| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 2,308,947 | C→T | 12.9% | G56S (GGC→AGC) | PP_2031 ← | hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 2,308,947 | 0 | C | T | 12.9% | 75.1 / 3.4 | 31 | G56S (GGC→AGC) | PP_2031 | hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (17/10); new base T (2/2); total (19/12) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.30e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.90e-01 | |||||||||||
GCTTTGCTCGACGAGGATGAAGATCGGCCGCTCGCGTTCTTCGTGGAACAGCTTGGTGTGCGGCTCCTGGGTACGCGCAGTGACACGCCAGTCGATGTTGCGCACATCATCGCCGGCCTGGTAAACGCGCACCTG‑GTCGAAGTCCACGCCGCGCCCGCGCAGCTTGGAATGGTGCAGGCCCACCAGTGGGCTGCGCTGGCCGGGCTTGGAAAACAGCTGGATTTCGCGCACGCGGTGGCGCATGTCGATCAGCTCGGCAAGGCCAATGCGGATGCCGTGTTCGGCCAGCTGCGCAGTG > NC_002947/2308798‑2309095 | gCTTTGCTCGACGAGGATGAAGATCGGCCGCTCGCGTTCTTCGTGGAACAGCTTGGTGTGCGGCTCCTGGGTACGCGCAGTGACACGCCAGTCGATGTTGCGCACATCATCGCCGGCCTGGTAAACGCGCACCTG‑GTCGAAGTCCAcgcc > 2:576546/1‑150 (MQ=255) tCGACGAGGATGAAGATCGGCCGCTCGCGTTCTTCGTGGAACAGCTTGGTGTGCGGCTCCTGGGTACGCGCAGTGACACGCCAGTCGATGTTGCGCACATCATCGCCGGCCTGGGAAACGCGCACCTG‑GTCGAAGTCCACGccgcgcccg > 1:6135/1‑150 (MQ=255) gAAGATCGGCCGCTCGCGTTCTTCGTGGAACAGCTTGGTGTGCGGCTCCTGGGTACGCGCAGTGACACGCCAGTCGATGTTGCGCACATCATCGCCGGCCTGGTAAACGCGCACCTG‑GTCGAAGTCCACGCCGCGCCCGCGCAGCTTGGa > 2:318535/1‑150 (MQ=255) aaGATCGGCCGCTCGCGTTCTTCGTGGAACAGCTTGGTGTGCGGCTCCTGGGTACGCGCAGTGACACGCCAGTCGATGTTGCGCACATCATCGCCGGCCTGGTAAACGCGCACCTG‑GTCGAAGTCCACGCCGCGCCCGCGCAGCTTGGaa < 1:516238/150‑1 (MQ=255) gATCGGCCGCTCGCGTTCTTCGTGGAACAGCTTGGTGTGCGGCTCCTGGGTACGCGCAGTGACACGCCAGTCGATGTTGCGCACATCATCGCCGGCCTGGTAAACGCGCACCTG‑GTCGAAGTCCACGCCGCGCCCGCGCAGCTTGGAATg > 1:30353/1‑150 (MQ=255) cGCTCGCGTTCTTCGTGGAACAGCTTGGTGTGCGGCTCCTGGGTACGCGCAGTGACACGCCAGTCGATGTTGCGCACATCATCGCCGGCCTGGTAAACGCGCACCTG‑GTCGAAGTCCACGCCGCGCCCGCGCAGCTTGGAATGGTGCAgg < 2:288205/150‑1 (MQ=255) gTTCTTCGTGGACAAGCTTGGTGTGCGGCTCCTGGGTACGCGCAGTGACACGCCAGTCGATGTTGCGCACATCATCGCCGGCCTGGTAAACGCGCACCTG‑GTCGAAGTCCACGCCGCGCCCGCGCAGCTTGGAATGGTGCAGGCccacca > 2:184454/1‑150 (MQ=255) gTTCTTCGTGGAACAGCTTGGTGTGCGGCTCCTGGGTACGCGCAGTGACACGCCAGTCGATGTTGCGCACATCATCGCCGGCCTGGTAAACGCGCACCTG‑GTCGAAGTCCACGCCGCGCCCGCGCAGCTTGGAATGGTGCAGGCccacca > 2:376186/1‑150 (MQ=255) tGGAACAGCTTGGTGTGCGGCTCCTGGGTACGGGCATTGACACGCCATTCGATGTTGCGCCCATCATCGCCGGCCCGCCAGTCACAC‑GCTGCACCTAAGTCCACGCCGCGCCCGCGCAGCTTGGAATGGTGACGGCCCAGTAGTGGGCTg > 1:734162/1‑150 (MQ=255) gcAGTGACACGCCAGTCGATGTTGCGCACATCATCGCCGGCCTGGTAAACGCGCACCTG‑GTCGAAGTCCACGCCGCGCCCGCGCAGCTTGGAATGGTGCAGGCCCACCAGTGGGCTGCGCTGGCCGGGCTTGGAAAACAGCTGGATTTcg > 1:286301/1‑150 (MQ=255) cacGCCAGTCGATGTTGCGCACATCATCGCCGGCCTGGTAAACGCGCACCTG‑GTCGAAGTCCACGCCGCGCCCGCGCAGCTTGGAATGGTGCAGGCCCACCAGTGGGCTGCGCTGGCCGGGCTTGGAAAACAGCTGGATTTCGCGCAcgc < 2:286301/150‑1 (MQ=255) acGCCAGTCGATGTTGCGCACATCATCGCCGGCCTGGTAAACGCGCACCTG‑GTCGAAGTCCACGCCGCGCCCGCGCAGCTTGGAATGGTGCAGGCCCACCAGTGGGCTGCGCTGGCCGGGCTTGGAAAACAGCTGGATTTCGCGCAcgcg > 1:554678/1‑150 (MQ=255) gCCAGTCGATGTTGCGCACATCATCGCCGGCCTGGTAAACGCGCACCTG‑GTCGAAGTCCACGCCGCGCCCGCGCAGCTTGGAATGGTGCAGGCCCACCAGTGGGCTGCGCTGGCCGGGCTTGGAAAACAGCTGGATTTCGCGCACGCGGt > 1:252544/1‑150 (MQ=255) cGATGTTGCGCACATCATCGCCGGCCTGGTAAACGCGCACCTG‑GTCGAAGTCCACGCCGCGCCCGCGCAGCTTGGAATGGTGCAGGCCCACCAGTGGGCTGCGCTGGCCGGGCTTGGAAAACAGCTGGATTTCGCGCACGCGGTGGCGCa < 2:30353/150‑1 (MQ=255) gTTGCGCACATCATCGCCGGCCTGGTAAACGCGCACCTG‑GTCGAAGTCCACGCCGCGCCCGCGCAGCTTGGAATGGTGCAGGCCCACCAGTGGGCTGCGCTGGCCGGGCTTGGAAAACAGCTGGATTTCGCGCACGCGGTGGCGCATGTc < 1:184454/150‑1 (MQ=255) gcgcACATCATCGCCGGCCTGGTAAACGCGCACCTG‑GTCGAAGTCCACGCCGCGCCCGCGCAGCTTGGAATGGTGCAGGCCCACCAGTGGGCTGCGCTGGCCGGGCTTGGAAAACAGCTGGATTTCGCGCACGCGGTGGCGCATGTCGAt < 2:734162/150‑1 (MQ=255) gcACATCATCGCCGGCCTGGTAAACGCGCACCTG‑GTCGAAGTCCACGCCGCGCCCGCGCAGCTTGGAATGGTGCAGGCCCACCAGTGGGCTGCGCTGGCCGGGCTTGGAAAACAGCTGGATTTCGCGCACGCGGTGGCGCATGTCGATCa > 2:634334/1‑150 (MQ=255) atcatcGCCGGCCTGGTAAACGCGCACCTG‑GTCGAAGTCCACGCCGCGCCCGCGCAGCTTGGAATGGTGCAGGCCCACCAGTGGGCTGCGCTGGCCGGGCtt > 2:51825/1‑102 (MQ=255) atcatcGCCGGCCTGGTAAACGCGCACCTG‑GTCGAAGTCCACGCCGCGCCCGCGCAGCTTGGAATGGTGCAGGCCCACCAGTGGGCTGCGCTGGCCGGGCtt < 1:51825/102‑1 (MQ=255) tcatcGCCGGCCTGGTAAACGCGCACCTG‑GTCGAAGTCCACGCCGCGCCCGCGCAGCTTGGAATGGTGCAGGCCCACCAGTGGGCTGCGCTGGCCGGGCTTGGAAAACAGCTGGATTTCGCGCACGCGGTGGCGCATGTCGATCAGCTCg > 1:40969/1‑150 (MQ=255) tcGCCGGCCTGGTAAACGCGCACCTG‑GTCGAAGTCCACGCCGCGCCCGCGCAGCTTGGAATGGTGCAGGCCCACCAGTGGGCTGCGCTGGCCGGGCTTGGAAAACAGCTGGATTTCGCGCACGCGGTGGCGCATGTCGATCAGCTCGGCa > 1:58486/1‑150 (MQ=255) agcgcagcccactggtgggcctgcaccatTCCAAGCTGCGCGGGCGCGGCGTGGAATGGTGCAGGCCCACCAGTGGGCTGCGCTGGCCGGGCTTGGAAAACAGCTGGATTTCGCGCa < 1:217633‑M1/88‑1 (MQ=255) agcgcagcccactggtgggcctgcaccatTCCAAGCTGCGCGGGCGCGGCGTGGAATGGTGCAGGCCCACCAGTGGGCTGCGCTGGCCGGGCTTGGAAAACAGCTGGATTTCGCGCa > 2:217633‑M1/30‑117 (MQ=255) gCCTGGTAAACGCGCACCTG‑GTCGAAGTCCACGCCGCGCCCGCGCAGCTTGGAATGGTGCAGGCCCACCAGTGGGCTGCGCTGGCCGGGCTTGGAAAACAGCTGGATTTCGCGCACGCGGTGGCGCATGTCGATCAGCTCGGCaa < 1:321628/145‑1 (MQ=255) gCCTGGTAAACGCGCACCTG‑GTCGAAGTCCACGCCGCGCCCGCGCAGCTTGGAATGGTGCAGGCCCACCAGTGGGCTGCGCTGGCCGGGCTTGGAAAACAGCTGGATTTCGCGCACGCGGTGGCGCATGTCGATCAGCTCGGCaa > 2:321628/1‑145 (MQ=255) gTAAACGCGCACCTG‑GTCGAAGTCCACGCCGCGCCCGCGCAGCTTGGAATGGTGCAGGCCCACCAGTGGGCGGCGCTGGCCGGGCTTGGAAAACAGCTGGATTTCGCGCACGCGGTGGCGCATGTCGATCAGCTCGGCAAGGCCAATGCg > 2:705434/1‑150 (MQ=255) gggcctgcaccatTCCAAGCTGCGCGGGCGCGGCGTGGAATGGTGCAGGCCCACCAGTGGGCTGCGCTGGCCGGGCTTGGAAAACAGCTGGATTTCGCGCACGCGGTGGCGCATGTCGATCAGCTCGGCAAGGCCAATGCGGATGCCgtg < 1:688731‑M1/137‑1 (MQ=255) gcaccatTCCAAGCTGCGCGGGCGCGGCGTGGAATGGTGCAGGCCCACCAGTGGGCTGCGCTGGCCGGGCTTGGAAAACAGCTGGATTTCGCGCACGCGGTGGCGCATGTCGATCAGCTCGGCAAGGCCAATGCGGATGCCGTGTTCGGc > 2:688731‑M1/8‑150 (MQ=255) gTCGAAGTCCACGCCGCGCCCGCGCAGCTTGGAATGGTGCAGGCCCACCAGTGGGCTGCGCTGGCCTGGCTTGGAAAACAGCTGGATTTCGCGCACGCGGTGGCGCATGTCGATCAGCTCGGCAAGGCCAATGCGGATGCCGTGTTCGGc > 1:266765/1‑150 (MQ=255) gTCGAAGTCCACGCCGCGCCCGCGCAGCTTGGAATGGTGCAGGCCCACCAGTGGGCTGCGCTGGCCGGGCTTGGAAAACAGCTGGATTTCGCGCACGCGGTGGCGCATGTCGATCAGCTCGGCAAGGCCAATGCGGATGCCGTGTTCGGc > 1:573277/1‑150 (MQ=255) aGTCCACGCCGCGCCCGCGCAGCTTGGAATGGTGCAGGCCCACCAGTGGGCTGCGCTGGCCGGGCTTGGAAAACAGCTGGATTTCGCGCACGCGGTGGCGCATGTCGATCAGCTCGGCAAGGCCAATGCGGATGCCGTGTTCGGCCAGCt < 1:576546/150‑1 (MQ=255) TCCACGCCGCGCCCGCGCAGCTTGGAATGGTGCAGGCCCACCAGTGGGCTGCGCTGGCCGGGCTTGGAAAACAGCTGGATTTCGCGCAGGCGGCGGCGCATGTCGATCAGCTCGGCAAGGCCAATGCGGATGCCGTGTTCGGCCAGCTgc < 1:357790‑M1/150‑1 (MQ=255) ACGCCGCGCCCGCGCAGCTTGGAATGGTGCAGGCCCACCAGTGGGCTGCGCTGGCCGGGCTTGGAAAACAGCTGGATTTCGCGCACGCGGTGGCGCATGTCGATCAGCTCGGCAAGGCCAATGCGGATGCCGTGTTCGGCCAGCTGCGCa > 1:376186‑M1/1‑150 (MQ=255) ccgcgcccgcgcAGCTTGGAATGGTGCAGGCCCACCAGTGGGCTGCGCTGGCCGGGCTTGGAAAACAGCTTGATTTCGCGCACGCGGTGGCGCATGTCGATCAGCTCGGCAAGGCCAATGCGGATGCCGTGTTCGGCCAGCTGCGCAGTg < 1:288784/150‑1 (MQ=255) | GCTTTGCTCGACGAGGATGAAGATCGGCCGCTCGCGTTCTTCGTGGAACAGCTTGGTGTGCGGCTCCTGGGTACGCGCAGTGACACGCCAGTCGATGTTGCGCACATCATCGCCGGCCTGGTAAACGCGCACCTG‑GTCGAAGTCCACGCCGCGCCCGCGCAGCTTGGAATGGTGCAGGCCCACCAGTGGGCTGCGCTGGCCGGGCTTGGAAAACAGCTGGATTTCGCGCACGCGGTGGCGCATGTCGATCAGCTCGGCAAGGCCAATGCGGATGCCGTGTTCGGCCAGCTGCGCAGTG > NC_002947/2308798‑2309095 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |