| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 2,875,792 | A→G | 11.1% | L45P (CTG→CCG) | PP_2528 ← | O‑acetylhomoserine (thiol)‑lyase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 2,875,792 | 0 | A | G | 11.1% | 89.0 / 3.7 | 36 | L45P (CTG→CCG) | PP_2528 | O‑acetylhomoserine (thiol)‑lyase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (14/18); new base G (2/2); total (16/20) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.79e-01 | |||||||||||
TCTGGATGGCGTAGGTGATAGCCGCCATGCCCGAGGCTACGGCCAGCGCGCCAACCCCGCCTTCCAGGGCGGCCATGCGCTGCTCGAGCACGTCGTTGGTGGGGTTCATGATGCGCGAATAGATGTTGCCGGCAACCTTCAGGTCAAACAGGTCGGCGCCGTGCTGGGTGTCGTCGAAGGCGAAGGAGGTGGTCTGGTAGATCGGTACGGCCACCGCCTTGGTGGTCGGGTCGGGGCTGAAGCCCGCATGGATGGCAAGCGTTTCCAGCTTCATGCAATCGTTCC > NC_002947/2875652‑2875936 | tCTGGATGGCGTAGGTGATAGCCGCCATGCCCGAGGCTACGGCCAGCGCGCCAACCCCGCCTTCCAGGGCGGCCATGCGCTGCTCGAGCACGTCGTTGGTGGGGTTCATGATGCGCGAATAGATGTTGCCGGCAACCTTCAGGTCAAACa > 1:556413/1‑150 (MQ=255) cccGAGGCTACGGCCAGCGCGCCAACCCCGCCTTCCAGGGCGGCCATGCGCTGCTCGAGCACGTCGTTGGTGGGGTTCATGATGCGCGAATAGATGTTGCCGGCAACCTTCAGGTCAAACAGGTCGGCGCCGTGCTGGGTGTCGTcgaag > 2:239605/1‑150 (MQ=255) tACGGCCAGCGCGCCAACCCCGCCTTCCAGGGCGGCCATGCGCTGCTCGAGCACGTCGTTGGTGGGGTTCATGATGCGCGAATAGATGTTGCCGGCAACCTTCAg < 1:121703/105‑1 (MQ=255) tACGGCCAGCGCGCCAACCCCGCCTTCCAGGGCGGCCATGCGCTGCTCGAGCACGTCGTTGGTGGGGTTCATGATGCGCGAATAGATGTTGCCGGCAACCTTCAg > 2:121703/1‑105 (MQ=255) tACGGCCAGCGCGCCAACCCCGCCTTCCAGGGCGGCCATGCGCTGCTCGAGCACGTCGTTGGTGGGGTTCATGATGCGCGAATAGATGTTGCCGGCAACCTTCAGGTCAAACAGGTCGGCGCCGTGCTGGGTGTCGTCGAAGGCGAagga > 1:639398/1‑150 (MQ=255) cgcgcCAACCCCGCCTTCCAGGGCGGCCATGCGCTGCTCGAGCACGTCGTTGGTGGGGTTCATGATGCGCGAATAGATGTTGCCGGCAACCTTCAGGTCAAACAGGTCGGCGCCGTGCTGGGTGTCGTCGAAGGCGAAGGAGGTGGTCTg < 2:214914/150‑1 (MQ=255) cgcCAACCCCGCCTTCCAGGGCGGCCATGCGCTGCTCGAGCACGTCGTTGGTGGGGTTCATGATGCGCGAATAGATGTTGCCGGCAACCTTCAGGTCAAACAGGTCGGCGCCGTGCTGGGTGTCGTCGAAGGCGAAGGAGGTGGTCTGGt < 1:179891/150‑1 (MQ=255) gcCAACCCCGCCTTCCAGGGCGGCCATGCGCTGCTCGAGCACGTCGTTGGTGGGGTTCATGATGCGCGAATAGATGTTGCCGGCAACCTTCAGGTCAAACAGGTCGGCGCCGTGCTGGGTGTCGTCGAAGGCGAAGGAggt < 2:54156/141‑1 (MQ=255) gcCAACCCCGCCTTCCAGGGCGGCCATGCGCTGCTCGAGCACGTCGTTGGTGGGGTTCATGATGCGCGAATAGATGTTGCCGGCAACCTTCAGGTCAAACAGGTCGGCGCCGTGCTGGGTGTCGTCGAAGGCGAAGGAggt > 1:54156/1‑141 (MQ=255) gcCAACCCCGCCTTCCAGGGCGGCCATGCGCTGCTCGAGCACGTCGTTGGTGGGGTTCATGATGCGCGAATAGATGTTGCCGGCAACCTTCAGGTCAAACAGGTCGGCGCCGTGCTGGGTGTCGTCGAAGGCGAAGGAGGTGGTCTgg < 1:688403/148‑1 (MQ=255) gcCAACCCCGCCTTCCAGGGCGGCCATGCGCTGCTCGAGCACGTCGTTGGTGGGGTTCATGATGCGCGAATAGATGTTGCCGGCAACCTTCAGGTCAAACAGGTCGGCGCCGTGCTGGGTGTCGTCGAAGGCGAAGGAGGTGGTCTgg > 2:688403/1‑148 (MQ=255) aaCCCCGCCTTCCAGGGCGGCCATGCGCTGCTCGAGCACGTCGTTGGTGGGGTTCATGATGCGCGAATAGATGTTGCCGGCAACCTTCAGGTCAAACAGGTCGGCGCCGTGCTggg < 2:248655/116‑1 (MQ=255) aaCCCCGCCTTCCAGGGCGGCCATGCGCTGCTCGAGCACGTCGTTGGTGGGGTTCATGATGCGCGAATAGATGTTGCCGGCAACCTTCAGGTCAAACAGGTCGGCGCCGTGCTggg > 1:248655/1‑116 (MQ=255) aaCCCCGCCTTCCAGGGCGGCCATGCGCTGCTCGAGCACGTCGTTGGTGGGGTTCATGATGCGCGAATAGATGTTGCCGGCAACCTTCAGGTCAAACAGGTCGGCGCCGTGCTGGGTGTCGTCGAAGGCGAAGGAGGTGGTCTGGTAGAt < 1:239605/150‑1 (MQ=255) aCCCCGCCTTCCAGGGCGGCCATGCGCTGCTCGAGCACGTCGTTGGTGGGGTTCATGATGCGCGAATAGATGTTGCCGGCAACCTTCAGGTCAAACAGGTCGGCGCCGTGCTGGGTGTCGTCGAAGGCGAAGGAGGTGGTCTGGTAGATc < 2:556413/150‑1 (MQ=255) ttCCAGGGCGGCCATGCGCTGCTCGAGCCCGTCGTTGGTGGGGTTAATGACGCGCGAATAGATGTAAGCAGCCAAATTAAGGTTACACAGGTGGGTGCTGTGGTGGGTGTCGTGGAAGGTGAAGGAGGAGGAAGGGTAGCTCGGTACGGc > 2:130681/1‑150 (MQ=255) ttCCAGGGCGGCCATGCGCTGCTCGAGCACGTCGTTGGTGGGGTTCATGATGCGCGAATAGATGTTGCCGGCAACCTTCAGGTCAAACAGGTCCGGGCTCTGTCGTCGCTCTCCTAGTTCTAAGGAGGTGGTCTGGTAGATCGGTACGGc < 1:130681/150‑1 (MQ=255) gcCATGCGCTGCTCGAGCACGTCGTTGGTGGGGTTCATGATGCGCGAATAGATGTTGCCGGCACCCTTCAGGTCAAACAGGTCGGCGCCGTGCTGGGTGTCGTCGAAGGCGAAGGAGGTGGTCTGGTAGATCGGTACGGCACCCGCCTtg > 1:320474/1‑150 (MQ=255) tCGAGCACGTCGTTGGTGGGGTTCATGATGCGCGAATAGATGTTGCCGGCAACCTTCAGGTCAAACAGGTCGGCGCCGTGCTGGGTGTCGTCGAAGGCGAAGGAGGTGGTCTGGTAGATCGGTACGGCCACCGCCTTGGTggtc < 2:145090/144‑1 (MQ=255) tCGAGCACGTCGTTGGTGGGGTTCATGATGCGCGAATAGATGTTGCCGGCAACCTTCAGGTCAAACAGGTCGGCGCCGTGCTGGGTGTCGTCGAAGGCGAAGGAGGTGGTCTGGTAGATCGGTACGGCCACCGCCTTGGTggtc > 1:145090/1‑144 (MQ=255) 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ggTTCATGATGCGCGAATAGATGTTGCCGGCAACCTTCAGGTCAAACAGGTCGGCGCCGTGCTGGGTGTCGTCGAAGGCGAAGGAGGTGGTCTGGTAGATCGGTACGGCCACCGCCTTGGTGGTCGGGTCGGGGCTGAAGCCCGCatgga < 1:16780/150‑1 (MQ=255) ttCATGATGCGCGAATAGATGTTGCCGGCAACCTTCAGGTCAAACAGGTCGGCGCCGTGCTGGGTGTCGTCGAAGGCGAAGGAGGTGGTCTGGTAGATCGGTACGGCCACCGCCTTGGTGGTCGGGTCGGGGCTGAAGCCCGCatggatg > 2:408292/1‑150 (MQ=255) gatgCGCGAATAGATGTTGCCGGCAACCTTCGGGTCAAACAGGTCGGCGCCGTGCTGGGTGTCGTCGAAGGCGAAGGAGGTGGTCTGGTAGATCGGTACGGCCACCGCCTTGGTGGTCGGGTCGGGGCTGAAGCCCGCatggat < 1:504773/144‑1 (MQ=255) gatgCGCGAATAGATGTTGCCGGCAACCTTCGGGTCAAACAGGTCGGCGCCGTGCTGGGTGTCGTCGAAGGCGAAGGAGGTGGTCTGGTAGATCGGTACGGCCACCGCCTTGGTGGTCGGGTCGGGGCTGAAGCCCGCatggat < 1:504690/144‑1 (MQ=255) gatgCGCGAATAGATGTTGCCGGCAACCTTCGGGTCAAACAGGTCGGCGCCGTGCTGGGTGTCGTCGAAGGCGAAGGAGGTGGTCTGGTAGATCGGTACGGCCACCGCCTTGGTGGTCGGGTCGGGGCTGAAGCCCGCatggat > 2:504690/1‑144 (MQ=255) gatgCGCGAATAGATGTTGCCGGCAACCTTCGGGTCAAACAGGTCGGCGCCGTGCTGGGTGTCGTCGAAGGCGAAGGAGGTGGTCTGGTAGATCGGTACGGCCACCGCCTTGGTGGTCGGGTCGGGGCTGAAGCCCGCatggat > 2:504773/1‑144 (MQ=255) atgCGCGAATAGATGTTGCCGGCAACCTTCAGGTCAAACAGGTCGGCGCCGTGCTGGGTGTCGTCGAAGGCGAAGGAGGTGGTCTGGTAGATCGGTACGGCCACCGCCTTGGTGGTCGGGTCGGGGCTGAAGccc < 2:249850/135‑1 (MQ=255) atgCGCGAATAGATGTTGCCGGCAACCTTCAGGTCAAACAGGTCGGCGCCGTGCTGGGTGTCGTCGAAGGCGAAGGAGGTGGTCTGGTAGATCGGTACGGCCACCGCCTTGGTGGTCGGGTCGGGGCTGAAGccc > 1:249850/1‑135 (MQ=255) tAGATGTTGCCGGCAACCTTCAGGTCAAACAGGTCGGCGCCGTGCTGGGTGTCGTCGAAGGCGAAGGAGGTGGTCTGGTAGATCGGTACGGCCACCGCCTTGGTGGTCGGGTCGGGGCTGAAGCCCGCATGGATGGCAAGCGTTTCCAGc < 1:408292/150‑1 (MQ=255) aTGTTGCCGGCAACCTTCAGGTCAAACAGGTCGGCGCCGTGCTGGGTGTCGTCGGAGGCGAAGGAGGTGGTCTGGTAGATCGGTACGGCCACGGCCTTGGTGGTCGGGTCGGGGCTGAAGCCCGCATGGCTGGCAAGCGTTTCCAGCTTc > 2:165674/1‑150 (MQ=255) ccTTCAGGTCAAACAGGTCGGCGCCGTGCTGGGTGTCGTCGAAGGCGAAGGAGGTGGTCTGGTAGATCGGTACGGCCACCGCCTTGGTGGTCGGGTCGGGGCTGAAGCCCGCATGGATGGCAAGCGTTTCCAGCTTCATGCAATCGTTcc < 2:738016/150‑1 (MQ=255) | TCTGGATGGCGTAGGTGATAGCCGCCATGCCCGAGGCTACGGCCAGCGCGCCAACCCCGCCTTCCAGGGCGGCCATGCGCTGCTCGAGCACGTCGTTGGTGGGGTTCATGATGCGCGAATAGATGTTGCCGGCAACCTTCAGGTCAAACAGGTCGGCGCCGTGCTGGGTGTCGTCGAAGGCGAAGGAGGTGGTCTGGTAGATCGGTACGGCCACCGCCTTGGTGGTCGGGTCGGGGCTGAAGCCCGCATGGATGGCAAGCGTTTCCAGCTTCATGCAATCGTTCC > NC_002947/2875652‑2875936 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |