaagttccgcatgcgtgagatcagtgtggcggagattgcggctgcatctgcgggttgatgtgctggcgcGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCAGGGACCGTGCCGGCCTTGAATGCGGCGCTGCCCCTgg > 2:585461‑M1/79‑150 (MQ=255) aGCTGATCTGCGCTGCTCCATTGAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCAGGGgcagcgccgcattcaaggccggcacggtccctggtag < 1:323161‑M1/150‑38 (MQ=255) tCTGCGCTGCTCCATTGAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCAGGGACCGTGCCGGCCTTGAATGCGGCGCTGCccctggtaggagcgg > 2:233733‑M2/1‑135 (MQ=255) tCTGCGCTGCTCCATTGAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCAGGGACCGTGCCGGCCTTGAATGCGGCGCTGCccctggtaggag > 1:514132‑M2/1‑135 (MQ=255) gctGCGCTGCTCCATTGAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCAGGGAGCGTGCCGGCCTTGAATGCGGCGCTGCccctggtaggag < 2:514132‑M2/146‑13 (MQ=255) ctgctCCATTGAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCAGGGACCGTGCCGGCCTTGAATGCGGCGCTGCccctggtaggagcgggtttac > 1:157793‑M2/1‑129 (MQ=255) ctCCATTGAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCAGGGgcagcgccgcattcaaggccggcacggtccctg > 2:350749‑M1/1‑98 (MQ=255) ctCCATTGAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCAGGGgcagcgccgcattcaaggccggcacggtccctg < 1:350749‑M1/131‑34 (MQ=255) aTTGAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCAGGGACCGTGCCGGCCTTGaa < 2:217224/111‑1 (MQ=255) aTTGAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCAGGGACCGTGCCGGCCTTGaa > 1:217224/1‑111 (MQ=255) gggTTGGGGTTGACGGGGTGGTTGGCATGGTGCACATCTTGCATTGAACGGGCTGTCCTGCTGGTGGGTAAACCCGCTCCTACCAGGGACCGTGCCGGCCTTGAATGCGGCGCTGCCCCGGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAggcc < 2:740271/149‑1 (MQ=25) atcagtgtggcggagattgcggctgcatctgcgggttgatttgctggcgcGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCAGGGACCGTGCCGGCCTTGAATGCGGCGCTGCCCCTGGTa < 1:700583‑M1/74‑1 (MQ=255) atcagtgtggcggagattgcggctgcatctgcgggttgatttgctggcgcGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCAGGGACCGTGCCGGCCTTGAATGCGGCGCTGCCCCTGGTa > 2:700583‑M1/51‑124 (MQ=255) tgtggcggagattgcggctgcatctgcgggttgatgtgctggcgcGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCAGGGACCGTGCCGGCCTTGAATGCGGCGCTGCCCCt > 2:735905‑M1/46‑115 (MQ=255) tgtggcggagattgcggctgcatctgcgggttgatgtgctggcgcGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCAGGGACCGTGCCGGCCTTGAATGCGGCGCTGCCCCt < 1:735905‑M1/70‑1 (MQ=255) tGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCAGGGACCGTGCCGGCCTTGAATGCGGCGCTGCccctggtaggagcgg < 1:103746‑M2/121‑16 (MQ=255) tGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCAGGGACCGTGCCGGCCTTGAATGCGGCGCTGCccctggtaggagcgg > 2:103746‑M2/1‑106 (MQ=255) ttGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCAGGGgcagcgccgcattcaaggccggcacggtccctggtag < 1:546990‑M1/104‑38 (MQ=255) ttGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCAGGGgcagcgccgcattcaaggccggcacggtccctggtag > 2:546990‑M1/1‑67 (MQ=255) ttGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCAGGGgcagcgccgcattcaaggccggcacggtccctggtag > 2:546873‑M1/1‑67 (MQ=255) ttGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCAGGGgcagcgccgcattcaaggccggcacggtccctggtag < 1:546873‑M1/104‑38 (MQ=255) gAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCAGGGACCGTGCCGGCCTTGAATGCGGCGCTGCccctgg < 1:168246‑M2/91‑7 (MQ=255) gAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCAGGGACCGTGCCGGCCTTGAATGCGGCGCTGCccctgg > 2:168246‑M2/1‑85 (MQ=255) tCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCAGGGACCGTGCCGGCCTTGAATGCGGCGCTGCccctggtaggagcgggtttacccgcgaa < 1:333105‑M2/108‑29 (MQ=255) tCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCAGGGACCGTGCCGGCCTTGAATGCGGCGCTGCccctggtaggagcgggtttacccgcgaa > 2:333105‑M2/1‑80 (MQ=255) gggCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCAGGGACCGTGCCGGCCTTGAATGCGGCGCTGCccctggtagga < 1:639502‑M2/78‑12 (MQ=255) gggCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCAGGGACCGTGCCGGCCTTGAATGCGGCGCTGCccctggtagga > 2:639502‑M2/1‑67 (MQ=255) ttCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCAGGGgcagcgccgcattcaaggccggcacggtccctggtaggagcgggtttacccgcgaagaggccggcccgatcaatgcaaga > 2:333105‑M1/1‑28 (MQ=255) ttCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCAGGGgcagcgccgcattcaaggccggcacggtccctggtaggagcgggtttacccgcgaagaggccggcccgatcaatgcaaga < 1:333105‑M1/108‑81 (MQ=255) gTAAACCCGCTCCTACCAGGGgcagcgccgcattcaaggccggcacggtccctggtaggagcgggtttacccgcgaagaggccggcccgatcaatgcaagatcttcaccttgccaagcacccggtcatcctcaacctttcaatggagcag > 1:157793‑M1/1‑21 (MQ=255) TAAACCCGCTCCTACCAGGGACCGTGCCGGCCTTGAATGCGGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGACGCGCCAGCCCCACAACGCCCACGTGCATCCGCAACCGCCGCCACACTGATCTCACGCATGCGGa < 2:351662‑M1/150‑1 (MQ=255) ccGCTCCTACCAGGGgcagcgccgcattcaaggccggcacggtccctggtaggagcgggtttacccgcgaagaggccggcccgatcaatgcaagatcttcaccttgccaagcacccggtcatcctcaacctttcaatggagcagcgcaga > 2:233733‑M1/1‑15 (MQ=255) ccGCTCCTACCAGGGgcagcgccgcattcaaggccggcacggtccctggtaggagcgggtttacccgcgaagaggccggcccgatcaatgcaagatcttcaccttgccaagcacccggtca > 2:103746‑M1/1‑15 (MQ=255) ccGCTCCTACCAGGGgcagcgccgcattcaaggccggcacggtccctggtaggagcgggtttacccgcgaagaggccggcccgatcaatgcaagatcttcaccttgccaagcacccggtca < 1:103746‑M1/121‑107 (MQ=255) cTCCTACCAGGGgcagcgccgcattcaaggccggcacggtccctggtaggagcgggtttacccgcgaagaggccggcccgatcaatgcaagatcttcaccttgccaagcacccggtcatcctcaacctttcaatggagcagcgcaga > 1:514132‑M1/1‑12 (MQ=255) cTCCTACCAGGGgcagcgccgcattcaaggccggcacgctccctggtaggagcgggtttacccgcgaagaggccggcccgatcaatgcaagatcttcaccttgccaagcacccggtcatcctcaacctttcaatggagcagcgcagc < 2:514132‑M1/147‑136 (MQ=255) CTCCTACCAGGGACCGTGCCGGCCTTGAATGCGGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCGCGCCAGCACATCAACCCGCAGATGCAGCCGCAATCTCCGCCACACTGATCTCACGCATGCGGAACTTCTGc > 1:351662‑M1/1‑150 (MQ=255) tCCTACCAGGGgcagcgccgcattcaaggccggcacggtccctggtaggagcgggtttacccgcgaagaggccggccc > 2:639502‑M1/1‑11 (MQ=255) tCCTACCAGGGgcagcgccgcattcaaggccggcacggtccctggtaggagcgggtttacccgcgaagaggccggccc < 1:639502‑M1/78‑68 (MQ=255) cTACCAGGGACCGTGCCGGCCTTGAATGCGGCGCTGCccctggtaggagcgggtttacccgcgaagaggccggcccgatcaatgcaagatcttcaccttgccaagcacccggtcatcctcaacctttcaatggagcagcgcagatcagct < 1:323161‑M2/150‑114 (MQ=255) cTACCAGGGACCGTGCCGGCCTTGAATGCGGCGCTGCccctggtaggagcgggtttacccgcgaagaggccggcccgatcaatgcaagatcttcaccttgccaa < 1:546990‑M2/104‑68 (MQ=255) cTACCAGGGACCGTGCCGGCCTTGAATGCGGCGCTGCccctggtaggagcgggtttacccgcgaagaggccggcccgatcaatgcaagatcttcaccttgccaa > 2:546990‑M2/1‑37 (MQ=255) cTACCAGGGACCGTGCCGGCCTTGAATGCGGCGCTGCccctggtaggagcgggtttacccgcgaagaggccggcccgatcaatgcaagatcttcaccttgccaa < 1:546873‑M2/104‑68 (MQ=255) cTACCAGGGACCGTGCCGGCCTTGAATGCGGCGCTGCccctggtaggagcgggtttacccgcgaagaggccggcccgatcaatgcaagatcttcaccttgccaa > 2:546873‑M2/1‑37 (MQ=255) ccAGGGgcagcgccgcattcaaggccggcacggtccctggtaggagcgggtttacccgcgaagaggccggcccgatcaatgcaagatcttc < 1:168246‑M1/91‑86 (MQ=255) ccAGGGgcagcgccgcattcaaggccggcacggtccctggtaggagcgggtttacccgcgaagaggccggcccgatcaatgcaagatcttc > 2:168246‑M1/1‑6 (MQ=255) cAGGGACCGTGCCGGCCTTGAATGCGGCGCTGCccctggtaggagcgggtttacccgcgaagaggccggcccgatcaatgcaagatcttcaccttgccaagcacccggtcatcctcaacctttcaatggagcagcgcagatcagctgttc < 1:605003‑M2/150‑118 (MQ=255) cAGGGACCGTGCCGGCCTTGAATGCGGCGCTGCccctggtaggagcgggtttacccgcgaagaggccggcccgatcaatgcaagatcttcaccttgccaagcacccggtcatcctcaacctttcaatggag > 2:350749‑M2/1‑33 (MQ=255) cAGGGACCGTGCCGGCCTTGAATGCGGCGCTGCccctggtaggagcgggtttacccgcgaagaggccggcccgatcaatgcaagatcttcaccttgccaagcacccggtcatcctcaacctttcaatggag < 1:350749‑M2/131‑99 (MQ=255) CAGGGACCGTGCCGGCCTTGAATGCGGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAggccggc < 2:470012‑M1/70‑1 (MQ=255) CAGGGACCGTGCCGGCCTTGAATGCGGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAggccggc > 1:470012‑M1/1‑70 (MQ=255) CAGGGACCGTGCCGGCCTTGAATGCGGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCGCGCCAGCACATCAACCCGCAGATGCAGCCGCAATCTCCGCCACACTGATCTCACGCATGCGGAACTTCTGCACCTTGc < 2:263995‑M1/150‑1 (MQ=255) ggggcagcgccgcattcaaggccggcacggtccctggtaggagcgggtttacccgcgaagaggccggcccgatcaatgcaagatcttcaccttgccaagcacccggtcatcctcaacctttcaatggagcagcgcagatcagctgttcac > 1:698488‑M1/1‑3 (MQ=255) GGACCGTGCCGGCCTTGAATGCGGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCGCGCCAGCACATCAAccc > 1:585708‑M1/1‑86 (MQ=255) GGACCGTGCCGGCCTTGAATGCGGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCGCGCCAGCACATCAAccc < 2:585708‑M1/86‑1 (MQ=255) | GAAGGCTTAAGGGTAGACCACGGCACCGGCGTGAACAGCTGATCTGCGCTGCTCCATTGAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCAGGGACCGTGCCGGCCTTGAATGCGGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCGCGCCAGCACATCAACCCGCAGATGCAGCCGCAATCTCCGCCACACTGATCTCACGCATGCGGAACTTCTGCACCTTGCCG > NC_002947/4585952‑4586247 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |