| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 2,867,432 | T→C | 26.7% | intergenic (‑613/‑956) | glllA ← / → PP_2520 | gallate dioxygenase/hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 2,867,432 | 0 | T | C | 26.7% | 16.3 / 5.4 | 15 | intergenic (‑613/‑956) | glllA/PP_2520 | gallate dioxygenase/hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (5/6); new base C (2/2); total (7/8) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.60e-01 | |||||||||||
CCGTGATGGTGGCGGCGCGCTCGATGGACAGCCCGCCATCACGCAGCAGGGTCGGCAACCAGCCCATGGTCAGGTAGATCACCAGCAGGCCCATGAAGTAGGTCAGCCACAGGGCCAGTGTGCCAAACCGGTAGCGCTCGCTGAACAGCTGCCGGGCCGGTGCCTTGTGCTGCGTGGTTGGCTCACTGACGGTAAAGCGGGTGCCGGCAGCGAAGCGGCCGCCAAGCTTGGCCAAGGCTGCCGCAATCTGGCTGGCCGGTGCCTGGCGTGCGGCGAGGAAGCGAGCGGA > NC_002947/2867291‑2867579 | ccGTGATGGTGGCGGCGCGCTCGATGGACAGCCCGCCATCACGCAGTAGGGTCGGCAACCAGCCCATGGTCAGGTAGATCACCAGCAGGCCCATGAAGTAGGTCAGCCACAGGGCCAGTGTGCCAAACCGGTAGCGCTCGCTGAACAGCt < 1:168487/150‑1 (MQ=255) gATGGTGGCGGCGCGCTCGATGGACAGCCCGCCATCACGCAGCAGGGTCGGCAACCAGCCCATGGTCAGGTAGATCACCAGCAGGCCCATGAAGTAGGTCAGCCACAGGGCCAGTGTGCCAAACCGGTAGCGCTCGCTGAACAGCTgccg > 1:504976/1‑150 (MQ=255) ggcggcGCGCTCGATGGACAGCCCGCCATCACGCAGCAGGGTCGGCAACCAGCCCATGGTCAGGTAGATCACCAGCAGGCCCATGAAGTAGGTCAGCCACAGGGCCAGTGTGCCAAACCGGTAGCGCTCGCTGAACAGCTgccgggccgg < 2:487042/150‑1 (MQ=255) gATGGACAGCCCGCCATCACGCAGCACTGGCGGCAACCAGCCCATGGTCAGGTAGATCACCAGCAGGCCCATGAAGTAGGTCAGCCACAGGGCCAGTGTGCCAAACCGGTAGCGCTCGCTGAACAGCTGCCGGGCCGGTGCCTTGtgctg > 1:584552/1‑150 (MQ=255) gTCGGCAACCAGCCCATGGTCAGGTAGATCACCAGCAGGCCCATGAAGTAGGTCAGCCACAGGGCCAGTGTGCCAAACCGGTAGCGCTCGCTGAACAGCTGCCGGGCCGGTGCCTTGTGCTGCGTGGTTGGCTCACTGACGGTAAAGCgg < 2:504976/150‑1 (MQ=255) tGGTCAGGTAGATCACCAGCAGGCCCATGAAGTAGGTCAGCCACAGGGCCAGTGTGCCAAACCGGTAGCGCTCGCTGAACAGCTGCCGGGCCGGTGCCTTGTGCTGCGTGGTTg < 1:405989/114‑1 (MQ=255) tGGTCAGGTAGATCACCAGCAGGCCCATGAAGTAGGTCAGCCACAGGGCCAGTGTGCCAAACCGGTAGCGCTCGCTGAACAGCTGCCGGGCCGGTGCCTTGTGCTGCGTGGTTg > 2:405989/1‑114 (MQ=255) gTCAGCCACAGGGCCAGTGTGCCAAACCGGTAGCGCTCGCCGAACAGCTGCCGGGCCGGTGCCTTGTGCTGCGTGGTTGGCTCACTGAc > 1:247037/1‑89 (MQ=255) gTCAGCCACAGGGCCAGTGTGCCAAACCGGTAGCGCTCGCCGAACAGCTGCCGGGCCGGTGCCTTGTGCTGCGTGGTTGGCTCACTGAc > 1:247073/1‑89 (MQ=255) gTCAGCCACAGGGCCAGTGTGCCAAACCGGTAGCGCTCGCCGAACAGCTGCCGGGCCGGTGCCTTGTGCTGCGTGGTTGGCTCACTGAc < 2:247037/89‑1 (MQ=255) gTCAGCCACAGGGCCAGTGTGCCAAACCGGTAGCGCTCGCCGAACAGCTGCCGGGCCGGTGCCTTGTGCTGCGTGGTTGGCTCACTGAc < 2:247073/89‑1 (MQ=255) ccAAACCGGTAGCGCTCGCTGAACAGCTGCCGGGCCGGTGCCTTGTGCTGCGTGGTTGGCTCACTGACGGTAAAGCGGGTGCCGGCAGCGAAGCGGCCGCCAAGCTTGGCCAAGGCTGCCGCAATCTGGCTGGCCGGTGCCTGGCGTgcg < 2:743933/150‑1 (MQ=255) cAAACCGGTAGCGCTCGCTGAACAGCTGCCGGGCCGGTGCCTTGTGCTGCGTGGTTGGCTCACTGACGGTAAAGCGGGTGCCGGCAGCGAAGCGGCCGCCAAGCTTGGCCAAGGCTGCCGCAATCTGGCTGGCCGGTGCCTGGCGTgcgg > 1:103575/1‑150 (MQ=255) cAAACCGGTAGCGCTCGCTGAACAGCTGCCGGGCCGGTGCCTTGTGCTGCGCGGCTGGCTCACTGACGGTAAAGCGGGTGCCGGCAGCGAAGCGGCCGCCAAGCTCGGCCAAGGCTGCCGCAATCTGGCTGGCCGGTGCCTGGCGTgcgg < 2:584552/150‑1 (MQ=255) ggTAGCGCTCGCTGAACAGCTGCCGGGCCGGTGCCTTGTGCTGCGTGGTTGGCTCACTGACGGTAAAGCGGGTGCCGGCAGCGAAGCGGCCGCCAAGCTTGGCCAAGGCTGCCGCAATCTGGCTGGCCGGTGCCTGGCGTGCGGCGAGGa > 2:564378/1‑150 (MQ=255) tcgctGAACAGCTGCCGGGCCGGTGCCTTGTGCTGCGTTGTTGGCTCACTGACGGTAAAGCGGGTGCCGGCAGCGAAGCGGCCGCCAAGCTTGGCCAAGGCTGCCGCAATCTGGCTGGCCGGTGCCTGGCGTGCGGCGAGGAagcgagcg < 1:157433/150‑1 (MQ=255) tcgctGAACAGCTGCCGGGCCGGTGCCTTGTGCTGCGTGGTTGGCTCACTGACGGTAAAGCGGGTGCCGGCAGCGAAGCGGCCGCCAAGCTTGGCCAAGGCTGCCGCAATCTGGCTGGCCGGTGCCTGGCGTGCGGCGAGGAagcgagcg < 1:564378/150‑1 (MQ=255) gctGAACAGCTGCCGGGCCGGTGCCTTGTGCTGCGTGGTTGGCTCACTGACGGTAAAGCGGGTGCCGGCAGCGAAGCGGCCGCCAAGCTTGGCCAAGGCTGCCGCAATCTGGCTGGCCGGTGCCTGGCGTGCGGCGAGGAAGCGAGCGGa > 1:61256/1‑150 (MQ=255) | CCGTGATGGTGGCGGCGCGCTCGATGGACAGCCCGCCATCACGCAGCAGGGTCGGCAACCAGCCCATGGTCAGGTAGATCACCAGCAGGCCCATGAAGTAGGTCAGCCACAGGGCCAGTGTGCCAAACCGGTAGCGCTCGCTGAACAGCTGCCGGGCCGGTGCCTTGTGCTGCGTGGTTGGCTCACTGACGGTAAAGCGGGTGCCGGCAGCGAAGCGGCCGCCAAGCTTGGCCAAGGCTGCCGCAATCTGGCTGGCCGGTGCCTGGCGTGCGGCGAGGAAGCGAGCGGA > NC_002947/2867291‑2867579 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |