| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 2,305,896 | A→C | 11.1% | V235G (GTG→GGG) | PP_2028 ← | TPR repeat‑containing protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 2,305,896 | 0 | A | C | 11.1% | 85.6 / 5.8 | 36 | V235G (GTG→GGG) | PP_2028 | TPR repeat‑containing protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (18/14); new base C (2/2); total (20/16) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.41e-01 | |||||||||||
GCCACGCAGGTCGAGGTCGTCGATGCGGGCGTGCCGGTAGCGCCCGCCCGTGCCGCTGATAAAACCCTTCAGGCTGGCGCTGTCCAGGCGAGGCAAGAGGATGCCGCCCTGGTCGTCTTTAAGGTATTCGCCATTGGCCTGGCGCACCGGGGCGCCTTCGCGGCTGCCGATGCCCAGCATCAGCAGGCTTGGGCCCTGGCGGCCGAGGGCCTGGGTGATGCCCTGGCGCTCGGCGGCGCTGAGCGCTGAGCCTACCAGCAGCAGGCGGCCTTGGCCGAGGCCGCTCTGGGCCAG > NC_002947/2305751‑2306044 | gccACGCAGGTCGAGGTCGTCGATGCGGGCGTGCCGGTAGCGCCCGCCCGTGCCGCTGATAAAACCCTTCAGGCTGGCGCTGTCCAGGCGAGGCAAGAGTATGCCGCCCTGGTCGTCTTTAAGGTATTCGCCATTGGCCTGGCGCACCgg > 2:363094/1‑150 (MQ=255)gccACGCAGGTCGAGGTCGTCGATGCGGACGTGCCGGTAGCGCCCGCCCGTGCCGCTGATAAAACCCTTCAGGCTGGCGCTGTCCAGGCGAGGCAAGAGGATGCCGCCCTGGTCGTCTTTAAGGTATTCGCCATTGGCCTGGCGCCCCgg > 1:700832/1‑150 (MQ=255) ccACGCAGGTCGAGGTCGTCGATGCGGGCGTGCCGGTAGCGCCCGCCCTTGCCGCTGATAAAACCCTTCAGGCTGGCGCTGTCCAGGCGAGGCAAGAGGATGCCGCCCTGGTCGTCTTTAAGGTATTCGCCATTGGCCTGGCGCACCggg < 2:502341/150‑1 (MQ=255) ggtcgaggtcgTCGATGCGGGCGTGCCGGTAGCGCCCGCCCGTGCCGCTGATAAAACCCTTCAGGCTGGCGCTGTCCAGGCGAGGCAAGAGGATGCCGCCCTGGTCGTCTTTAAGGTATTCGCCATTGGCCTGGCGCCCCGGTGCGccag < 2:700832/150‑3 (MQ=255) gtcgaggtcgTAGCTGCGGGGGTGCCGGTAGCGCCCGCCCGTGCCGCTGATAAAACCCTTCAGGCTGGCGCTGTCCAGGCGAGGCAAGAGGATGCCGCCCTGGTCGTCTTTAAGGTATTCGCCATTGGCCTGGCGCACCGGGGCGCCTTc < 2:607442/150‑1 (MQ=255) gaggtcgTCGATGCGGGCGTGCCGGTAGCGCCCGCCCGTGCCGCTGATAAAACCCTTCAGGCTGGCGCTGTCCAGGCGAGGCAAGAGGATGCCGCCCTGGTCGTCTTTAAGGTATTCGCCATTGGCCTGGCGCACCGGGGCGCCTTcgcg > 1:611155/1‑150 (MQ=255) gATGCGGGCGTGCCGGTAGCGCCCGCCCGTGCCGCTGATAAAACCCTTCAGGCTGGCGCTGTCCAGGCGAGGCAAGAGGATGCCGCCCTGGTCGTCTTTAAGGTATTCGCCATTGGCCTGGCGCCCCGGTGCGccag < 2:546335/137‑3 (MQ=255) gATGCGGGCGTGCCGGTAGCGCCCGCCCGTGCCGCTGATAAAACCCTTCAGGCTGGCGCTGTCCAGGCGAGGCAAGAGGATGCCGCCCTGGTCGTCTTTAAGGTATTCGCCATTGGCCTGGCGCCCCGGTGCGccag > 1:546335/1‑135 (MQ=255) gggCGTGCCGGTAGCGCCCGCCCGTGCCGCTGATAAAACCCTTCAGGCTGGCGCTGTCCAGGCGAGGCAAGAGGATGCCGCCCTGGTCGTCTTTAAGGTATTCGCCATTGGCCTGGCGCACCGGGGCGCCTTCGCGGCTGCCGATGCCCa < 1:532452/150‑1 (MQ=255) gTGCCGGTAGCGCCCGCCCGTGCCGCTGATAAAACCCTTCAGGCTGGCGCTGTCCAGGCGAGGCAAGAGGATGCCGCCCTGGTCGTCTTTAAGGTATTCGCCATTGGCCTGGCGCACCGGGGCGCCTTCGCGGCTGCCGATGCCCAGCAt > 2:26279/1‑150 (MQ=255) gTAGCGCCCGCCCGTGCCGCTGATAAAACCCTTCAGGCTGGCGCTGTCCAGGCGAGGCAAGAGTATGCCGCCCTGGTCGTCTTTAAGGTATTCGCCATTGGCCTGGCGCACGGGGGCGCCTTCGCGGCTGCCGATGCCCAGCATcagcag > 2:48635/1‑150 (MQ=255) gcccgcccGTGCCGCTGATAAAACCCTTCAGGCTGGCGCTGTCCAGGCGAGGCAAGAGGATGCCGCCCTGGTCGTCTTTAAGGTATTCGCCATTGGCCTGGCGCACCGGGGCGCCTTCGCGGCTGCCGATGCCCAGCATCAGCAGGCTTg > 1:205166/1‑150 (MQ=255) ccgcccgTGCCGCTGATAAAACCCTTCAGGCTGGCGCTGTCCAGGCGAGGCAAGAGTATGCCGCCCTGGTCGTCTTTAAGGTATTCGCCATTGGCCTGGCGCACCGGGGCGCCTTCGCGGCTGCCGATGCCCAGCATCAGCAGGCTTggg < 1:363094/150‑1 (MQ=255) ccGCTGATAAAACCCTTCAGGCTGGAGCTGACCAGCTTAGGCAAGAGGATGCCGCCCTGGTCGTCTTTAAGGTATTCGCCATTGGCCTGGCGCACCGGGGCGCCTTCGCGGCTGCCGATGCCCAGCATCAGCAGGCTTGGGCCCTggcgg < 2:248996/150‑1 (MQ=255) tGATAAAACCCTTCAGGCTGGCGCTGTCCAGGCGAGGCAAGAGGATGCCGCCCTGGTCGTCTTTAAGGTATTCGCCATTGGCCTGGCGCACCGGGGCGCCTTCGCGGCTGCCGATGCCCAGCATCAGCAGGCTTGGGCCCTGGCGGCCGa < 2:611155/150‑1 (MQ=255) aaCCCTTCAGGCTGGCGCTGTCCAGGCGAGGCAAGAGGATGCCGCCCTGGTCGTCTTTAAGGTATTCGCCATTGGCCTGGCGCACCGGGGCGCCTTCGCGGCTGCCGATGCCCAGCATCAGCAGGCTTGGGCCCTGGCGGCCGAgg > 2:442279/1‑146 (MQ=255) aaCCCTTCAGGCTGGCGCTGTCCAGGCGAGGCAAGAGGATGCCGCCCTGGTCGTCTTTAAGGTATTCGCCATTGGCCTGGCGCACCGGGGCGCCTTCGCGGCTGCCGATGCCCAGCATCAGCAGGCTTGGGCCCTGGCGGCCGAgg < 1:442279/146‑1 (MQ=255) aaCCCTTCAGGCTGGCGCTGTCCAGGCGAGGCAAGAGGATGCCGCCCTGGTCGTCTTTAAGGTATTCGCCATTGGCCTGGCGCACCGGGGCGCCTTCGCGGCTGCCGATGCCCAGCATCAGCAGGCTTGGGCCCTGGCGGCCGAGGGCCt > 1:507038/1‑150 (MQ=255) 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gCCATTGGCCTGGCGCACCGGGGCGCCTTCGCGGCTGCCGATGCCCAGCATCAGCAGGCTTGGGCCCTGGCGGCCGAGGGCCTGGGTGATGCCCTGGCGCTCGGCGGCGCTGAGCGCTGAGCCTACCAGCAGCAGGCGGCCTTGGCCGAg > 1:434801/1‑150 (MQ=255) aTTGGCCTGGCGCACCGGGGCGCCTTCGCGGCTGCCGATGCCCAGCATCAGCAGGCTTGGGCCCTGGCGGCCGAGGGCCTGGGTGATGCCCt < 2:304792/92‑1 (MQ=255) aTTGGCCTGGCGCACCGGGGCGCCTTCGCGGCTGCCGATGCCCAGCATCAGCAGGCTTGGGCCCTGGCGGCCGAGGGCCTGGGTGATGCCCt > 1:304792/1‑92 (MQ=255) gCCTGGCGCACCGGGGCGCCTTCGCGGCTGCCGATGCCCAGCATCAGCAGGCTTGGGCCCTGGCGGCCGAGGGCCTGGGTGATGCCCTGGCGCTCGGCGGCGCTGAGCGCTGAGCCTACCAGCAGCAGGCGGcc < 1:621290/134‑1 (MQ=255) gCCTGGCGCACCGGGGCGCCTTCGCGGCTGCCGATGCCCAGCATCAGCAGGCTTGGGCCCTGGCGGCCGAGGGCCTGGGTGATGCCCTGGCGCTCGGCGGCGCTGAGCGCTGAGCCTACCAGCAGCAGGCGGcc > 2:621290/1‑134 (MQ=255) tGGCGCACCGGGGCGCCTTCGCGGCTGCCGATGCCCAGCATCAGCAGGCTTGGGCCCTGGCGGCCGAGGGCCTGGGTGATGCCCTGGCGCTCGGCGGCGCTGAGCGCTGAGCCTACCAGCAGCAGGCGGCCTTGGCCGAGGCCGCTCTgg < 2:431715/150‑1 (MQ=255) cACCGGGGCGCCTTCGCGGCTGCCGATGCCCAGCATCAGCAGGCTTGGGCCCTGGCGGCCGAGGGCCTGGGTGATGCCCTGGCGCTCGGCGGCGCTGAGCGCTGAGCCTACCAGCAGCAGGCGGCCTTGGCCGAGGCCGCTCTgggtctg < 1:26279/150‑5 (MQ=255) | GCCACGCAGGTCGAGGTCGTCGATGCGGGCGTGCCGGTAGCGCCCGCCCGTGCCGCTGATAAAACCCTTCAGGCTGGCGCTGTCCAGGCGAGGCAAGAGGATGCCGCCCTGGTCGTCTTTAAGGTATTCGCCATTGGCCTGGCGCACCGGGGCGCCTTCGCGGCTGCCGATGCCCAGCATCAGCAGGCTTGGGCCCTGGCGGCCGAGGGCCTGGGTGATGCCCTGGCGCTCGGCGGCGCTGAGCGCTGAGCCTACCAGCAGCAGGCGGCCTTGGCCGAGGCCGCTCTGGGCCAG > NC_002947/2305751‑2306044 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |