| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 2,717,779 | G→T | 12.5% | intergenic (+150/‑45) | cti → / → PP_2377 | esterified fatty acid cis/trans isomerase/acyltransferase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 2,717,779 | 0 | G | T | 12.5% | 88.1 / 2.3 | 32 | intergenic (+150/‑45) | cti/PP_2377 | esterified fatty acid cis/trans isomerase/acyltransferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (15/13); new base T (2/2); total (17/15) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.67e-01 | |||||||||||
GAGTACCTTGCGGTCGGAACGGGTGGGTGGTCTTGATCGATTGCAAAGGGGGCTGCTTTGCAGCCCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAACAGGTACGGCGCTGCTCTCA‑AGGCTGGCGCTGGCCTCTGCACTCGATACGGGCCTCAATGCACCGCCAAGCGCAGGGTATTCCATGCTGTATTCGCTTCAGGCACTGCGGGCGTTCGCCGCCTGGGTGGTGGTCTGCCACCATTTCATGCAGATCTTCTTCGACTTCCACGCCACCGGCCCCAT > NC_002947/2717650‑2717924 | gAGTACCTTGCGGTCGGAACGGGTGGGTGGTCTTGATCGATTGCAAAGGGGGCTGCTTTGCAGCCCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAACAGGTACGGCGCTGCTCTCA‑AGGCTGGCGCTGGCCTCTGCACTCGATACgg < 1:141051/142‑1 (MQ=255)gAGTACCTTGCGGTCGGAACGGGTGGGTGGTCTTGATCGATTGCAAAGGGGGCTGCTTTGCAGCCCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAACAGGTACGGCGCTGCTCTCA‑AGGCTGGCGCTGGCCTCTGCACTCGATACgg > 2:141051/1‑142 (MQ=255) gTACCTTGCGGTCGGAACGGGTGGGTGGTCTTGATCGATTGCAAAGGGGGCTGCTTTGCAGCCCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAACAGGTACGGCGCTGCTCTCA‑AGGCTGGCGCTGGCCTCTGCACTCGATACGGGCCTCAATGc < 1:669552/150‑1 (MQ=255) ttGCGGTCGGAACGGGTGGGTGGTCTTGATCGATTGCAAAGGGGGCTGCTTTGCAGCCCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAACAGGTACGGCGCTGCTCTCA‑AGGCTGGCGCTGGCCTCTTCACTCGATACGGGCCTCAATGCACCGc > 2:455801/1‑150 (MQ=255) ttGCGGTCGGAACGGGTGGGTGGTCTTGATCGATTGCAAAGGGGGCTGCTTTGCAGCCCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAACAGGTACGGCGCTGCTCTCA‑AGGCTGGCGCTGGCCTCTTCACTCGATACGGGCCTCAATGCACCGc > 2:456030/1‑150 (MQ=255) cGGTCGGAACGGGTGGGTGGTCTTGATCGATTGCAAAGGGGGCTGCTTTGCAGCCCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAACAGGTACGGCGCTGCTCTCA‑AGGCTGGCGCTGGCCTCTGCACTCGATACGGGCCTCAATGCACCGCCaa < 1:484866/150‑1 (MQ=255) gtgggtggTCTTGATCGATTGCAAAGGGGGCTGCTTTGCAGCCCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAACAGGTAC‑ACCTTTCTGGAATAGGCTGTCGCTGTCCTCTGCACTCGATACGGGCCTCAATGCACCGCCAAGCGCAGGGTAtt > 1:693605/1‑150 (MQ=25) gATCGATTGCAAAGGGGGCTGCTTTGCAGCCCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAACAGGTACGGCGCTGCTCTCA‑AGGCTGGCGCTGGCCTCTGCACTCGATACGGGCCTCAATGCACCGCCAAGCGCAGGGAATTCCGTCCTGTAtt > 2:232037/1‑150 (MQ=255) cGATTGCAAAGGGGGCTGCTTTGCAGCCCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAACAGGTACGGCGCTGCTCTCA‑AGGCTGGCGCTGGCCTCTTCACTCGATACGGGCCTCAATGCACCGCCAAGCGCAGGGTATTCCATGCTGTATTCGc < 1:455801/150‑1 (MQ=255) cGATTGCAAAGGGGGCTGCTTTGCAGCCCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAACAGGTACGGCGCTGCTCTCA‑AGGCTGGCGCTGGCCTCTTCACTCGATACGGGCCTCAATGCACCGCCAAGCGCAGGGTATTCCATGCTGTATTCGc < 1:456030/150‑1 (MQ=255) aaaGGGGGCTGCTTTGCAGCCCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAACAGGTACGGCGCTGCTCTCA‑AGGCTGGCGCTGGCCTCTGCACTCGATACGGGCCTCAATGCACCGCCAAGCGCAGGGTATTCCATGCTGTTTTTGCTTCAGGc > 1:409061/1‑150 (MQ=255) gctgctTTGCAGCCCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAACAGGTACGGCGCTGCTCTCA‑AGGCTGGCGCTGGCCTCTGCACTCGATACGGGCCTCAATGCACCGCCAAGCGCAgg > 1:337261/1‑116 (MQ=255) gctgctTTGCAGCCCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAACAGGTACGGCGCTGCTCTCA‑AGGCTGGCGCTGGCCTCTGCACTCGATACGGGCCTCAATGCACCGCCAAGCGCAgg < 2:337261/116‑1 (MQ=255) gctgctTTGCAGCCCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAACAGGTACGGCGCTGCTCTCA‑AGGCTGGCGCTGGCCTCTGCACTCGATACGGGCCTCAATGCACCGCCAAGCGCAGGGTATTCCATGCTGTATTCGCTTCAGGCACTGCgg < 1:68972/150‑1 (MQ=255) tgctTTGCAGCCCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAACAGGTACGGCGCTGCTCTCA‑AGGCTGGCGCTGGCCTCTGCACTCGATACGGGCCTCAATGCACCGCCAAGCGCAGGGTATTCCATGCTGTATTCGCTTCAGGCACTGCGGGc > 2:398738/1‑150 (MQ=255) 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aaCCCGCTCCTACAACAGGTACGGCGCTGCTCTCA‑AGGCTGGCGCTGGCCTCTGCACTCGATACGGGCCTCAATGCACCGCCAAGCGCAGGGTATTCCATGCTGTATTCGCTTCAGGCACTGCGGGCGTTCGCCGCCTGGGTGGTGGTCt < 1:148565/150‑1 (MQ=255) aaCCCGCTCCTACAACAGGTACGGCGCTGCTCTCA‑AGGCTGGCGCTGGCCTCTGCACTCGATACGGGCCTCAATGCACCGCCAAGCGCAGGGTATTCCATGCTGTATTCGCTTCAGGCACTGCGGGCGTTCGCCGCCTGGGTGGTGGTCt < 2:672128/150‑1 (MQ=255) cGCTCCTACAACAGGTACGGCGCTGCTCTCA‑AGGCTGGCGCTGGCCTCTGCACTCGATACGGGCCTCAATGCACCGCCAAGCGCAGGGTATTCCATGCTGTATTCGCTTCAGGCACTGCGGGCGTTCGCCGCCTGGGTGGTGGTCTGcca < 1:58110/150‑1 (MQ=255) gCTCCTACAACAGGTACGGCGCTGCTCTCA‑AGGCTGGCGCTGGCCTCTGCACTCGATACGGGCCTCAATGCACCGCCAAGCGCAGGGTATTCCATGCTGTATTCGCTTCAGGCACTGCGGGCGTTCGCCGCCTGGGTGGTGGTCTGccac < 1:232037/150‑1 (MQ=255) tACAACAGGTACGGCGCTGCTCTCA‑AGGCTGGCGCTGGCCTCTGCACTCGATACGGGCCTCAATGCACCGCCAAGCGCAGGGTATTCCATGCTGTATTCGc > 1:627244/1‑101 (MQ=255) tACAACAGGTACGGCGCTGCTCTCA‑AGGCTGGCGCTGGCCTCTGCACTCGATACGGGCCTCAATGCACCGCCAAGCGCAGGGTATTCCATGCTGTATTCGc < 2:627244/101‑1 (MQ=255) aacaGGTACGGCGCTGCTCTCG‑AGGCTGGCGCTGGCCTCTGCACTCGATACGAGCCTCAATGCACCGCCAAGCGCAGGGTATTCCATGCTGTATTCGCTTCAGGCACTGCGGGCGTTCGCCGCCTGGGTGGTGGTCTGCAACCATTTAAt > 2:199896/1‑150 (MQ=255) gTACGGCGCTGCTCTCA‑AGGCTGGCGCTGGCCTCTGCACTCGATACGGGCCTCAATGCACCGCCAAGCGCAGGGTATTCCATGCTGTATTCGCTTCAGGCACTGCGGGCGTTCGCCGCCTGGGTGGTGGTCTGCCACCATTTc > 1:744178/1‑143 (MQ=255) gTACGGCGCTGCTCTCA‑AGGCTGGCGCTGGCCTCTGCACTCGATACGGGCCTCAATGCACCGCCAAGCGCAGGGTATTCCATGCTGTATTCGCTTCAGGCACTGCGGGCGTTCGCCGCCTGGGTGGTGGTCTGCCACCATTTc < 2:744178/143‑1 (MQ=255) ctgctCTCA‑AGGCTGGCGCTGGCCTCTGCACTCGATACGGGCCTCAATGCACCGCCAAGCGCAGGGTATTCCATGCTGTATTCGCTTCAGGCACTGCGGGCGTTCGCCGCCTGGGTGGTGGTCTGCCACCATTTCATGCAGATCttcttc < 1:448974/150‑1 (MQ=255) a‑aGGCTGGCGCTGGCCTCTGCACTCGATACGGGCCTCAATGCACCGCCAAGCGCAGGGTATTCCATGCTGTATTCGCTTCAGGAACTGCGGGCGTTCGCCGCCTGGGTGGTGGTCTGCCACCATTTCATGCAGATCTTCTTCGACTTccc > 1:240117/1‑149 (MQ=255) ctctGCACTCGATACGGGCCTCAATGCACCGCCAAGCGCAGGGTATTCCATGCTGTATTCGCTTCAGGCACTGCGGGCGTTCGCCGCCTGGGTGGTGGTCTGCCACCATTTCATGCAGATCTTCTTCGACTTCCACGCCACCGGCCCCAt > 1:329879/1‑150 (MQ=255) | GAGTACCTTGCGGTCGGAACGGGTGGGTGGTCTTGATCGATTGCAAAGGGGGCTGCTTTGCAGCCCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAACAGGTACGGCGCTGCTCTCA‑AGGCTGGCGCTGGCCTCTGCACTCGATACGGGCCTCAATGCACCGCCAAGCGCAGGGTATTCCATGCTGTATTCGCTTCAGGCACTGCGGGCGTTCGCCGCCTGGGTGGTGGTCTGCCACCATTTCATGCAGATCTTCTTCGACTTCCACGCCACCGGCCCCAT > NC_002947/2717650‑2717924 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |