| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 1,226,183 | T→A | 13.3% | D105V (GAC→GTC) | gltI ← | glutamate/aspartate ABC transporter substrate‑binding protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 1,226,183 | 0 | T | A | 13.3% | 78.0 / 4.6 | 30 | D105V (GAC→GTC) | gltI | glutamate/aspartate ABC transporter substrate‑binding protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (13/13); new base A (2/2); total (15/15) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.38e-01 | |||||||||||
TTGCCGGCCAGGTCCGGGAAGTCTTTGTATGCCGGCTGACCGTCCTTGACCTTGGTCAACAGGCGGGTACCGACTTCGAAGATGCCGACCGAGAAGCCAACCTGTTGCTGGCGCTCGACGTTGTTGGTGGTGGAGCCACACTCCAGGTCGACGGTGCCGTTCTGCACCAGCGGAATACGGGTTTGCGAGGTGACCAGGTTGTAACGGACCTTGATGTCCGTGCCCAGTTGCTTTTTCAGCGCGTCGACGACGGCCAGCTGGATGTCATGCGAGTAACCGACGGGCTCGGGTTTGCCG > NC_002947/1226036‑1226332 | ttGCCGGCCAGGTCCGGGAAGTCTTTGTATGCCGGCTGACCGTCCTTGACCTTGGTCAACAGGCGGGTACCGACTTCGAAGGTGCCGACCGAGAAGCCAACCTGTTGCTGGCGCTCGACGTTGTTGGTGGTGGAGCCACACTCCAGGTCg > 1:533082/1‑150 (MQ=255) gTCCGGGAAGTCTTTGTATGCCGGCTGACCGTCCTTGACCTTGGTCAACAGGCGGGTACCGACTTCGAAGATGCCGACCGAGAAGCCAACCTGTTGCTGGCGCTCGACGTTGTTGGTGGTGGAGCCACACTCCAGGTCGACGGTGCCGtt > 2:729440/1‑150 (MQ=255) tCCGGGAAGTCTTTGTATGCCGGCTGACCGTCCTTGACCTTGGTCAACAGGCGGGTACCGACTTCGAAGATGCCGACCGAGAAGCCAACCTGTTGCTGGCGCTCGACGTTGTTGGTGGTGGAGCCACACTCCAGGTCGACGGTGCCGTTc < 2:6242/150‑1 (MQ=255) ggAAGTCTTTGTATGCCGGCTGACCGTCCTTGACCTTGGTCAACAGGCGGGTACCGACTTCGAAGATGCCGACCGAGAAGCCAACCTGTTGCTGGCGCTCGACGTTGTTGGTGGTGGAGCCACACTCCAGGTCGACGGTGCCGTTCTGCa > 2:409689/1‑150 (MQ=255) tCTTTGTATGCCGGCTGACCGTCCTTGACCTTGGTCAACAGGCGGGTACCGACTTCGAAGATGCCGACCGAGAAGCCAACCTGTTGCTGGCGCTCGACGTTGTTGGTGGTGGAGCCACACTCCAGGTCGACGGTGCCGTTCTGCACCAGc > 1:639159/1‑150 (MQ=255) gCTGACCATCCTTGACCTTGGTCAACAGGCGGGTACCGACTTCGAAGATGCCGACCGAGAAGCCAACCTGTTGCTGGCGCTCGACGTTGTTGGTGGTGGAGCCACACTCCAGGTCGACGGTGCCGTTCTGCACCAGCGGAATACGGGttt > 2:329179/1‑150 (MQ=255) cGTCCTTGACCTTGGTCAACAGGCGGGTACCGACTTCGAAGATGCCGACCGAGAAGCCAACCTGTTGCTGGCGCTCGACGTTGTTGGTGGTGGAGCCACACTCCAGGTCGACGGTGCCGTTCTGCACCAGCGGAATACGGGTTTGCGa < 1:571498/148‑1 (MQ=255) cGTCCTTGACCTTGGTCAACAGGCGGGTACCGACTTCGAAGATGCCGACCGAGAAGCCAACCTGTTGCTGGCGCTCGACGTTGTTGGTGGTGGAGCCACACTCCAGGTCGACGGTGCCGTTCTGCACCAGCGGAATACGGGTTTGCGa > 2:571498/1‑148 (MQ=255) ttGACCTTGGTCAACAGGCGGGTACCGACTTCGAAGATGCGGACAGAGCCGTGAAGCTGTTGCTGGCGCGTTACGTTGTTGGTGGTGGAGCCACACTCCAGGTCGACGGTGCCGTTCTGCACCAGCGGAATACGGGTTTGCGAGGTGAcc > 1:318172/1‑150 (MQ=255) cccTTGGTCAACAGGCGGTTACCGACTTCGAAGATGCCGACCGAGAAGCCAACCTGTTGCTGGCGCTCGACGTTGTTGGTGGTGGAGCCACACTCCAGGTCGACGGTGCCGTTCTGCACCAGCGGAATACGGGTTTGCGAGGTGACCAgg < 2:145455/149‑1 (MQ=255) cTTGGTCAACAGGCGGGTACCGACTTCGAAGATGCCGACCGAGAAGCCAACCTGTTGCTGGCGCTCGACGTTGTTGGTGGTGGAGCCACACTCCAGGTCGACGGTGCCGTTCTGCACCAGCGGAATACGGGTTTg < 1:55152/135‑1 (MQ=255) cTTGGTCAACAGGCGGGTACCGACTTCGAAGATGCCGACCGAGAAGCCAACCTGTTGCTGGCGCTCGACGTTGTTGGTGGTGGAGCCACACTCCAGGTCGACGGTGCCGTTCTGCACCAGCGGAATACGGGTTTg > 2:55152/1‑135 (MQ=255) cTTGGTCAACAGGCGGGTACCGACTTCGAAGATGCCGACCGAGAAGCCAACCTGTTGCTGGCGCTCGACGTTGTTGGTGGTGGAGCCACACTCCAGGACGACGGTGCCGTTCTGCACCAGCGGAATACGGGTTTGCGAGGTGACCAgg < 1:538206/148‑1 (MQ=255) cTTGGTCAACAGGCGGGTACCGACTTCGAAGATGCCGACCGAGAAGCCAACCTGTTGCTGGCGCTCGACGTTGTTGGTGGTGGAGCCACACTCCAGGACGACGGTGCCGTTCTGCACCAGCGGAATACGGGTTTGCGAGGTGACCAgg > 2:538206/1‑148 (MQ=255) cTTGGTCAACAGGCGGGTACCGACTTCGAAGATGCCGACCGAGAAGCCAACCTGTTGCTGGCGCTCGACGTTGTTGGTGGTGGAGCCACACTCCAGGACGACGGTGCCGTTCTGCACCAGCGGAATACGGGTTTGCGAGGTGACCAgg > 2:163113/1‑148 (MQ=255) cTTGGTCAACAGGCGGGTACCGACTTCGAAGATGCCGACCGAGAAGCCAACCTGTTGCTGGCGCTCGACGTTGTTGGTGGTGGAGCCACACTCCAGGACGACGGTGCCGTTCTGCACCAGCGGAATACGGGTTTGCGAGGTGACCAgg < 1:163113/148‑1 (MQ=255) ttGGTCAACAGGCGGGTACCGACTTCGAAGATGCCGACCGAGAAGCCAACCTGTTGCTGGCGCTCGACGTTGTTGGTGGTGGAGCCACACTCCAGGTCGACGGTGCCGTTCTGCACCAGCGGAATACGGGTTTGCGAGGTGACCAGGTTg > 1:749801/1‑150 (MQ=255) ggTACCGACTTCGAAGATGCCGACCGAGAAGCCAACCTGTTGCTGGCGCTCGACGTTGTTGGTGGTGGAGCCACACTCCAGGTCGACGGTGCCGTTCTGCACCAGCGGAATACGGGTTTGCGAGGTGACCAGGTTGTAACGGACCTTTAt < 2:749801/150‑1 (MQ=255) ccGACTTCGAAGGTGCCGACCGAGAAGCCAACCTGTTGCTGGCGCTCGACGTTGTTGGTGGTGGAGCCACACTCCAGGTCGACGGTGCCGTTCTGCACCAGCGGAATACGGGTTTGCGAGGTGACCAGGTTGTAACGGACCTTGATGTcc < 2:533082/150‑1 (MQ=255) gACTTCGAAGATGCCGACCGAGAAGCCAACCTGTTGCTGGCGCTCGACGTTGTTGGTGGTGGAGCCACACTCCAGGTCGACGGTGCCGTTCTGCACCAGCGGAATACGGGTTTGCGAGGTGACCAGGTTGTAACGGACCTTGATGTCCGt < 2:476002/150‑1 (MQ=255) aGATGCCGACCGAGAAGCCAACCTGTTGCTGGCGCTCGACGTTGTTGGTGGTGGAGCCAGACTCCAGGTCGACGGTGCCGTTCTGCACCAGCGGAATACGGGTTTGCGACGAATTCAGGTTGTAACGGGCCTTGATGTCCGTGCCCAGtt > 1:229073/1‑150 (MQ=255) tGCCGACCGAGAAGCCAACCTGTTGCTGGCGCTCGACGTTGTTGGTGGTGGAGCCACACTCCAGGTCGACGGTGCCGTTCTGCACCAGCGGAATATGGGTTTGCGAGGTGACCAGGTTGTAACGGACCTTGATGTCCGTGCCCAGTTGCt < 2:639159/150‑1 (MQ=255) gagaAGCCAACCTGTTGCTGGCGCTCGACGTTGTTGGTGGTGGAGCCACACTCCAGGTCGACGGTGCCGTTCTGCACCAGCGGAATACGGGTTTGCGAGGTGACCAGGTTGTAACGGACCTTGATGTCCGTGCCCAGTTGCTTTTTCAgc < 2:402512/150‑1 (MQ=255) gCCAACCTGTTGCTGGCGCTCGACGTTGTTGGTGGTGGAGCCACACTCCAGGTCGACGGTGCCGTTCTGCACCAGCGGAATACGGGTTTGCGAGGTGACCAGGTTGTAACGGACCTTGATGTCCGTGCCCAGTTGCTTTTTCAGCGCGTc < 2:465810/150‑1 (MQ=255) gCCAACCTGTTGCTGGCGCTCGACGTTGTTGGTGGTGGAGCCACACTCCAGGTCGACGGTGCCGTTCTGCACCAGCGGAATACGGGTTTGCGAGGTGACCAGGTTGTAACGGACCTTGATGTCCGTGCCCAGTTGCTTTTTCAGCGCGTc > 1:465810/1‑150 (MQ=255) cAACCTGTTGCTGGCGCTCGACGTTGTTGGTGGTGGAGCCACACTCCAGGTCGACGGTGCCGTTCTGCACCAGCGGAATACGGGTTTGCGAGGTGACCAGGTTGTAACGGACCTTGATGTCCGTGCCCAGTTGCTTTTTCAGCGCGTcga < 1:329179/150‑1 (MQ=255) cTGTTGCTGGCGCTCGACGTTGTTGGTGGTGGAGCCACACTCCAGGTCGACGGTGCCGTTCTGCACCAGCGGAATACGGGTTTGCGAGGTGACCAGGTTGTAACGGACCTTGATGTCCGTGCCCAGTTGCTTTTTCAGCGCGTCgacgac > 2:258371/1‑150 (MQ=255) cGTTGTTGGTAGTGCAGCCACACTCCAGGTCGACGGTGCCGTTCTGCACCAGCCGAATACGGGTTTGCGAGGTGACCAGGTTGTAACGGACCTTGATGTCCGTGCCCAGATGCTTTTTCAGCGCGTCGACGACGGCCAGCTGGATGTCAt < 1:716201/150‑1 (MQ=255) ggtggtggAGCCACACTCCAGGTCGACGGTGCCGTTCTGCACCAGCGGAATACGGGTTTGCGAGGTGACCAGGTTGTAACGGACCTTGATGTCCGTGCCCAGTTGCTTTTTCAGCGCGTCGACGACGGCCAGCTGGATGTCATGCGAGTa > 2:294167/1‑150 (MQ=255) gAGCCACACTCCAGGTCGACGGTGCCGTTCTGCACCAGCGGAATACGGGTTTGCGAGGTGACCAGGTTGTAACGGACCTTGATGTCCGTGCCCAGTTGCTTTTTCAGCGCGTCGACGACGGCCAGCTGGATGTCATGCGAGTAACCGACg < 1:729440/150‑1 (MQ=255) tCGACGGTGCCGTTCTGCACCAGCGGAATACGGGTTTGCGAGGTGACCAGGTTGTAACGGACCTTGATGTCCGTGCCCAGTTGCTTTTTCAGCGCGTCGACGACGGCCAGCTGGATGTCATGCGAGTAACCGACGGGCTCGGGTTTGCCg < 1:258371/150‑1 (MQ=255) | TTGCCGGCCAGGTCCGGGAAGTCTTTGTATGCCGGCTGACCGTCCTTGACCTTGGTCAACAGGCGGGTACCGACTTCGAAGATGCCGACCGAGAAGCCAACCTGTTGCTGGCGCTCGACGTTGTTGGTGGTGGAGCCACACTCCAGGTCGACGGTGCCGTTCTGCACCAGCGGAATACGGGTTTGCGAGGTGACCAGGTTGTAACGGACCTTGATGTCCGTGCCCAGTTGCTTTTTCAGCGCGTCGACGACGGCCAGCTGGATGTCATGCGAGTAACCGACGGGCTCGGGTTTGCCG > NC_002947/1226036‑1226332 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |