| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_002947 | 5870317 = | 33 (1.170) | 5 (0.230) | 5/188 | NT | 20.3% | intergenic (+22/+112) | PP_5144/ptsP | hypothetical protein/phosphoenolpyruvate‑dependent regulator |
| ? | NC_002947 | 5870410 = | 14 (0.650) | intergenic (+115/+19) | PP_5144/ptsP | hypothetical protein/phosphoenolpyruvate‑dependent regulator | |||||
CCAGCCAGAATTACGGGACCCGGGCGAGCACAGTGCTGATTGTGGATGATCAGGGGCAAAGGCGGCTGGTTGAGCGCAGTTTCGGGCCTTTTGGCGGGCATTTGGGGGAAATTGAGTTGTTGGTCTGAGTATTTGATGTTGTCTGTTCGGGCCTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAACGGCCTGGGTCCAACCCCAGATGTGTGTACGTGGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGCACAAACAGCATCACCCTCACAGGGTTTTATTAGCCCCAGGCCCAATCA > NC_002947/5870168‑5870460 | ccagccagAAGTACGGCACCCGCGCGAGCACAGTGCTGATTGTGGATGATCAGGGGCAAAGGCGGCTGGTTGAGCGCAGTTTCGGGCCTTTTGGCGGGCATTTGGGGGAAATTGAGTTGTTGGTCTGAGTATTTGATGTTGTCTGTTCgg < 2:686213/150‑1 (MQ=255) ccaaggaactgctggccgaggccttgagccatgacaacccgcaggttatccacagctcgctgcaactggccctgaagaaccttgggttggcgcggatgattgggcctggggctaataaaaccctgtgagggtgatgctgtttgtgccGGc < 1:63813‑M1/3‑1 (MQ=255) caaggaactgctggccgaggccttgagccatgacaacccgcaggttatccacagctcgctgcaactggccctgaagaaccttgggttggcgcggatgattgggcctggggctaataaaaccctgtgagggtgatgctgtttgtgccGGcc < 1:647515‑M1/4‑1 (MQ=255) caaggaactgctggccgaggccttgagccatgacaacccgcaggttatccacagctcgctgcaactggccctgaagaaccttgggttggcgcggatgattgggcctggggctaataaaaccctgtgagggtgatgctgtttgtgccGGcc < 2:315799‑M1/4‑1 (MQ=255) tACGGGACCCGGGCGAGCACAGTGCTGATTGTGGATGATCAGGGGCAAAGGCGGCTGGTTGAGCGCAGTTTCGGGCCTTTTGGCGGGCATTTGGGGGAAATTGAGTTGTTGGTCTGAGTATTTGATGTTGTCTGTTCGGGCCTCTTcgcg < 1:57249/150‑1 (MQ=255) aCGGGACCCGGGCGAGCACAGTGCTGATTGTGGATGATCAGGGGCAAAGGCGGCTGGTTGAGCGCAGTTTCGGGCCTTTTGGCGGGCATTTGGGGGAAATTGAGTTGTTGGTCTGAGTATTTGATGTTGTCTGTTCGGGCCTCTTCGCgg < 2:296346/150‑1 (MQ=255) ccgaggccttgagccatgacaacccgcaggttatccacagctcgctgcaactggccctgaagaaccttgggttggcgcggatgattgggcctggggctaataaaaccctgtgagggtgatgctgtttgtgccGGCCTCTTCGCGGGTGaa > 1:315799‑M1/133‑150 (MQ=255) ccgaggccttgagccatgacaacccgcaggttatccacagctcgctgcaactggccctgaagaaccttgggttggcgcggatgattgggcctggggctaataaaaccctgtgagggtgatgctgtttgtgccGGCCTCTTCGCGGGTGaa > 1:127523‑M1/133‑150 (MQ=255) gggCGAGCACAGTGCTGATTGTGGATGATCAGGGGCAAAGGCGGCTGGTTGAGCGCAGTTTCGGGCCTTTTGGCGGGCATTTGGGGGAAATTGAGTTGTTGGTCTGAGTATTTGATGTTGTCTGTTCGGGCCTCTTCGCGGGTGAACCCg > 2:267330/1‑150 (MQ=255) gccttgagccatgacaacccgcaggttatccacagctcgctgcaactggccctgaagaaccttgggttggcgcggatgattgggcctggggctaataaaaccctgtgagggtgatgctgtttgtgccGGCCTCTTCGCGGGTGAACCCGc < 1:243966‑M1/23‑1 (MQ=255) gccttgagccatgacaacccgcaggttatccacagctcgctgcaactggccctgaagaaccttgggttggcgcggatgattgggcctggggctaataaaaccctgtgagggtgatgctgtttgtgccGGCCTCTTCGCGGGTGAACCCGc > 1:513151‑M1/128‑150 (MQ=255) gCGAGCACAGTGCTGATTGTGGATGATCAGGGGCAAAGGCGGCTGGTTGAGCGCAGTTTCGGGCCTTTTGGCGGGCATTTGGGGGAAATTGAGTTGTTGGTCTGAGTATTTGATGTTGTCTGTTCgg > 1:647124/1‑127 (MQ=255) gCGAGCACAGTGCTGATTGTGGATGATCAGGGGCAAAGGCGGCTGGTTGAGCGCAGTTTCGGGCCTTTTGGCGGGCATTTGGGGGAAATTGAGTTGTTGGTCTGAGTATTTGATGTTGTCTGTTCgg < 2:647124/127‑1 (MQ=255) cttgagccatgacaacccggaggttatccacagctcgctgcaactggccctgaagaaccttgggttggcgcggatgattgggcctggggctaataaaaccctgtgagggtgatgctgtttgtgccGGCCTCTTCGCGGGTGAACCCGCTc > 2:372540‑M1/126‑150 (MQ=255) cttgagccatgacaacccgcaggttatccacagctcgctgcaactggccctgaagaaccttgggttggcgcggatgattgggcctggggctaataaaaccctgtgagggtgatgctgtttgtgccgg > 2:492550‑M1/126‑127 (MQ=255) cttgagccatgacaacccgcaggttatccacagctcgctgcaactggccctgaagaaccttgggttggcgcggatgattgggcctggggctaataaaaccctgtgagggtgatgctgtttgtgccgg < 1:492550‑M1/2‑1 (MQ=255) gAGCACAGTGCTGATTGTGGATGATCAGGGGCAAAGGCGGCTGGTTGAGCGCAGTTTCGGGCCTTTTGGCGGGCATTTGGGGGAAATTGAGTTGTTGGTCTGAGTATTTGATGTTGTCTGTTCGGGCCTCTTCGCGGGTTCACCCGcgaa < 2:158811/150‑4 (MQ=255) gAGCACAGTGCTGATTGTGGATGATCAGGGGCAAAGGCGGCTGGTTGAGCGCAGTTTCGGGCCTTTTGGCGGGCATTTGGGGGAAATTGAGTTGTTGGTCTGAGTATTTGATGTTGTCTGTTCGGGCCTCTTCGCGGGTGAACCCGCTcc < 2:100962/150‑1 (MQ=255) gagccatgacaacccgcaggttatccacagctcgctgcaactggccctgaagaaccttgggttggcgcggatgattgggcctggggctaataaaaccctgtgagggtgatgctgtttgtgccGGCCTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTa < 2:238015‑M1/28‑1 (MQ=255) gCACAGTGCTGATTGTGGATGATCAGGGGCAAAGGCGGATGGTTGAGTGCAGTTTCGGGCCTTTTGGCGGGCATTTCGGGGAAATTGAGTTGTTGGTCTGAGTATTTGATGTTGTCTGTTCGGGCCTCTTAGTGGGCGCACCGGCTCATa > 2:121232/1‑150 (MQ=255) tGCTGATTGTGGATGATCAGGGGCAAAGGCGGCTGGTTGAGGCCAGTTTCGGGCCTCTTGGCGATCAAGGGTGTCTAATTGAGTTGTTGGTCTGAGTATTTGATGTTGTCTGTTCGGGCCTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAACgg < 1:693735/150‑1 (MQ=37) tGATTGTGGATGATCAGGGGCAAAGGCGGCTGGTTGAGCGCAGTTTCGGGCCTTTTGGCGGGCATTTGGGGGAAATTGAGTTGTTGGTCTGAGTATTTGATGTTGTCTGTTCGGGCCTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACCACgtaca > 1:246568/1‑146 (MQ=255) tGATTGTGGATGATCAGGGGCAAAGGCGGCTGGTTGAGCGCAGTTTCGGGCCTTTTGGCGGGCATTTGGGGGAAATTGAGTTGTTGGTCTGAGTATTTGATGTTGTCTGTTCGGGCCTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAACGGCCt < 1:205856/150‑1 (MQ=255) gATTGTGGATGATCAGGGGCAAAGGCGGCTGGTTGAGCGCAGTTTCGGGCCTTTTGGCGGGCATTTGGGGGAAATTGAGTTGTTGGTCTGAGTATTTGATGTTGTCTGTTCGGGCCTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAACGGCCTg < 1:121232/150‑1 (MQ=255) aacccgcaggttatccacagctcgctgcaactggccctgaagaaccttgggttggcgcggatgattgggcctggggctaataaaaccctgtgagggtgatgctgtttgtgccGGCCTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAACGGCCTg < 2:657615‑M1/38‑1 (MQ=255) aTTGTGGATGATCAGGGGCAAAGGCGGCTGGTTGAGCGCAGTTTCGGGCCTTTTGGCGGGCATTTGGGGGAAATTGAGTTGTTGGTCTGAGTATTTGATGTTGTCTGTTCGGGCCTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAACGGCCTgg < 2:619390/150‑1 (MQ=255) ccgcaggttatccacagctcgctgcaactggccctgaagaaccttgggttggcgcggatgattgggcctggggctaataaaaccctgtgagggtgatgctgtttgtgccGGCCTATTCGCGGGTGAACCCg > 1:87031‑M1/110‑131 (MQ=255) ccgcaggttatccacagctcgctgcaactggccctgaagaaccttgggttggcgcggatgattgggcctggggctaataaaaccctgtgagggtgatgctgtttgtgccGGCCTATTCGCGGGTGAACCCg < 2:87031‑M1/22‑1 (MQ=255) gatgatCAGGGGCAAAGGCGGCTGGTTGAGCGCAGTTTCGGGCCTTTTGGCGGGCATTTGGGGGAAATTGAGTTGTTGGTCTGAGTATTTGATGTTGTCTGTTCGGGCCTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAAc < 1:627501/137‑1 (MQ=255) gatgatCAGGGGCAAAGGCGGCTGGTTGAGCGCAGTTTCGGGCCTTTTGGCGGGCATTTGGGGGAAATTGAGTTGTTGGTCTGAGTATTTGATGTTGTCTGTTCGGGCCTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAAc > 2:627501/1‑137 (MQ=255) gggCAAAGGCGGCTGGTTGAGCGCAGTTTCGGGCCTTTTGGCGGGCATTTGGGGGAAATTGAGTTGTTGGTCTGAGTATTTGATGTTGTCTGTTCGGGCCTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAACg > 1:696434/1‑129 (MQ=255) gggCAAAGGCGGCTGGTTGAGCGCAGTTTCGGGCCTTTTGGCGGGCATTTGGGGGAAATTGAGTTGTTGGTCTGAGTATTTGATGTTGTCTGTTCGGGCCTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAACg < 2:696434/129‑1 (MQ=255) cAAAGGCGGCTGGTTGAGCGCAGTTTCGGGCCTTTTGGCGGGCATTTGGGGGAAATTGAGTTGTTGGTCTGAGTATTTGATGTTGTCTGTTCGGGCCTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAACGGCCTGGGTCCAACCCCAGAtgtgt < 1:267330/150‑1 (MQ=255) ttGAGCGCAGTTTCGGGCCTTTTGGCGGGCATTTGGGGGAAATTGAGTTGTTGGTCTGAGTATTTGATGTTGTCTGTTCGGGCCTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAACGGCCTGGGTCCAACCCCAGATGTGTGTACGTGGTAGGa < 2:581970/150‑1 (MQ=255) ccctgaagaaccttgggttggcgcggatgattgggcctggggctaataaaaccctgtgagggtgatgctgtttgtgccGGCCTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAACGGCCTGGGTCCAACCCCAGATGTGTGTACGTGGTAGGAGc > 1:657615‑M1/79‑150 (MQ=255) 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ccTTTTGGCGGGCATTTGGGGGAAATTGAGTTGTTGGTCTGAGTATTTGATGTCTTCGGTGCGGGCCTCTTCGCGGGGGAACCCGCTCCTACAACGGCCTGGGTCCCACCCCAGATGTGTTTACGTGGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGac > 2:747122/1‑149 (MQ=38) ggCGGGCATTTGGGGGAAATTGAGTTGTTGGTCTGAGTATTTGATGTTGTCTGTTCGGGCCTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAACGGCCTGGGTCCAACCCCAGATGTGTGTACGTGGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGcc > 1:456066/1‑150 (MQ=255) gCGGGCATTTGGGGGAAATTGAGTTGTTGGTCTGAGTATTTGATGTTGTCTGTTCGGGCCTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAACGGCCTGGGTCCAACCCCAGATGTGTGTACGTGGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCg < 2:456066/150‑1 (MQ=255) gggCATTTGGGGGAAATTGAGTTGTTGGTCTGAGTATTTGATGTTGTCTGTTCGGGCCTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAACGGCCTGGGTCCAACCCCAGATGTGTGTACGTGGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGc > 1:564102/1‑150 (MQ=255) ggCATTGGGGGGAAATTGGTTTGTTGGTCTGAGTATTGGATGTTGTCTGTTCGGGCCTTTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAACGGCCTGGGTCCAACCCCAGATGTGTGTACGTGGTAGGAGCGGGTTCCCCCGCGAAGAGGCCGGca < 2:564102/150‑1 (MQ=37) ataaaaccctgtgagggtgatgctgtttgtgccGGCCTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAACGGCCTGGGTCCAACCCCAGATGTGTGTACGTGGTAGGAGCggg > 2:590835‑M1/34‑108 (MQ=255) ataaaaccctgtgagggtgatgctgtttgtgccGGCCTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAACGGCCTGGGTCCAACCCCAGATGTGTGTACGTGGTAGGAGCggg < 1:590835‑M1/75‑1 (MQ=255) gTCTGAGTATTTGATGTTGTCTGTTCGGGCCTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAACGGCCTGGGTCCAACCCCAGATGGGTGTACGTGGTAGGAGCGGGTTCAACCGCGAAAAGGCCGGCACAAACAACATCACCCTCCCAGGGgtt > 2:562715/1‑150 (MQ=38) tCTGAGTATTTGATGTTGTCTGTTCGGGCCTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAACGGCCTGGGTCCAACCCCAGATGTGTGTACGTGGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGCACAAACAGCATCACCCTCACAGGGtttt > 1:55095/1‑150 (MQ=255) cTGAGTATTTGATGTTGTCTGTTCGGGCCTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAACGGCCTGGGTCCAACCCCAGATGTGTGTACGTGGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGCACAAACAGCATCACCCTCACAGGGTTtta < 2:55095/150‑1 (MQ=255) tgggTAGTTGATGTTGTCTGTTCGGGCCTCTTCGCGGGTGAACCGGCTCCTACAACGGCCTGGGTCCAACCGCAGATGTGTGTACGTGGTAGGAGCGGGTTCGCCGGGGAAGAGGTCGGCACAAACAGCATCACCCTCACAGGGTTttat < 2:11540/147‑1 (MQ=38) tATTTGATGTTGTCTGTTCGGGCCTCTTCGCGGGTTAACCCGCTACTACAACGGCCTGGGTCCAACCCCAGATGTGTGTACGTGTTAGGAACGGGTTCACCCTCGAAGAGGCCGGCACAAACAGCATCACCCTCACAGGGTTTTATTAGc < 2:189138/150‑1 (MQ=255) tCTGTTCGGGCCTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAACGGCCTGGGTCCAACCCCAGATGTGTGTACGTGGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCg < 1:277750/102‑1 (MQ=255) tCTGTTCGGGCCTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAACGGCCTGGGTCCAACCCCAGATGTGTGTACGTGGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCg > 2:277750/1‑102 (MQ=255) tGTTCGGGCCTCTTCGCGGGTGAACCCTCTCCTACAACGGCCTGGGTCCAACCCCAGATGTGTGTACGTGGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGCACAAACAGCATCACCCTCACAGGGTTTTATTAGCCCCAGGCCCAatca > 1:106896/1‑150 (MQ=255) | CCAGCCAGAATTACGGGACCCGGGCGAGCACAGTGCTGATTGTGGATGATCAGGGGCAAAGGCGGCTGGTTGAGCGCAGTTTCGGGCCTTTTGGCGGGCATTTGGGGGAAATTGAGTTGTTGGTCTGAGTATTTGATGTTGTCTGTTCGGGCCTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAACGGCCTGGGTCCAACCCCAGATGTGTGTACGTGGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGCACAAACAGCATCACCCTCACAGGGTTTTATTAGCCCCAGGCCCAATCA > NC_002947/5870168‑5870460 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |